이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.11.18. 설립되어 제조업(건축자재) 및 건설업(부동산 개발 및 대지조성)을 영위하고 있는 법인으로, 2021.5.25. 전라남도 광양시 OOO 임야 1,322㎡, 같은 동 산 OOO 임야 5,273㎡, 같은 동 산 OOO 임야 13,223㎡, 같은 동 산 OOO 임야 3,306㎡, 같은 동 산 OOO 임야 3,306㎡, 같은 동 산 OOO 임야 면적 5,273㎡의 2분의1 지분, 같은 동 산 OOO 임야 5,289㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하였다.

나. 청구법인은 2022.4.27. 쟁점토지 중 전라남도 광양시 OOO 토지를 주식회사 A에게 OOO원에 양도하고, 2022.11.15. 쟁점토지 중 나머지 토지를 B 주식회사(이하 “B”이라 한다)에게 OOO원에 양도한 후, 처분이익 OOO원을 영업외수익으로 계상하여 각 사업연도 소득에 대한 2022사업연도 법인세를 신고·납부하였으나, 토지등 양도소득에 대한 법인세는 신고하지 아니하였다.

다. 서울지방국세청장(감사관실)은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 후, 쟁점토지는 비사업용 토지이고 건설공사를 착공한 토지에 해당하지 않는 등 부득이한 사정이 없으므로, 토지등 양도소득에 대한 법인세를 부과하라는 취지의 통보를 하였고, 이에 따라 처분청은 청구법인에게 2024.3.8. 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.5.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 건축공사와 토지조성 공사를 하나의 개발사업으로 허가받은 경우 토지조성 공사를 시작한 시점에 건축에 착공하였다고 보아야 한다.

(가) 「법인세법」제55조의2 제1항은 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 「법인세법 시행령」제92조의11 제5항 및 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제5호는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지의 경우, 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간까지의 기간은 비사업용 토지로 보지 않는다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점토지에 공장을 신축하여 임대할 목적으로 산지를 전용하여 공장부지로 조성하고, 공장 건축물 신축을 계획하여 광양시에 건축협의 신청을 하였고, 2021.3.5. 광양시는 청구법인 및 관계부서와 협의를 거쳐 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제13조 및 「건축법」제11조 규정에 따라 건축 협의 사항을 통보하고, 건축허가서를 발급하였다. 또한, 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제13조의2 제1항은 시장이 같은 법 제13조에 따라 공장설립을 승인하는 경우 「산지관리법」에 따른 산지전용허가, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 형질변경허가 등 관계기관과 협의한 사항에 대해서는 해당 인허가 등을 받은 것으로 본다는 의제규정을 두고 있는바, 광양시는 이에 따라 2021.3.5 산지전용허가, 개발행위 허가 등 협의 조건을 첨부하여 건축허가서를 발급하였다.

따라서, 청구법인은 위 일괄 인허가 의제규정에 따라 토지 형질변경부터 공장 건축물 신축까지 일괄하여 하나의 개발사업으로 허가를 받은 것이다. 이러한 허가 사항의 일환으로 청구법인은 2021.3.5. 건축허가 직후 2021.6.7. 착공신고서를 제출하여 착공신고 필증을 교부받았다.

위와 같이 산지전용허가, 개발행위허가(형질변경) 등 토지 조성부터 건축물 사용승인까지 모든 협의사항을 거쳐 하나의 개발허가를 받은 경우에는 공장 건축물 신축에 필수적인 토목공사를 시작한 시점부터 전체 건설공사가 시작되었다고 보는 것이 타당하다.

국세청 및 기획재정부 유권해석(법인세과-416, 2009.4.8., 서면-2017-법령해석법인-2897 등)에서도 “건축물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 실질적인 토목공사를 개시한 경우 그 시점을 건설에 착공한 시점으로 할 수 있다.”고 명시하고 하고 있으며, 조세심판원 심판례(조심 2011부2501, 2012.12.28., 조심 2011중1240, 2012.4.25.)에서도 “이 건의 경우 청구인들이 실사업주 명의로 공장신축허가를 득하여 실질적인 토목공사(형질변경) 및 석축공사 등을 한 사실을 인정할 수 있는 점, 청구인들이 석축공사 중간기성금을 지급한 2006.5.29. 이전에 적어도 사실상 공사착공을 한 것으로 보이는 점” 등을 감안하여 청구법인과 같이 일련의 개발사업으로 허가받은 경우, 건축 공사의 착수 시점은 필수적인 선행공사인 토목공사(형질변경공사) 등의 착수 시점이라고 보고 있다.

