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예규·판례
지방자치단체에 토지 무상(저가)임대 ...
질의회신
지방자치단체에 토지 무상(저가)임대 시 부당행위계산부인 및 기부금 해당 여부
서면-2025-법인-4385생산일자 2026.04.20.
AI 요약
요지
특수관계에 있는 지방자치단체에 조세를 부당하게 감소시킬 목적 없이 공익목적에 따라 저가로 임대한 경우 적정임대료 상당액과의 차액을 익금에 산입하였다면 해당 익금상당액은 특례기부금에 해당하는 것으로 봄이 타당함
회신
지방자치단체가 100% 출자하여 설립된 지방공사가 지방자치단체에 공익목적에 따라 토지를 무상 또는 저가 임대하고 적정임대료 상당액 또는 그 차액을 익금에 산입한 경우, 해당 익금산입 상당액은 조세를 부당히 감소시킬 목적이 없는 한 「법인세법」제24조제2항제1호에 따른 기부금으로 보는 것입니다. 다만, 질의법인이 지방자치단체에 토지를 무상으로 임대한 거래와 지방자치단체가 신축한 건물 일부를 무상으로 임차한 거래를 상계하여 토지의 저가 임대로 볼 수 있는지 여부는 토지와 건물의 임대차 계약 형태 및 내용, 대가의 면제 및 상계 조건 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항입니다.
상세내용

1. 사실관계

○질의법인은 oo시가 100% 출자한 공기업으로 「지방공기업법」 및 관련 조례에 따라 지역개발과 시민의 복지증진에 기여함을 목적으로 설립됨

○질의법인은 도시개발사업을 시행하여 oo시 oo동 일대 사회복지시설용지(이하 “쟁점토지”)를 조성하였고

 - 해당 용지는 국가, 지방자치단체에만 공급할 수 있는 토지로 oo시의 직접 공익목적 사용을 위해 이사회 결의를 통해 무상으로 임대 가능하여, 질의법인은 쟁점토지를 oo시에 무상 임대함

○oo시는 쟁점토지 위에 6층 건물의 사회복지시설을 건립하였고, 해당 건물의 6층을 질의법인의 비영리사업에 무상 사용하는 것으로 약정함

○질의법인은 토지의 적정임대료 상당액을 산정하여 익금에 산입하여 법인세 신고에 반영함

2. 질의요지

○ 질의법인이 특수관계인인 oo시에 토지를 무상으로 사용하게 하고 해당 토지에 건축된 건물 일부를 사용하기로 약정한 경우,

 - (질의1) oo시로부터 임대료를 수취하지 않은 것이 부당행위 계산 부인 적용 대상에 해당하는지 여부

 - (질의2) 익금에 산입한 상당액이 특례기부금에 해당하는지 여부

3. 관련법령 및 예규 등

□법인세법 제24조【기부금의 손금불산입】

① 이 조에서 "기부금"이란 내국법인이 사업과 직접적인 관계없이 무상으로 지출하는 금액(대통령령으로 정하는 거래를 통하여 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 포함한다)을 말한다.

② 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 및 제5항에 따라 이월된 기부금 중 제1호에 따른 특례기부금은 제2호에 따라 산출한 손금산입한도액 내에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하되, 손금산입한도액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 특례기부금: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기부금

 가. 국가나 지방자치단체에 무상으로 기증하는 금품의 가액. 다만, 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」의 적용을 받는 기부금품은 같은 법 제5조제2항에 따라 접수하는 것만 해당한다.

□법인세법 시행령 제35조【기부금의 범위】

 법 제24조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거래"란 특수관계인 외의 자에게 정당한 사유 없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 특수관계인 외의 자로부터 정상가액보다 높은 가액으로 매입하는 것을 말한다. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 더하거나 뺀 범위의 가액으로 한다.

□법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

□법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 부인】

① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율・요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

 가. 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

 나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(재정경제부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

 다. 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 재정경제부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공하는 경우

 라. 「장애인고용촉진 및 직업재활법」제2조제8호에 따른 장애인 표준사업장의 용도로 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 임대료로 제공하는 경우

□법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제8조의2제2항에 따른 거래소(이하 "거래소"라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우(해당 주식이 「상속세 및 증여세법 시행령」제53조제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식인 경우는 제외한다)에는 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

○ 법인세법 기본통칙 24-35…1【부동산을 무상 또는 저가임대시 기부금 의제】

법인이 법 제2조 제12호에 따른 특수관계인 외의 자에게 해당 법인의 사업과 직접 관계없이 부동산을 무상으로 임대하거나 정당한 사유없이 정상가액보다 낮은 가액으로 임대하는 경우에는 영 제35조의 규정이 적용된다.

○ 서면-2018-법인-2310, 2018.10.30.

지방자치단체의 100% 출자로 설립된 지방공사인 내국법인이 지방자치단체에 공익목적에 따라 무상으로 건물을 임대하는 경우 동 거래가 조세를 부당히 감소시킬 목적이 없는 한 해당 건물의 적정임대료 상당액은 「법인세법」제24조 제2항 제1호에 따른 기부금으로 보는 것임

○ 서면-2016-법령해석법인-5868, 2017.6.30.

지방공기업법 및 지방자치단체의 조례에 따라 설립된 지방공사가 정부정책에 의하여 정부로부터 보조금 등의 재정지원을 받고 정부의 업무처리지침에 따라 특수관계인에게 토지를 무상으로 임대하는 경우 「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산의 부인 규정이 적용되지 아니하는 것임

○ 법인세과-481, 2014.11.19.

귀 질의의 경우 내국법인이 토지를 지방자치단체에 무상으로 임대하는 경우에는 해당 토지의 적정임대료 상당액을 「법인세법」제24조제2항제1호의 규정에 의한 기부금으로 보는 것이며, 건축물이 없는 토지를 임대하는 경우로서 「법인세법 시행규칙」제26조제4항에 해당하는 경우에는 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 보는 것임

○ 법인세과-135, 2012.2.24.

국가가 전액 출자하여 설립된 ○○공사가 국토해양부와 국방부가 부담하여야 할 해안경계시설 보강사업비를 대신 부담하고 대여금으로 계상하였으나 협약에 따라 무상으로 대여한 경우「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산 부인이 적용되는 것임

○ 서면2팀-1860, 2005.11.21.

 지방공사가 특수관계자인 지방자치단체와 대행사업계약을 체결하고 건설공사를 시행하면서 지방공기업법 시행령 제63조에 규정된 대행수수료를 수령하지 않는 조건으로 계약을 체결한 경우로써, 이는 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되므로 「법인세법」제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하는 것임