[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.3.10. 「여신전문금융업법」 제3조에 따라 금융감독위원회(현 금융위원회)에 신기술사업금융회사로 등록하고 OOO 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 84만주를 취득하였다가 2012.5.11. 신기술사업금융업 등록이 말소된 이후 위 주식 중 2016년 10만주 및 2018년 34만주 합계 44만주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 각각 양도함으로써 발생한 양도차익 합계 OOO을 각 사업연도 소득금액에 포함하여 법인세를 신고․납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2019.10.8. 「조세특례제한법」 제13조 제1항의 문언해석 및 입법 취지 등을 고려하면 청구법인이 양도시점에 신기술사업금융업자에 해당하지 아니한다 하더라도 신기술사업금융업자의 지위에서 쟁점주식을 취득하였으므로 당해 양도차익을 비과세 적용대상에 해당하는 것으로 보아 법인세 2016사업연도분 OOO각 환급하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 위 청구를 받은 날부터 2개월 내에 청구법인에게 그 결과를 통지하지 아니하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「조세특례제한법」 제13조 제1항 제2호(이하 “쟁점조항”이라 한다)가 2008년 말 개정됨에 따라 신기술사업금융회사가 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식의 양도차익에 대하여 양도 당시의 요건에 구애됨 없이 취득 당시 신기술사업금융회사 요건을 충족하면 해당 양도차익에 비과세가 적용된다고 해석하여야 한다. 이러한 법률 해석은 납세의무자에게 유리한 법률 개정에 대한 법리, 공평의 관점에서의 판단과 쟁점조항의 입법취지, 유사한 정책적 목적의 투자자에 대한 조세혜택 부여에 대한 대법원 판례의 입장, 법인과 개인 간 조세형평 및 청구법인의 신기술사업금융업 등록말소 경위 등에 비추어 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

 (1) 쟁점조항이 2008년 말 개정됨으로써 양도 당시에 신기술사업금융업자일 것을 비과세의 요건으로 요하지 아니한다고 보아야 한다.

  (가) 개정 전 쟁점조항과 다르게 개정 후 쟁점조항은 법인세가 부과되지 아니하는 양도차익과 관련하여 양도자가 양도 당시 신기술사업금융업자에 한정한다는 명시적인 규정이 없다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 개정 전 쟁점조항에는 ‘신기술사업금융업자가 양도함으로써 발생하는 양도차익’이라고 규정하여 주식 등의 양도 당시 양도자가 신기술사업금융업자이어야 한다는 명시적인 규정이 있었다고 볼 수 있으나, 개정 후 쟁점조항에는 개정 전 쟁점조항에서의 양도자의 양도 당시에 관련된 명시적인 규정이 존재하지 아니하므로 엄격해석의 원칙상 ‘신기술사업금융업자가 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 등’에만 해당하면 ‘해당 주식 등의 양도차익에 대해 법인세를 부과하지 아니하는 것’으로 해석하여야 한다. 즉, 개정 후 쟁점조항에 따르면 벤처기업의 주식 취득 당시에만 신기술사업금융업자이면 비과세 요건을 충족하는 것으로 보아야 할 것이지 양도 당시까지 신기술사업금융업자임을 요하는 것은 아니라고 보아야 한다.

  (나) 개정 후 쟁점조항 관련 부칙 규정의 적용 범위는 법률 개정으로 신설된 ‘기금을 관리·운용하는 법인 또는 공제사업을 영위하는 법인’에게 적용되는 것으로 보아야 한다. 개정 후 쟁점조항은 관련 부칙 제3조에 따라 ‘이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용’하여야 할 것인데, 주식 양도차익의 경우 해당 양도차익이 시행 후 최초로 개시하는 과세연도에 속하면 개정 후 쟁점조항이 적용된다고 보아야 한다. 개정 후 쟁점조항 관련 부칙 제5조에서 ‘제13조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자하는 분부터 적용한다.’고 정한 부분은 해당 법률 개정으로 신설된 ‘기금을 관리·운용하는 법인 또는 공제사업을 영위하는 법인’에게 한정하여 적용되는 것으로 보아야 부칙 제3조와 충돌이 발생하지 아니한다. 위와 같은 법률 해석은 「조세특례제한법」 제13조가 개정시 여러 차례 비과세 대상 출자의 범위를 추가하여 왔고 그 때마다 부칙 조항에서 ‘이 법 시행 이후 출자하는 경우부터 적용한다.’고 적용례를 정하여 온 사정으로 미루어 보아도 개정 후 조항의 관련 부칙은 「조세특례제한법」 제13조 제1항 본문 규정이 아닌 제4호 ‘기금을 관리·운용하는 법인 또는 공제사업을 영위하는 법인’에 관한 것으로 한정하여 해석함이 타당하다.

