유효기간이 만료되었음에도 쟁점세액공제를 적용할 경우, 주식취득일 이전에 벤처기업 확인을 1회만 받는 것으로 이후 벤처기업에 해당하지 않더라도 기한 없이 세액공제를 적용받을 수 있게 되고, 벤처기업확인은 단순 갱신이 아닌 재확인 절차를 거쳐 유효기간을 연장하는 것으로, 유효기간 만료 이후 쟁점세액공제를 적용하기 어려움

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2002.7.29. 설립된 후 LCD prism용 재료 및 LCD Film 등을 개발, 제조 및 판매하는 업을 영위하고 있고, 2022.2.21.(이하 “쟁점취득일”이라 한다) ㈜a의 총 발행주식수 중에서 85%에 해당하는 8,500주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원에 취득하였으며, ㈜a는 같은 날 법인명을 b(주)(이하 “피인수법인”이라 한다)로 변경하였다. 나. 피인수법인은 2016.11.15. 설립된 후 이차전지 소재 관련 비금속 광물 분쇄품을 제조 및 판매하는 업을 영위하고 있고, 2019.12.20. 구「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」(이하 “벤처기업법”이라 한다)에 따라 벤처기업 확인[벤처기업 유형 : 보증대출유형(기술평가대출기업), 이하 “1차 벤처기업 확인”이라 한다]을 받은 후, 담당직원의 행정처리 미숙 등으로 유효기간(2019.12.20.~2021.12.19.)에 대한 연장신청을 누락하여 그 유효기간이 만료되었다가, 이후 2022.12.13. 벤처기업 확인을 다시 신청하여 2023.1.11. 벤처기업 재확인(벤처기업 유형 : 혁신성장유형, 유효기간 : 2023.1.11.~2026.1.10., 이하 “2차 벤처기업 확인”이라 한다)을 받았다. 다. 청구법인은 쟁점취득일 현재 피인수법인이 실질적으로 벤처기업 요건(사업성, 기술성)을 계속 유지하였는바,「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제12조의4 제1항 및 같은 법 시행령 제11조의4 제2항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다) 적용대상에 해당한다고 보아, 법인세 2022사업연도분(이월공제세액) OOO원 및 2023사업연도분 OOO원의 감액을 구하는 경정청구(아래 <표> 참조)를 각각 제기하였다. <표> 2022~2023사업연도 법인세 신고 및 경정청구 내용 (단위 : 백만원) 라. 처분청은 청구법인이 피인수법인의 주식을 취득한 쟁점취득일 에 피인수법인의 1차 벤처기업 확인서상 유효기간이 만료되어 쟁점규정(조특법 제12조의4 제1항)상 ‘대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업’에 해당하지 아니하므로 쟁점세액공제 적용대상이 아닌 것으로 보아, 2025.2.14. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 피인수법인은 아래와 같은 이유로 쟁점취득일 현재 실질적으로 벤처기업 요건을 갖추었으므로 쟁점세액공제 적용대상에 해당하는바, 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다. (가) 쟁점세액공제 제도의 입법취지와 목적은 ‘벤처기업 창업자의 투자자금 회수 및 벤처기업에 대한 재투자 활성화’에 있으므로 이를 감안하여 쟁점규정을 합목적적으로 해석하여야 한다. 1) 정부가 2013.5.15. 발표한「벤처ㆍ창업 자금생태계 선순환 방안」은 ‘창업 → 성장ㆍ회수 → 재투자’에 이르는 벤처기업 생태계 활성화를 위하여 각 단계별로 과세 혜택을 부여하겠다는 것인데, 쟁점규정은 다른 벤처기업에 대한 재투자로 나아가기 위한 ‘성장ㆍ회수’ 단계에 대한 세제지원과 관련한 것으로, 2014.1.1. 벤처창업자의 투자금을 회수하고 신기술 등 기술획득을 목적으로 하는 기업 M＆A를 활성화하기 위한 취지로 도입되었다. 2) 쟁점규정과 함께 도입된 조특법 제46조의8는 주식매각 당시 현재 시점에서의 주주뿐만 아니라, 과거 벤처기업이었던 기업의 주주의 경우에도 보유하던 주식의 양도소득에 대한 과세이연 혜택을 적용받을 수 있도록 세제 혜택을 폭넓게 인정하고 있다. 3) 위 입법 취지 및 쟁점규정과 함께 도입된 조특법 제46조의8과의 형평성 등을 감안할 때, 처분청 의견과 같이 쟁점규정을 피인수법인이 ‘취득일 현재 시점’에도 벤처기업법에 따른 벤처기업의 지위가 필요하다고 해석할 수 없고, “피인수법인의 주식을 취득한 날 이전까지 피인수법인이 벤처기업으로 확인을 받은 이력이 있는 중소기업”으로 해석하는 것이 타당하다. (나) 문리해석상 쟁점규정(조특법 시행령 제11조의4 