따라서, 처분청은 청구법인이 모든 협의 과정을 거쳐 하나의 개발사업으로 허가받아 필수적인 토목공사에 착수하였음에도 불구하고, 토지조성공사(형질변경 공사 등)와 공장 건축물 신축공사를 각각 별개의 공사로 보아, 공장 건축물 신축공사에 착수하지 않고 쟁점토지를 양도하였다고 판단하고 있으므로 이는 위법한 처분에 해당한다.

(다) 쟁점토지의 토지대장에 의하면, 매수인이 건축을 완료하고 건축물 사용승인 받은 이후인 2023.10.5.에서야 공부상 지목이 임야에서 공장용지로 변경된 것을 확인할 수 있다. 청구법인이 공장 신축을 전제로 하여 개발행위허가를 받았기 때문에, 토지조성공사 완료 후 개발행위 준공에 대한 검사를 각각 별도로 받는 것이 아니고 건축물까지 최종 사용승인이 이루어지고 난 뒤 비로소 공부상 지목이 변경되었던 것이다. 만약, 토지의 형질변경 공사만을 시행한 뒤 준공 검사를 신청하였다면, 이는 당초 허가 사항을 위반한 것이기 때문에 청구법인의 원상복구 의무가 발생하게 된다. 즉, 토지 조성 공사와 건물 신축 공사는 별개의 것이 아니라 처음부터 일련의 과정에 따라 순차적으로 수행될 예정이었으므로 따로 떼어놓을 수 없는 것이다.

지방세(취득세)에 대한 판결이기는 하나, 대법원 2018.6.15. 선고 2018두38673 판결에서도 이 사건과 같이 임야를 취득하여 토지 조성공사를 거쳐 건축공사를 진행하는 경우 토지 조성공사는 건축공사와 불가분의 관계에 있는 일련의 건축공사의 일부라고 보아 모든 건축공사가 완료된 시점에 건축물 부속 토지로서의 효용이 공여된다고 판단하고 있다.

(라) 청구법인은 2021.7.14. B과 공장 신축공사 평탄화 작업 계약을 체결하고, 공사 도중 채취되는 토사석을 B에게 제공하고, B은 청구법인이 제공한 토목도서(도면)에 따라 평탄화 공사를 하기로 하였다. 청구법인의 토사석 판매 매출은 2021.7.19.부터 발생하였으므로 적어도 2021.7.19. 이전에 쟁점토지의 토목공사에 착수하였다고 볼 수 있다.

(마) 처분청은 청구법인이 쟁점토지에 대하여 건축물의 터파기 또는 굴착공사 착수시점을 기준으로 착공여부를 판단해야 한다는 의견이나 이는 타당하지 않다.

쟁점토지의 매수인인 B은 쟁점토지를 양수한 이후 공장건물을 신축하였는데, 그 과정을 보면 2023.6.28. 감리계약을 체결하고, 2023.9.27. 공장 건축물 사용승인을 받았으므로 건축물 공사는 약 3개월밖에 소요되지 않았고, 쟁점토지 위에 건축된 건축물은 일반철골구조의 지하층 없는 단층 조립식 판넬 건축물로, 특별한 터파기나 굴착공사를 시행하지 않았다.

이에 대한 근거로, 2022.5.24. 청구법인과 C 주식회사(이하 “C”이라 한다)가 체결한 공장 신축공사 도급계약서상 공사내역에 의하면, 전체 도급공사원가 OOO원 중 수평 규준틀 설치비 등 가설공사는 OOO원, 터파기 등 토지 정지 공사는 OOO원으로 책정되어 극히 미미한 금액에 해당한다.

즉, 건축물 건설 규모로 볼 때 터파기 또는 굴착공사가 건축물 신축에 필수적으로 전제되는 작업이 아니므로 터파기 또는 굴착공사 여부로 건축공사에 착수하였는지를 판단할 수 없고, 청구법인이 착수한 토지조성 공사에서 이미 신축에 필수적으로 전제되는 작업이 수행되어 있다고 보는 것이 타당하다.

