문서번호

조심-2026-소-1040

결정유형

기각

세목

종합부동산

생산일자

2026.9.16

귀속연도

2023년~2024년

제목

쟁점토지에 대해 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받지 못한 것은 쟁점종중과의 소유권분쟁 등 부득이한 사유가 있었던 것이므로, 조특법 제104조의19 제3항에 따라 종합부동산세 등을 추징한 이 건 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

요지

청구인들은 쟁점토지를 취득한 2020.3.26.부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받지 못한 것으로 확인됨.

결정내용

결정 내용은 붙임과 같습니다.

관련법령

조세특례제한법 제104조의19

상세내용

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1.처분개요

가.A, B(이하 “청구인들”이라 한다)는 2020.3.26. 청구인들 외 4인과 공동으로 경기도 OOO 필지 토지(이하 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 C(이하 “쟁점종중”이라 한다)으로부터 매매로 취득하고, 2020.4.1. D 주식회사에 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다.

나.이후 2023.7.31. 신탁이 해지되어 다시 청구인들에게 소유권이전등기가 되었고, 2023.9.26. 청구인들은 쟁점토지에 대해 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제104조의19 제1항에 따른 종합부동산세 과세표준 합산배제 신고서를 제출하였다.

다.처분청은 종합부동산세 합산배제 사후점검 결과, 청구인들이 쟁점토지 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받지 않은 것을 확인하고 쟁점토지를 종합부동산세 종합합산과세대상 토지로 보아 조특법 제104조의19 제3항에 따라 2025.12.10. 및 2025.12.11. 청구인들에게 아래 <표1>과 같이 종합부동산세 및 농어촌특별세를 경정․고지하였다.

<표1> 종합부동산세 등 경정․고지내역

OOO

라.청구인들은 이에 불복하여 2026.1.12. 심판청구를 각 제기하였다.

2.청구인들 주장 및 처분청들 의견

가.청구인들 주장

 (1)쟁점토지는 매도인인 쟁점종중과 소유권분쟁 소송 등이 제기되어 주택건설을 하지 못한 것일 뿐, 고의적으로 주택신축공사를 진행하지 아니한 것이 아니므로, 쟁점토지를 종합합산과세대상 토지로 보아 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

 (2)쟁점종중 종중원 E 등은 쟁점토지의 매매 및 종중회장 등 임원선출을 결의한 2019.12.19.자 종중총회에 절차적 하자 등의 사유가 있으므로 해당 총회의 결의는 무효이고, 종중총회에서 선임된 종중회장의 직무를 정지시켜 달라는 취지의 소송을 제기하여, 종중총회 무효 및 종중회장 직무정지 가처분 인용판결을 받았다. 이후 종중총회 무효 및 직무정지 가처분 인용판결을 이유로 2020.8.11. 청구인들을 포함한 쟁점토지 매수자를 상대로 소유권이전등기말소청구의 소(이하 “쟁점소송”이라 한다)를 제기하였다.

 이후 2023.7.19. 쟁점종중은 2020.3.20.자 매매계약을 인정하되 청구인들을 포함한 매수자들은 매매대금을 추가로 지급하기로 하는 합의서를 작성하였고, 쟁점종중의 소취하에 따라 쟁점소송은 종료되었다.

 (3)또한 쟁점토지는 청구인들에게 소유권이전등기가 경료된 직후인 2020.4.1. 매도인인 쟁점종중의 요청으로 D 주식회사에 신탁등기가 경료되어 청구인들의 주택신축사업이 제한되었다.

 쟁점토지 매매계약서에 기재된 바와 같이 쟁점종중은 쟁점토지 매매대금채권의 담보 등을 위해 신탁할 것을 요구하였다. 이러한 신탁등기 경료로 인해 청구인들은 주택신축사업을 원활하게 진행할 수 없었고, 이러한 사정은 2023.7.19. 쟁점종중과 청구인들이 합의서를 작성한 후 2023.7.31. 신탁해지로 신탁등기가 말소될 때까지 계속되었다.

 (4)쟁점토지는 쟁점소송 제기 및 신탁등기로 인하여 소유권 귀속 자체가 법적 다툼의 대상이 되어 권리관계가 불안한 상태에 놓인 상태였다. 그 결과 금융기관으로부터 자금조달이 불가능하였고, 소유권분쟁이 해소되지 아니한 상태에서 관할 행정청이 건축허가 등을 사실상 보류하였다. 즉, 청구인들이 주택신축공사를 임의로 지연하거나 종합부동산세 부담을 회피하기 위하여 고의로 착공을 하지 않은 것이 아니라, 쟁점종중과의 소유권분쟁으로 인한 외부적․객관적 사정에 의해 법률상․사실상 주택신축공사를 진행할 수 없는 상태였던 것이다.

