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심판청구
청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 종전자산을 ‘관리처분계획인가일을 평가기준일로 하여 소급감정평가한 쟁점감정가액’을 종전자산의 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
조심 2024서6002생산일자 2025-04-01
AI 요약
요지
청구법인은 쟁점자산의 취득가액을 적절히 반영하기 위하여 쟁점감정가액으로감정평가한 것으로 보이고 쟁점감정가액이 충분한 검토 없이 과다 소급평가된 것이라 단정하기 어려워 보이는 반면, 처분청이 쟁점감정가액보다 객관적이고 합리적으로 보이는 관리처분계획인가일 현재의 시가를 제시하지 못하고 있음
상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2008.3.17. 설립된 주택재개발정비사업조합으로, 서울특별시 OOO 일원(토지 면적 51,742.10㎡)에 아파트 12개 동, 총 927세대(일반분양 442세대, 조합원 분양 325세대, 임대분양 160세대) 및 근린생활시설 등을 신축하는 OOO주택재개발정비사업(이하 “쟁점재개발사업”이라 한다)을 수행하기 위하여 2008.7.18. 조합설립인가, 2009.11.26. 사업시행인가 및 2013.5.22. 관리처분계획인가를 거쳐 2022.4.15. 준공인가를 받았다.

나. 청구법인은 조합원으로부터 현물출자 받은 토지 및 건물 자산(이하 “쟁점자산”이라 한다)을 사업시행인가일(2009.11.26.)을 기준으로 감정평가한 OOO원(이하 “종전감정가액”이라 한다)을 장부가액(취득가액)으로 계상하고, 2018사업연도 법인세 신고 시 일반분양 비율(63.14%)을 적용한 금액을 분양원가로 보아 손금에 산입하였고, 조합원 분양수입을 포함한 총 분양수입을 익금에 산입하였다.

다. 이후 청구법인은 2024.4.3. 처분청에 관리처분계획인가일(2013.5.22.)을 기준으로 감정평가한 가액 OOO원(이하 “쟁점감정가액”이라 한다)을 쟁점자산의 취득가액으로 보아 추가 손금 산입하고, 조합원에 대한 분양수입 및 관련 비용은 비수익 사업에서 발생한 소득이므로 익금불산입 및 손금불산입하여 2018사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 현재까지 그 처리결과 등을 통지하지 않았다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점자산의 취득시기는 관리처분계획인가일(2013.5.22.)이고, 쟁점자산의 취득가액은 동 인가일을 기준으로 평가한 쟁점감정가액(OOO원)을 적용하여야 한다.

「법인세법」 제40조 제2항과 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호는 상품 등 외의 자산의 취득시기를 대금청산일, 소유권이전등기일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 규정하고 있다.

「도시 및 주거환경정비법」 제81조 제1항에 따르면 관리처분계획인가일부터 종전의 토지 등의 소유자는 소유권이전고시가 있는 날까지 종전의 토지 등에 대하여 이를 사용하거나 수익할 수 없으므로, 정비사업조합은 종전의 토지 또는 건축물의 소유자(조합원)의 토지 등을 현물출자 받아서 관리처분계획인가일부터 소유권이전고시일까지 사용수익하게 된다.

따라서, 법인세법령상 자산의 취득시기를 청구법인에 적용하면 대금청산일 및 사용수익일은 관리처분계획인가일(2013.5.22.)이 되며, 소유권이전등기일은 청구법인이 소유권이전등기를 수행한 2020년이 되므로, 결국 조합원으로부터 현물출자 받은 쟁점자산의 취득시기는 관리처분계획인가일과 소유권이전등기일 중 빠른 날인 관리처분인가일(2013.5.22.)이 되는 것이다(조심 2015부4909, 2018.3.14. 참조).

(2) 「법인세법」 제41조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호 나목은 현물출자에 따라 취득한 자산은 해당 자산의 시가를 취득가액으로 하며, 같은 법 제52조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제2항은 시가가 불분명할 경우 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을 시가로 적용한다고 규정하고 있다.

따라서, 조합원으로부터 현물출자 받은 쟁점자산의 취득가액(시가)은 감정평가법인이 감정한 감정평가가액을 적용하여야 한다.

