주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 2005.11.14. ○○○ 대지 1,584.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여, 2007.3.9. 이를 양도하고 2008.5.31. 양도소득 과세표준확정신고를 하였다.

나. 서울지방국세청장이 양도소득세 실지조사를 실시하여 청구인이 신고한 쟁점토지의 취득가액 3,101,162,510원 중에 689,400,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 과다계상된 것을 확인하고, 쟁점토지의 취득가액을 2,411,762,510원으로 하여 양도차익을 산정하여 처분청에 과세자료를 통보함에 따라 처분청은 2009.12.14. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 348,753,670원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.1.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 청구인은 쟁점토지의 분양권 양도자 ○○○에게 2003. 6.24. 3억원, 2003.7.1. 2억원, 2003.8.11. 489,400,000원 합계 989,400,000원(이미 납입한 분양권 계약금 178,990,000원이 포함된 금액임)을 지급하고, 분양권을 취득한 뒤에 2005.11.14. ○○○ 분양 잔금인 2,111,762,510원을 납부하고 쟁점토지를 취득한 결과 전체 취득가액이 3,101,162,510원에 해당됨에도, 쟁점토지 분양권의 취득가액을 3억원으로 보아 쟁점금액을 제외한 2,411,762,510원을 쟁점토지의 실지취득가액으로 산정하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

 쟁점금액에 대하여 금융거래자료를 조회한 결과, 실제로 지급한 사실이 확인되는 금액은 2003.7.1. ○○○은행 예금계좌에 입금된 2억원이 전부이고, 2005.12.31. ○○○ 쟁점토지의 분양권 양도와 관련하여 양도가액을 각각 150,000,000원(합계 3억원)으로 하여 양도소득세를 신고한 사실이 확인되며, 또한 첨부되어 있는 ‘부동산 거래사실확인서’에는 양도가액 3억원에 대하여 청구인이 인감을 날인하며 인감증명서를 첨부하여 양도자에게 제시한 사실이 나타나는바, 청구인은 쟁점토지의 분양권 취득당시의 실제 매매계약서를 제시하지 못하고 있고, 매매계약의 당사자들이 작성하여 시장·군수 등의 검인을 받은 검인계약서상 거래가액은 특별한 사정이 없는 이상 실지거래가액으로 추정되므로 쟁점토지 분양권의 취득가액을 3억원으로 보아 청구인이 신고한 쟁점토지의 취득가액에서 쟁점금액을 제외한 나머지를 취득가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 청구인이 확정신고한 쟁점토지의 취득가액 중 분양권의 가액을 부인하고 분양권 검인계약서상의 취득가액을 당해 토지의 실지취득가액에 산입하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

 (1) 소득세법 제96조【양도가액】

  ① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

  ② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

   6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

 제97조【양도소득의 필요경비계산】

  ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

   1. 취득가액

    가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

    나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

 (2) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】

  ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

   1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(생략)

   2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 2002.12.31. ○○○와 수분양자인 ○○○이 쟁점토지에 대하여 분양가격을 1,789,987,000원〔계약금 178,999,000원, 잔금(납부일 : 2003.4.20.) 1,610,988,000원〕으로 하여 매매계약을 체결하고, 2003.6.13. ○○○으로부터 쟁점토지의 분양권을 취득하여 권리의무를 승계하며, 2005. 11.4. 청구인이 ○○○으로부터 동 분양권을 300,000,000원(○○○이 납입한 계약금 178,999,000원과 프리미엄 121,001,000원)에 취득하기로 하는 내용의 매매계약을 체결한 뒤 이에 대한 권리의무를 승계하고, ○○○ 잔금 2,111,762,510원(연체이자, 토지면적의 증가에 따른 증액대금을 포함)을 납부하여 같은 날 쟁점토지를 취득한 사실 등이 나타나고, 청구인은 2007.3.9. ○○○에게 매매대금 3,595,000,000원에 쟁점토지를 양도한 후 2008.5.31. 양도소득 과세표준확정신고시 취득가액을 3,101,162,510원으로 하여 제출한 쟁점토지의 분양권 매매계약서(2005.11.4., 검인계약서)상에는 분양권 매매대금이 300,000,000원으로 기재되어 있으며, 청구인은 쟁점토지의 분양권을 3억원에 거래한 사실이 있다는 내용으로 확인서(인감증명서를 첨부)를 작성한 사실이 인정되고, 한편 분양권을 양도하는 당사자인 ○○○ 2005.12.31. 쟁점토지 분양권의 양도가액을 각각 1억 5,000만원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 확인된다.

