이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 설립되어 주택건설 분양사업 및 건설업을 영위하고 있는 법인으로, OOO년경 세종특별자치시에서 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)과 공동으로 블록형 단독주택용지를 분양받아 주택을 건설하는 사업을 추진하면서 OOO 세종특별자치시 세종시 OOO 대지 OOO㎡(이하 “쟁점사업부지”라 한다)를 매매가액 OOO원에 취득[청구법인 OOO㎡(82.9%), A OOO㎡(17.1%)하였다.

나. 청구법인은 2019.12.12. 쟁점사업부지를 47개 필지로 분할 한 후, 2020.10.8.부터 2020.11.9.까지 세종특별자치시 OOO 토지 등 24필지(이하 “쟁점1토지”라 한다)를 OOO원에 양도하였고, 2021.9.6.부터 2021.10.11.까지 같은 동 OOO 토지 등 3필지(이하 “쟁점2토지”라 하고, 쟁점1토지와 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 양도한 후, 2020사업연도 및 2021사업연도 법인세를 신고하였다.

다. 처분청은 쟁점토지를「법인세법」제55조의2에 규정하는 비사업용토지로 보아 2025.1.16. 청구법인에게 토지등 양도소득에 대한 법인세 2020사업연도분 OOO원과 2021사업연도분 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(가) 쟁점사업부지는 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지에 해당한다.

1)「법인세법」제55조의2에서 비사업용토지에 대한 정의는 두고 있으나 사업용토지에 대한 정의는 따로 두고 있지 아니하고, 법원이나 과세관청 역시 토지의 취득·착공·사용현황 등을 종합적으로 고려하여 사실판단을 하고 있으며,「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제5호에서는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지의 경우 부득이한 사정이 있는 것으로 보아 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간을 비사업용토지 기간에서 제외하도록 규정하고 있는바, 동 규정의 취지는 건축물이 정착되지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용할 목적으로 건설에 착공하기 위해서는 각종 인ㆍ허가를 받고 건축설계를 하는 등의 준비작업을 하는데 상당한 시간이 소요되므로 토지 취득일로부터 2년 동안은 건설에 착공하기 이전이라도 비사업용이 아닌 토지로 의제하는 데에 있고, 즉 건설에 착공하기 위한 준비작업의 시간을 비사업용 토지 기간에서 제외하겠다는 것이 해당 규정의 의미이며, 나아가 사회통념상 특정토지에서 건물을 신축하기 위한 공사에 착공하였다고 인정하기 위해서는 건물을 착공하기 위하여 필요한 준비행위, 즉 토지의 측량이나 지반조사, 건물신축 도급계약의 체결, 기존 건물의 철거나 착공 신고서를 제출하는 것만으로는 부족하고, 건축 공정상 일련의 행정절차를 마친 다음 건물신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 신축할 건물을 유지할 수 있는 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기 공사에 착수하는 경우에 비로소 공사에 착공하였다고 볼 수 있다는 것이 대법원의 입장이다(대법원 1994.12.2. 선고 94누7058 판결 참조).

즉, 대법원은 착공의 의미를 형식적으로 판단하는 것이 아니라 건물신축을 위한 실질적인 공사의 실행이라고 볼 수 있는 행위를 했는지 여부에 따라 공사착공 여부를 판단하되, 그 구체적인 판단은 개별적인 사안에 따라 달리하고 있는 것이고, 조세심판원에서도 이 건과 사실관계가 유사한 사안에서 건설에 착공한 토지에 해당하는지 여부에 대한 판단근거를 제시한 바 있는데, 당해 사안에서는 법인이 타운하우스 분양 목적으로 취득한 토지를 분할한 후 토지기반공사 등을 완료하여 분양한 경우 건설에 착공한 토지로 볼 수 있는지 여부가 문제가 되었고, 이에 대하여 조세심판원은 토지의 취득 의도, 대지조성공사와 건물신축과의 연결성 및 실제 주택의 건축 여부 등을 종합적으로 고려하여 비사업용 토지 해당 여부를 판단해야 한다고 보았으며OOO, 과세관청 역시 단독주택 단지 조성 및 분양사업을 목적으로 취득한 주택용지에 대하여 기반공사 등을 실시한 후 토지를 분할해 분양하려는 경우 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지로 볼 수 있다고 회신한바 있다(국세청 서면2017법인-2691, 2018.2.27.).

그렇다면, 대지조성공사라 하더라도 토지의 취득 의도 등을 종합적으로 고려하여 주택건축을 계획적으로 전제하고 실시하는 대지조성공사나 대지조성공사를 비롯한 각종 건축공사가 이루어진 경우에는 일반적인 대지조성공사와 달리 그 실질에 맞춰 건설에 착공한 토지로 보는 것이 타당하고, 청구법인의 경우 쟁점사업부지 취득 목적과 일련의 사업과정은 일반적인 대지조성사업자가 조성하여 매각하는 사업과정과는 그 실질을 완전히 달리한다.

2) 쟁점사업부지는 사업용으로 사용하기 위해 취득 후 건설에 착공한 토지이다.

청구법인이 쟁점사업부지를 취득한 목적은 오로지 주택건설분양사업에 사용하기 위한 것이었고, 청구법인은 주택건설사업자로서 주택 브랜드를 런칭하고 주택건설을 염두에 두고 각종 행정절차를 이행했으며, 대지조성공사 뿐만 아니라 주택 건축을 전제한 건축공사들도 함께 진행하였다.

청구법인이 이행한 공사는 일반적인 대지조성공사와 비교할 때 절차와 기간, 범위가 다른바, 일반적인 대지조성공사는 각 필지를 개별적으로 정리하는 작업, 흙을 쌓거나 깎아서 평탄화하는 작업, 배수 및 토목 공사 등을 말하는 것으로서 공사기간이 짧고, 행정절차도 간단하나, 블록형 단독주택용지 대지조성공사는 블록단위로 조성되고, 통일된 건축 가이드라인이 적용되어 개발에 제한이 따르기 때문에 이러한 제한에 부합하기 위한 각종 행정절차를 위한 기간이 장기간 소요될 수밖에 없으며, 또한 도로, 공원, 공용배관 등 공공시설 조성비 등 비용도 추가로 발생한다.

쟁점사업부지의 경우 블록형 단독주택용지로서 세종특별자치시가 정해둔 방식 내에서 주택만을 건축할 수 있고, 대지조성사업계획승인을 받기 위해서는 주택의 건축방식에 대한 내용이 포함되어 있어야 하며, 이에 청구법인은 대지조성사업계획을 승인받으면서 주택에 대한 설계 및 건축·경관심의 등 건축을 전제한 절차를 이행했고, 청구법인이 세종특별자치시에 제출한 “세종특별자치시 OOO 블록형 단독주택 신축공사(대지조성사업계획승인)” 자료를 보면, 각 주택의 타입별로 외관부터 내부구성까지 일일이 설계되어 있음을 알 수 있다.