따라서 쟁점토지의 토지조성공사와 건축공사는 불가분의 관계에 있는 일련의 건축공사의 일부이므로 쟁점토지에 대한 건설 착수시점은 토지조성공사 시점으로 볼 수 있고, 청구법인은 최소한 2021.7.19. 이전에 공장 건축물을 신축하기 위한 필수적인 토목공사에 착수하여 쟁점토지 양도일(2022.4.27., 2022.11.15.) 이전에 건설에 착수하였으므로 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

(2) 쟁점토지의 2022년 재산세 과세내역서상 분리과세 대상으로 재산세 부과되어 있는 사실이 확인되므로 분리과세 기간을 제외하여 비사업용 토지 여부를 판단하는 것이 타당하다.

「법인세법」제55조의2 제2항 제4호 나목은 「지방세법」제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다고 규정하고 있다.

한편, 「지방세법 시행령」제102조 제1항 제1호에서는 공업지역에 속한 공장용 건축물의 부속토지(공장용지)를 분리과세 대상으로 규정하고 있고, 이때 건축물은 “「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물”을 말한다. 또한 위 규정에 따른 건축물에는 “개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물”이 포함된다(「지방세법 시행령」제103조 제1항 제3호).

참고로, 「지방세법」에서 공장용지는 별도합산과세(시군구 소재 지역) 또는 분리과세(산업단지, 공업지역, 읍면지역)로 분류하여 재산세를 과세하고 있는바, ‘행정안전부 2014년 「지방세법」 개정사항’에 의하면 토지조성부터 건축공사까지 일원화되어 있는 경우에는 토지조성공사 착수시점부터 별도합산 또는 분리과세대상으로 구분하고 있다.

2021년 및 2022년 토지분 재산세 정기과세내역서에 의하면, 쟁점토지의 2021년 현황은 임야 또는 잡종지로 종합합산과세대상 재산세가 부과되어 있고, 2022년 현황은 공장용지로 분류되어 분리과세대상으로 재산세가 부과되어 있는 것을 확인할 수 있다.

지방세 과세관청은 적어도 2022년 재산세 과세기준일인 2022.6.1.이전부터 공장용지로 사용하기 위한 공사에 착수했다고 보아, 쟁점토지를 종합합산과세대상에서 분리과세대상으로 변경하여 부과하였던 것이다.

한편, 대법원 2019.8.30. 선고 2018두57940 판결과 과세관청 예규(2024.1.10., 서면-2023-법인-4160, 법인세과-3685, 2008.11.28. 등 다수)의 사례에서 「지방세법」상 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지는 「법인세법」에서 정한 비사업용 토지로 보는 기간에서 제외되는 것으로 보아 그 기간을 계산하여 비사업용 토지를 판단하여야 한다고 판시하고 있다.

청구법인은 2021.6.7. 착공신고필증을 받았으므로 최소한 2021.6.7.부터 양도일인 2022.4.27.(쟁점토지 중 전라남도 광양시 OOO 토지), 2022.11.15.(쟁점토지 중 나머지 토지)까지는 비사업용토지로 보는 기간에서 제외되는 것이고, 전체 보유일수 중 비사업용 토지로 보는 기간이 40%를 초과하지 않으므로 쟁점토지는 비사업용 토지에서 제외된다.

따라서, 쟁점토지는 건축물 신축에 필수적인 토목공사에 착수하여 분리과세대상 토지로 재산세를 부과받았음에도 불구하고, 동 기간을 제외하지 않고 비사업용 토지로 보아 법인세를 부과한 처분은 위법한 처분에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는 건설에 착공한 토지로 볼 수 없으므로 비사업용 토지에 해당한다.

청구법인은 2021.5.25. 쟁점토지를 취득하여 2021.6.7. 공장 5동(연면적 2,084.26㎡)을 신축하는 건축착공 신고필증을 교부받았으나, 공장건축은 하지 않고 2022.4.20. 및 2022.11.15. 쟁점토지를 양도하였다.

사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지로 인정되는 경우는 토지 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보는 것이나, 판례는 사회 통념상 특정 토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 ‘착공’하였다고 인정하기 위해서는, 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비 행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축 도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공 신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 ‘착공’하였다고 볼 수 있고(대법원 1994.12.2. 선고 94누7058 판결 참조), 해당 규정에서 말하는 ‘착공’은 당해 토지에서 굴착공사 등과 같은 토목공사를 포함하여 건설공사가 시작된 경우를 의미하고, 특별한 사정이 없는 한 건물을 신축하기 위한 착공에 필요한 준비 작업을 하는 경우까지 포함한다고 보기는 어렵다고 판시하였다(대법원 1995.9.26. 선고 95누7857 판결, 대법원 1997.9.9. 선고 96누15558 판결 참조).