제2항 제1호)의 ‘취득일까지’란 ‘취득일 이전’에 대한 의미를 내포한다고 해석하여야 한다. 1) 쟁점규정은 피인수법인의 요건으로 ‘취득일까지 벤처기업법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업’으로 규정하고 있는데, 여기서 “취득일까지”란 주식을 취득하는 현재 시점은 물론이고, 취득하는 현재 시점 이전에 대한 의미를 내포하므로, 취득일 이전에도 벤처기업으로 확인받은 이력이 있는 경우도 포함하는 것으로 해석하는 것이 타당하다. 2) 즉, ‘취득일까지 벤처기업으로 확인받은 기업’이란 “피인수법인의 주식을 최초로 취득한 날 이전까지 피인수법인이 벤처기업으로 확인을 받은 이력이 있는 중소기업”으로 해석하는 것이 타당하고, 이를 “최초 취득일 이전은 물론이고, 최초 취득하는 현재 시점에서도 벤처기업의 지위를 유지하여야 한다”고 해석하는 것은 문언의 통상적인 의미에도 부합하지 않고, 벤처기업에 대한 투자활성화를 목적으로 한 모법의 입법취지에도 부합하지 않는다. (다) 쟁점규정의 조문 체계상 “취득한 날 현재”와 “취득일까지”의 용어를 구분하여 사용하고 있으므로, “취득일까지”란 취득일 현재를 포함하지 않는 것으로 해석하는 것이 타당하다. 1) 쟁점규정(조특법 제12조의4 제1항 제1호)에 인수법인이 피인수법인의 주식등을 “최초 취득한 날 현재” 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것이라고 규정하고 있는 반면, 쟁점규정(조특법 시행령 제11조의4 제2항 제1호)은 “취득일까지” 벤처기업법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업이라고 달리 규정하고 있다. 2) 쟁점규정은 쟁점세액공제에 관한 요건을 규정하고 있는 것인데, 그 용어를 각각 “최초 취득한 날 현재”와 “취득일까지”로 달리 규정하는 것은, 그 의미를 구분하여 해석함이 타당하다. (라) 조세심판원은 이 건의 쟁점과 유사한 사건에서 형식상 벤처기업 확인서상의 유효기간이 만료되었더라도, 실질상 벤처기업에 해당할 경우 세액감면이 적용되어야 한다고 일관되게 판단하였다. 1) 조특법 제6조 제2항과 관련하여, 조세심판원은 다수의 선결정례(조심 2008서4180, 2009.6.23., 국심 2006중3453, 2007.3.30., 조심 2012서5377, 2013.5.16. 외)에서 행정처리 미숙 등으로 당초 벤처기업 확인서상 유효기간 만료일로부터 벤처기업 재확인일까지 일시적인 공백기가 존재하는 경우 계속 세액감면의 적용대상으로 보았고, 이는 벤처기업의 유효기간이 만료된 경우를 단순히 ‘절차적 문제’로 보고, 벤처기업으로서의 ‘실질’을 갖춘 경우에는 벤처기업의 지위가 유지된다고 판단하였다. 따라서 이 건도 쟁점취득일 당시 피인수법인의 벤처기업 확인서상 유효기간이 만료되었다는 사정만으로 명문의 규정이 없는데도 쟁점세액공제 적용대상에서 배제된다고 단정할 수 없다. 2) 피인수법인은 ‘이차전지의 양극재용 첨가제 분말’을 생산하는 전문기업으로, 2019.12.20. 벤처기업법 제25조에 따른 1차 벤처기업 확인(유효기간 : 2019.12.20.~2021.12.19.)을 받은 후, 담당직원의 행정처리 미숙으로 유효기간 갱신절차를 누락하였다가, 2022.12.13. 재확인 신청을 하여 2023.1.11. 2차 벤처기업 확인을 받았다(유효기간 : 2023. 1.11.~2026.1.10.). 3) 피인수법인이 2023.1.11. 2차 벤처기업 확인을 위한 신청서상 ① 기술명 : Jet Mill 최적화 운용에 의한 금속 원재료 분쇄 품질 향상(개발기간 : 2022년 1월~2023년 8월), ② 기술 소개 및 필요성 : 배터리 개발 관련 양극재 및 음극재 관련 소재에 관련된 기술(중략) 등으로 기재되어 있는데, 이는 기술성 및 사업성 측면에서 피인수법인이 계속적으로 영위해오던 사업과 관련한 것이고, 동 기술의 개발기간도 쟁점취득일(2022.2.21.) 이전에 이미 개시된 것이 명확히 확인되므로 피인수법인은 쟁점취득일 현재 벤처기업으로서의 실질을 유지해왔다고 보아야 할 것이다. (2) 청구법인은 처분청 답변내용에 대하여 다음과 같이 항변한다. (가) 처분청은 벤처기업 확인제도가 2021.2.12. 개편되었는데, 피인수법인이 당초 벤처기업으로 확인받은 것은 ‘개편 전’ 제도에 의한 것[유형 : 보증대출유형(기술평가대출기업)]이고, 피인수법인이 그 이후 2차 벤처기업 확인을 다시 받은 것은 ‘개편 후’ 제도에 의한 것(유형 : 혁신성장유형)으로, 1차 벤처기업 확인서상 유효기간 만료시점(2021. 12.19.)에는 개편 후 폐지된 유형(기술평가대출기업)으로는 벤처기업 확인을 받을 수 없었기 때문에, 이후에 다른 유형의 확인을 받은 것인바, 벤처기업으로서의 실질을 유지하였다고 볼 수 없다는 의견이다. 