이렇듯, 청구법인이 장차 건축될 주택의 설계를 주도하고, 관련 심의까지 거쳤다는 것은 청구법인이 거친 행정절차가 일반적인 대지조성사업자의 행정절차보다 복잡하고 제약이 많으며, 기간 또한 오래 소요됨을 의미할 뿐만 아니라 단순히 시세차익을 위해 선택할 만한 사업계획은 아니었음을 방증한다.

청구법인은 쟁점사업부지 내에 CCTV, 전기차 충전시설, 쓰레기이송설비, 가로등, 주차관제시스템 등을 건축하였고, 이러한 공사들은 쟁점사업부지 내의 기반시설들에 해당하는 공사이자 주택건설을 전제하고 있는 공사이다.

청구법인은 주택건축을 본격적으로 하기 위하여 OOO 주택건설브랜드 B를 출원하고, 분양홍보물을 제작했을 뿐만 아니라 분양가까지 정해두었는바(B 상표 출원, 분양홍보물, 분양가조견표 참조), 일반적으로 대지조성공사를 마친 토지 분양을 목적으로 하는 사업자가 청구법인과 같이 브랜드까지 출원하거나 분양홍보물이나 분양가조견표를 제작하는 경우는 결코 없을 것이고, 특히 청구법인이 제작한 B 분양홍보물에 의하면 청구법인은 각 주택 타입별로 어떠한 마감재로 건축할 것인지 모두 정해두고 있었으며, 각종 편의를 위한 시스템들도 구축할 계획을 가지고 있었고, 이러한 사실들은 당시 언론보도에서 확인되는데, 청구법인은 단순히 쟁점사업부지를 분양한다고 홍보한 것이 아니라 B 주택을 분양한다고 홍보하였다.

청구법인은 실제로 쟁점사업부지 내에 주택을 건축하였을 뿐만 아니라 분양도 하였는바, 청구법인은 주택건축 시공능력이 있는 법인으로서 주택을 건설하고자 준비해 왔기에 수분양자들에게 분양하기 전에도 쟁점사업부지 내 OOO 등 4필지 토지에 대한 건축허가를 받아 주택을 건축하였고, 아래 ＜표1＞과 같이 수분양자들에게 쟁점사업부지를 분양한 후 몇몇 수분양자에게는 실제로 주택을 건축해 주기도 하였으며, 미분양 부지에 대해서는 주택을 건축한 후 후분양하기도 하였다.

＜표1＞ 사업계획상 주택 세대수 및 청구법인 건축현황

OOO

청구법인이 단순히 시세차익만을 노렸다면 구태여 위와 같은 행위를 할 아무런 합리적인 이유가 없고, 오히려 청구법인이 주택건설사업에 얼마나 진지하게 임했는지를 알 수 있는 지점이기도 하며, 이렇듯 청구법인의 쟁점사업부지 취득 경위, 공사 내용, 기간, 규모 등을 종합적으로 고려할 때 쟁점사업부지에 대하여 비사업용토지로 판단되어 온 일반적인 대지조성공사만을 수행한 토지로 취급해서는 안된다.

청구법인은 일반적인 대지조성공사 사업자들처럼 시세차익을 노려 쟁점사업부지에 대한 간단한 대지조성공사만을 한 후 분양한 것이 아니라 주택에 대한 설계, 건축·경관심의를 마치고, CCTV, 전기차 충전시설, 쓰레기이송설비, 가로등, 주차관제시스템등의 설치공사까지 했으며 실제로도 주택을 건축했다는 점에서 쟁점사업부지는 사업용으로 사용하기 위하여 건축 중인 토지로 보아야 한다.

3) 이처럼 청구법인은 주택건축을 위한 세부적인 사항까지 설계하고, 관련 행정절차를 모두 이행했으며, 대지조성공사 뿐만 아니라 주택건축을 전제한 각종 공사들까지 완료하였고, 나아가 청구법인이 주택을 건축할 것을 전제로 수분양자들에게 쟁점사업부지를 분양하였으며, 이를 위해 주택브랜드 및 분양가 조견표까지 제작하였는바, 쟁점사업부지는 사업용으로 사용하기 위하여 취득하여 건설에 착공한 토지로 보는 것이 타당하다.

그럼에도 처분청은 쟁점사업부지의 취득 의도, 청구법인이 거쳐온 일련의 과정들을 모두 외면한 채 쟁점사업부지를 필지별로 쪼개어 형식적으로 판단하는 잘못을 범하고, 결과적으로 쟁점사업부지의 대부분을 아무런 유예기간 없이 모두 비사업용토지 기간에 산입하여 이 사건 처분을 하였으므로 이는 부당하다.

(나) 정당한 사유가 있어 사업에 사용하지 아니한 기간은 비사업용토지 기간에서 제외되어야 한다.

1)「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제13호는 토지를 취득한 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지는 이를 부득이한 사유로 보아 그 기간 동안 비사업용 토지의 범위에서 제외하도록 규정하고 있고, 같은 항 제7호에서는 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지에 대해서도 그 기간동안 비사업용 토지의 범위에서 제외한다고 하였으며, 정당한 사유의 의미와 관련하여 대법원은 공익 또는 불가피한 사유로 법령상의 제한이나 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유를 의미한다고 판시(대법원 2013.2.14. 선고 2011두28950 판결, 대법원 2014.3.13. 선고 2013두21557 판결 등 참조)하였는데, 이때 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 않는 토지란 도시계획의 변경 등에 의하여 본래의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지로서 이에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부, 토지의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등을 고려하여 개별적으로 판단하여야 하고, 특히 대법원은 납세의무자가 사업진행을 위하여 지분을 매수하지 못한 것이 정당한 사유가 있는지 와 관련하여 매도인의 비협조적인 태도나 사업시행자 지정 과정에서의 절차상 문제로 인한 시간적인 여유가 부족했다는 점 등을 근거로 하여 정당한 사유가 있다고 보았는바(대법원 2016.4.28. 선고 2016두32251 판결 참조), 이처럼 정당한 사유란 ① 소유자가 책임질 수 없는 법령상·사실상 장애 사유를 의미하고, ② 정당한 사유가 있는지 여부는 토지의 현황, 취득사유, 이용상황은 물론 소유자의 주관적 의사, 소유자의 진지한 노력이 있었는지 등을 종합적으로 판단하여야 하는 것이다.

2) A과 다툼이 있었던 기간은 비사업용 토지 기간에서 제외되어야 한다.