또한 기존 건물이나 시설 등의 철거, 벌목이나 수목 식재, 신축 건물의 부지 조성, 울타리 가설이나 진입로 개설 등 건물 신축의 준비행위에 해당하는 작업이나 공사를 개시한 것만으로는 공사 착수가 있었다고 할 수 없고, 부지 정리 공사만 하고 나서 더 이상 건축물 신축공사를 진행하지 아니한 경우 착공신고서를 제출하는 것만으로 공사에 착수하였다고 인정하기에 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물의 신축을 위한 굴착공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 착수하였다고 보아야 한다고 판시한 바 있다. 또한 여기서 굴착공사 내지 터파기는 최소한 당해 건물의 건축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 축조할 건축물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 것을 의미한다(대구지방법원 2022.9.21. 선고 2021구합25372 판결). 청구법인이 쟁점토지에 건축물 공사 착공을 하지 않았다는 점은 다음에서 나타난다.

가) 쟁점토지는 임야로서 임야 위에 건축물을 짓기 위해서는 공사 시 산사태 등을 방지하기 위한 재해영향평가 심의, 산지전용허가 및 임야를 대지로 형질변경 하기 위한 개발행위허가가 필요하며, 해당 허가를 득하여 임야를 건축이 가능한 대지로 조성한 다음에야 건축물 착공이 가능한바, 청구법인은 토지조성공사를 하였을 뿐 건축물 착공을 하지 아니하였다.

나) 청구법인은 쟁점토지에 건축물을 착공했다고 주장하며 공사비 지급내역을 제출하였으나 공사비 지급액에 대한 세부내역을 제출하지 않아 어떤 명목으로 공사비를 지급했는지 확인하기 어렵다.

다) 청구법인이 제출한 공사 현장 사진을 보더라도 해당 공사는 건축물을 건설하기 위한 공사가 아닌 건축 전 부지조성 공사에 해당하는바, 이를 가지고 청구법인이 건축물을 착공했다고 보기는 어렵다.

라) 청구법인이 2021년 2월 작성한 소규모재해영향평가 협의의견에 따른 조치결과(계획)에 의하면 사업명을 ‘광양시 OOO 공장(철구조물) 신축부지 조성공사 사업’으로 표기하고 있고, 개발행위(토지형질변경) 협의증에 의하면 개발행위 목적을 공장(철구조물) 부지조성으로 표기하고 있는바, 해당 공사는 건축물을 건설하기 위한 공사가 아닌 건축 전 부지조성 공사에 해당하므로, 이를 가지고 청구법인이 건축물을 착공했다고 보기 어렵다.

마) 청구법인이 C과 체결한 공장 신축공사를 위해 건설도급계약서에는 “해당 공사 내용은 공사를 전제로 한 계약이 아니며 착공계 연장 신청을 하기 위한 도급계약서 내용으로 공사 또는 공사금에 대하여 어떠한 효력이 없다”고 명시되어 있고, 청구법인은 C에 건축물 건설을 위해 공사비를 지급하지 않았다.

바)「건축법」제25조 제1항에서는 건축주는 대통령령으로 정하는 용도.규모 및 구조의 건축물을 건축하는 경우 건축사 등을 공사감리자로 지정하여 공사감리를 하게 하도록 규정하고 있고, 건축허가 시 광양시장이 교부한 ‘건축시 준수사항’을 보면 건축허가의 경우 공사감리자의 현장 입회 하에 착공하도록 하고 있으며, 건축허가에 따른 모든 제반 규정을 지키고 공사감리자의 지시에 따라 허가 설계도면대로 법에 맞게 시공하도록 하고 있다.

관련 규정에 따라 청구법인의 공장건축 공사는 공사감리자 지정이 필수이고 착공 시 공사감리자가 현장 입회하여야 함에도 청구법인은 공사와 관련하여 감리계약을 하거나 감리 관련 매입세금계산서를 수취한 바가 없다.

사) 「건축법」제24조 제5항은 공사 시공사는 건축허가가 필요한 건축물의 건축공사를 착수한 경우에는 해당 건축 공사의 현장에 건축허가 표지판을 설치하도록 하고 있고,「건축법 시행규칙」제18조는 법 제24조 제5항에 따라 공사시공자는 건축물의 규모.용도.설계자.시공자 및 감리자 등을 표시한 건축허가 표지판을 주민이 보기 쉽도록 해당 건축공사 현장의 주요 출입구에 설치하여야 한다고 규정하고 있다.