그러나 ‘벤처기업으로서의 실질’이란 벤처기업 확인제도상 ‘유형’과 같은 형식적인 기준과는 구별되는 것으로, 기술성ㆍ사업성과 같은 벤처기업 자체의 본질적인 요소를 그 표지로 한다. 아울러, ‘쟁점취득일에 피인수법인이 벤처기업 요건을 실질적으로 충족하고 있는지 여부’ 역시 2021.2.12. 개편된 벤처기업 확인제도상 기준(기술성ㆍ사업성 유지)으로 판단하여야 할 것인바, 당초 유형(기술평가대출기업)이 폐지되었는지 여부는 결코 중요하지 않다. (나) 처분청은 피인수법인이 취득 당시에는 개편된 제도의 요건을 충족시키지 못하다가, 나중에 비로소 요건을 충족시키게 되었다고 볼 것인바, 이는 새롭게 벤처기업 확인을 받은 것으로 보아야 한다는 의견이다. 1) 그러나 벤처기업 확인제도는 기존의 보증ㆍ대출유형(기술성, 사업성, 대출실행의 3가지 요건)을 폐지하고, 기업의 기술성ㆍ사업성의 2가지 요건만 충족하면 벤처기업 확인을 받을 수 있도록 그 인증요건이 오히려 축소ㆍ완화되었으며, 개정 전과 후의 평가표상 기술성, 사업성 요건의 내용이 있는 점, 2023.1.11. 2차 벤처기업 확인 시 제출하였던 자료들은 2021년말 기준으로 작성된 점, 당초 1차 벤처기업 확인을 받았던 기술 및 사업은 그 이후 2차 벤처기업 확인을 받았던 기술 및 사업(배터리 개발 관련 양극재 및 음극재 관련 소재에 관련된 기술)과 동일한 점, 2023년 1월경 2차 벤처기업 확인을 받은 기술이 쟁점취득일(2022.2.21.) 이전부터 개발중이었던 점, 피인수법인은 설립 이후 업종의 변경 없이 계속하여 사업을 영위하면서 꾸준하게 성장하고 있었던 점 등을 감안할 때, 쟁점취득일에도 기술성ㆍ사업성 요건을 계속하여 갖추고 있었다고 봄이 타당하다. 2) 구체적으로 피인수법인이 쟁점취득일이 속한 2022년 1월경부터 2023년 8월경까지 개발한 기술자료(기술명 : Jet Mill 최적화 운용에 의한 금속 원재료 분쇄 품질향상)를 제출하여 혁신성장유형으로 2차 벤처기업 확인을 받은 사실을 통해 쟁점취득일 당시 피인수법인이 기술성 및 사업성 요건을 모두 구비하고 있었음이 명확히 확인된다. 3) 위 해당 기술은 피인수법인이 주된 사업목적으로 영위해오던 ‘이차전지소재 관련 비금속 광물분쇄품 제조’에 관한 것으로, 피인수법인은 최초 확인(2019.12.20.)부터 쟁점취득일을 거쳐 2차 벤쳐기업 확인(2023.1.11.)에 이르기까지 해당 사업목적 활동을 지속함으로서 기술성, 사업성 요건을 계속적으로 충족하고 있었다. (다) 처분청은 쟁점규정상 취득일까지의 사전적 의미는, “어떤 일이나 상태 따위에 관련되는 범위의 끝임”을 나타내는 보조사로서 그 상태의 범위가 ‘~까지 유지될 때’를 의미한다며, 취득일 현재까지 벤처기업의 확인이 유지되어야 한다는 의견이다. 1) 그러나, 조세심판원은 창업벤처기업의 세액감면 적용여부와 관련하여, 유효기간이 만료되었더라도 실질적으로 벤처기업 요건을 갖추고 있는 경우 벤처기업 재확인은 ‘절차적 문제’에 불과할 뿐 ‘실체적인 문제’가 아니므로, 적격벤처기업으로 보고 세액감면을 적용해야 한다고 일관되게 판단(국심 2006중3453, 2007.3.30. 외 다수)하였다. 2) 또한, 창업벤처중소기업의 취득세 감면 적용 여부와 관련하여, 해당 감면요건을 규정한「지방세특례제한법」(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전)상 유효기간이 만료된 경우에 있어 세액감면을 적용하지 않는다고 규정하고 있지 않은 점, 법령에 근거 없이 감면기간을 축소하거나 박탈하는 것은 조세법률주의 원칙상 타당하지 않은 점, 국심 2006중3453 외 다수의 선결정례에서 벤처기업 확인서상 유효기간이 만료된 경우에도 법인세 등을 감면받을 수 있다고 판단한 점 등을 근거로, 유효기간이 만료되었더라도 세액감면을 적용하여야 한다고 판단(조심 2019지2529, 2020.7.1.)하였는바, 처분청 의견은 조세심판원의 일관된 판단에 부합하지 않는다. 나. 처분청 의견 (1) 피인수법인은 벤처기업으로 확인을 받은 후, 담당직원의 관리소홀 등으로 벤처기업 유효기간에 대한 연장신청을 누락하였을 뿐, 벤처기업의 실질적인 요건들은 계속 유지하여 왔다고 주장한다. (가) 그러나, 쟁점규정상 쟁점세액공제를 받기 위해서는 벤처기업(대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업)의 주식을 취득하여야 하는데, 벤처기업이란 쟁점규정(조특법 시행령 제11조의4 제2항) 각 호의 어느 하나에 해당하여야 한다. (나) 벤처기업 확인제도는 벤처기업법 제2조의2 제1항 제2호 가목내지 다목에 규정된 일정 요건을 갖춘 기업을 벤처기업으로 확인하고 지원해 주는 제도로, 1998년 시행 이후 지속적인 법 개정을 거쳐, 2021.2.12. 