 더욱이 소유권이 다투어지는 상태에서 착공을 강행할 경우 패소 시 공사중단, 원상회복비용, 기성고 비용 보상불가에 따른 손실, 철거비용, 피소위험 등 심각한 경제적 손해 발생이 예상되었다. 그럼에도 처분청은 쟁점토지 취득일 5년 이내에 사업계획승인이 없었다는 이유만으로 쟁점토지들을 종합합산과세대상 토지로 보아 종합부동산세를 부과하였는바, 이는 부당하므로 경정되어야 한다.

나.처분청들 의견

 (1)청구인들은 쟁점토지 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받지 아니한 것으로 확인되므로 조특법 제104조의19 제3항에 따른 종합부동산세 추징 대상에 해당한다.

 (2)조특법 제104조의19 제1항에 따른 주택건설사업자에 대한 합산배제 과세특례는 주택건설사업의 특성상 대규모 주택건설용 토지를 사전에 확보하고 사업계획승인에 3∼5년이 걸리는 사정을 감안하여 주택건설사업자의 주택건설용 토지를 종합부동산세 과세대상에서 제외하여 주택 수요자에게 조세가 전가되지 않게 하기 위한 제도로서,

 주택건설을 위한 모든 토지가 합산배제 대상이 되는 것이 아니라, 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받은 토지에 한하여 합산배제 대상이 되는 것이므로, 청구인들이 사업계획승인을 받지 못한 이유가 있었다고 하여 쟁점토지를 합산배제 대상 토지로 볼 만한 이유가 없다.

 (3)특히 2022.8.25. 당초 쟁점종중의 대표자에 대한 직무집행정지 가처분 인용판결이 있은 지 상당한 시간이 지났으나 쟁점토지의 소유권보존을 위한 법적 대응 자료 및 사업계획승인을 받기 위한 노력을 증빙할 수 있는 객관적인 자료를 제출하지 아니하였다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

쟁점토지에 대해 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받지 못한 것은 쟁점종중과의 소유권분쟁 등 부득이한 사유가 있었던 것이므로, 조특법 제104조의19 제3항에 따라 종합부동산세 등을 추징한 이 건 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나.관련 법령 : <별지> 기재

다.사실관계 및 판단

 (1)쟁점토지 등에 대한 등기사항전부증명서에 따르면 아래와 같은 사실들이 확인된다.

  (가)청구인들은 2020.3.26. 청구인들 외 4인과 함께 쟁점토지를 쟁점종중으로부터 매매로 취득하였고, 청구인들을 포함한 공유자들의 지분 전부는 2020.4.1. D 주식회사에 신탁되었다가 2023.7.31. 신탁등기 말소로 다시 청구인들을 포함한 공유자들에게 소유권이전등기된 것으로 확인된다.

  (나)쟁점토지의 지번은 2020.9.18. 이후 분할․합병 등을 거쳐 경기도 OOO필지로 변경되었고, 그에 따른 2023년 및 2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 쟁점토지의 보유현황은 아래 <표2>와 같다.

<표2>쟁점토지 보유현황

OOO

  (다)쟁점토지의 일부인 OOO 필지 상에는 아래 <표3>과 같이 건물 3개동이 2025.7.31. 등 소유권보존등기되어 있는 것으로 확인된다.

<표3>쟁점토지 상 신축건물 등기내역

OOO

 (2)청구인들은 쟁점토지와 관련하여 2023.9.26. 처분청에 조특법 제104조의19 제1항에 따른 주택신축용토지 합산배제 신고서를 아래 <표4>와 같이 제출한바, 쟁점토지 취득일은 2020.3.26.로 기재되어 있고, 신고 당시에 청구인들은 주택건설사업자로 등록되어 있지 아니하였으나, 2024.5.14. OOO에 주택건설사업자로 등록하였음이 확인(주택건설사업자 등록증 제출)된다.

<표4>주택신축용토지 합산배제신고서(발췌)

OOO

 (3)청구인들은 쟁점토지를 취득한 2020.3.26.부터 5년 이내인 2025.3.25.까지 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 것으로 확인된다.

 (4)청구인들은 2020.3.26. 쟁점토지를 취득한 이후 매도인인 쟁점종중과의 소유권분쟁으로 인하여 사업계획승인을 받지 못한 것일 뿐 고의로 착공 등을 지연한 것은 아니라고 주장하며, 아래와 같은 자료들을 제출하였다.

  (가)쟁점토지 매매계약서에 따르면 아래 <표5>와 같이 ‘특약사항 2.’에 ‘매도인의 요청에 따라 매수인은 소유권이전을 받음과 동시에 부동산신탁사에 위탁한다’는 취지가 기재되어 있다.

<표5>매매계약서(발췌)

OOO

  (나)쟁점종중은 쟁점토지의 매매 등을 결의한 2019.12.19.자 종중총회 결의가 무효임을 주장하며 2020.8.11. 청구인들을 포함한 쟁점토지 매수인들을 상대로 쟁점소송(OOO지방법원 OOO지원 OOO)을 제기하였다.

  (다)쟁점종중 종중원 E 등은 쟁점종중 대표자 F 등을 상대로 쟁점종중 회장으로서의 직무집행을 정지하여 달라는 취지로 직무집행정지가처분 소송을 제기하여, 2022.8.25. 가처분 인용판결(OOO지방법원 OOO지원 OOO)을 받은 것으로 확인된다.

