주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 1997.7.29. OOO아파트 2-602(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하였다가 종전주택을 헐고 재건축한 주택재건축조합원으로 신축한 OOO아파트 311-1102(2002.8.28. 사용승인, 이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.4.7. 양도하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용 시 관리처분계획인가 후 양도차익(종전 부동산 취득일부터 신축완성주택 양도일까지의 양도차익)과 관리처분계획인가 전 양도차익(종전 부동산 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익)으로 구분하여 감면소득을 계산하여 양도소득금액 OOO원에 대한 산출세액 OOO원에 대하여 감면을 신청하였다.

나. OOO세무서장은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 조특법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 의한 감면소득을 「소득세법 시행령」(이하 “소득세법 시행령”이라 한다) 제5항 규정에 의하여, 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익, 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일, 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익을 계산하여, 2012.5.8. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

종전주택을 취득하여 보유하던 중 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축으로 새로이 취득한 신축주택을 양도할 경우 소득세법 시행령 제166조에서 양도차익 산정을 규정하고 있는 바, 관리처분인가전 양도차익(종전주택양도차익)과 관리처분계획인가후 양도차익(신축주택양도차익)을 각각 구분하여 산정된 양도차익을 합산하여 전체 보유기간 중의 양도차익을 산정하도록 되어 있다.

  다만, 규정된 기간 중 취득한 신축주택이 감면소득에 해당될 경우 양도차익 산정은 조특법 제99조의3 제1항에 의거 신축주택 취득후 5년 내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도세를 100%감면하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 공제하고, 이때 차감할 5년간 발생한 양도소득금액은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 하도록 하고 있지만, 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정은 신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에 한하여 준용할 수 있는 것이지 5년 이내에 양도한 경우에는 준용하여 적용되지 않는 것이다.

  이것은 조특법 시행규칙 제61조 제1항 제38호에 규정된 신축주택 양도소득세 감면신청서(별지 제37호 서식)의 작성요령에서도 5년 이내 발생한 양도소득금액을 계산하는 산식에 필요한 요소들에 대하여 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에만 기재하도록 되어 있고(작성요령 3), 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 경우에는 양도소득금액을 그대로 5년 이내에 발생한 양도소득금액란에 기재토록 하고 있으며 (100% 감면을 뜻함), 5년이 경과된 후에 양도한 경우에만 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의하여 계산한 금액을 기재하도록(작성요령 4) 하는 것을 보아도 알 수 있다.

따라서 청구인이 종전주택을 재건축한 후 새로운 신축주택을 5년 이내에(신축주택 취득 2002.8.28, 신축주택 양도 2006.4.7.) 양도하고 양도소득세를 예정신고한 부분에 대하여 처분청의 종전주택 양도차익 산정방법은 잘못된 계산으로 소득세법 시행령 제166조에 의거 종전주택취득일을 취득시기로, 관리처분계획인가일을 양도일로 하여 종전주택의 양도차익을 재산정함이 타당하다.

나. 처분청 의견

국세청 예규(법규과-3845, 2008.9.9. 재산세과-227,2009.1.20.외 다수) 및 조심 2010서3102(2011.8.9.) 서울행정법원 2011구단27363(2012.3.9.)는 조특법 제99조의3 입법취지가 신규주택의 수요를 촉진하여 입법 당시 침체된 주택경기를 부양하겠다는 목적에서 입법된 것으로 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면하겠다는 취지를 고려하여 보면, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상 소득이 아니라고 해석․판결하고 있기에, 조특법 제99조 3 규정 적용시 감면대상은 신축주택 취득일부터 5년이내 양도일까지의 소득금액만 해당되므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 주택재건축조합원의 경우 2006년에 신축주택을 양도하여 조특법 제99조의 3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용 시, 관리처분계획인가 후 양도차익과 관리처분계획인가 전 양도차익으로 구분하여 양도소득세를 계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1997.7.29. 종전주택을 취득하였고, 종전주택의 재건축공사를 통해 완공된 신축주택을 취득하였다가 양도하였는바, 신축주택의 관리처분 인가일은 1999.7.21.이고, 청구인이 재건축조합 및 시공사인 OOO(주)와 조합원분담금 납부계약서의 약정일은 1999.11.26.이며, 신축주택 취득일은 2002.8.28.이고 신축주택의 양도일은 2006.4.7.임이 등기부등본 및 계약서, 양도세신고서에 확인된다.