「민법」상 공유관계에 있는 경우 공유물의 관리는 공유자 지분의 과반수로 결정할 수 있으나, 처분 및 변경은 다른 공유자의 동의가 필요하고, 이와 관련하여 대법원은 공유물 사용·수익의 내용이 공유물의 기존의 모습에 본질적 변화를 일으켜 관리 아닌 처분이나 변경의 정도에 이르는 것이어서는 안되는 것으로 판단(대법원 2001.11.27. 선고 2000다33638·2000다33645 판결 참조)한 바 있는데, 즉 공유물의 처분은 공유물 자체를 양도하거나 공유물 위에 저당권 등을 설정하는 행위를 말하고, 변경은 기존 건물을 철거하는 등 공유물에 대하여 사실상 물리적 변화가 가해지는 것을 의미한다는 것이 확고한 법리이므로, 따라서 대지조성공사나 1개의 필지를 여러 개의 필지로 나누는 분할, 주택 건축 등은 토지에 대한 물리적 변화를 가하는 행위로서 공유물 변경에 해당하고 분양은 공유물 처분에 해당하며, 이러한 의미에서 청구법인이 쟁점사업부지에 대지조성공사 및 필지 분할, 분양, 주택 건축 등의 행위를 하기 위해서는 공유자인 A의 동의가 반드시 필요하고, 이와 같은「민법」상 제한은 소유자의 책임 없는 법령상 장애사유에 해당하며, 더욱이 A과 청구법인은 공동사업자로서 공동사업에 공여된 쟁점사업부지가 실질적으로는 합유상태임을 고려하면 더욱 그러하다.

특히,「민법」상 조합은 조합재산의 처분, 변경에 관한 업무를 조합원 전원의 명의로 처리하여야 하고, 전원의 동의 없이는 지분을 처분할 수 없는 등 조합원의 동의 없이는 원활한 사업 진행이 어려운 것이 현실인데, 앞서 설명드린대로 청구법인은 A과 공동사업에 대한 이견으로 지속적인 다툼이 있었으며, 구체적으로 보면 ① 2017.6.16. 당사자 간 다툼으로 대여금 청구소송이 제기된 점, ② 청구법인이 승소했음에도 A이 대여금을 변제할 능력이 없어 A이 보유한 쟁점사업부지에 대한 수익권을 양도받아 신탁계약을 해지하려고 했던 점, ③ 청구법인이 신탁계약 해지 사유로 신탁사인 C으로부터 A의 지분을 이전받으려 했음에도 C의 거절로 시간이 지연된 점, ④ 이후에도 A이 청구법인을 상대로 소를 제기했던 점 등을 고려하면 청구법인의 노력에 불구하고 원활한 사업진행이 어려웠음은 명백하고, 실제로 청구법인과 A의 관계가 틀어지면서 세종특별자치시는 대지조성사업을 승인하기 위해서 청구법인으로의 완전한 소유권이전등기가 필요하다는 취지의 공문을 보내기도 하였으며(지분문제에 따른 세종특별자치시 처리불가 공문 참고), 이러한 여러 사정에 의해 청구법인은 2018.11.28.에 이르러서야 A의 지분에 대한 소유권이전등기를 마치게 되어 쟁점 사업부지 전체에 대한 소유권을 취득하게 되었고, 대지조성사업승인이 이루어져 2019년에야 제대로 된 대지조성공사에 착수할 수 있었던 것이다.

그렇다면, 적어도 A과 다툼이 발생했음이 명백한 소 제기일인 2017.6.16.부터 청구법인이 쟁점사업부지 지분 전체에 대한 소유권을 확보하여 쟁점사업부지의 분할, 처분 등의 행위가 가능해진 시점인 2018.11.28.까지는 정당한 사유가 있으므로 비사업용토지 기간에서 제외되어야 하고, 물론 A의 지분 17%는 최초 취득 자체가 2018.11.28.이므로 이후의 기간만을 기준으로 비사업용토지 기간을 따져야 하며, 또한 A이 청구법인을 상대로 A 지분에 대한 소유권이전등기가 무효라며 다시 소송을 제기한 2019.2.12.부터 청주지방법원이 A에게 쟁점사업부지에 대한 지분 소유권 주장을 포기하는 것을 내용으로 하는 조정을 명한 2020.1.13.까지도 소송 중인 토지로서 비사업용토지 기간에서 제외되는 것이 타당하다.

3) 쟁점사업부지는 획지를 분할하여야 양도가 가능하므로 분할 완료 시점까지는 비사업용토지 기간에서 제외되어야 한다.

쟁점사업부지는 블록형 단독주택용지로서 1개의 필지로 되어 있었기 때문에 수분양자에게 분양하기 위해서는 필수적으로 획지분할을 하여야 하고, 이로 인해 쟁점사업부지는 대지조성공사를 진행하면서 분할되어 여러 개의 획지가 된 후 획지별로 분양이 되었는바, 따라서 획지분할이 완료된 시점인 2019.10.30.까지는 획지별로 양도 자체가 불가능하므로 위 기간은 정당한 사유가 있는 것으로 보아 비사업용토지 기간에서 제외되어야 한다.

(다)「법인세법」제55조의2의 입법취지에 비추어 보더라도 쟁점사업부지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 중과세하는 것은 너무나 불합리하다.

「법인세법」제55조의2 규정은 투기방지 등 정책적 목적상 여러 번의 개정이 있었는데, 그 중 2005년 법률 개정 당시 같은 조 제1항 제3호에 비사업용토지 개념이 도입되었고, 동 규정의 취지는 법인이 토지를 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기 수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하기 위함에 있었으며(2005년 12월 31일 법률 제7838호 개정이유 참고), 조세심판원이나 법원은 비사업용토지 여부를 판단함에 있어 결과적으로 입법취지에 부합하는 과세에 해당하는지 여부를 함께 고려하고 있는데, 법원은 어느 토지를 양도한 경우에 그 토지가 ‘생산적인 용도로 사용되고 있는 경우’에는 예외 규정을 두어 비사업용토지가 아님을 전제로 과세를 하지 않는 것으로 보아야 하고, 어느 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우에는 그 착공의 주체가 그 토지의 소유자인지 관계없이 그 토지가 ‘생산적인 용도로 사용되고 있는 경우’ 에 해당하는 것으로 보아 비사업용의 예외로 볼 수 있다고 판시(서울고등법원 2015.3.6. 선고 2014누54389 판결)하였는바, 이 건에 있어 청구법인이 쟁점사업부지를 다른 대지조성 사업자처럼 시세차익을 얻기 위한 목적으로 대강의 대지조성공사만 완료한 후에 매각하지 않았다는 점은 앞서 든 여러 사정에 의해 확인되고, 청구법인이 쟁점사업부지를 생산적인 용도로 사용하였음이 분명함에도 수분양자들의 사정으로 주택 건축이 이루어지지 않은 것에 대한 책임을 온전히 청구법인에게 돌리고, 법인세를 중과하는 것은 입법취지에 정면으로 반하는 처분으로서 부당하다.

(라) 결국, 비사업용토지 기간기준을 적용하면, 쟁점사업부지는 비사업용 토지가 아니다.

토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 ① 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간, ② 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, ③ 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두에 해당하여야 비사업용토지 기간기준을 충족하고, 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 ① 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, ② 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, ③ 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두에 해당하여야 비사업용토지 기간기준을 충족하게 되는데, 이 건에 있어 2020년 중 양도한 쟁점1토지의 비사업용 기간은 310일(2020년 양도 건 중 가장 늦은 2020.11.5.을 기준으로 할 경우)이고, 이는 총 소유기간인 1,569일의 40%에 해당하는 기간인 627일보다 적으므로 쟁점사업부지는 비사업용토지에 해당하지 아니한다(③요건을 충족하지 아니하므로 나머지 요건은 생략, ＜표2＞ 참고).