(3) 관리처분인가일은 2013.5.22.이고 감정평가서 작성일은 2023년으로 기간의 차이가 발생함에 따라 소급감정평가의 문제가 발생할 수 있으나, 대법원도 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다면 소급 감정에 의한 감정평가가액도 시가로 볼 수 있다고 판시한바 있다(대법원 2002.6.28. 선고 2000두6244 판결).

(4) 처분청은 쟁점자산의 취득가액을 사업시행인가일 기준으로 평가한 종전감정평가를 적용하여야 한다는 의견이나, 이는 사업시행인가일을 기준으로 한 종전감정평가와 관리처분계획인가일을 기준으로 평가한 쟁점감정평가의 평가목적 및 당해 사업구역의 특성에 따른 차이를 간과한 것으로, 종전감정평가는 조합원 상호간의 권리관계를 규정하기 위한 출자지분비율 산정이 목적인 반면, 쟁점감정평가는 재개발사업이 진행됨에 따라 상승하게 되는 개발이익(프리미엄)을 포함한 실제 자산의 교환가치(시가)를 산출하기 위한 것이다.

따라서, 종전감정평가와 쟁점감정평가의 평가목적 차이 등으로 인해 평가가액이 차이가 나게 되는 것은 당연한 결과이며, 사업시행인가일과 관리처분인가일 사이에 소재 지역의 일반적인 지가 상승률에 비해 쟁점자산의 지가변동률이 과도하게 상승하였다고 주장하는 것은 이러한 평가목적 차이를 배제한 채 단순 비교함에 따라 발생한 오류라 할 것이다.

(5) 조합원분담금 등은 비수익사업과 관련된 수익으로서 익금에 산입되지 않아야 한다.

「조세특례제한법」 제104조의7 제2항에 따르면 도시 및 주거환경정비법 제35조에 따라 설립된 조합은 비영리내국법인으로 보아 법인세를 적용하며, 비영리내국법인은 「법인세법」 제4조 제3항에 따라 수익사업으로 생기는 소득에 한하여 각 사업연도 소득을 구성한다고 규정하고 있다. 「조세특례제한법 시행령」제104조의4에 따르면 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 규정하고 있는바, 조합원분담금 등은 법인세법상 과세되는 각사업연도소득에 해당하지 않은 것으로 정리할 수 있다.

청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」 제35조에 따라 2008.7.18.에 조합설립인가를 받아 설립된 조합으로서, 「법인세법」상 비영리내국법인으로 보아 수익사업에 대해서만 법인세 납세의무가 발생한다. 이에 따라, 「조세특례제한법 시행령」 제104조의4에 의하여 조합원분담금 등은 조합원에게 공급하는 것으로 보아 수익사업에서 제외되므로 법인세 납세의무가 없는 것으로 보아야 한다.

또한, 대법원 2018.12.6. 선고 2018두54040 판결에 따르면 현물출자 이외에 어떠한 별도의 ‘거래’가 있다고 보기 어려우므로, 「법인세법」에서 말하는 익금의 범위인 법인의 순자산을 증가시키는 ‘거래’의 개념에 해당하지 않는 등의 이유로 조합원 청산금은 법인세 과세대상에서 제외한다고 판시하고 있다. 따라서 결국 조합원의 추가부담금 등은 「법인세법」상 과세대상인 수익사업에서 생긴 소득이라고 할 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 재개발조합이 조합원으로부터 현물출자 받은 부동산의 취득시기는 아래와 같이 조합설립인가일로 보아야 한다.

(가)「법인세법」및「도시 및 주거환경정비법」에는 현물출자에 의한 부동산의 취득시기에 관한 명문의 규정이 없고, 현물출자는 일반적인 자산의 양도와는 다르므로 세법해석 기관의 유권해석에 따라야 한다.

현물출자는「상법」이 정한 출자계약의 형태로 계약의 효력, 계약당사자의 법적 지위 등이 일반적인 자산의 양도와는 다르다.

법원은 현물출자의 양도시기에 대하여 조합에 현물출자를 이행한 때로 보고 있고(대법원 2002.4.23. 선고 2000두5852 판결), 토지의 신축 분양 사업을 위한 실질적인 공동 경영 약정이나 어느 정도 구체화된 조합 관계가 성립되고 부동산 관리 신탁 계약을 체결하였다면 토지를 양도하여 현물 출자 의무를 이행하였다고 보고 있어(서울행정법원 2017.3.7. 선고 2016구단53305 판결) 일반적인 자산의 양도와는 다르게 해석하고 있음을 알 수 있다.