혁신성ㆍ성장성 중심의 ‘민간주도 벤처기업 확인제도’로 전면 개편되어 현재까지 시행중에 있다. <벤처기업 확인제도 가이드북 주요내용> (다)국가통계포털(kosis.kr)에서 제공하는 2019년과 2023년의 벤처기업 확인유형 통계는 다음과 같다. <벤처기업 확인유형 통계 주요내용> (단위 : %) (라)피인수법인은 다음과 같이 1차 및 2차 벤처기업 확인서를 각각 발급받았다. <1차 및 2차 벤처기업 확인서 발급내역> (마)위 개편 내용과 같이 2021.2.12. 전후로 벤처기업의 확인주체, 확인유형, 확인기간 등이 새롭게 달라졌는데, 피인수법인이 벤처기업으로 확인을 받은 날짜는 2019.12.20.과 2023.1.11.이므로 각각 개편 전과 개편 후의 벤처기업 확인제도하에서 확인을 받았다. (바) 구체적으로 피인수법인의 벤처기업 확인서를 보면 2019.12.20. 1차 벤처기업 확인서는 ‘확인유형’이 “기술평가대출기업(중진공)”으로 되어 있고, 2023.1.11. 2차 벤처기업 확인서는 ‘확인유형’이 “혁신성장유형”으로 기재되어 있다. 즉, 1차는 기업이 가진 기술의 경쟁력 등을 평가한 결과를 바탕으로 금융지원(대출)을 받은 경우로 중소벤처진흥공단으로부터 확인을 받은 것이고, 2차는 1차와 다른 사유(혁신성장유형)로 (사)벤처기업협회에서 확인을 받았음을 알 수 있다. (사)개편 후 벤처기업 확인제도에서는 ‘확인유형’이 벤처투자유형, 연구개발유형, 혁신성장유형 등으로 구분되어 있고, 개편 전 기술평가대출기업은 폐지되어 기존 유형으로 벤처기업 재확인을 받을 수 없었다. 또한, OOO상 ‘자주 묻는 질문’에는 다음과 같은 공지사항이 게시되어 있다. (아)위 공지사항의 내용을 보면, 벤처기업 유효기간이 만료되면 간단한 ‘갱신’으로 유효기간 연장이 가능한 것이 아니라, 처음 벤처기업 확인을 받는 것과 동일하게 엄격한 절차를 거쳐야 함을 알 수 있다. 즉, 벤처기업 유효기간 ‘갱신’이라는 표현은 없고, 유효기간 만료 2개월 전부터 만료 후 1개월 이내에 신청하여 ‘재확인’ 절차를 거쳐야만 유효기간을 연장할 수 있는 것이다. (자)청구법인은 피인수법인 담당직원의 관리소홀 등으로 단순 관리절차를 누락하였다고 주장하나, 청구법인이 피인수법인의 주식을 취득할 당시인 2022.2.21.은 벤처기업 확인제도가 개편(2021.2.12.)된 이후이므로 당초 벤처기업 확인유형(기술평가대출기업)으로는 재확인을 받을 수 없는 상황이었다. 따라서, 단순 관리절차를 누락하였다기보다는 개편된 벤처기업 확인제도로는 재확인을 받을 수 없으므로 피인수법인 주식을 취득할 당시 벤처기업 요건을 갖추지 못하였다가, 그 후에 다른 유형(혁신성장유형)의 벤처기업 요건을 갖추어 새로이 벤처기업 확인을 받은 것으로 봄이 합리적이다. (차)벤처기업 확인절차를 보면, 기업이 벤처기업 확인을 신청하면 확인기관 접수(7일 내외), 전문평가기관 평가(28일 이내), 벤처기업 확인위원회심의(14일 내외)를 거쳐 확인서 발급(1일)을 하고 있고, 확인주체, 위원회 구성, 유효기간 한정 등으로 엄격하게 관리되고 있음을 알 수 있다. 이처럼 엄격한 관리규정을 두고 있는 점을 감안할 때, 설령 실질적으로 벤처기업 요건을 갖추었다 하더라도 유효기간이 만료된 경우에는 벤처기업으로 보지 않는 것이 제도의 취지ㆍ공평성ㆍ예측 가능성ㆍ안정성 측면에서 타당하다. 하물며 피인수법인과 같이 벤처기업 확인유형이 다른 확인서를 두고 그 실질이 벤처기업으로서 동일한 연속성이 있다고 주장하며, 유효기간이 만료된 기간에도 벤처기업으로 간주하여 쟁점세액공제를 적용해야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다. (카) 위 내용을 종합해 볼 때, 청구법인이 주식을 취득할 당시 피인수법인이 실질적으로 동일한 벤처기업 요건을 갖추고 있었다는 주장이 성립되려면, 벤처기업으로 확인을 받기 위한 동일한 조건이 충족되어야 하는데, 1차 유형(기술평가대출기업)은 폐지되었으므로 피인수법인이 유효기간 연장을 위해 재확인 신청을 하였다 하더라도 유효기간을 연장할 수 없었다. 즉, 피인수법인 주식을 취득할 당시 벤처기업으로서 실질적인 요건을 유지하였다는 주장은 타당하지 않다. (2) 청구법인은 쟁점규정(조특법 시행령 제11조의4 제2항 제1호)의 문리해석상 “취득일까지”란 “취득일 이전”에 대한 의미를 내포하고 있다고 주장한다. (가) 그러나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 외 다수). (나)쟁점규정상 “취득일까지”에서 ‘~까지’의 사전적 의미는 “어떤 일이나 상태 따위에 관련되는 범위의 끝임을 나타내는 보조사”로 그 상태의 범위가 ‘~까지 유지될 때’를 의미하는 것이다. (다) 청구법인은 문언상 “취득일까지”는 “취득일 이전”에 대한 의미가 내포되어 있으므로 벤처기업으로 확인받은 이력이 있으면 쟁점규정의 요건을 충족한다는 취지로 주장하는데, 만약, 청구주장이 받아들여진다면 한 번 벤처기업으로 확인을 받기만 하면 이후에 벤처기업 요건을 충족하지 않더라도 영구적으로 쟁점규정을 적용할 수 있게 된다. 