＜표2＞ 쟁점1토지 비사업용토지 기간 계산 관련

OOO

또한, 2021년 중 양도한 쟁점2토지의 비사업용 기간은 669일로 이 역시 총 소유기간인 1,928일의 40%에 해당하는 771일보다 적으므로 비사업용 토지에 해당하지 아니한다(위의 ③요건 미충족, ＜표3＞ 참조).

＜표3＞ 쟁점2토지 비사업용토지 기간 계산 관련

OOO

(2) 청구인이 제출한 항변서의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 처분청은 쟁점사업부지에 블록형 단독주택을 건설하여 분양할 목적이 있었다는 사유만으로 쟁점토지가 비사업용토지에서 제외되지 아니하고, 청구법인이 대지조성공사만 승인받고 쟁점토지를 분양한 후 분양계획서에 따라 청구법인이 실제 건축한 주택은 5세대에 불과하므로 쟁점토지를 사업용토지로 보기는 어렵다고 하나, 처분청의 의견은 오로지 실제 건축한 주택수만을 기준으로 사업용토지 여부를 단정하는 것으로 납득하기 어렵다.

청구법인은 사업 초기부터 주택건축을 전제한 여러가지 행위를 해왔고, 특히 샘플하우스(단독주택 2가구, 타운하우스 4가구)를 직접 건축하였으며, 샘플하우스란 일반적인 홍보 목적의 모델하우스가 아닌 수분양자가 실제로 거주할 주택의 설계 양식을 확인하고 선택할 수 있도록 하기 위한 실물 주택을 말하는 것으로서, 청구법인의 사업이 단순한 토지 분양이 아닌 실질적인 주택건설을 전제로 진행된 사업임을 의미한다.

또한, 청구법인의 주택브랜드인 B는 OOO가 결합된 합성조어로 자연과 같은 집, 행복이 깃든 “기분 좋은 집”을 의미하는데, 이는 청구법인의 사업 철학과 목적을 그대로 반영한 것이고, 그 자체로 주택건설을 전제한 사업의 진행을 의미하는 것인바, 이처럼 청구법인의 주택건설사업은 단순한 계획에 그친 것이 아니라 주택건설을 위한 구체적이고 실질적인 행위를 통해 진행되어 왔으며, 다만 그 과정에서 부득이한 외부 사정으로 인해 주택 건설이 이루어지지 않았을 뿐이므로, 쟁점사업부지를 비사업용토지로 단정하는 것은 부당하다.

(나) 처분청은 청구법인이 쟁점사업부지의 전체 지분을 취득한 후 A이 부당이득금에 관한 소송을 제기하였고, 해당 소송의 목적이 금전 배분에 관한 것으로서 소유권 분쟁에 해당하지 않는다고 하나, 이는 소송의 실질과 전개과정을 전혀 고려하지 않은 것으로서 타당하지 아니하다.

A과 청구법인 사이에는 공동사업약정이 존재하였고, 이에 따라 청구법인은 A의 동의없이는 독자적으로 사업을 추진할 수 없는 구조였으며, 이러한 점은 설령 A이 지분을 보유하고 있지 않은 상태라고 해도 마찬가지인바, 즉 청구법인은 실질적으로 사업 전반에 대한 중대한 법적 리스크를 부담하고 있었고, 이러한 사실은 A도 당연히 인지하고 있었으며, 따라서 A은 단순히 (더 이상 지분 또는 공동사업에 대한 주장을 하지 않는다는 전제 하에) 금전의 반환을 주장한 것이 아니고, 이러한 점은 아래 ＜표4＞의 청주지방법원 제13민사부 조정조서상 ‘동업사업과 관련된 모든 법률관계를 이 사건 조정으로 종료되었음을 확인한다’는 문구상으로도 명확히 확인이 가능하다

＜표4＞ 청주지방법원 제13민사부 조정조서 일부 내용

OOO

아울러, A은 1회 변론기일부터 지분에 대한 소유권이전등기 자체가 무효라는 취지의 주장도 계속해 왔고, 결국 예비적 청구로서 소유권이전등기말소청구를 추가하기에 이르렀는데, 소유권이전등기말소청구는 그 자체로 소유권에 관한 소송에 해당하고, 조정조서 역시 지분에 대한 다툼을 종료할 것을 확정적으로 기재하고 있으므로 이러한 점에서도 처분청의 의견은 부당하다.

(다) 처분청은 쟁점사업부지의 가치가 당초 취득가액보다 상승하였으므로 사업용이 아닌 부동산 투기의 결과로 볼 수 있다고 하나, 쟁점사업부지의 가치가 상승하였다는 사정만으로 곧바로 부동산 투기의 결과라는 결론이 도출되는 것은 아니다.

우리나라의 부동산 가치는 장기적으로 우상향하는 추세를 가지고 있고, 물가도 지속적으로 상승하므로 특별한 사정이 없는 한 쟁점사업부지의 가치가 상승하는 것은 일반적인 현상이고, 이를 곧바로 투기의 결과로 단정할 수는 없기 때문이며, 무엇보다도 쟁점사업부지의 가치 상승은 청구법인의 주택건설사업 진행결과에 기인한 점이 큰바, 청구법인은 단지 내 도로건설, 상하수도설비공사, 공동주민시설, 전기차충전시설설치, 생활폐기물 처리시설 설치, 조경공사, 샘플하우스 건축 등 제반적인 건설공사를 수행하고, 각종 언론 보도나 홍보 등을 적극적으로 수행하였으며, 이러한 비용의 투입 및 노력의 결과로 부가가치가 창출되었고, 이러한 부가가치가 다시 쟁점사업부지의 가치상승으로 연결되었던 것이므로 쟁점사업부지의 가치상승을 (일반적인 대지조성사업자처럼) 나대지에 최소한의 대지조성만을 거쳐 수동적으로 가치상승만을 노린 투기행위로 평가할 수는 없다고 할 것이다.

(라) 처분청은 대법원 2018.5.31. 선고 OOO 판결에 대하여 위 사건 원고와 청구법인은 모두 대지조성공사만을 완료한 후 토지를 양도하였으므로 쟁점사업부지를 건설에 착공한 토지로 보기 어렵다는 것은 동일하다고 하나, 이러는 판례를 단편적으로 원용한 처분청의 기존 과세논리를 그대로 따른 것으로서 청구법인의 구체적 사정을 전혀 고려하지 않은 것이다.