따라서 청구법인이 건축물의 건축공사를 착수했다면 규모.용도.감리자 등을 기재한 건축법에 따른 건축허가 표지판을 설치해야 함에도 청구법인이 설치한 공사안내문에는 공사명.시공사.공사기간.설계자의 내용만 기재되어 있어, 건축법에 따른 건축허가 표지판에 해당하지 않는바 이를 보더라도 청구법인이 건축공사에 착수하지 않았음을 알 수 있다.

위 공사 안내문은 일반적인 공사안내문과 다르게 제일 하단에 ‘토지문의’를 할 수 있는 전화번호를 기재하였는데, 이를 보더라도 청구법인이 쟁점토지에 공장을 설치.완공하려고 하는 의도보다는 토지 정비 후 해당 토지를 양도하기 위한 목적이었다는 것을 합리적으로 추론할 수 있다.

또한 청구법인이 설치한 공사안내문 입간판에는 시공사가 B으로 기재되어 있는데, B은 쟁점토지의 매수인으로 시공사가 아니며 청구법인이 B으로부터 매입세금계산서를 수취한 바도 없는바, 청구법인이 B에게 쟁점토지를 양도한 2022.11.15. 이전부터 B이 쟁점토지를 사용·수익 했다는 것을 알 수 있으며, B의 매입세금계산서 내역에 의하면 공사주체는 B인 것으로 보이고 청구법인은 쟁점토지에 건축물을 착공한 사실이 없다.

아) 「산지관리법」제25조에 의하면 산지전용과정에서 부수적으로 굴취.채취하여 반출하는 토석의 수량이 5만㎥ 이상인 경우 토석채취허가를 득하여야 하고, 토석채취사업장의 안전 확보 및 산림피해 방지를 위해 현장관리업무 담당자를 지정하여 보고하여야 한다.

청구법인은 2022.5.23. 토석채취허가(허가기간 2022.12.30.까지)를 받고, 2022.6.15. 현장관리업무 담당자를 지정.보고하였는데 건축물의 착공은 산지 전용지에서 토석채취가 모두 종료되고 건설부지로 정비가 완료된 다음에야 가능한 것으로 토석채취 허가기간 중인 2022.11.15. 쟁점토지를 양도했다는 것은 아직 부지정비도 완료되지 않았다는 사실을 의미하는바 쟁점토지에 건축물을 착공했다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

(2) 쟁점토지가 ‘공사에 착수한 건축물의 부수토지’로서 분리과세대상 토지에 해당한다는 청구법인의 주장은 이유 없으며, 쟁점토지는 종합합산과세대상 토지에 해당한다.

「지방세법」제106조 제1항 제3호 가목은 ‘공장용지로서 대통령령으로 정하는 토지’를 분리과세 대상으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호에서는 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물(제103조 제1항 제2호 및 제3호의 건축물을 포함한다)의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지’를 ‘대통령령으로 정하는 토지’의 범위에 포함하고 있으며, 제103조 제1항 제2호 및 제3호의 건축물은 ‘건축허가를 받았으나「건축법」제18조에 따라 착공이 제한된 건축물’ 및 ‘「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물’을 의미한다.

쟁점토지는 건설에 착공한 토지로 볼 수 없고, ‘건축 중인 건축물의 부속토지’라 함은「건축법」에 따른 건축허가 및 착공신고를 한 후 실제로 공사에 착수한 건축물의 부속토지를 의미하는 것이므로, 건축물을 건축하기 위한 공사에 착수한 것이 아니라 단순히 부지 조성을 목적으로 일부 공사를 진행한 데 그친 경우까지 ‘건축 중인 건축물의 부속토지’로 보기는 어렵고, 청구법인의 경우 착공신고 이전단계의 공사까지만 진행한 것으로 보이는 점 등을 고려할 때 쟁점토지를 ‘건축 중인 건축물의 부속토지’로서 분리과세대상에 해당한다고 보기는 어렵다(조심 2020서1048, 2020.10.26. 참조).

청구법인은 2024.8.21. 광양시를 방문하여 당초 종합합산과세(2022년)된 쟁점토지의 과세대상 구분을 분리과세대상으로 변경하였으나, 처분청이 광양시에 문의한바 담당 공무원이 실제 공사 착수 여부에 대한 사실확인 없이 착공 신고서만을 근거로 쟁점토지를 분리과세대상으로 변경한 것으로, 청구법인은 쟁점토지에서 건축물을 건축하기 위한 공사에 착수한 바가 없으므로 쟁점토지는 종합합산과세 대상 토지에 해당한다.