이는 쟁점규정의 취지와 목적에 비추어 볼 때 타당하지 않고, 이러한 해석은 결국 확장ㆍ유추 해석에 해당한다고 보지 않을 수 없다. (라) 문리해석 측면에서 보더라도 ‘~까지’는 그 상태가 현재까지 유지됨을 의미하므로, 벤처기업으로 확인받아 현재까지 벤처기업으로 유지되었을 경우로 해석하는 것이 문언 그대로의 해석일 것이고, 조세공평의 원칙에 부합하는 엄격해석이라고 할 수 있다. (3) 조특법 제46조의8에서 벤처기업이었던 기업의 주주까지 양도소득세 과세이연 혜택을 적용받을 수 있는 것과 같이 이 건에 있어 세제 혜택의 폭을 넓게 인정해야 한다고 주장한다. (가) 그러나, 조특법 제46조의8은 벤처기업 주주가 벤처기업 주식을 매각한 자금으로 일정기간 내에 다른 벤처기업에 재투자한 경우 양도소득세 과세를 이연받을 수 있도록 한 제도로 벤처업계 성장을 지원하기 위해 2014.1.1. 신설된 제도이다. (나) 위 규정에 “벤처기업 또는 벤처기업이었던 기업이 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 이후 7년 이내 기업의 주주”로 명확히 규정되어 있고, 조특법 시행령 제43조의8 제1항에 적용대상을 벤처기업 또는 벤처기업이었던 기업이 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 이후 7년 이내 기업(‘매각대상기업’)의 ‘창업주 또는 발기인’으로 매각대상기업의 주주인 자ㆍ7년 이내 기업의 주주로 한정하고 있어, 벤처기업이었을 당시의 “창업주, 발기인, 주주, 7년 이내” 등의 요건을 갖추었을 때 한정적으로 혜택을 주고 있다. (다)따라서, 쟁점규정이 위 규정에 비해 세제 혜택을 좁게 인정하고 있다고 보기 어렵고, 더욱이 쟁점규정은 “취득일까지 벤처기업으로 확인받은 기업”이라고 규정되어 있을 뿐이므로, 조특법 제46조의8을 예로 들며, 쟁점규정에 대해서 과거 벤처기업이었던 기업의 주식을 취득하는 것도 세액공제를 받을 수 있다고 주장하는 것은 타당하지 않다. (4) 쟁점규정과 조특법 제6조 제2항을 살펴볼 때, 실질적인 벤처기업 요건을 갖추었으면 세액감면ㆍ세액공제가 가능하다고 볼 수 있는 근거는 없다. (가)2016.12.20. 법률 제14390호로 개정된 조특법 제6조 제2항의 창업벤처중소기업 세액감면은 벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 세액감면을 받을 수 있고, 감면기간 중 벤처기업 확인이 취소되거나 유효기간이 만료될 경우 그 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용받을 수 없다고 규정되어 있다. (나)조특법 제6조 제2항은 청구주장과 같이 특정 시점에 벤처기업으로 확인만 받으면 족한 것이 아니라, 확인받은 후 특정 시점(5년)까지 유효한 벤처기업 확인서가 유지될 것을 요구한다. (다) 쟁점규정의 “~까지”에 대한 사전적ㆍ법률적 의미는 그 날을 포함한다는 의미로 취득일 당일까지 벤처기업 확인서가 유효함을 요구하는 것이다. <국어사전상 “~까지”의 의미> (라)일상에서 쓰일 수 있는 ‘나는 5시부터 7시까지 청소를 했다’는 문장을 예로 들어보면, 위 문장은 5시부터 연속하여 7시 정각을 포함한 시간까지 2시간을 청소했다는 의미라는 것은 누구나 알 수 있다. 5시부터 6시 30분까지 1시간 30분 동안 청소를 하였는데, “~까지”가 이전에 대한 의미를 내포하고 있으므로 이를 7시까지 청소를 했다라고 표현할 수는 없는 것이다. (마) 청구법인은 1차 벤처기업 확인서(2019.12.20.~2021.12.19.)를 받았으니, 쟁점취득일(2022.2.21.)에 벤처기업 확인을 받은 상태가 아니더라도, 취득일까지 벤처기업으로 확인받은 기업이라는 청구주장은 위 사례에서 5시부터 6시 30분 동안 청소를 하고나서 7시까지 청소를 했다고 표현하는 것이 옳다고 주장하는 것과 다를 바 없다. (바) 이처럼 “~까지”의 사전적ㆍ법률적 의미는 그 날(그 시점)까지 포함한다는 의미이므로 쟁점규정의 “취득일까지”의 규정은 취득일 그 당일을 포함하여 벤처기업으로 확인받은 상태에 놓여있어야 함이 문리해석상 타당하다. (사) 따라서, 피인수법인이 취득일 시점에 벤처기업으로 확인받은 상태가 아니면 문언상 쟁점규정을 충족하지 못한 것이다. (5) 조세심판원 선결정례(조심 2021부5503, 2022.10.18.) 