[주 문]

OOO이 2014.4.7. 청구법인에게 한 2010년 9월분 증권거래세 OOO의 부과처분은 가산세를 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 법인으로서 2010.9.1. OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)의 100% 주주였던 OOO 법인 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 흡수합병하면서 국내의 비상장법인 OOO의 주식 100% OOO(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 승계 취득하였으나 이에 대한 증권거래세를 무신고하였다.

나. OOO은 OOO에 대한 주식변동 서면확인을 실시하여 청구법인의 쟁점주식 소유권 취득을 증권거래세 과세대상으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점주식의 가치를「증권거래세법 시행령」제4조 규정에 따라 OOO으로 평가하여 2014.4.17. 청구법인에게 2010년 9월분 증권거래세 OOO을 결정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.7.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 조세법규의 엄격해석의 원칙상, 쟁점주식의 이전이 증권거래세 과세대상이 되는 ‘주권의 양도’에 해당하는지 여부는 오로지「증권거래세법」제2조 제3항의 ‘계약 또는 법률상의 원인으로 주권의 소유권이 유상으로 이전되는 것’인지에 따라 판단되어야 하는바,

  쟁점주식의 이전은 합병이라는 인격 합일의 결과로서 양도거래에 해당하지 않으며, 특히, 처분청이 쟁점주식의 이전이 증권거래세 과세대상인 양도거래라고 판단한 근거인 대법원 판결(대법원 2013.11.28. 선고 2010두7208 판결)과는 사실관계가 다음 <표1>과 같이 서로 다르다. 따라서,「증권거래세법」제2조 제3항이 요구하는 “유상성” 요건을 충족하지 못하므로, 증권거래세 과세대상이 되는 ‘주권의 양도’에 해당하지 아니한다.

<표1> 대법원 판례와 쟁점주식과 유상성 비교

(2) 청구법인은 쟁점주식에 대한 증권거래세 납세의무 성립 당시 외국법인 간의 합병으로 인하여 피합병법인이 보유하고 있던 내국법인 주식이 합병법인에게 이전되는 것은 증권거래세 과세대상이 아니라는 예규(재재산-250, 2004.2.25., 서면3팀-152, 2006.1.23.)와 판례(서울고등법원 2010.4.1. 선고 2009누27796 판결)에 따라 증권거래세를 신고․납부하지 않았으나, 처분청은 그로부터 3년 7개월이 지난 후 증권거래세 과세대상에 해당한다는 법원 판결이 나오자 이 사건 부과처분을 한 것이다. 이처럼 납세의무 성립 이후 변경된 세법 해석을 소급 적용하여 과세하는 경우에는 납세의무자에게 증권거래세 납세의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 보아 가산세를 부과할 수 없으므로(대법원 2012.4.12. 선고 2011두31673 판결, 서면법규과-1349, 2013.12.16. 등 같은 뜻임) 이 사건 부과처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

  (1)「법인세법」제59조의2 제2항에서 “양도”를 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 규정하며, 단서에서 법인의 합병으로 인한 경우에 양도로 보지 아니한다고 규정하였다가, 1998.12.28. 삭제되어 합병으로 인한 소유권 이전도 유상양도의 범위에 포함되게 규정하고 있는바, 이 건은 내국법인 간이 아니라 외국법인 간의 합병으로「조세특례제한법」제117조 제14호의 합병에 관한 규정을 적용할 수 없는 점 등을 감안하면, 쟁점주식은 합병으로 인하여 OOO에서 청구법인에게로 사실상 유상양도가 되었다고 할 수 있으며, 청구법인은 2010.10.11. 유가증권양도소득에 대하여 법인세 비과세신청서를 신고한 사실에 비추어 쟁점주식의 이전에 대하여 양도임을 인정하였고,

 대법원 판례(2013.11.28. 선고 2010두7208 판결)에 따라 쟁점주식의 이전이 유상양도에 해당하는 것으로 보아 청구법인에게 한 증권거래세의 과세처분은 정당하다.

 (2) 외국법인 간 합병에 따른 내국법인의 주식이전은 증권거래세 과세대상{법규과-2479(2007.5.16.), 소비세과-436(2010.12.22.), 참조}이며, 유사쟁점 심판례(조심2010구576, 조심2011서1218, 조심2011서803 등)에서 외국법인간 합병으로 주식이 이전된 경우 유상양도에 해당되어 증권거래세 과세대상임을 일관되게 해석하여 증권거래세를 부과하고 있었고, 이 건 부과처분은 청구법인이 주장하는 판례의 변경이나, 과세관청이 세법에 대한 해석을 변경한 경우에 해당하지 아니하고, 청구법인이 납세의무 불이행의 근거로 주장하는 판례(서울고등법원 2010.4.1. 선고 2009누27796 판결)는 대법원 계류 중에 있었으므로 동일사건에 대한 고등법원의 판결과 대법원의 판결이 다르다 하여 이를 판례의 변경이라 주장하는 것은 설득력이 없으며, 오히려 외국법인 간 합병에 따른 주식이전이 증권거래세 과세대상임을 선고한 대법원 최종판결이 기준이 되어야 할 것이므로 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① 외국법인 간 합병에 따라 피합병법인 보유 내국법인의 주식에 대한 소유권이 합병법인으로 이전되는 경우 증권거래세 과세대상에 해당하는지 여부

 ② 새로운 판례가 있기 전의 예규․판례에 따라 무신고하여 정당한 사유에 해당하므로 가산세 부과처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

 (1) 증권거래세법(2010.12.27. 법률 제10401호로 개정되기 전의 것)

  제1조【과세대상】주권 또는 지분(이하 “주권등”이라 한다)의 양도에 대하여는 이 법에 의하여 증권거래세를 부과한다. 다만, 주권 등의 양도가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 아니한다.