  (다) 진정소급과세의 예외로 납세의무자에게 유리하게 개정된 세법의 소급적용은 공평을 깨뜨리지 않는 범위 안에서 허용된다고 보아야 한다. 위와 같이 쟁점조항이 개정된 것은 비과세의 요건이 완화되었다고 볼 수 있는데, 피고인에게 유리한 소급효를 인정하는 「형법」상 죄형법정주의와 비교하여 보면 납세의무자에게 유리하게 개정된 세법 조항은 공평을 유지하는 한 소급하여 적용함이 타당하다. 즉, 과거에 발생되거나 존재한 사실·소득·재산보유 등에 대한 납세의무의 내용을 납세의무자에게 유리하게 변경하는 소급입법은 ‘소급입법에 대한 과세금지’의 원칙에 대한 예외로서 허용된다고 보는 것이 통설이다. 이와 관련하여 대법원도 “그 내용의 일부가 개정되었으나 그 전체적인 취지는 개정 전과 같으며, 위 개정조항은 납세의무자에게 유리하여 이 사건에도 당연히 적용된다고 할 것이다.”라고 판시(대법원 1998.4.10. 선고 97누20397 판결 등 참조)함으로써 같은 입장임을 알 수 있다.

따라서 2008년 말 개정된 쟁점조항이 2009년 이후 시행됨에 따라 ‘신기술사업금융업자가 양도함으로써 발생하는 양도차익’이라는 명시적인 법문구가 삭제된 개정 후 쟁점조항의 해석 및 적용과 관련하여 다음에서 살펴볼 그 입법취지를 고려할 때 벤처기업 주식의 취득 시점에만 신기술사업금융업자 요건을 충족할 경우 그 투자자에게 해당 주식의 양도차익에 대하여 비과세 혜택을 부여하는 것은 세법상 공평을 저해한다고 볼 수 없으므로 허용되어야 한다.

 (2) 쟁점조항이 1984년 최초로 신설될 당시의 입법취지는 신기술사업금융업자의 투자 활성화를 통한 신기술사업자, 벤처기업 등의 육성·지원을 촉진하는 것에 있었지 신기술사업금융업자에 대한 규제에 있지 않았다. 구「조세감면규제법」 제18조의2의 신설이유는 ‘신기술사업을 하려는 중소기업에 대한 신기술자본투자를 활성화하기 위함에 있고, 위 규정의 개정 법률안에 대한 국회의 심사보고서를 보면, ‘신기술을 기업화하려는 중소기업의 경우 자체자금의 조달 능력부족으로 사업초기단계에 많은 어려움이 따르고 있는데, 이러한 중소기업에 대하여 사업초기의 높은 금융비용 부담을 덜어 줄 수 있도록 직접적인 자본참여에 의하여 자금을 공급하는 신기술사업투자회사에 대하여 세제상 지원규정을 마련함으로써 신기술기업화 중소기업에 대한 원활한 자금공급을 꾀하고자 하는데 본조 신설의 목적이 있는 것으로 이해된다.’는 취지의 쟁점조항 신설에 대한 검토의견이 첨부되어 있다.

 위와 같이 쟁점조항은 우리 세법에 신설된 이래 관련된 법률에서 정한 용어변경을 제외하면 약 40년 동안 조문의 큰 내용변경 없이 현재까지 유지되고 있는 점을 감안하여 ‘신기술사업금융업자의 벤처기업에 대한 투자활성화와 벤처기업 육성·지원 촉진’이라는 측면에서 살펴보면, 벤처기업 주식을 취득할 당시에만 신기술사업금융업자이면 법인세 비과세 혜택을 부여하는 것이 입법목적을 달성할 것으로 보이고, 양도 당시까지 신기술사업금융업자임을 요구할 필요는 없다 할 것이다.

