「지방세법」 제13조의2 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제28조의 제8호에서는 주택을 취득하고 3년이 경과할 때까지 주택을 신축ㆍ판매하지 아니한 경우에는 처음부터 중과대상으로 본다고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점주택을 멸실시키고도 학원용 건축물을 신축한 이상, 취득 당시부터 중과대상이었던 것으로 보아 납부지연가산세를 산정하는 것이 타당하므로, 쟁점주택의 소유권이전등기 접수일의 다음 날을 납부지연가산세의 기산일로 보아 가산세를 부과한 처분은 적법함

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 2021.7.23. 주택신축판매업 사업자등록을 한 자로서, 2021.8.13. 서울특별시 강남구 OOO 단독주택(토지 363.7㎡, 건축물 130.94㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 매매로 취득한 후, 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법 시행령」(2021.4.27. 대통령령 제31646호로 개정된 것, 이하 같다) 제28조의2 제8호 나목 6)에 따라 주택신축판매업을 영위할 목적으로 사업자 등록을 한 자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택으로 보아 「지방세법」(2021.7.8. 법률 제18294호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제8호 다목의 세율(1천분의 30)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 나. 처분청은 청구인이 쟁점주택을 멸실하고 2023.6.7. 교육연구시설(학원) 용도의 건축물을 사용승인 받은 사실을 확인하고, 2025.4.10. 「지방세법 시행령」 제28조의2 제8호 단서에 따른 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우에 해당한다고 보아, 「지방세법」 제13조의2 제1항 제3호의 세율(1천분의 120)을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(과소신고가산세 OOO원 및 납부지연가산세 OOO원 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구인에게 부과ㆍ고지하였고, 청구인은 2025.7.15. 이의신청을 하였으나 서울특별시는 2025.9.29. 기각 의결하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인이 쟁점주택을 취득할 때 중과세 대상 주택으로 보지 않아 표준세율에 따라 성립한 납세의무는 청구인이 쟁점주택 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않아 중과세 제외 요건을 성취하지 못한 후발적인 사유 발생으로 중과세 적용 대상이 된 경우의 납세의무와 다른 별개의 것으로 보아야 하고, 「지방세법」 제20조 제3항에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 그 후발적 사유 발생일부터 60일 이내에 취득세를 신고ㆍ납부할 의무가 있다. (2) 행정안전부 유권해석 사례에서 본 쟁점 토지는 주택건설사업에 직접 사용할 목적으로 취득하여 표준세율을 적용받았으나, 2년 이내 매각하여 후발적인 사유로 인해 매각 당일 납세의무가 성립하므로 이에 따른 종류별 가산세는 그 사유가 발생한 날로부터 60일 이내에 법령에 따른 신고납부 의무를 이행했는지의 여부에 따라 신고납부 기간의 다음 날부터 부과할 수 있는 것으로 판단된다(부동산세제과-1444, 2023.12.22.)고 하였다. (3) 그렇다면 청구인이 쟁점주택 취득일(소유권이전등기 접수일로 2021.8.13.)부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않았으므로 중과세 제외 요건을 성취하지 못한 후발적 사유가 2024.8.13. 발생한 것으로 보아, 후발적 사유 발생일부터 60일(2024.10.12.) 이내에 취득세 신고ㆍ납부의무가 성립하므로 납부지연가산세의 기산일은 2024.10.13.로 보아야 한다. (4) 예비적으로 청구인이 2023.6.7. 교육연구시설(학원) 용도의 건축물의 사용승인을 받았으므로 주택이 아닌 일반건축물을 신축한 날 중과세 제외 요건을 성취하지 못한 후발적 사유가 발생한 것으로 보아, 후발적 사유 발생일부터 60일(2023.8.6.) 이내에 취득세 신고ㆍ납부의무가 성립하므로 납부지연가산세의 기산일은 2023.8.7.로 보아야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 「지방세법」 제13조의2 제1항 제3호에서 주택을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우에는 같은 법 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 같은 항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제28조의2 제8호 나목 6)에서 주택신축판매업을 영위할 목적으로 「부가가치세법」 제8조 제1항에 따라 사업자 등록을 한 자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택은 「지방세법」 제13조의2 제1항을 적용할 때 중과세 대상으로 보지 않되, 같은 호 단서에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우는 제외한다고 규정하고 있다. (2) 「지방세법」 제21조 제1항 제1호에서 취득세 납세의무자가 같은 법 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우에는 산출세액 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고, 「지방세법」 제20조 제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 같은 법 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있다. (3) 청구인은 「지방세법」 제13조의2 및 같은 법 시행령 제28조의2 제8호 나목 6)에 따른 중과세 제외 대상으로 신고하였다가 쟁점주택을 멸실하고 2023.6.7. 