 (2) 서울지방국세청장의 양도소득세 조사종결 보고서(2009년 10월)에는 쟁점토지의 양도가액 및 필요경비는 적정하나, 청구인이 확정신고한 취득가액 3,101,162,510원 가운데 분양대금으로 지급한 금액인 2,290,761,510원(계약금 178,999,000원, 잔금 2,111,762,510원)을 제외한 분양권 프리미엄 810,401,000원과 쟁점토지 분양권의 양도자 ○○○ 분양권의 양도가액으로 신고한 금액인 3억원 중 프리미엄인 121,001,000원가의 차액인 689,400,000원(쟁점금액)을 규명하기 위하여 청구인이 분양권 양도자에게 지급하였다고 주장하고 있는 예금계좌의 인출액(수표로 출금한 7억 8,800만원)에 대하여 해당 은행에 조회하여 회신받은 결과, 청구인의 예금계좌로 입금된 2,500만원과 타인(양도자 외) 명의 예금계좌로 입금된 2억원을 제외한 나머지 5억 6,300만원은 보존기간이 경과하여 수표의 확인이 불가능한 것으로 나타나고, 위의 양도자에게 지급된 사실도 확인되지 아니하는 것으로 조사되어 있다.

 (3) 청구인은 ○○○에게 2003.6.24. 3억원, 2003.7.1. 2억원, 2003.8.11. 489,400,000원 합계 989,400,000원을 지급하고 쟁점토지의 분양권을 취득하였다고 주장하면서 청구인 명의 ○○○, 출금전표 3매, 타행환 송금영수증 2매, 수표 19매(7억 8,800만원) 등을 제시하고 있는바, 2003.7.1. 청구인이 2억원을 ○○○ 예금계좌로 송금한 것으로 확인된다.

 또한, 청구인이 제시한 쟁점토지의 분양권 매매계약서(2003.6.24.)를 보면, 매도인은 ○○○ 외 1인이고, 매매대금은 1,820,000,000원(계약금 2억원, 잔금 2003.8.11. 16억 2000만원)으로 프리미엄은 포함되어 있지 아니하며, 특약사항에는 잔금 중에 ○○○분(1,610,998,000원)은 공제하고 처리한다고 기재되어 있으며, 2003.8.11. 작성한 확인서(확인자 : ○○○과 청구인이 날인함)에는 ① 2003.6.24. 매매계약을 체결하여 2003.8.11. ○○○의 잔금(1,610,998,000원)만 남겨 놓고 완전하게 대금을 지급하였음을 확인하고, ② 양도인은 청구인에게 금융기관 융자에 필요한 서류를 교부하며, ③ 청구인은 2003.9.30.까지 분양권의 명의이전을 할 것을 확인하고, ④ 2003.6.30.부터 연체된 잔금에 대한 이자 25,952,350원은 청구인에게 직접 지급하며, ⑤ 2003.8.11.부터는 청구인이 모든 것을 책임진다는 내용 등이 약정되어 있고, 청구인의 명의인 위 예금통장에는 2003.8.12. 25,300,000원이 입금된 것으로 나타난다.

 (4) 살피건대, 청구인은 ○○○에게 989,400,000원을 지급하고 쟁점토지의 분양권을 취득하였다고 주장하고 있으나, 2003.7.1. 청구인이 2억원을 ○○○에게 송금한 사실 이외에는 위의 취득대금을 지급한 사실이 구체적으로 확인되지 아니하는 반면, 청구인은 이 건 양도소득 과세표준확정신고당시 분양권의 매매대금이 3억원으로 기재되어 있는 매매계약서(2005.11.4.)를 제시하였으며, ○○○ 쟁점토지 분양권의 양도대금을 3억원(각각 1억 5,000만원)으로 하여 신고한 점 및 청구인이 인감증명서를 첨부하여 분양권의 매매대금이 3억원이라는 확인서를 작성한 사실이 있는 점 등을 감안하면, 쟁점토지 분양권의 취득가액을 신고한 금액(989,400,000원)으로 인정하기는 사실상 어려우므로 청구인 주장을 받아들일 수는 없다 하겠다.

 (5) 따라서, 위와 같은 이유로 처분청이 쟁점토지의 분양권 취득가액을 3억원으로 보아 쟁점토지의 실지취득가액을 2,411,762,510원으로 산정하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다