 (2) 청구인의 종전주택은 2002.8.28. 신축주택을 취득(준공)하였고, 2006.4.7. 양도하였는바, 처분청에서는 2007.2.28. 개정전 소득세법 시행령 제5항 규정에 의하여 기준시가에 의하여 구분계산 하였음이 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서에 의하여 확인된다.

 (3) 조특법상 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례대상이 되는 양도소득금액에 대한 청구인의 주장은 2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정된 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 규정에 의하여 관리처분계획인가 후 양도차익(종전 부동산 취득일부터 신축완성주택 양도일까지의 양도차익)과 관리처분계획인가 전 양도차익(종전 부동산 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익)으로 구분하여 감면소득을 실지거래가격으로 계산하여야 한다는 주장이며, 2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정된「소득세법 시행령」 제166조 제2항 제1호 규정의 부칙 제3조에 의하면, 2007.2.28. 이후 최초로 자산을 양도하는 분부터 적용한다고 규정되어 있다.

 (4) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100을 감면하도록 규정하였는바, 쟁점주택이 조특법 제99조의3 제1항의 신축주택에 해당된다는 점에 대하여는 다툼이 없으나, 재건축사업으로 인하여 조합원이 조합원용 주택을 취득하는 경우 사용승인이나 사용검사를 받은 날이 취득일이 되는 것이므로, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다.

  (나) 또한, 쟁점주택 양도당시의 소득세법 시행령 제166조 제5항에서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 기준시가에 의한 양도차익은 ① 기존건물과 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 ② 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일 전일까지의 양도차익 ③ 신축건물 준공일부터 양도일까지의 양도차익으로 나누어 계산하도록 규정하였고, 그 이후에 개정된 소득세법 시행령 제166조 제2항에서는 관리처분계획인가전의 양도차익과 그 후의 양도차익을 구분계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있음에 비추어 보면, 「조특법」 제99조의3 제1항의 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 위 ③의 기간에 발생한 양도차익을 의미한다고 할 것이다.

  (다) 이 건의 경우, 청구인이 종전주택을 취득한 날은 1997.7.29.이고, 관리처분계획인가일은 1999.7.21.이며, 재건축조합의 조합원인 청구인의 신축주택 취득일은 2002.8.28.이고, 양도일은 2006.4.7.로 확인되므로, 조특법 제99조의3 제1항의 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 2002.8.28.부터 2006.4.7.까지의 사이에 발생한 소득을 의미한다고 할 것인데, 청구인은 이 건 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정된 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 규정에 의하여 관리처분계획인가 후 양도차익(종전 부동산 취득일부터 신축완성주택 양도일까지의 양도차익)과 관리처분계획인가 전 양도차익(종전 부동산 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익)으로 구분하여, 당초 종전주택과 쟁점주택의 전체 양도차익을 1997.7.29.부터 1999.7.20.까지의 양도차익과 1999.7.21.부터 2006.4.7.까지의 양도차익으로 구분하여 1999.7.21.부터 2006.4.7.까지의 양도차익을 감면세액으로 계산하였다.

   그러나, 청구인은 2006.4.7. 신축주택을 양도하고 2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정된 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 규정을 적용하여 감면세액을 계산하였지만, 부칙 제3조에 의하면 2007.2.28. 이후 최초로 자산을 양도하는 분부터 적용한다고 규정되어 있는바, 처분청이 2007.2.28. 개정전 소득세법 시행령 제5항 규정에 의하여 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익, 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일, 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익을 계산하여 양도소득세를 과세한 이 건은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.