 (3) 대법원은 ‘기업구조조정전문회사가 기업구조조정대상기업에게 출자한 주식 또는 지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익’에 관하여 양도자가 양도 당시 기업구조조정전문회사의 지위에 있지 아니하더라도 비과세 요건이 충족된다고 판단하였다(대법원 2014.2.13. 선고 2012두20540 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다).

 즉, 구「조세특례제한법」개정과 관련하여 법원은 ‘개정 전 조항은 취득 및 양도 당시에 기업구조조정전문회사일 것을 요하도록 명확히 규정하고 있었으나, 개정 후 조항은 주식 또는 출자지분의 취득 당시에 기업구조조정전문회사의 지위에 있을 것을 요하는 것이 명확하다’고 판시하면서, ‘피고 주장과 같이 취득 당시는 물론 양도 당시에도 기업구조조정전문회사의 지위에 있어야 비과세 조항이 적용되는 것이라고 해석해야 한다면 굳이 규정 형식을 바꿀 필요가 없었다는 점과 피고 주장과 같이 해석할 의도로 개정하였으나 입법을 잘못한 것이라고 하더라도, 그로 말미암은 불이익을 원고에게 부담시키는 것은 조세법률주의에 위배된다.’고 보았다. 위와 같은 판시내용은 해당 세법 조항의 입법 취지가 ‘구조조정대상기업에 대한 주식 취득 등 투자를 통한 적극적인 사업구조조정을 촉진하는 것’임을 고려하여 보면, 구조조정 대상기업에 투자한 기업구조조정전문회사에 대한 규제에 있지 않다는 사정을 반영한 것이라고 할 수 있다.

 한편 쟁점판결은 쟁점조항의 개정 내역과 입법취지 등에 비추어 본 사건에 그대로 적용될 수 있다. 이에 더하여 상기 법원은 그와 같은 법률 해석이 양도소득의 경우 양도 당시의 법령을 적용한다는 원칙에 위배되는 것도 아니라고 하면서 기업구조조정전문회사가 취득한 주식이면 비과세가 적용되는데, 양도 당시 ‘기업구조조정전문회사가 취득한 주식이라는 사실은 변함이 없으므로 구조조정대상기업의 주식 등의 양도는 양도 당시에 적용되는 구「조세특례제한법」 제55조 제1항의 적용요건에 해당한다고도 하였다. 이와 같은 해석을 이 건에 비추어 보면 ‘신기술사업금융업자가 취득한 벤처기업 주식이라면 쟁점조항에 따른 비과세의 적용요건을 충족한다고 할 수 있다.

 (4) 쟁점조항과 구「조세특례제한법」 제14조와의 형평성 및 청구법인의 신기술사업금융업자 등록말소 경위로 보면 비과세 적용의 당위성이 존재한다. 법인이 아닌 개인에 대하여 양도소득세 등 비과세를 규정한 구「조세특례제한법」 제14조 제1항의 경우 조문 제정 이후 현재까지 계속하여 양도 당시 투자자의 요건에 대하여 규정하고 있지 아니한데, 동일한 내용에 대하여 투자의 주체만을 달리 규정한 같은 법 제13조와 제14조에 있어서 어느 한 쪽은 과세, 다른 한 쪽은 비과세로 보아야 한다고 해석하는 것은 불합리하다 할 것이다.

또한 청구법인에 대한 신기술사업금융업 등록이 말소된 것은 모회사인 OOO주식회사가 2008년 7월 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 일반지주회사가 되었고, 4년간 두 차례의 유예를 거쳐 지주회사의 금융자회사 지분소유를 금지하고 있는 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」의 규정을 준수하기 위하여 청구법인 스스로 말소를 신청함에 따른 것이므로 이에 대하여는 어떠한 조세회피의 목적도 존재하지 아니하였음이 명백하다.

 (5) 처분청은 청구법인이 2000년 6월 쟁점법인 발행주식 1차 취득 당시 쟁점법인은 벤처기업 확인을 받지 못하였으므로 쟁점조항을 적용할 수 없고, 2000년 8월 인증을 받은 후 2001년 5월 2차 취득분을 신규 출자분으로 본다 하더라도 청구법인과 특수관계에 있는 벤처기업의 주식을 취득한 것이므로 2차 취득분에 대하여도 동 규정을 적용할 수 없다고 보았으나, 이는 처분청이 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항 및 관련 법령에서 규정하는 특수관계자의 범위를 잘못 적용한 결과에 불과하므로 취득요건을 충족한다고 보아야 한다.