설령, 쟁점토지를 분리과세대상으로 본다고 하더라도 과세기준일인 2022.6.1. 분리과세대상이 되었으므로 그 이후의 기간에 대해서만 비사업용토지에서 제외되는 기간으로 보는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 비사업용토지로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2020.11.19. 대구광역시 OOO에서 건축자재 제조업을 주업으로 하여 개업한 후, 2021.2.3. 주택건설업, 부동산 개발업, 대지조성 건설업을 부업종으로 추가하여 사업을 영위하고 있다.

(나) 청구법인의 쟁점토지 취득내역은 아래 ＜표1＞ 기재와 같고, 청구법인은 2022.4.27. 쟁점토지 중 전라남도 광양시 OOO를 주식회사 A에게 양도하고, 2022.11.15. 쟁점토지 중 나머지 토지를 B에게 양도하였다.

＜표1＞ 청구법인의 쟁점토지 취득내역

OOO

(다) 청구법인은 2021.4.17.부터 2023.5.20.까지의 쟁점토지 위성사진을 제출한바, 산(임야)이었던 쟁점토지를 평탄화한 것으로 보인다.

(라) 쟁점토지 개발과 관련된 일련의 과정은 아래 ＜표2＞ 기재와 같다.

＜표2＞ 쟁점토지 개발 일정

OOO

(마) 건축협의 과정에서 청구법인이 2021년 2월 작성한 소규모 재해영향평가 협의의견에 따른 조치결과(계획)에 기재된 ‘검토목적’ 항목과 광양시청이 2021년 2월 청구법인에게 교부한 개발행위(토지형질변경) 협의증에 기재된 ‘개발행위 목적’에는 쟁점토지에서 진행된 공사가 ‘공장부지 조성’인 것으로 기재되어 있는바, 처분청은 이를 근거로 청구법인이 한 공사는 공장부지 조성공사에 불과하다는 의견이다.

(바) 청구법인은 2021.7.14. B과 작성한 ‘광양시 OOO 공장 신축공사 평탄작업 계약서’를 제출한바, 공사기간은 2021.7.14.부터 2022.12.30.까지로 기재되어 있다.

(사) 청구법인은 2022.5.24. C과 작성한 공장 신축공사의 민간설설공사 표준도급계약서(최초) 및 변경계약서(도급금액 OOO원)를 제출하였다.

1) 위 계약서 표지에는 “상기내용은 공사를 전제로 한 계약이 아니며 착공계 연장 신청을 하기 위한 도급계약서 내용이며, 계약서 내용에 들어 있는 공사금 또는 공사일에 대한 내용은 착공계 연장 계약서 내용일뿐 공사 또는 공사금에 대하여 어떠한 효력이 없다는 것을 수급인 C(주) 대표 D이 확인하여 준다”라는 내용이 기재되어 있다.

2) 청구법인은 C로부터 5매의 세금계산서를 수취하였고 해당 세금계산서 품목 란에는 “OOO ㈜E 공장신축 공사”로 기재된 것으로 나타난다.

3) 처분청이 C에 확인한 결과, 토지조성 공사를 진행하던 중 C은 ‘공사대금에 대한 이견으로 2022년 중에 계약을 해제하였다’고 진술하였으며, 청구법인도 이를 인정하고 있다.

4) 위 계약서 상세내역에 첨부된 ‘공사내역서’에 의하면, 가설공사(수평 규준틀 설치 등) OOO원, 토지 정지 공사(터파기 등)는 OOO원으로 책정되어 있는바, 청구법인은 이를 근거로 터파기 또는 굴착공사가 건축물 신축에 필수적으로 전제되는 작업이 아니라고 주장한다.