및 법원 판례(1심 부산지방법원 2023구합20103, 2심 부산고등법원 2023누22870, 3심 대법원 2024두63984)에서 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우 법인세 감면이 적용될 수 없다고 판시하였다. 조심 2021부5503, 2022.10.18.은 첨단기술기업의 지정 유효기간이 2019.9.6.만료된 청구법인의 경우 2019사업연도 종료일 현재에는 조특법 제12조의2에서 규정한 감면요건을 충족하고 있지 아니하므로 2019사업연도에 대한 세액감면을 적용하지 않는 것이 타당하다고 결정하였다. 부산지방법원 2023구합20103도 쟁점조항에 따른 법인세 감면이 적용되기 위해서는 해당 과세연도의 종료일까지 첨단기술기업의 지정이 유지되어야 하고, 그 이전에 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우에는 원칙적으로 쟁점조항에 따른 법인세 감면이 적용될 수 없다고 봄이 타당하다고 판시하였다. 고등법원과 대법원 역시 같은 결론으로 종결되어, 첨단기술기업으로 지정을 받은 기업이란 그 시점에 첨단기술기업으로 지정을 받은 상태로 유지한 기업이라는 점을 명확히 하였고, 그 전에 유효기간이 종료되었으면 조특법상 세액감면을 적용받을 수 없다는 점을 확인하였다. 따라서, 쟁점규정은 위 판례와 같이 최초 취득일 그 시점에 벤처기업 확인서상 유효기간이 종료되었으면 조특법상 세액공제를 적용받을 수 없는 것으로 보아야 한다. (6) 청구법인은 조심 2018서2607, 2018.12.27.(취소) 등을 예로 들며 벤처기업 유효기간이 만료되었더라도 기업이 실질적인 벤처기업 요건을 갖추고 있는 경우, 적격벤처기업으로 보아 세액감면 적용을 인정하였으므로, 이 건도 실질적인 벤처기업 요건을 갖추었다면 쟁점세액공제를 적용해야 한다고 주장한다. 그러나 위 선결정례는 2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전 조특법 제6조 제2항의 창업벤처중소기업 세액감면에서 벤처기업 확인서상 유효기간이 만료되었을 경우 세액감면을 적용할 수 있는지 여부에 대한 결정이다. 위 개정 전 조특법 제6조 제2항은 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 않는다고 규정되어 있고, 벤처기업 확인서상 유효기간이 만료된 경우에 대한 규정이 없었다. 따라서 벤처기업 확인이 취소된 것이 아니고, 단지 벤처기업 확인서상 유효기간이 만료되었다는 점, 벤처기업의 실체가 바뀌지 않은 점 등을 고려할 때 감면적용을 배제하는 것은 타당하지 않다고 결정한 것이다. 위 선결정례는 벤처기업 확인서의 유효기간이 만료된 경우와 벤처기업 확인이 취소된 경우가 다르다는 점을 강조하고, 개정 전 조특법에 유효기간 만료된 경우 감면을 적용하지 않는다는 규정이 없으므로 벤처기업 확인서상 유효기간이 만료되었더라도 벤처기업의 실체가 유지되었다면 감면배제가 타당하지 않다는 것이지, 실질적인 벤처기업 요건이 충족하면 모두 감면을 적용할 수 있다는 결정이 아니다. 2016.12.20. 법률 제14390호로 개정 된 조특법 제6조 제2항은 벤처기업 확인이 취소된 경우와 벤처기업 확인서의 유효기간이 만료된 경우 모두 감면을 적용할 수 없다고 개정되었으므로 개정 이후에는 위와 같은 다툼은 발생되지 않고 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 벤처기업확인 유효기간이 만료된 피인수법인의 주식 취득과 관련하여, 피인수법인이 위 주식취득일 전에 이미 벤처기업으로 확인받았었고, 실질상 벤처기업 요건을 충족ㆍ유지하였으므로 조특법 제12조의4에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 적용대상이라는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. (2) 조세특례제한법 (가) 2016.12.20. 법률 제14390호에 따라 개정되기 전의 것 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ②「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2018년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다. (나) 2016.12.20. 