  (가) 청구법인의 2000년 6월 쟁점법인 발행주식의 취득과 동시에 쟁점법인은 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조 제1항 제1호에 의한 벤처기업 요건이 성립되었으므로 쟁점주식 양도차익에 대하여 쟁점조항은 적용가능하다.

  쟁점조항에서 신기술사업금융업자가 「신기술사업금융지원에 관한 법률」에 의한 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자한 주식 또는 지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 법인세를 부과하지 아니한다고 하면서 그 ‘벤처기업’이라 함은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항에 의한다고 규정하고 있다. 처분청은 청구법인이 2000년 6월 최초로 쟁점법인의 발행주식을 취득하였으나, 쟁점법인은 2000.8.12. 벤처인증을 받은 것으로 확인되어 최초 쟁점법인 주식 취득시에는 벤처기업이 아니라고 보았는데, 이는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항 제4호에 의한 것으로 판단되나, 당시 벤처기업 요건은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항 제1호에 의하여 신기술사업금융업자가 대통령령으로 정하는 기준인 주식인수 총액의 합계가 해당 기업 자본금의 100분의 10 이상(청구법인은 당시 34.98%의 지분을 취득함)이면 되므로 벤처기업 요건을 충족한다.

  따라서 청구법인이 2000년 6월 쟁점법인 발행주식 최초 취득 당시 대통령령이 정하는 기관으로부터 기술성 또는 사업화능력이 우수한 것으로 평가받은 기업(벤처인증기업)이 아니므로 취득요건이 성립하지 못한다는 처분청의 의견은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항을 잘못 적용한 것으로 보인다. 동 조항이 1984년 신설될 당시의 입법취지는 신기술사업금융업자의 투자 활성화를 통한 신기술사업자, 벤처기업 등의 육성 및 지원을 촉진하는 것에 있지 신기술사업금융업자의 규제에 있지 아니하므로 신기술사업금융업자가 투자하는 기업에 대한 혜택을 반드시 취득 전 벤처인증을 획득한 기업에 한정할 이유는 없다.

  (나) 청구법인의 쟁점주식 취득 당시 청구법인과 쟁점법인은 「법인세법 시행령」 제87조에 따른 특수관계에 있지 아니하였고, 설령 특수관계자에 해당한다 하더라도 최초로 주식을 취득할 당시에는 특수관계가 없었으므로 쟁점조항은 적용될 수 있다.

  처분청은 청구법인이 2000년 6월 쟁점법인의 발행주식 38,478주(34.98%)를 취득하였고, 쟁점법인의 이사인 OOO(2000.6.1.〜2003.6.1.)이 청구법인의 대표이사(2001.4.20.〜2005.11.8.)로 재직하고 있어서 「법인세법 시행령」 제87조에 따른 특수관계자에 해당하므로 쟁점조항의 취득요건을 충족하지 못한다는 의견이나, 청구법인의 쟁점법인 주식에 대한 취득은 2001년 5월 이루어졌고(2000년 6월 1차 취득분은 제외함), 이는 신설된 「조세특례제한법」 제13조 제2항 제2호의 방법으로 취득한 것이므로 처분청의 의견과 같이 설령 특수관계자의 지위에서 취득한 주식이라 하더라도 과세특례는 적용될 수 있다.

 「조세특례제한법」 제13조는 2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되면서 제2항이 신설되었고, 동 항에서 제1항의 규정을 적용함에 있어서 출자는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융회사가 직접 또는 중소기업창업투자조합 및 신기술사업투자조합을 통하여 다음 각 호의 1에 해당하는 방법으로 창업자·신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다고 하면서 제2호에서 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법을 비과세를 적용할 수 있는 취득방법으로 규정하고 있는데, 이는 유상증자 및 무상증자 등은 「상법」에서 정하는 기존주주의 당연한 권리이고 벤처기업에 투자되는 모험자본에 대하여 세제 측면에서 지원하고자 하는 데에 그 입법 취지가 있으므로 최초 특수관계 요건이 성립하지 아니하였을 때에 주식을 취득한 최초 출자시나 유상증자나 무상증자를 통하여 취득한 주식을 서로 달리 취급할 이유는 없으므로 모두 과세특례 대상에 해당되도록 신설한 것이다.