대법원 판결에서의 원고는 아무런 건축 관련 행위를 하지 않다가 양도를 한 반면 청구법인은 결코 대지조성공사만 한 것이 아니라 쟁점사업부지의 취득경위와 개발 목적, 사업의 실질적 성격과 추진경위 등을 종합해 볼 때 주택건설을 전제한 실질적인 건축 관련 행위들을 직접 수행했하였는바, 대지조성공사는 물론 단지 내 도로건설, 상하수도설비공사, 공동주민시설, 전기차충전시설설치, 생활 폐기물 처리시설 설치, 조경공사, 샘플하우스 건축 등 여러가지 건설공사를 수행하였고, 주택건설을 전제한 분양계약서나 분양조견표 등도 미리 모두 작성하였을 뿐더러 주택브랜드도 출원하였으며, 각종 언론 보도나 홍보 등도 모두 직접 수행하였다.

한편, 처분청은 분양계약서상의 건축착공 및 건축도급계약과 관련한 특약사항이 실질적인 강제성이 없다고 하나, 이는 법리적으로 납득하기 어려운 부분인바,「민법」상 계약은 당사자 간의 의사의 합치에 의하여 성립하고, 당사자 간 특약이 있는 경우에는 그 특약은 유효하므로 당사자는 이를 이행할 법적 의무를 부담하며, 이는「상법」도 마찬가지이고, 당사자 간에 이루어진 계약을 일방이 이행하지 않는 경우에는 그 자체로 계약 미이행에 의한 손해배상책임을 부담하는 것이므로 수분양자 역시 특약사항에 의한 손해배상책임을 실질적으로 부담하는 것이며, 다만 중소기업인 청구법인 입장에서 수분양자를 상대로 소송 등 법적비용을 부담하면서 손해배상책임을 추궁하기는 현실적으로 어려운 상황이었고, 수분양자 역시 기존 주택이 매도되지 않아 계약 이행이 힘든 사정이 있었으므로 이러한 사정은 고려하지 않은 채 주택건설에 대한 특약이 실질적인 강제성이 없다는 전제하에 건축 미이행 → 투기 → 비사업용토지 중과세의 논리로 일관하는 처분청의 의견은 납득하기 어렵다.

나. 처분청 의견

(1)쟁점토지는「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제5호에서 규정하는 건설에 착공한 토지에 해당하지 아니한다.

청구법인은 쟁점사업부지를 사업용으로 사용하기 위하여 취득하였다고 주장하지만, A과 블록형 단독주택을 건축하여 분양할 목적으로 공동으로 취득하였으나, 청구법인은 쟁점사업부지를 대지조성공사만 완료한 후 쟁점토지를 양도하였으므로 쟁점토지를 건설에 착공한 토지로 보기는 어렵다.

대법원은 대지조성공사를 한 사실만으로 실제 건설에 착공하였다고 보기는 어렵고, 실질적인 공사의 실행(터파기 공사 등)이라는 행위가 있어야 착공한 것으로 볼 수 있다고 판시OOO하였다.

청구법인은 분양계약서상 수분양자가 잔금납입일로부터 90일 이내에 반드시 건축공사를 착공하여야 하고, 청구법인과 공사도급계약을 체결하도록 되어 있으므로 쟁점토지는 주택건축을 전제로 하여 분양이 이루어졌다고 주장하나, 일부 수분양자는 청구법인과 공사도급계약을 체결하지 않고 별도의 시공사를 선정하여 건축하기도 하였고, 상당수는 현재까지 나대지 상태인 것으로 확인되는바, 토지분양계약서상의 건축착공 및 건축도급계약과 관련된 특약사항은 실질적인 강제성이 없는 것으로 보이므로 토지분양계약은 건축공사와 관련없이 대지조성공사를 한 토지를 분양하기 위한 계약으로 보는 것이 타당하다.

청구법인이 2020년에 양도한 쟁점1토지 중 5필지에 대하여 매수자와 주택건설공사계약을 체결한 것은 확인되나, 이는 양도일 이후 별도로 건축공사계약을 한 것이므로 주택신축판매업과는 별개이고, 청구법인의 부업종인 건설공사업에 해당한다고 봄이 타당하며, 청구법인이 쟁점사업부지를 2016년에 취득하여 2019년에 대지조성공사를 실시한 후 2020년 및 2021년에 쟁점토지를 분양한 후 5개 필지를 양도일 이후 공사계약을 체결하여 주택을 건설하였다고 하더라도 2019년에 실시한 대지조성공사 기간은 주택착공시기에 해당하는 것으로 볼 수 없다.

청구법인이 자신 소유의 토지에 주택을 직접 신축하여 분양한 주택이 있으나, 이는 2022년 및 2023년에 양도하였으므로 이 건 심판청구 건과는 별도로 판단하여야 한다.

청구법인은 쟁점토지에 대하여 대지조성사업 심의 및 건축관련 심의 등의 행정절차를 완료하였다는 점을 강조하고 있으나, 주택분양을 위한 주택건설사업계획 승인을 받지 않았고, 행정중심복합도시건설청장으로부터 토지조성에 국한되는 대지조성사업만을 승인받은 후 쟁점토지를 분양하였으며, 분양계획서에 따라 청구법인이 실제 건축한 주택은 5세대에 불과하므로 쟁점토지를 사업용토지로 보기는 어렵다.

청구법인은 주택건설 분양사업을 전제로 각종 인허가 과정을 진행하면서 'B'라는 브랜드 상표등록OOO을 하고 분양 홍보를 하였다고 주장하나, 쟁점사업부지에 블록형 단독주택을 건설하여 분양할 목적이 있었다는 사유만으로 쟁점토지를 건설에 착공한 토지로 보는 것은 무리가 있고, 청구법인은 코로나19 등 경제상황으로 인하여 본래의 사업목적을 이행하지 않고 토지만 분할하여 양도한 것으로 봄이 타당하다.

(2) A과의 소송은 소유권에 관한 소송으로 볼 수 없고, 정당한 사유가 있어 사업에 사용하지 아니한 기간으로 보기 어렵다.

A과의 소송은 청구법인이 A과 쟁점사업부지를 공동으로 취득할 당시 A에게 OOO원을 대여한 후 A이 OOO원을 상환하지 않아 A을 상대로 대여금 반환청구소송을 제기한 것으로서, 청구법인이 대여금을 받지 못한 사실이 인정되어 A의 소유지분을 이전받은 것이므로 대여금 청구소송 결과에 따라 소유 지분을 이전받았다고 하여 해당 소송을 소유권 분쟁에 관한 소송으로 볼 수 없다.

청구법인과 A은 쟁점사업부지를 공동개발, 공동분양하기로 협약하고 공동으로 취득한 것인데, 청구법인이 전체 지분을 소유하지 않았다는 사실만으로 사업진행이 불가능했다고 인정하기는 어렵고, 또한 A이 청구법인을 상대로 가처분 소송 등을 진행하여 청구법인의 사업진행을 방해하거나 제지한 객관적인 사실이 없으므로 청구법인의 대여금 청구소송을「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제7호에 해당한다고 볼 수 없다.