1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장 및 같은 항 제2호에 따른 코스닥시장(이하 “증권시장”이라 한다)과 비슷한 시장으로서 외국에 있는 시장(대통령령으로 정하는 시장만 해당하며, 이하 이 조에서 “외국증권시장” 이라 한다)에 상장된 주권등을 양도하는 경우

  제2조【정의】① 이 법에서 “주권”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 상법 또는 특별한 법률에 의하여 설립된 법인의 주권

2. 외국법인이 발행한 주권 또는 주식예탁증서로서 증권시장에 상장된 것

③ 이 법에서 "양도" 라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 유상으로 소유권이 이전되는 것을 말한다.

  제3조【납세의무자】증권거래세의 납세의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주권을 계좌 간 대체로 매매결제하는 경우에는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제294조에 따라 설립된 한국예탁결제원(이하 “예탁결제원”이라 한다)

 가. 증권시장에서 양도되는 주권

 나. 증권시장의 밖에서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 양도되는 주권

2. 제1호 외에 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제1항에 따른 금융투자업자(이하 “금융투자업자”라 한다)를 통하여 주권등을 양도하는 경우에는 해당 금융투자업자

3. 제1호 및 제2호 외의 주권등의 양도의 경우에는 당해 주권등의 양도자. 다만, 국내사업장을 가지고 있지 아니한 비거주자 또는 국내사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인이 주권등을 금융투자업자를 통하지 아니하고 양도하는 경우에는 당해 주권등의 양수인으로 한다.

 (2) 조세특례제한법

  제117조【증권거래세의 면제】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 증권거래세를 면제한다.

14. 「법인세법」 제47조의2에 따른 신설법인의 설립, 같은 법 제44조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 합병, 같은 법 제46조 제1항 각 호 또는 같은 법 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할, 이 법 제37조 제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 자산의 포괄적 양도, 제38조 제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환ㆍ이전을 위하여 주식을 양도하는 경우

 (3) 법인세법(2010.12.30, 법률 제10423호로 개정되기 전의 것)

  제93조【국내원천소득】외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

10. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식ㆍ출자지분(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장에 상장된 부동산주식등을 포함한다) 또는 기타의 유가증권(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제4조에 따른 증권을 포함한다. 이하 같다)의 양도로 인하여 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득

 가. 내국법인이 발행한 주식 또는 출자증권과 기타의 유가증권

 나. 외국법인이 발행한 주식 또는 출자지분(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장에 상장된 것에 한정한다)과 외국법인의 국내사업장이 발행한 기타의 유가증권

 (4) 국세기본법(2010.12.27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것)

  제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

  제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다

  제47조의2【무신고가산세】① 납세자(「부가가치세법」제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 세법에 따른 산출세액(법인세의 경우에는「법인세법」제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세를 포함하고, 상속세와 증여세의 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제27조 또는 제57조에 따라 가산하는 금액을 포함하며, 부가가치세의 경우에는 「부가가치세법」 제17조 및 제26조 제2항에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 "산출세액"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

  제47조의5【납부ㆍ환급불성실가산세】① 납세자가 세법에 따른 납부기한까지 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미치지 못하는 경우에는 다음 계산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.(단서 생략)

납부하지 아니한 세액 또는 부족한 세액 × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

  제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다

다. 사실관계 및 판단

 (1) 2002.8.5. OOO이 발행한 외국인 투자기업 등록 증명서에 의하면 OOO는 OOO법인으로 OOO에 투자비율 100%, 투자금액 OOO 상당)원을 투자하였다.

 (2) 청구법인은 2010.9.1. OOO을 흡수합병 함에 따라 OOO가 소유하던 쟁점주식의 소유권을 취득하고도 이에 대한 증권거래세를 신고하지 아니하였고, 이에 대하여 처분청은 쟁점주식의 가치를「증권거래세법 시행령」제4조 규정에 따라 OOO으로 평가하여 2014.4.17. 청구법인에게 2010년 9월분 증권거래세 OOO을 결정․고지하였는바, 평가금액에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.

 (3) 청구법인은 2010.10.11. OOO에게 유가증권양도소득에 대하여 조세조약에 따른 법인세 비과세․면제 신청서를 다음 <표2>와 같이 제출하였다.