따라서 유상증자 등으로 취득한 쟁점주식에 대하여 특수관계자의 지위에서 취득한 주식이라는 이유로 과세특례를 적용하지 않는다면 사실상 거의 모든 벤처기업의 투자자가 과세특례를 적용받지 못하는 모순이 발생하게 되므로 최초 취득 당시 특수관계자 요건에 해당하지 않는다면 설령 2차, 3차 투자 등으로 특수관계자에 해당하게 된다 하더라도 과세특례 규정은 적용될 수 있다.

  또한 쟁점법인의 등기이사로 쟁점주식 취득 당시 청구법인의 대표이사인 OOO선임된 것은 당해 법인의 사업방침의 결정 등 경영 전반에 대하여 영향력을 행사하기 위한 목적이 아니라 2000년 6월 1차 취득분에 대한 관리감독 목적이었고, 이후 OOO퇴임하고 OOO부장인 OOO사외이사로 선임된 것도 동일한 목적이었다. 쟁점주식 취득 당시 「국세기본법 시행령」 제20조에서 규정하는 특수관계자의 범위(지분율 100분의 50 이상)에 의하더라도 청구법인은 쟁점법인의 주식을 34.98% 보유하고 있었으므로 특수관계에 있었다고 할 수 없고, OOO청구법인의 쟁점주식 취득 당시 청구법인의 주식을 15% 소유하고 있었으므로 「법인세법 시행령」 제87조(출자총액의 100분의 30 이상 소유)에 따른 특수관계자에도 해당되지 아니한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 벤처기업 인증을 받기 전에 쟁점주식을 취득하였을 뿐만 아니라 신기술사업금융업 등록이 말소되어 일반법인으로 전환된 후 쟁점주식을 양도하여 「조세특례제한법」 제13조의 신기술사업금융업에 대한 과세특례규정이 적용될 수 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 「조세특례제한법」 제13조는 신기술사업금융업자로서 벤처기업 주식을 취득하고 양도하는 경우에 한하여 그 양도차익을 비과세대상으로 해석함이 타당하다.

  (가) 신기술사업금융업자 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세 요건을 「조세특례제한법」 제13조 제1항에서 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도하는 경우의 양도차익에 대하여 법인세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 각 호에서는 중소기업창업투자회사․신기술사업금융업자 등이 창업자․벤처기업 등의 주식을 취득하는 경우를 각각 구분하여 취득자 및 투자대상 사업유형을 별도 구분하여 규정하였으며(취득요건), 중소기업창업투자회사․신기술사업금융업자 등이 취득요건에 맞는 주식을 양도하는 경우에 한하여 그 양도차익에 대하여 법인세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다(양도요건). 따라서 신기술사업금융업자라면 신기술사업금융업자로서 벤처기업 등의 주식을 취득하여 양도하는 경우 비과세를 적용받을 수 있다.

  (나) 기존 다수의 예규에도 취득당시 요건을 갖추었더라도 양도 당시 「조세특례제한법」 제13조 제1항 각 호에서 규정하고 있는 중소기업창업투자회사 등록이 취소․말소된 경우 등록취소 이후에 양도하는 주식 및 배당소득에 대하여는 동 조의 규정을 적용할 수 없는 것으로 해석하고 있다(법인세과-162, 2014.4.8., 서일46014-10267, 2003.3.8. 외 다수 참조).

 (2) 청구법인이 제시한 쟁점판결은 이 건과 사실관계가 서로 다르므로 이 건에 적용할 수 없다.

  (가) 쟁점판결에서 대법원은 「조세특례제한법」 제55조 기업구조조정전문회사 과세특례는 입법취지, 언어적인 의미에 의하여 취득시에는 기업구조조정전문회사 지위에 있어야 하나 양도시까지 그 지위가 유지될 필요가 없다고 판시하였으나, 「조세특례제한법」제13조의 입법취지는 신기술사업금융회사 등의 활성화를 통한 벤처기업에 대한 지원에 있는바, 구「조세감면규제법」 제12조 비과세 특례규정은 「조세특례제한법」 제13조로 승계되어 수차례의 개정을 거쳐 현재까지 문구 수정이 있을 뿐 동일 취지로 유지되고 있고, “중소기업창업투자회사 및 신기술사업금융회사가 창업중소기업 또는 신기술사업자에게 투자하여 취득한 주식을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대한 법인세를 부과하지 아니한다.”고 규정하여 중소기업투자회사 및 신기술사업금융회사에 대하여 지원하고 있으며, 신기술사업금융회사의 지위에서 주식을 취득하고 양도하는 경우 양도차익을 비과세하는 것은 신기술사업금융회사에 대한 규제가 아닌 지원을 통한 활성화에 있다.