(아) 청구법인의 매입세금계산서 수취내역 중 쟁점토지 개발과 관련된 것으로 보이는 세금계산서 내역(C 관련은 제외)은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 쟁점토지 개발과 관련된 세금계산서 내역

OOO

(자) 청구법인으로부터 쟁점토지를 양수한 B의 세금계산서 수취내역 중 쟁점토지 개발과 관련 있는 사항은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ B의 세금계산서 수취내역 중 쟁점토지 개발 관련

OOO

(차) 쟁점토지를 매수한 B은 쟁점토지에 공장건물을 신축한바, 등기사항증명서에 의하면 2023.10.20. 공장건물 2동에 관한 소유권보존등기가 경료된 것으로 확인되고, 그 중 주건물 제1동의 건축물 대장은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 쟁점토지 소재 주건축물 제1동 건축물 대장 요약내용

OOO

(카) 청구법인에 대한 2021년 토지정기과세내역서에 의하면 쟁점토지는 (공부상 지목 : 임야, 현황상 지목 : 임야 또는 잡종지)로 기재되어 있고, 종합합산과세대상으로 분류되어 토지분 재산세가 부과된 것으로 나타나며, 2022년 토지정기과세내역서에 의하면 (공부상 지목 : 임야, 현황상 지목 : 공장용지)로 기재되어 있고, 분리과세대상으로 분류되어 토지분 재산세가 부과된 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 부지정리공사만 하고 나서 더 이상 건축물 신축공사를 진행하지 아니한 경우나 건축물을 착공하기 위하여 필요한 준비행위, 즉 경계복원측량이나 지반조사, 건물신축도급계약이나 기술지도계약의 체결, 기존 건물을 철거하거나 착공신고서를 제출하는 것만으로는 구 「건축법」 제14조 제3항에 따른 공사에 착수하였다고 인정하기에 부족하고, 건축공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물의 신축을 위한 굴착공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 착수하였다고 볼 것인바(대법원 2015.2.12. 선고 2013두10533 판결 등 같은 뜻임), 청구법인은 이 사건 공장 건물은 굴착공사가 필요 없는 건물이고, 처음부터 공장건물을 신축할 목적으로 토지조성 공사를 한 것이므로 토지조성 공사 착수 시점부터 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호의 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지로 보아 비사업용 토지에서 제외해야 한다고 주장하나, 공장건물 신축을 위해 건축허가와 기타 행정절차를 거친 후 토지조성 공사에 착수하였다 하더라도 그것만으로는 건설 공사에 착수한 것으로 볼 수 없는 점, 청구법인이 쟁점토지를 양도하기 이전까지 건물 건설 공사에 착수하였다는 사정은 나타나지 않는 점 등에 비추어 쟁점토지는 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제5호에 따라 비사업용 토지에서 제외하기는 어려워 보인다.

또한, 청구법인은 「지방세법」제106조, 「지방세법 시행령」제102조 제1항 제1호 및 제103조 제1항 제3호에 따라 쟁점토지는 공장건물을 건축하기 위한 토지조성 공사에 착수한 토지로서 분리과세대상인 공장용지에 해당하므로 「법인세법」제55조의2 제2항 제4호 나목에 따른 비사업용 토지라고 주장하나, 「지방세법 시행령」제103조 제1항 제3호는 개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지에 대해 적용되는 것으로, 청구법인은 개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 아니고, 개발사업 실시계획의 승인 또한 받은 사실이 없는 점, 청구법인은 단지 단일 건물 건축에 관한 건축허가와 개발행위 허가 등 제반 행정절차를 거쳤을뿐 그것만으로는 개발사업 관계법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인 받았다고 볼 수 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려워 보인다. 따라서 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구법인에게 토지등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 법인세법

제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.

가. 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따라 지정된 채종림(採種林)ㆍ시험림, 「산림보호법」 제7조에 따른 산림보호구역, 그 밖에 공익상 필요하거나 산림의 보호ㆍ육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령으로 정하는 것

나. 임업을 주된 사업으로 하는 법인이나 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」에 따른 독림가(篤林家)인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령으로 정하는 것

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

나. 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령

제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) ③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다.

5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제92조의4(토지지목의 판정) 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

(4) 지방세법

제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

(5) 지방세법 시행령

제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 공장용지 : 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물(제103조 제1항 제2호 및 제3호의 건축물을 포함한다)의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 하는 건축물로서 허가 등을 받지 않은 공장용 건축물이나 사용승인을 받아야 하는 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 않고 사용 중인 공장용 건축물의 부속토지는 제외한다.

제103조(건축물의 범위 등) ① 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는 다음 각 호의 건축물을 포함한다.

3. 「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물[개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물(관계 행정기관이 허가 등으로 그 건축물의 용도 및 바닥면적을 확인한 건축물을 말한다)을 포함한다]. 다만, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다.