A은 청구법인이 쟁점사업부지의 전체 지분을 취득한 후 부당이득금에 관한 소송을 제기하였는데, 해당 소송의 목적은 금전배분에 관한 것으로 소유권 분쟁에 해당하지 아니하고, A은 부당이득금 소송을 진행하면서 청구법인의 분양사업을 방해하거나 제지한 객관적인 사실이 없다.

청구법인은 쟁점사업부지의 대지조성공사 및 필지분할, 분양 등을 하기 위해서는 공유자인 A의 동의가 반드시 필요하다고 주장하나, 청구법인은 부당이득금 소송 진행중에도 사업계획승인신청, 대지조성공사 및 분양홍보 등 사업을 진행한 사실로 보아, A과 다툼이 있었던 기간을「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제13호의 정당한 사유가 있어 사업에 사용하지 아니한 기간으로 보기는 어렵다.

(3) 획지분할은 비사업용토지로 보지 않는 부득이한 사유에 해당하지 아니한다.

법률의 해석은 법문대로 해야 하고, 확장해석 및 유추해석은 허용되지 아니하는바,「법인세법 시행규칙」제46조의2의 부득이한 사유에 대한 토지판정 기준에는 획지분할 기간에 대한 내용이 없으므로 획지분할을 정당한 사유로 보기 어렵다.

(4) 쟁점사업부지는 비사업용토지에 해당한다.

대법원 판례(대법원 2024.5.30. 선고 2024두34689 판결 참조)에 따르면,「법인세법」제55조의2 제1항 제3호가 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는 토지를 그 생산력 등 고유한 특성을 활용하는 방식으로 사용하지 않고 단순히 거래의 객체로 삼아 양도차익을 통한 재산증식 수단으로 이용하는 법인을 규제하는 데 있으며, 특별히 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지만을 비사업용 토지에서 제외하는 형식을 취하고 있다고 판시하고 있다.

A이 청구법인을 상대로 제기한 부당이득금 반환청구 소송내역에서 확인되는 바와 같이, 청구법인은 OOO 쟁점사업부지에 대한 A의 지분을 취득할 당시 당초 취득가격보다 상당한 가치의 상승이 있어 사업용보다는 부동산 투기의 결과로 볼 수 있으며, 청구법인이 쟁점사업부지를 취득한 후 쟁점토지를 양도한 것은「법인세법 시행규칙」에서 규정하고 있는 부득이한 사유에 해당하지 않으므로 청구법인에게 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 것은 적법하다.

(5) 청구법인의 항변에 대한 처분청의 재답변 사항은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 쟁점사업부지가 건설에 착공한 토지에 해당한다고 주장하나, 제주지방법원 판결OOO에서는 원고가 공동주택에 관하여 주택건설사업계획승인과 건축허가를 받고 지상 숙박시설에 관하여 건축허가를 받은 후 타인에게 토지를 양도하였고, 양수자는 양수 후 공동주택 및 숙박시설에 관한 착공신고를 한 사건에서 건물의 신축공사에 착수하였다고 보려면 건물부지의 굴착이나 건물의 축조와 같은 공사를 개시한 경우이어야 한다고 하였고, 양도 당시를 기준으로「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제5호에서 정한 ‘비사업용 토지에서 제외되는 토지’에 해당하지 않는다고 판단하였는바, 따라서 대지조성공사 후 양도한 쟁점사업부지는「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제5호에 해당하지 아니한다.

(나) 조세심판례(조심 2017서5216, 2018.2.14.)에서는 소유권에 관한 소송이 계속 중인 토지 등은 본래 용도에 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다고 보아 그 기간 동안 비사업용토지에 해당하지 않는다고 보았는데, 「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제7호 및 제13호는 모두 본래 용도에 사용하지 아니한 정당한 사유에 대한 것으로, 청구법인은 해당 소송기간에도 사업계획승인신청, 대지조성공사, 분양홍보 등 사업진행을 하였으므로 이에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지를 비사업용토지로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가.「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나.「지방세법」제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」제60조와 같은 법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑧ 토지등을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다.

(2) 법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등】① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

② 법 제55조의2 제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지에 대하여는 해당 각 호에서 규정한 날을 양도일로 보아 제92조의3의 규정을 적용하여 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.

1.「민사집행법」에 따른 경매에 따라 양도된 토지 : 최초의 경매기일

2.「국세징수법」에 따른 공매에 따라 양도된 토지 : 공매일

3. 그 밖에 토지의 양도에 일정한 기간이 소요되는 경우 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령이 정하는 날

(3) 법인세법 시행규칙 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

7. 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지 : 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간

13. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 청구법인 현황과 공동사업 협약 및 탈퇴조치 경위는 다음과 같다.

(가) 법인등기사항전부증명서에 의하면 청구법인은 2003.11.1. 설립되어 2004.3.2.부터 2018.2.28.까지 주식회사 D 외 4개 법인을 합병(습수 또는 분할)하였고, 주택건설분양사업, 대지조성공사업, 부동산 투자·임대관리·매매업, 토목건축공사업 등을 사업목적으로 하여 사업을 영위하고 있는 것으로 나타나며, 대한주택건설협회장이 2022.9.22. 발급한 주택건설·대지조성 사업자등록증에는 청구법인이 OOO자로 주택건설·대지조성사업자로 등록된 것으로 나타난다.

(나) 청구법인(협약체결 당시 법인명는 주식회사 E)과 A 간에 2016.7.21. 작성한 F 사업협약서에 의하면, 쟁점사업부지의 블록형 단독주택용지 개발사업과 관련하여 공동사업약정을 하면서 참여지분은 청구법인 OOO㎡(83%), A OOO㎡(17%)로 하고, 토지매입비용 및 부대비용, 건축·토목설계비, 인허가 관련 비용, 사업관리 및 준공승인절차에 필요한 사항 등 사업비 및 사업업무를 지분비율대로 책임지기로 하였으며, 제7조(상호간의 책임) 제3항에서 청구법인은 제1금융권 차입금 원금 및 이자를 납부하기로 하고 A은 대여금 약정서의 대여금 상환일자 및 대여금이자를 정해진 기간에 상환 및 지급하기로 하며, 이자를 3회 이상 연체하거나 정해진 시기에 대여금 상환이 이루어지지 않는 경우 공동사업과 관련하여 탈퇴조치할 수 있고, 탈퇴조치당한 구성원은 법적으로 일체 이의를 제기할 수 없다고 정한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인(변경전 주식회사 E)이 2017.7.21. A에게 발송한 “세종특별자치시 OOO번지 블록형 단독주택용지 개발사업 공동사업 구성원 탈퇴 통보의견” 공문에 의하면, A이 청구법인의 일시대여금 금 OOO원을 대여금 약정서의 상환일자인 2017.7.20.까지 상환하지 않았다하여 “F 사업협약서 제7조(상호간의 책임) 제3항” 규정에 따라 세종특별자치시 OOO번지 블록형 단독주택용지 개발사업의 공동사업자에서 중도탈퇴 조치를 위하여 통지한다고 하였고, 중도탈퇴 이후 해당 업무는 청구법인에서 수행할 예정임을 고지한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 쟁점사업부지가 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지에 해당하고, 정당한 사유가 있어 사업에 사용하지 아니한 기간이 있으므로 쟁점토지를 비사업용토지로 보아야 한다고 하면서 제시하는 주요 세부주장과 관련 증빙의 제출사항은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 쟁점사업부지의 블록형 단독주택용지 분양에 있어 선 토지분양, 후 주택건설방식으로 사업을 진행하기로 하였다고 주장하며, B 분양계약서 샘플을 제시하였는바, 제8조의 소유권 이전사항에는 매수인은 해당 대지의 경우 잔금납부일부터 60일 이내에 건물의 경우 해당 건물의 준공일부터 60일 이내에 소유권 보존등기를 필하여야 한다고 하였고, 제11조 기타 사항에서 매수인은 대지분양 잔금 납입일로부터 90일 이내에 반드시 건축공사를 착공할 것과 건축공사는 청구법인과 별도의 공사도급계약을 체결하고 매수인 명의로 인허가 신청을 할 것(인허가 과정에서의 준수사항은 매수인의 책임) 등을 명시하였다.