  (라)쟁점소송이 계속중이던 2023.7.19. 쟁점종중과 쟁점토지 매수인들(청구인들 포함)은 ‘2020.3.20.자 매매계약을 인정하고, 매수인들은 매매대금을 추가로 지급하며, 쟁점종중은 위 소유권이전등기말소청구의 소를 취하’하기로 아래 <표6>과 같이 합의서를 작성하였고, 합의서 ‘별지3’에는 신탁해지동의서 등 신탁관련 서류가 첨부된 것으로 기재되어 있다.

<표6>합의서(발췌)

OOO

 (5)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점종중과 소유권분쟁이 있는 등 사업계획승인을 받지 못한 부득이한 사유가 있었으므로 조특법 제104조의19 제3항에 따라 종합부동산세액 등을 추징한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나,

 2025.12.23. 법률 제21223호로 개정되기 전 조특법 제104조의19 제3항 등에서는 사업계획승인을 받지 못한 것에 따른 추징사유만을 규정하고 있을 뿐 ‘정당한 사유’ 혹은 ‘부득이한 사유’와 같은 추징의 예외사유를 규정하지 않고 있고, 청구인들은 쟁점토지를 취득한 2020.3.26.부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획승인을 받지 못한 것으로 확인되는 점(조심 2025서4370, 2026.6.23., 같은 뜻임), 청구인들이 제출한 자료만으로는 사업계획승인을 받지 못한 부득이한 사유가 객관적으로 명백하다고 보기 어렵고, 또한 청구인 A는 「주택법」에 따른 사업계획승인 없이 쟁점토지 중 일부 상에 건물 3개 동을 신축하여 2025.7.31. 및 2026.2.25. 소유권보존등기를 경료한 것으로 확인되므로, 청구인들이 쟁점종중과의 소유권분쟁이 마무리된 이후에도 사업계획승인을 받기 위한 진지한 노력을 하였다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4.결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>관련 법령

 (1)조세특례제한법

  (가)2020.12.29. 법률 제17760호로 일부개정되기 전의 것

제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례)①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1.「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

2.「주택법」제32조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

3.「도시 및 주거환경정비법」제24조부터 제28조까지 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

4.「법인세법」 제51조의2 제1항 제9호에 따른 법인

②제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

③주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

  (나) 2025.12.23. 법률 제21223호로 일부개정된 것

제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례)① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1.「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자

2.「주택법」 제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체

3.「도시 및 주거환경정비법」 제24조부터 제28조까지 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

4.제104조의31 제1항에 따른 법인

②제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

③주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다. 다만, 천재지변, 법령에 따른 제한 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유가 발생하여 제1항에 따른 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 그러하지 아니하다

  <부칙>

제1조(시행일)이 법은 2026년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략)

제22조(주택건설사업자의 종합부동산세액 등 추징 예외에 관한 적용례)제104조의19 제3항 단서의 개정규정은 이 법 시행 이후 추징 사유가 발생하는 경우부터 적용한다.

 (2)조세특례제한법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36127호로 일부개정된 것)

제104조의18(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례)④ 법 제104조의19 제3항 단서에서 "천재지변, 법령에 따른 제한 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1.천재지변 또는 그에 준하는 재해

2.「주택법」에 따른 허가·인가의 지연 등 법령에 따른 제한

3.그 밖에 토지 취득 당시 예측할 수 없었던 사유로서 통상적인 주택건설사업 시행방식을 고려할 때 해당 사유가 발생하면 토지 취득일부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받는 것이 곤란하다고 세무서장이 인정하는 사유

 (3)종합부동산세법(2018.12.31. 법률 제16109호로 개정된 것)

제12조(납세의무자)①과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1.종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2.별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

제13조(과세표준)①종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

②별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

(4)주택법

제15조(사업계획의 승인)①대통령령으로 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하려는 자는 다음 각 호의 사업계획승인권자(이하 “사업계획승인권자”라 한다. 국가 및 한국토지주택공사가 시행하는 경우와 대통령령으로 정하는 경우에는 국토교통부장관을 말하며, 이하 이 조, 제16조부터 제19조까지 및 제21조에서 같다)에게 사업계획승인을 받아야 한다. 다만, 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(각 호 생략)

②제1항에 따라 사업계획승인을 받으려는 자는 사업계획승인신청서에 주택과 그 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사 설계도서 등 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 사업계획승인권자에게 제출하여야 한다.

(5)주택법 시행령

제27조(사업계획의 승인)①법 제15조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 호수”란 다음 각 호의 구분에 따른 호수 및 세대수를 말한다.

1.단독주택 : 30호. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 단독주택의 경우에는 50호로 한다. (각 목 생략)

2.공동주택 : 30세대(리모델링의 경우에는 증가하는 세대수를 기준으로 한다). 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공동주택을 건설(리모델링의 경우는 제외한다)하는 경우에는 50세대로 한다. (각 목 생략)