(6) 건축법

제11조(건축허가) ① 건축물을 건축하거나 대수선하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장의 허가를 받아야 한다. 다만, 21층 이상의 건축물 등 대통령령으로 정하는 용도 및 규모의 건축물을 특별시나 광역시에 건축하려면 특별시장이나 광역시장의 허가를 받아야 한다.

⑤ 제1항에 따른 건축허가를 받으면 다음 각 호의 허가 등을 받거나 신고를 한 것으로 보며, 공장건축물의 경우에는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제13조의2와 제14조에 따라 관련 법률의 인ㆍ허가등이나 허가등을 받은 것으로 본다.

3. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제56조에 따른 개발행위허가

5. 「산지관리법」 제14조와 제15조에 따른 산지전용허가와 산지전용신고, 같은 법 제15조의2에 따른 산지일시사용허가ㆍ신고. 다만, 보전산지인 경우에는 도시지역만 해당된다.

⑥ 허가권자는 제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 다른 행정기관의 권한에 속하면 그 행정기관의 장과 미리 협의하여야 하며, 협의 요청을 받은 관계 행정기관의 장은 요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하여야 한다. 이 경우 관계 행정기관의 장은 제8항에 따른 처리기준이 아닌 사유를 이유로 협의를 거부할 수 없고, 협의 요청을 받은 날부터 15일 이내에 의견을 제출하지 아니하면 협의가 이루어진 것으로 본다.

(7) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

제13조(공장설립등의 승인) ① 공장건축면적이 500제곱미터 이상인 공장의 신설ㆍ증설 또는 업종변경(이하 “공장설립등”이라 한다)을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장의 승인을 받아야 하며, 승인을 받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 승인을 받은 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다.

제13조의2(인가ㆍ허가 등의 의제) ① 제13조 제1항에 따른 공장설립등의 승인을 할 때 해당 공장 및 진입로 부지에 대한 다음 각 호의 허가ㆍ신고ㆍ면허ㆍ승인ㆍ해제 또는 용도폐지 등(이하 “인ㆍ허가등”이라 한다)에 관하여 해당 시장ㆍ군수 또는 구청장이 제5항 본문에 따라 관계 행정기관의 장과 협의한 사항(제5항 단서에 따라 협의가 생략되는 경우를 포함한다)에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 본다.

2. 「산지관리법」 제14조ㆍ제15조에 따른 산지전용허가 및 산지전용신고, 같은 법 제15조의2에 따른 산지일시사용허가ㆍ신고, 같은 법 제21조에 따른 산지 전용된 토지의 용도변경 승인 및 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 제36조 제1항ㆍ제5항에 따른 입목벌채등의 허가ㆍ신고

5. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제56조 제1항에 따른 개발행위(토지의 형질 변경 또는 토지 분할만 해당한다)의 허가, 같은 법 제86조에 따른 도시ㆍ군계획시설사업의 시행자의 지정 및 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가

15. 「건축법」 제11조 제1항에 따른 건축허가, 같은 법 제14조 제1항에 따른 건축신고, 같은 법 제19조 제2항에 따른 건축물의 용도변경의 허가나 신고, 같은 조 제3항에 따른 기재내용의 변경, 같은 법 제20조 제1항ㆍ제3항에 따른 가설건축물 건축의 허가 또는 신고 및 같은 법 제83조 제1항에 따른 공작물 축조의 신고

16. 「환경영향평가법」 제44조에 따른 소규모 환경영향평가에 대한 협의

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 인ㆍ허가등 또는 허가ㆍ신고의 의제를 받으려는 자(제1항 제15호에 따라 건축허가 또는 건축신고의 의제와 함께 제14조 제1항 각 호의 허가등의 의제를 받으려는 자를 포함한다)는 공장설립등의 승인신청 시에 산업통상자원부령으로 정하는 관련 서류를 함께 제출하여야 한다. 다만, 산업통상자원부령으로 정하는 서류는 제14조에 따른 건축허가신청 시(제1항 제15호에 따라 건축허가 또는 건축신고의 의제를 받으려는 경우에는 공사착공 시)까지 사후에 제출할 수 있다.

⑤ 시장ㆍ군수 또는 구청장이 제13조 제1항에 따라 공장설립등의 승인을 하거나 제2항에 따라 「사도법」 제4조에 따른 사도개설 등의 허가를 할 때 그 내용 중 제1항 및 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 있을 때에는 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다. 다만, 시장ㆍ군수 또는 구청장이 제13조의4 제2항에 따라 고시된 처리기준에 따라 승인을 하는 경우에는 그러하지 아니하다.