(나) 청구법인은 쟁점사업부지 개발의 기초가 되는 지구단위계획이 토지이용계획과 건축물계획을 모두 고려하여 수립하는 계획으로서, 세종특별자치시가 마련한 지구단위계획에 의하면 쟁점사업부지가 속하는 OOO 블록형 단독주택용지의 건축물에 대하여는 허용용도, 건폐율, 용적률, 최고층수, 세대수는 물론 담장 및 대문설치요건, 차량동선 등까지 모두 정해져 있었다고 주장하며, 그 증빙으로 아래 ＜표5＞의 행정중심복합도시 지구단위계획 해설서 일부 발췌내용을 제시하였다.

＜표5＞ 행정중심복합도시 지구단위계획 해설서 일부 발췌본

OOO

또한, 청구법인은 쟁점사업부지의 블록형 단독주택용지가 세종특별자치시 건축위원회의 심의대상으로 정해져 있어서 심의요건을 맞추기 위해서는 대지조성사업계획의 승인절차는 물론 별도로 건축·경관심의 등을 함께 진행할 필요가 있었다고 주장하며, 그 증빙으로 관련 법령(「주택법」제15조 및 주택법 제18조, “세종특별자치시 건축조례” 제4조)을 제시하였다.

(다) 청구법인은 쟁점사업부지의 경우 블록형 단독주택용지로서 세종특별자치시가 정해둔 방식 내에서 주택만을 건축할 수 있고, 대지조성사업계획승인을 받기 위해서는 주택의 건축방식에 대한 내용이 포함되어 있어야 하는데, 이에 청구법인이 대지조성사업계획을 승인받으면서 주택에 대한 설계 및 건축·경관심의 등 건축을 전제한 절차를 이행한 사실이 있다고 주장하며, 그 증빙으로 청구법인이 세종특별자치시에 제출한 “세종특별자치시 OOO 블록형 단독주택 신축공사(대지조성사업계획승인)” 자료의 대지조성사업계획승인도서를 제출하였다.

또한, 청구법인은 쟁점사업부지를 취득한 후 세종특별자치시가 마련한 지구단위계획에 따라 OOO 대지조성사업계획을 승인받았고, OOO 건축·경관심의를 통과하였으며, OOO 적측량 및 획지분할을 거쳐 OOO 대지조성공사를 비롯한 CCTV, 전기차 충전시설, 쓰레기이송설비, 가로등, 주차관제시스템 등 기반시설 설치공사를 진행하였다고 주장하며, 그 증빙으로 아래 ＜표6＞의 각종 공사사진을 제출하였다.

＜표6＞ 각종 건축공사 사진

OOO

(라) 청구법인은 A과 공동으로 사업을 추진하면서 쟁점사업부지 취득 대금 중 A의 지분에 대한 매수자금 약 OOO원을 6개의 단위G으로부터 차입하여 A에 대여하였고, 대출금 채무의 담보를 위해 신탁자인 C에 쟁점사업부지 지분 전체에 대하여 소유권이전등기를 하였는데, 이후 A이 대여금을 변제하지 아니할 뿐만 아니라 자질이 부족한 H와 설계계약을 진행하여 사업진행에 차질을 빚게 된 사실이 있다고 주장하며, 그 증빙으로 청구법인이 A에 송부한 아래 ＜표7＞의 내용증명과 H가 청구법인에게 송부한 아래 ＜표8＞의 내용증명, 청구법인이 A에 송부한 공동사업 탈퇴조치 공문 등을 제출하였다.

＜표8＞ A에 송부한 내용증명 일부 내용

OOO

＜표9＞ H가 청구법인에 송부한 내용증명 일부 내용

OOO

또한, 청구법인은 A과의 공동사업 추진이 불가능하다고 판단하여 2017.6.16. A을 상대로 한 대여금 청구의 소를 제기하여 승소하였고, 2017.7.21. A에 공동사업 탈퇴 통보를 하였으며, 2018.1.10. 위 승소 판결문을 집행권원으로 하여 A이 신탁계약에 따라 C에 대하여 가지는 수익권에 대해 압류명령을 받은 후 2018.6.26. 양도명령을 받았고, 이에 근거하여 청구법인은 2018.7.3. C에 소유권이전등기 요청을 하였으나, C이 이를 거절하여 청구법인은 또 다시 완전한 소유권 확보를 위해 C을 상대로 소유권이전등기 청구의 소를 제기하였으며, 2018.11.28.에 이르러서야 C이 A의 지분에 대한 소유권이전등기를 마쳐주면서 청구법인이 쟁점사업부지 전체에 대한 소유권을 취득하게 되어 청구법인이 쟁점사업부지에 대한 일부 지분 OOO㎡을 취득한 시점은 2016.7.20.이나 A이 소유한 지분 OOO㎡까지 회복하는데 걸린 시점은 2년을 훨씬 넘긴 2018.11.28.이 되었다고 주장하며, 그 증빙으로 된 대전지방법원 판결문OOO을 제시하였다.

한편, 청구법인은 A이 2019.2.12. 청구법인을 상대로 A 지분에 대한 소유권이전등기가 무효라며 다시 소송을 제기했고, 이후 수 차례의 법적공방 끝에 청주지방법원이 2020.1.13. A에게 쟁점사업부지에 대한 지분 소유권 주장을 포기하라는 취지의 조정을 성립시켰으며, 이로 따라 청구법인과 A의 공동사업을 둘러싼 다툼은 2020.1.13.에 이르러서야 최종적으로 마무리되었다고 주장하며, 그 증빙으로 위 ＜표4＞의 청주지방법원 제13민사부 조정조서를 제시하였다.

