이유
1.처분개요

가.청구인은 1984.11.21. OOO(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 재건축사업을 통해 2001.12.17. 같은 동OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득한 후 2006.3.30. 양도하면서「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)을 적용, 쟁점종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 양도일까지의 양도소득금액을 감면하여 양도소득세를 신고하였다.

나.처분청은

조특법 제99조의3

의 감면규정을 적용함에 있어 쟁점종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아 2012.5.11. 청구인에게 당초 감면소득금액에서 이를 차감하여 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.8.2. 이의신청을 거쳐 2012.11.16. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

(1)처분청이 쟁점종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액의 감면을 배제한 처분은 아래와 같은 이유로 부당하다.

(가)세법을 적용함에 있어서 그 해석이 법문에 분명하지 아니할 경우 과세관청의 공적인 견해에 의존할 수밖에 없는 것이 현실이고, 이에 따라 청구인은 쟁점신축주택의 양도에 대한 양도소득세를 신고할 당시 존재하던 과세관청의 공적인 견해인 국세청 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)를 신뢰하여

조특법 제99조의3

의 양도소득세 과세특례를 적용, 준공전 양도소득을 감면소득에 포함하여 양도소득세를 신고하였다.

(나)처분청은 청구인이 양도소득세를 신고한 후 변경된 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 소급적용, 감면세액을 재계산하여 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세OOO원을 부과하였고, 이에 따라 양도당시의 국세청 예규를 신뢰하고 감면규정을 적용한 청구인에게 예상하지 못한 손실이 발생하였다.

(다)처분청의 공적인 견해가 널리 받아들여진 후 동일한 사안에 대하여 견해를 변경하고 이를 소급하여 적용하는 것은 청구인을 포함한 납세자들의 신뢰이익을 침해하는 것인바, 과세관청의 변경된 예규는 이를 표명한 이후에 한하여 적용되는 것이 타당함에도 청구인에게 양도소득세를 부과한 것은 신의성실의 원칙에 위반되므로 취소되어야 한다.

(2)설령 쟁점종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액의 감면을 배제한 처분이 타당하다 하더라도 청구인은 쟁점신축주택의 양도소득세 신고 당시 널리 받아들여진 과세관청의 공적인 견해에 따라

조특법 제99조의3

을 적용하여 양도소득세를 신고하였는바, 양도소득세를 과소신고·납부한 것에 대해 청구인의 과실이 없으므로, 청구인에게 부과된 납부불성실가산세OOO 취소되어야 한다.

나.처분청 의견

(1)청구인은 이 건 과세처분에 대해 처분청이 소급과세금지 및 신의성실의 원칙을 위반하였다고 주장하고 있으나,

종전 국세청 예규가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하지 않았으므로 소급과세금지 또는 신의성실의 원칙에 위배되지 않으며, 신축주택의 취득일로부터 5년 내 양도한 양도소득금액만을 감면한다는 관련법령에 따라 적정하게 신고·납부한 납세자도 다수 존재하고 있어 이들과의 과세형평에 비추어 볼 때 쟁점종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액의 감면을 배제한 처분은 정당하다.

또한

「소득세법」제114조

(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지)는 납세지 관할 세무서장은 예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있어 부과제척기간 내에는 경정이 가능하므로 이 건 과세처분은 소급과세에 해당하지 않는다.

신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다고 규정한

조특법 제99조의3

제1항의 전체문언을 고려할 때 감면대상 소득금액은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하여야 하며, 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수 없다고 보이므로, 이 건 과세처분은 정당하다.

(2)가산세의 경우에도 위에서 본 바와 같이 처분청은 부과제척기간 내에는 경정이 가능하고, 이 건 과세처분은 소급과세금지 및 신의성실의 원칙에 위배되지 아니하며, 납세자의 법령의 무지 또는 오인은 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분은 타당하다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

①(주위적 청구)재건축사업에 의하여 종전주택을 멸실

하여 신축주택을 취득하고 그 취득일부터 5년 이내 양도한

경우, 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지

발생한 양도소득금액이

「조세특례제한법」제99조의3

의

적용대상인지 여부

②(예비적 청구)청구인이 국세청 예규를 신뢰하여

조특법 제99조의3

에 따른 양도소득세 과세특례를 적용하였으므로 이에 대해 가산세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나.사실관계 및 판단

(1)청구인이 제출한 쟁점종전주택의 집합건축물대장·등기부등본, 쟁점신축주택의 집합건축물대장·등기부등본·부동산매매계약서 등에 따르면, 쟁점종전주택은 1984.11.21. 청구인에게 소유권이전등기되었다가 1999.12.3. OOO주택조합으로 소유권이전등기된 후 멸실되었으며, 쟁점신축주택은 2002.2.6.(집합건축물대장상 소유권등록일은 2001.12.17.) 청구인에게 소유권보존등기되었다가 2006.3.30.(매매계약일은 2006.2.13.) OOO에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다.

(2)청구인의 쟁점신축주택의 양도소득세 과세표준 신고서, 처분청의 이 건 양도소득세 경정결의서 등에 따르면, 청구인은 2006.3.30. 쟁점신축주택을 OOO원에 양도하고, 2006.4.20.

조특법 제99조의3

의 양도소득세 과세특례규정을 적용하여 양도소득세의 100% 감면을 신청하면서 동 감면에 대한 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부한 것으로 나타나며, 처분청은 쟁점종전주택의 취득일(1984.11.21.)부터 쟁점신축주택 취득일(2001.12.17.) 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지한 것으로 나타난다.

(3)국세청 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)에서

조특법 제99조

제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액이란 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 ‘취득당시’ 또는 ‘취득일’이란 자기가 건설한 신축주택에 있어서는

「소득세법 시행령」제162조

제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 기재되어 있다.

(4)국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에는 단독주택을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 : 2003.4.30.)한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은

조특법 제99조의3

에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이며, 신축주택의 취득일(2003.4.30.)로부터 5년이 되는 날은 2008.4.30.까지라고 기재되어 있다.

(5)「조세특례제한법」(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항에서 신축주택취득기간(2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간) 내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 자기가 건설한 신축주택으로서 그 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정되어 있다.

(6)쟁점①에 대하여 본다.

청구인은 처분청이 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 과세근거로 하여 양도소득세 감면세액을 추징한 것은 신의성실의 원칙, 소급과세금지의 원칙에 위배된 것이라고 주장하고 있으나,

조특법 제99조의3

은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 같은 조 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정되어 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면대상이 되는 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이란

신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이고(조심 2012서4568, 2012.11.26., 조심 2012서4392, 2012.11.30.

외 다수 같은 뜻임), 종전 국세청 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8. 등)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로, 쟁점신축주택의 양도에 따른 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니하는 기간(쟁점종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 기간)을 감면배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(7)쟁점②에 대하여 본다.

청구인은 쟁점신축주택의 양도소득세 신고 당시 널리 받아들여진 과세관청의 공적인 견해에 따라

조특법 제99조의3

을 적용하여 양도소득세를 신고하였으므로 이를 과소신고·납부한 것에 대해

청구인에게 그 귀책사유를 물어 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하고 있으나,

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나(대법원 2005.11.25 선고 2004두930 판결 등 참조), 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2007.4.26. 선고 2005두10545 판결 참조), 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위반하였다거나 처분청이 청구인에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.