당초 기획재정부 및 국세청은 재건축조합이 현물출자로 취득하는 토지의 취득시기를 주택조합설립 인가일 또는 출자한 토지의 신탁등기 접수일 중 빠른 날로 보았다(서면 2018-법인-2041, 2018.9.13.).

그런데 기획재정부에서는 2020년에 위 건과 동일 내용의 세법해석 신청 건을 국세예규심사위원회에 상정하여 ‘관리처분계획이 인가되는 분부터 관리처분계획인가일과 신탁등기접수일 중 빠른 날’이라고 해석(기획재정부 재산세제과-1024, 2020.11.24. 단 위 예규 적용일은 위 예규의 회신일 이후로 함) 하였고, 국세청에서도 동일한 내용으로 해석(법령해석과-3868, 2020.11.26.)하였다.

(나) 청구법인은 조합원의 상호출자를 대전제로 공동사업 경영 약정으로 성립된 ‘조합’으로 일반적인 영리법인과는 다르며, 조합설립 자체가 부동산 소유자인 조합원의 현물출자를 전제로 하기 때문에 조합설립이 인가된 때 실질적인 출자의 효력이 발생한다. 「민법」 제703조에 의하면 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 발생한다.

정비사업조합 설립과정에서 재건축 사업 예정부지 내 건축물 및 그 부속토지 소유자가 그 토지위에 재건축사업을 위해 소유토지의 현물출자와 조합설립에 동의하여 조합설립인가가 되므로 조합설립인가일에 실질적인 출자의 효력이 발생하게 된다.

그러므로 조합설립인가일을 정비사업조합의 현물출자에 의한 부동산의 취득시기로 보아야 한다.

(2) 청구법인은 정비사업조합의 일반분양사업 외 손익의 세무조정을 누락한 것으로 보인다.

청구법인은 정비사업조합으로 「조세특례제한법」 제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) 제2항에 따라 비영리 내국법인으로 보아 법인세를 적용하므로 수익사업에서 발생한 소득에 한하여 법인세가 과세된다.

또한 청구법인은 2018사업연도 조합원분양(비수익사업) 관련 손익에 대한 세무조정을 누락하여 조합원분양소득을 수익사업소득에 포함하여 법인세를 신고한 것이 확인된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 조합원으로부터 현물출자를 받은 쟁점자산의 취득가액은 관리처분계획인가일 기준으로 평가한 쟁점감정가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② 청구법인이 조합원으로부터 수령한 분양수입은 비수익사업 관련 손익으로서 법인세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다) : 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산 : 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산 : 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제52조(부당행위계산의 부인) ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령

제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도:그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

제89조(시가의 범위 등) ②법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(3) 도시 및 주거환경정비법

제48조(관리처분계획의 인가 등) ① 사업시행자(제6조 제1항 제1호부터 제3호까지의 방법으로 시행하는 주거환경개선사업 및 같은 조 제5항의 방법으로 시행하는 주거환경관리사업의 사업시행자는 제외한다)는 제46조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 제46조에 따른 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 같으며, 이 경우 조합은 제24조 제3항 제10호의 사항을 의결하기 위한 총회의 개최일부터 1개월 전에 제3호부터 제5호까지에 해당하는 사항을 각 조합원에게 문서로 통지하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 신고하여야 한다.

4.분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행인가 전에 제48조의2 제2항에 따라 철거된 건축물의 경우에는 시장ㆍ군수에게 허가 받은 날을 기준으로 한 가격)

⑤ 주택재개발사업 또는 도시환경정비사업에서 제1항 제3호ㆍ제4호 및 제7호에 따라 재산 또는 권리를 평가할 때에는 다음 각 호의 방법에 의한다.

1. 「부동산가격 공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가업자 중 시장ㆍ군수가 선정ㆍ계약한 감정평가업자 2인 이상이 평가한 금액을 산술평균하여 산정한다. 다만, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하고자 하는 경우에는 분양예정 대상인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격은 사업시행자 및 토지등소유자 전원이 합의하여 이를 산정할 수 있다.