법률 제14390호에 따라 개정된 것 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ②「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 “벤처기업”이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2018년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다. 1. 벤처기업의 확인이 취소된 경우 : 취소일 2.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조 제2항에 따른 벤처기 업확인서의 유효기간이 만료된 경우(해당 과세연도 종료일 현재 벤처기업으로 재확인받은 경우는 제외한다) : 유효기간 만료일 제12조의2(연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면) ①「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」제2조 제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 구역의 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)에서 생물산업ㆍ정보통신산업 등 대통령령으로 정하는 사업(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하는 경우에는 제2항부터 제8항까지의 규정에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다. 1.「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」제9조제1항에 따라 2028. 12.31.까지 지정을 받은 첨단기술기업 2.「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」제9조의3 제2항에 따라 2028.12.31.까지 등록한 연구소기업 제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 내국법인(이하 이 조에서 “인수법인”이라 한다)이 2027년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 “피인수법인”이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. 1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 “취득일”이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것.(후략) (3) 조세특례제한법 시행령 제11조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ①법 제12조의4제1항 제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 “최초취득일”이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식등”이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 「법인세법 시행령」제50조 제2항에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다. ② 법 제12조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다. 1. 취득일까지「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업 (4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2021.4.20. 법률 제18104호로 일부 개정된 것) 제25조(벤처기업의 해당 여부에 대한 확인) ① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관의 장에게 확인을 요청할 수 있다. ② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받은 날부터 중소벤처기업부령으로 정하는 기간 내에 제25조의4 제1항에 따른 벤처기업확인위원회(이하 “벤처기업확인위원회”라 한다)의 심의를 거쳐 벤처기업 해당 여부를 확인하고 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면, 다음과 같이 사실들이 확인된다. (가) 쟁점규정은 2013.5.15. 관계부처 합동으로 발표한「벤처ㆍ창업 자금 생태계 조성 대책」시행을 위하여 2014.1.1. 