  따라서 「조세특례제한법」 제13조는 벤처기업에 대한 지원뿐만 아니라 신기술사업금융회사 등에 대하여도 지원하기 위한 것으로 신기술사업금융회사의 지위에서 벤처기업 등의 주식을 취득하고 신기술사업금융회사의 지위에서 동 주식을 양도한 경우 당해 양도차익이 비과세 대상에 해당하게 되는 것이다.

  (나) 쟁점판결과 같이 언어적인 의미에 비추어 판단한다 하더라도 2008.12.29. 법률 9276호로 개정되기 전의 쟁점조항은 신기술사업금융업자의 지위에서 벤처기업의 주식을 취득하여 신기술사업금융업자의 지위에서 양도한 경우 양도차익에 대하여 비과세 대상이라고 규정하여 취득요건 및 양도요건 모두 강조하였고, ‘2008 간추린 개정세법’에서도 「조세특례제한법」 제13조의 개정은 벤처기업 등 육성과 관련하여 조문정리 차원에서 법인의 주식양도차익 비과세 규정을 제13조에서 일률적으로 규정한 것으로, 동 개정규정은 2009.1.1 이후 출자하는 분부터 적용 가능하다고 기재되어 있으므로, 청구법인의 쟁점주식 양도에 대하여는 2008.12.29. 법률 9276호로 개정되기 전의 쟁점조항을 적용하여야 한다.

 (3) 「조세특례제한법」 제13조․제14조 및 같은 법 시행령 제12조에서 규정한 신기술사업금융회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세는 신기술사업금융회사 등의 지원뿐만 아니라 특수관계가 없는 벤처기업의 육성 및 발전에도 그 입법 목적이 있다.

  (가) 청구법인은 2000년 6월 쟁점주식을 최초 취득하였고, 쟁점법인은 2000.8.12. 벤처인증을 받은 것으로 확인되는데, 이는 쟁점법인의 벤처확인․공시시스템에서도 공시된 사항이다. 처분청은 청구법인에게 쟁점법인의 최초 벤처확인서의 제출을 요청하였으나, 해당기관으로부터 2000년 3월 구두로 확인받았다고 주장할 뿐 그 구체적인 근거는 제시하지 못하였다.

  (나) 쟁점법인이 벤처인증을 받은 이후 2001년 5월 2차 취득분을 신규 출자분으로 본다 하더라도 청구법인은 2000년 6월 쟁점법인의 주식 38,478주를 보유하여 34.98%(총발행주식수 109,999주)의 지분을 보유하게 되었고, 쟁점법인의 이사인 OOO(2000.6.1.〜2003.6.1.)은 청구법인의 대표이사(2001.4.20.〜2005.11.8.)로 재직하기도 하여 「법인세법 시행령」 제87조에 따른 특수관계에 있는 자에 해당하므로, 「조세특례제한법」 제13조의 취득요건도 충족하지 못하였다.

 (4) 청구법인이 2000.6.13. 쟁점법인의 주식을 취득할 당시 쟁점법인은 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조 제1항에 의한 벤처기업 요건을 갖추지 못하였다.

  (가) 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조 제1항에 의한 ‘벤처기업’이란 「중소기업기본법」 제2조의 규정에 의한 중소기업으로서 신기술사업금융업자로부터 해당기업 자본금의 100분의 10 이상 투자받은 기업이 해당하는데, 쟁점법인은 청구법인이 2000년 6월 쟁점법인의 발행주식을 취득한 이후인 2000.8.12. 벤처인증을 받아 「조세특례제한법」 제13조에 의한 취득요건이 성립되지 아니한다.