제81조(건축물 등의 사용ㆍ수익의 중지 및 철거 등) ① 종전의 토지 또는 건축물의 소유자ㆍ지상권자ㆍ전세권자ㆍ임차권자 등 권리자는 제78조 제4항에 따른 관리처분계획인가의 고시가 있은 때에는 제86조에 따른 이전고시가 있는 날까지 종전의 토지 또는 건축물을 사용하거나 수익할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 사업시행자의 동의를 받은 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 손실보상이 완료되지 아니한 경우

(4) 조세특례제한법

제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서 “정비사업조합”이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

1. 「도시 및 주거환경정비법」 제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함한다)

2. 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조에 따라 설립된 조합

(5) 조세특례제한법 시행령

제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점재개발사업의 주요 경과는 아래 <표1>와 같다.

<표1> 쟁점재개발사업의 주요 경과

구 분

2008.1.10.

2008.7.18.

2009.11.26.

2013.5.22.

2019.3.29.

2022.4.15.

주요

경과

정비구역 지정

조합설립

인가

사업시행

인가

관리처분

계획인가

입주자모집공고

준공인가

(나) 청구법인은 2개 감정평가법인이 관리처분계획인가일 기준으로 제시한 감정가액[(주)B감정평가법인 : OOO원, (주)A감정평가법인 : OOO원]의 평균액(OOO원)을 쟁점자산의 취득가액으로 보아 2018사업연도 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으며, 2개 감정평가법인이 제시한 감정평가서의 주요내용은 아래 <표2> 및 <표3>과 같다.

<표2> (주)B감정평가법인 감정평가서의 주요내용

<표3> (주)A감정평가법인 감정평가서의 주요내용

(다) 쟁점재개발사업 구역 내의 ‘서울특별시 OOO’의 실제거래가액과 감정가액을 비교하면 아래 <표4>와 같다.

<표4> 쟁점재개발사업 내의 매매사례가액

(라) 관리처분계획인가일 전ㆍ후 쟁점재개발사업 인근지역의 실제매매거래가액은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점재개발사업 인근지역의 실제매매거래가액 내용

(마) 청구법인의 경정청구 내용에 의하면, 청구법인의 2018사업연도 재무제표 상 수입금액 계상된 조합원분양수입 OOO원, 조합원연체료 OOO원을 비수익사업 관련 수입으로 보아 익금불산입 하고, 조합원 분양분 분양원가 및 판매관리비를 손금불산입하여 아래 <표6> 기재와 같이 계산하였다.

<표6> 조합원 분양분 관련 세무조정 내역

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점자산의 취득시기가 당초 사업시행인가일(2009.11.26.)에서 관리처분계획인가일(2013.5.22.)로 변경 해석ㆍ적용(조심 2020부209, 2020.7.7. 외 다수, 같은 뜻임)됨에 따라 쟁점자산의 취득가액을 정상적으로 반영하기 위하여 그 기간 동안(약 3년 6개월)의 지가변동 등을 감안하여 쟁점감정가액으로 감정평가한 것으로 보이는 점(조심 2023서10322, 2024.7.10. 같은 뜻임), 쟁점재개발사업 내 일부 토지의 매매사례가액(1㎡당 OOO원) 및 그 인근지역 내 실제매매사례가액(1㎡당 OOO원~OOO원)과 쟁점감정가액(1㎡당 OOO원)을 비교할 때, 쟁점감정가액이 충분한 검토 없이 과다하게 소급평가된 것이라 단정하기 어려워 보이고 달리 그 감정평가에 객관성.합리성이 부족하다거나 충분한 검토가 없었다고 볼만한 사정은 보이지 않는 점, 청구법인이 쟁점감정가액을 제시한 것과는 달리 처분청은 개별공시지가 등 외에 쟁점감정가액보다 객관적이고 합리적으로 보이는 관리처분계획인가일 현재의 시가를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점자산 취득가액을 산정함에 있어 쟁점감정가액을 관리처분계획인가일 현재의 시가로 보아 2018사업연도 법인세를 환급하여 달라는 청구법인의 경정청구에 대해 거부(부작위)한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 「조세특례제한법」제104조의7 제2항은 정비사업조합의 경우 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」을 적용한다고 규정하고 있고, 「법인세법」 제4조는 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 수익사업에서 생기는 소득으로 한정한다고 규정하고 있는바, 「조세특례제한법 시행령」제104조의4는 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 의한 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 조합원분양분 관련 손익은 비수익사업에서 발생한 것이므로 과세 대상에서 제외하여 달라는 청구법인의 경정청구에 대해 거부(부작위)한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.