조특법 개정을 통해 신설된 것으로, 기술혁신형 주식취득에 대하여 인수법인이 지급한 인수가액 중 일정한 금액을 법인세에서 공제함으로 벤처창업자 등의 투자금 회수, 벤처기업에 대한 재투자 지원 및 기술획득을 목적으로 하는 기업 간 M＆A를 활성화하기 위한 목적으로 제정되었다. <2013년 세법개정안 국회기재위 의결(주요 내용)><벤처생태계 활성화를 위한 세제지원> (나) 피인수법인의 1차 및 2차 벤처기업 확인서상 주요 내용은 다음과 같다. <1차 및 2차 벤처기업 확인서상 주요 내용> (다) 피인수법인이 2022년 12월경 2차 벤처기업 확인 신청 시 제출한 자료는 다음과 같다. <2차 벤처기업 확인 신청 시 제출자료(주요 내용)> (라) 2021.2.12. 벤처기업법이 개정되어 기존의 보증대출유형이 폐지되고 혁신성장유형이 신설되었고, 정부가 제출한 벤처기업법 일부개정법률안 검토보고서와 보도자료상 주요내용은 다음과 같다. <벤처기업법 개정법률안 검토보고서(주요내용)><벤처기업확인제도 개편 관련 보도자료(2020.5.4., 주요내용)> (마) 벤처기업법이 개정되기 전과 후 피인수법인이 벤처기업으로 확인받은 유형(1차 : 보증대출유형, 2차 : 혁신성장유형)의 평가 항목은 다음과 같다. <피인수법인의 벤처기업확인제도 개편 전ㆍ후 평가표> (2) 청구법인이 쟁점규정상 쟁점세액공제 적용대상인지 여부를 판단함에 있어, 피인수법인이 조특법 시행령 제11조의4 제2항 제1호의 벤처기업(기술혁신형 중소기업) 해당 여부 외에 조특법 제12조의4 제1항 각 호의 요건을 모두 갖추어 피인수법인의 주식을 취득하였다는 것에 대하여는 청구법인과 처분청 간 이견이 없다. (3) 국세청장의 쟁점규정에 대한 과세기준자문 회신내용(기준-2024 -법규법인-130, 2025.1.15.)은 다음과 같다. <국세청장의 과세기준자문 회신내용> (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 조특법 제12조의4 제1항은 “내국법인(인수법인)이 2027년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(피인수법인)의 주식 또는 출자지분(주식등)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조의4 제2항은 “법 제12조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다”고 규정하면서 제1호에 “취득일까지「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업”이라고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점취득일 이전에 벤처기업 확인을 받은 후 쟁점취득일 현재 일시적으로 벤처기업 확인서상 유효기간이 만료되었더라도 실질상 벤처기업 요건(사업성, 기술성)을 유지한 경우와 만료 이후 벤처기업 재확인을 받은 경우에는 쟁점세액공제 적용대상에 해당하므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 외 다수), 피인수법인의 1차 벤처기업 확인서에 따르면, 청구법인이 쟁점주식을 취득할 당시인 쟁점취득일(2022.2.21.) 현재 피인수법인은 벤처기업확인 유효기간(2019.12.20.~2021.12.19.)이 만료된 것으로 확인되는 점, 청구법인이 제시한 선결정례(조심 2008서4180, 2009.6.23. 외 다수)는 구「조세특례제한법」(2016.12.20. 법률 제14390호에 따라 개정되기 전의 것)에 따른 창업벤처중소기업 세액감면 등에 대한 것으로, 해당 법률이 개정된 후에는 벤처기업 확인서상 유효기간이 만료된 경우 세액감면의 적용을 배제하고 있는 점, 쟁점취득일 현재 벤처기업확인 유효기간이 만료되었음에도 쟁점세액공제를 적용할 경우 주식 취득일 이전에 벤처기업 확인을 한 번만 받게 되면 향후 주식 취득일 현재 벤처기업이 아니어도 기한 없이 쟁점세액공제를 적용받게 되는 불합리함이 발생하는바, 쟁점규정상 주식등을 “취득일까지”의 문언은 그 취득일 당일을 포함하여 벤처기업으로 최종 확인받은 상태로 놓여있어야 하는 것으로 해석ㆍ적용함이 타당해 보이는 점, 피인수법인이 1차 벤처기업 확인서상 유효기간이 만료된 이후 2023.1.11. 2차 벤처기업 확인을 받았으나, 확인유형(기술평가대출기업, 혁신성장유형)과 확인기관(중소벤처진흥공단, 벤처기업협회)이 각각 상이한 것으로 나타나는 점, OOO상 ‘자주 묻는 질문’에 따르면, 벤처기업 유효기간이 만료되면 간단한 ‘갱신’으로 유효기간 연장이 가능한 것이 아니라, 처음 벤처기업 확인을 받는 것과 동일하게 엄격한 절차를 거쳐야 함을 알 수 있고, 벤처기업 유효기간 ‘갱신’이라는 표현은 없고, 유효기간 만료 2개월 전부터 만료 후 1개월 이내에 신청하여 ‘재확인’ 절차를 거쳐야만 유효기간을 연장할 수 있다고 공지되어 있어 유효기간이 만료된 이후에는 벤처기업법상 벤처기업에 해당하는지 제3자 등이 객관적으로 확인하기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.