교육연구시설(학원) 용도의 건축물을 신축함에 따라 중과세 제외 요건을 충족하지 못하여 중과세 대상으로 전환되었는데, 청구인이 당초 중과세 제외 대상으로 취득세를 신고ㆍ납부한 것은 취득세를 경감받은 것이 아니라 원래 적용하여야 할 세율을 낮게 신고한 것에 해당하므로 「지방세법」 제20조 제2항 및 제3항을 적용하기는 어렵다. (4) 청구인의 쟁점주택 취득은 「지방세법」 제13조의2에 따른 것인바, 해당 규정에서는 주택 취득 시 중과세를 적용하지 않았으나 그 후 중과세 대상이 되었을 때 후발적인 사유 등에 대하여 별도의 신고ㆍ납부 규정이 존재하지 아니하므로 별개의 납세의무가 성립한 것으로 보기 어렵고, 쟁점주택에 대한 소유권이전등기 접수일인 2021.8.13.을 취득세 법정납부기한으로 보아야 한다. (5) 그렇다면 쟁점주택에 대하여 취득세 법정납부기한 다음 날(2021.8.14.)을 기준으로 납부지연가산세를 산정한 이 건 취득세 등 부과처분은 달리 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 납부지연가산세의 기산일을 쟁점주택의 취득세 법정납부기한(소유권이전등기 접수일)의 다음 날로 보아 가산세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 참조 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제출한 자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인이 쟁점주택을 취득할 당시 1세대 3주택 이상을 보유하고 있었다는 사실에 대해서는 다툼이 없다. (나) 청구인은 2021.7.23. 주택신축판매업 사업자등록을 하였다. (다) 청구인은 쟁점주택을 매매를 원인으로 취득하고, 2021.8.13. 「지방세법 시행령」 제28조의2 제8호 나목 6)에 따라 「지방세법」 제11조 제1항 제8호 다목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하고, 같은 날 소유권이전등기 접수 신청을 하였다. (라) 청구인은 쟁점주택 취득일부터 1년이 경과하기 전에 쟁점주택을 멸실하고, 2023.6.7. 교육연구시설(학원) 용도의 건축물을 신축하여 처분청으로부터 사용승인을 받았다. (마) 처분청은 2025.4.10. 청구인에게 납부지연가산세의 기산일을 쟁점주택의 법정납부기한(소유권이전등기 신청일)의 다음 날로 보아 산출한 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과ㆍ고지하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 「지방세법」 제13조의2 제1항 제3호에서 주택을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우에는 같은 법 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 같은 항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제28조의2 제8호 나목 6)에서 주택신축판매업을 영위할 목적으로 「부가가치세법」 제8조 제1항에 따라 사업자 등록을 한 자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택은 「지방세법」 제13조의2 제1항을 적용할 때 중과세 대상으로 보지 않되, 같은 호 단서에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우는 제외한다고 규정하고 있다. 「지방세법」 제21조 제1항 제1호에서 취득세 납세의무자가 같은 법 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우에는 산출세액 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고, 「지방세법」 제20조 제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 같은 법 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 청구인은 주위적으로 쟁점주택 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우 그때 중과세 제외 요건을 성취하지 못한 후발적 사유가 발생한 것으로 보아, 후발적 사유 발생일부터 60일이 지난 날의 다음 날이 납부지연가산세의 기산일이고, 예비적으로 주택이 아닌 일반건축물을 신축한 날 중과세 제외 요건을 성취하지 못한 후발적 사유가 발생한 것으로 보아, 후발적 사유 발생일부터 60일이 지난 날의 다음 날이 납부지연가산세의 기산일이라고 주장한다. (다) 그러나, 청구인은 쟁점주택 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매할 것을 조건으로 표준세율(1천분의 30)을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고ㆍ납부하였으나 2023.6.7. 