(마) 청구법인은 주택건축을 본격적으로 하기 위하여 2018.3.26. 주택건설브랜드 B를 출원하고, 분양홍보물을 제작했을 뿐만 아니라 분양가까지 정해두었다고 주장하며, 그 증빙으로 아래 ＜표10＞의 B 상표출원 내역과 ＜표11＞의 분양홍보물, 분양가조견표 등을 제출하였다.

＜표10＞ B 상표출원 내역

OOO

＜표11＞ 분양홍보물

OOO

또한, 청구법인은 단순히 쟁점사업부지를 분양한다고 홍보한 것이 아니라 B 주택을 분양한다고 홍보하였다고 주장하며, 그 증빙으로 아래 ＜표12＞의 B 공급 관련 언론보도 내용을 제시하였다.

＜표12＞ B 공급 관련 언론보도 내역

OOO

(바) 청구법인은 자신이 주택건축 시공능력이 있는 법인으로 실제로 쟁점사업부지 내에 주택을 건축하였을 뿐만 아니라 분양도 하였다고 주장하며, 그 증빙으로 쟁점사업부지 중 OOO 등 4필지에 대한 건축허가를 받아 주택을 건축한 사실이 나타나는 주택준공사용승인서와 위 ＜표1＞의 사업계획상 주택 세대수 및 청구법인 건축현황표를 제시하였다.

(3) 처분청이 제시한 쟁점토지(쟁점1토지, 쟁점2토지)의 2020년 및 2021년 귀속 재산세 과세내역서에 의하면, 쟁점1토지는 모두 종합합산과세대상으로 재산세가 부과되었으며, 쟁점2토지는 총 3필지 면적(OOO㎡) 중 0.72%인 OOO㎡만 별도합산과세대상으로 분류되고 나머지 99.28%는 종합합산과세대상으로 재산세가 부과된 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

(가) 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위해서 건설에 착공한 경우에는 해당 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제5호에 따라 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지로 보는 것인데, 동 규정의 취지는 토지는 취득 즉시 사업에 바로 사용할 수 없는 현실적인 제약이 있기 때문에 건축물을 신축하기 위하여 준비하는 기간에 대해서도 사업용 사용기간으로 의제하고자 하는 것으로서 취득 후 2년간에 대해서는 건설공사에 착공한 경우를 전제로 사업용 기간으로 의제하도록 하는 것이고, 사회통념상 특정 토지에 건물을 신축하기 위한 공사에 착공하였다고 인정하기 위해서는 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 최소한 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우 비로소 공사에 착공하였다고 볼 수 있는 것이므로(대법원 2018.5.31. 선고 2018두38468 판결 참조),「법인세법 시행규칙」에서 규정하는 건설에 ‘착공’하였다는 의미는 해당 토지에서 굴착공사 등 건설공사가 시작된 경우를 말하고 건물을 신축하기 위해 착공에 필요한 준비작업을 하는 경우까지 포함한다고 보기는 어렵다할 것이다(대법원 1995.9.26. 선고 95누7857 판결 등 참조).

(나) 청구법인은 쟁점사업부지가 사업용으로 사용하기 위해 취득 후 건설에 착공한 토지이고, A과 다툼이 있었던 기간과 쟁점사업부지의 분할완료시점까지의 기간 등 정당한 사유가 있어 사업에 사용하지 아니한 기간은 비사업용토지 기간에서 제외되어야 하며, 그 밖에「법인세법」제55조의2의 입법취지 등을 감안하면, 쟁점토지는 비사업용토지에 해당하지 아니하므로 이 건 법인세 부과처분이 부당하다고 주장한다.

(다) 살피건대, 청구법인이 대지조성공사와 주택에 대한 설계, 건축·경관심의를 마치고 CCTV, 전기차 충전시설, 쓰레기이송설비, 가로등, 주차관제시스템 등의 설치공사를 진행하였다고는 하나, 쟁점사업부지 취득 경위, 공사 내용, 기간, 규모, 최종 주택건축 현황 등을 종합적으로 고려하면, 청구법인이 당초에는 쟁점토지에 직접 주택을 건축하여 분양할 의도가 있었다 하더라도, 결과적으로 쟁점토지 총 27필지 중 5필지만 주택건축계약을 체결하였고, 청구법인이 직접 건축한 세대는 전체 사업계획상 54세대 중 4세대에 불과하며, 나머지는 나대지 상태로 보유하거나 양도한 것으로 나타나므로 실질적으로는 대지조성공사 후 분할등기된 토지의 매매에 그 사업목적이 있었다고 보는 것이 합리적일 뿐만 아니라 대지조성공사에 대한 착공신고서, 준공검사필증의 제출, 주택설계, 건축·경관심의, CCTV, 전기차 충전시설, 쓰레기이송설비, 가로등, 주차관제시스템 등 제반시설의 공사 사실만으로 쟁점토지 지상에 건물신축을 위한 실질적인 공사의 실행행위로서 주택인 건축물을 착공하였다고 보기는 어려운 점(조심 2018부2469, 2018.10.5., 조심 2024중2765, 2024.12.19. 외, 다수 같은 뜻임), 청구법인은 분양계약서상의 건축착공 및 건축도급계약과 관련된 특약사항이 실질적인 법적 의무를 부담시키는 것이라고 하나, 분양진행결과를 보면 일부 매수자의 경우만 주택건축계약을 체결하였고, 대부분 매수자의 경우 계약서상 기재사항과 달리 건축도급계약을 체결하지 않거나 대부분이 건물신축을 위한 착공없이 나대지 상태로 보유하고 있으며, 분양계약서에도 청구법인과 매수자가 별도의 건축공사 도급계약을 체결한다고 하고 있어 청구법인이 주택건설을 전제로 대지조성공사를 진행하였다거나 주택건설과 필수적으로 연계된 분양계약을 체결하였다고 보기 어렵고, 쟁점1토지와 쟁점2토지의 경우 양도일이 속하는 사업연도에 종합합산과세대상으로 분류되어 재산세가 부과된 것으로 나타나므로 청구법인의 거증한 사실만으로 쟁점사업부지를 사업용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 사정이 있다고 보기 어려운 점, 청구법인이 A에 제기한 소송사건은 그 주요 내용이 대여금 지급청구와 직접 관련된 것으로 소유권에 관한 소송으로 보기 어렵고, A이 청구법인에게 제기한 소송사건은 그 외형이 일부 소유권지분의 반환청구 형식을 띠고는 있으나 그 실질과 소송결과를 보면 이미 청구법인 명의로 이전된 A 지분소유권 주장의 포기 관련 조정 건으로서 이러한 사정만으로 해당 소송 중에도 토지분양이 계속 진행되었던, 즉 사업계획승인신청이나 대지조성공사, 분양홍보 등이 진행되었던 쟁점사업부지가「법인세법 시행규칙」제46조의2 제1항 제7호의 당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지에 해당한다거나 같은 항 제13호의 당해 토지를 취득한 후 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지에 해당한다고 보기 어려운 점 등을 종합하면, 쟁점사업부지가 비사업용토지에서 제외되는 기간 기준 요건을 충족하였다고 보기는 어려우므로, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.