<표2> 법인세 면제 신청서

OOO

 (4) 「증권거래세법」제1조는 주권 또는 지분의 양도에 대하여 증권거래세를 부과하도록 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제3항에서 양도란 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 소유권이 유상으로 이전되는 것으로 정의하고 있으며, 「조세특례제한법」제117조 제1항 제14호에서「법인세법」제44조 제1항의 과세특례요건을 갖춘 합병의 경우에는 증권거래세를 면제하도록 규정하고 있다.

 (5) 청구법인이 납세의무 불이행의 근거로 주장하는 판례(서울고등법원 2010.4.1. 선고 2009누27796 판결)와 처분청이 과세의 근거로 삼은 대법원 판례(2013.11.28. 선고 2010두7208 판결)는 동일 건이다.

 (6) 처분청이 외국법인간 합병에 따른 내국법인의 주식이전은 증권거래세 과세대상이라는 근거로 제시하는 예규 중 법규과-2479(2007.5.16.)는 과세관청 내부목적의 비공개 예규이며, 또 다른 예규{소비세과-436(2010.12.22.)} 및 유사쟁점 심판례(조심 2010구576, 2013.9.4., 조심 2011서1218, 2012.4.10., 조심 2011서803, 2012.5.31.)는 쟁점주식 소유권 이전 시점(합병일 2010.9.1.) 이후 공표된 것으로 나타난다.

<표3> 증권거래세 관련 예규․판례․선결정례

(이 건 과세기준일 : 2010.9.1.)

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여

  (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO와 청구법인의 합병이 합병대가가 지급되지 않은 단순합병으로 형식적인 주식의 소유권 이전이고, 이는「증권거래세법」에 명시된 유상으로 소유권이 이전된 경우에 해당하지 아니하므로 증권거래세의 과세대상도 아니라고 주장하나, 외국법인간 합병으로 인하여 피합병법인이 소유하고 있는 비상장 내국법인의 주식이 합병법인에게 양도된 것은 유가증권 양도에 해당하여 국내원천소득이 발생한 것으로 볼 수 있는 것인바, 쟁점주식 거래는 청구법인과 피합병법인간의 합병이 내국법인이 아닌 외국법인간의 합병으로「조세특례제한법」 제117조 제1항의 증권거래세의 면제특례규정을 적용할 수 없다 할 것(대법원 2013.11.28. 선고 2010두7208 판결, 같은 뜻임)이므로,

  쟁점주식의 소유권이「증권거래세법」에 명시된 유상으로 이전된 경우에 해당하지 아니하여 증권거래세 과세대상이 아니라는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

 (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 납세의무자가 세법상 의무이행을 게을리하는 경우에 가해지는 일종의 행정상의 제재로서 납세의무자의 고의․과실은 고려되지 않는 것이지만, 이러한 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상의 견해대립 등으로 인하여 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사유가 있는 경우에는 과세할 수 없다 할 것이고(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 등, 같은 뜻임), 대법원도 법원이 과세관청의 기존 예규, 조세심판례 등과 상반되는 취지의 판결을 선고한 경우에는 당해 대법원 판결 선고일을 기준으로 납세자가 대법원 판결 선고일 이전에 기존 세법 해석에 따라 행한 세무처리에는 잘못이 없고 따라서 가산세를 부과할 수 없다(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 조심 2011서532, 2011.6.24., 같은 뜻임)고 판단하고 있는바,

  이 건의 경우, 2001.12.29. 「조세특례제한법」이 개정된 이후 생산된 예규 및 해석사례 중 기획재정부의 재산-250(2004.2.25.), 국세청의 서면3팀-152(2006.1.23.), 서면3팀505(2008.3.7.)은「상법」상 합병에 의하여 소멸법인 주식이 존속법인 또는 신설법인으로 이전하는 경우에는 증권거래세 과세대상이 아니라고 하고 있으나 내국법인간 합병의 경우인지 외국법인간 합병의 경우인지 구분이 없어 위 예규가 내국법인에 대한 것이라는 점을 납세의무자가 알 수 있었다고 기대하기 어려운 점, 국세청의 법규과-2479(2007.5.16.) 및 법규과-318(2008.1.21.) 예규는 과세기준자문위원회 예규로 일반적으로 납세자들이 알기 어려운 점, 서울고등법원(2010.4.1. 선고 2009누27796 판결)판례는 이 건과 동일 쟁점에 대하여 과세대상이 아니라고 본 점, 이 건의 과세기준일은 2010.9.1.이고, 과세기준일 이후인 2010.10.12.부터 국세청과 기획재정부는 과세대상이라고 예규(소비세과-361, 기획재정부 소비-436)를 생산한 점, 대법원도 2013.11.28.에야 하급심의 판례를 번복하여 과세대상이라고 판결(2013.11.28. 선고 2010두7208 판결)한 점 등에 비추어 청구법인에게 쟁점주식에 대하여 증권거래세 자진신고를 하고 이를 납부하기를 기대하기는 어려워 보이는 점에서 그 의무해태에 정당한 사유가 있다고 인정되므로 처분청이 이 건 증권거래세를 과세하면서 「국세기본법」제47조의2 및 제47조의5에 따른 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세는 이를 부과하지 않는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.