교육연구시설(학원) 용도의 건축물을 신축함에 따라 중과세 제외 요건을 충족하지 못하게 된 점, 이 사안에서는 소유권이전등기 신청일(2021.8.13.)이 법정납부기한이고 당초부터 쟁점주택은 「지방세법」 제13조의2 제1항에 따른 중과세 대상 주택으로 보아야 하므로 청구인은 원래 신고ㆍ납부하여야 할 세액보다 과소 신고ㆍ납부한 점, 주택신축판매업자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택에 대한 중과세 대상 제외는 「지방세법」 제20조 제3항에서 규정하고 있는 비과세, 과세면제 또는 경감에 해당하지 아니한 점(조심 2025지0388, 2025.9.4., 같은 뜻임), 납부지연가산세의 기산일을 소유권이전등기 접수일의 다음 날로 보는 것이 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하여 중과세율(1천분의 120)로 산출한 취득세 등을 납부한 자와의 조세 형평에 부합하는 점(조심 2025지1827, 2025.10.21., 같은 뜻임) 등을 종합하면, 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리 결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 지방세법(2021.7.8. 법률 제18294호로 개정된 것) 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 7. 그 밖의 원인으로 인한 취득 나. 농지 외의 것: 1천분의 40 8. 제7호 나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 주택[「주택법」 제2조 제1호에 따른 주택으로서 「건축법」에 따른 건축물대장ㆍ사용승인서ㆍ임시사용승인서 또는 「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}된 주거용 건축물과 그 부속토지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 세율을 적용한다. 이 경우 지분으로 취득한 주택의 제10조에 따른 취득 당시의 가액(이하 이 호에서 “취득당시가액”이라 한다)은 다음 계산식에 따라 산출한 전체 주택의 취득당시가액으로 한다. 다. 취득당시가액이 9억원을 초과하는 주택: 1천분의 30 제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다. 3. 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 4주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우: 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율 제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. ② 취득세 과세물건을 취득한 후에 그 과세물건이 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율의 적용대상이 되었을 때에는 대통령령으로 정하는 날부터 60일 이내에 제13조 제1항부터 제7항까지의 세율(제16조 제6항 제2호에 해당하는 경우에는 제13조의2 제3항의 세율)을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 신고ㆍ납부기한 이내에 재산권과 그 밖의 권리의 취득ㆍ이전에 관한 사항을 공부(公簿)에 등기하거나 등록[등재(登載)를 포함한다. 이하 같다]하려는 경우에는 등기 또는 등록 신청서를 등기ㆍ등록관서에 접수하는 날까지 취득세를 신고ㆍ납부하여야 한다. 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다. 1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우 (2) 지방세법 시행령(2021.4.27. 대통령령 제31646호로 개정된 것) 제28조의2(주택 유상거래 취득 중과세의 예외) 법 제13조의2 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 “주택”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다. 8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 멸실시킬 목적으로 취득하는 주택. 다만, 나목 6)의 경우에는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않거나 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 주택을 신축하여 판매하지 않은 경우는 제외하고, 나목 6) 외의 경우에는 정당한 사유 없이 3년[나목 5)의 경우 2년]이 경과할 때까지 해당 주택을 멸실시키지 않은 경우는 제외한다. 나. 다음 중 어느 하나에 해당하는 자가 주택건설사업을 위하여 취득하는 주택. 다만, 해당 주택건설사업이 주택과 주택이 아닌 건축물을 한꺼번에 신축하는 사업인 경우에는 신축하는 주택의 건축면적 등을 고려하여 행정안전부령으로 정하는 바에 따라 산정한 부분으로 한정한다. 6) 주택신축판매업[한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업과 주거용 건물 건설업(자영건설업으로 한정한다)을 말한다]을 영위할 목적으로 「부가가치세법」 제8조 제1항에 따라 사업자 등록을 한 자