 (나) 또한 국세청의 통합전산시스템에 의하면, 쟁점법인은 2000년 6월 개업하여 주업종을 ‘연구 및 개발업’으로 등록하였고, 2000년 8월 ‘의약품 연구개발업’으로 업종을 변경한 사실이 확인되는데, 한국표준산업분류에 의한 분류번호 중 ‘연구개발업’은 ‘73’, ‘의약품 연구개발업’은 ‘73103’으로 각각 나타나는바, 「중소기업기본법 시행령」별표1의 업종을 주된 사업으로 하는 기업인 경우 중소기업에 해당하는데, 청구법인이 2000년 6월 쟁점법인에 투자할 당시 ‘연구개발업’은 「중소기업기본법」 제2조에 의한 중소기업의 업종에 포함되지 아니하다가 2001.1.1. 이후 포함되게 되었다. 따라서 청구법인이 쟁점법인에 투자한 2000년 6월 쟁점법인은 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조 제1항에 따른 벤처기업 요건을 갖추지 못하였다.

 (5) 쟁점법인이 벤처인증을 받은 이후 2001년 5월 취득분 주식을 신규 투자분으로 본다 하더라도 쟁점법인은 청구법인과 「법인세법 시행령」 제87조에 따른 특수관계에 있는 자에 해당하여 「조세특례제한법」 제13조에 의한 취득요건을 충족하지 못한다.

  (가) 청구법인은 벤처기업이 아닌 일반법인인 쟁점법인의 주식을 취득하여 34.98%의 지분을 보유하고 있고, 이후 쟁점법인이 벤처인증을 받은 이후 2001년 5월 쟁점법인의 주식 5.02%를 추가로 취득하였는바, 청구법인이 2001년 5월 벤처기업인 쟁점법인의 주식을 최초로 취득할 당시 청구법인은 쟁점법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제87조에 따른 특수관계자에 해당한다. 즉, 청구법인은 쟁점법인의 주식을 34.98% 보유하고 있어서 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제2호에 의하여 쟁점법인의 특수관계자에 해당한다.

  (나) 또한 쟁점법인의 이사인 OOO(2000.6.1.～2003.6.1.)은 청구법인의 대표이사(2001.4.20.～2005.11.8.)이기도 하여 청구법인은 OOO통하여 임원의 임면권 행사, 사업방침 등의 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하는 지위에 있었으므로 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제2호에 의한 특수관계자에 해당한다.

 (6) 「조세특례제한법 시행령」 및 기존 예규, 벤처산업 관련 조세지원제도 관련 보고서에서도 신기술사업금융업자 등록취소 이후에 양도하는 경우 쟁점조항을 적용할 수 없는 것으로 해석하고 있고, 청구법인도 이러한 해석에 따라 쟁점주식을 양도하고 양도차익에 대하여 법인세를 신고․납부하였으므로 위와 같은 해석이 납세자의 예측가능성을 해친다고 보기는 어렵다.

(가) 개정 후 쟁점조항은 신기술사업금융업자 등이 취득요건에 맞는 주식을 양도하는 경우에 한해 양도차익에 대하여 법인세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령에서도 신기술사업금융업자로서 벤처기업 등의 주식을 취득하여 양도하는 경우 비과세로 규정하고 있으며, 기존 예규에도 취득당시 요건을 갖추었더라도 양도당시 「조세특례제한법」 제13조 제1항 각 호에서 규정하고 있는 중소기업창업투자회사 등록이 취소․말소된 경우 등록취소 이후에 양도하는 주식 및 배당소득에 대하여는 동 조의 규정을 적용할 수 없는 것으로 해석하고 있다(법인세과-162, 2014.4.8., 서일46014-10267, 2003.3.8. 외 다수 참조).

  (나) OOO2014년 12월 ‘벤처산업 육성을 위한 조세지원제도 개편방안’을 통하여 벤처산업 관련 조세지원제도에 대한 보고서를 발표하였는데, 동 보고서에 의하면 벤처산업에 대한 조세지원은 벤처투자자(또는 벤처캐피탈) 지원과 벤처기업 지원으로 구분되어 있고, 벤처투자자는 투자단계, 보유단계, 양도단계로, 벤처기업은 창업단계와 인수․합병단계로 각각 나누어 세제지원이 이루어지고 있으며, 벤처투자에 대한 조세지원으로는 중소기업창업투조합 출자 등에 대한 소득공제(「조세특례제한법」 제16조 및 같은 법 시행령 제14조)가 있는데, 이는 벤처기업에 직접 투자하는 투자자에 대한 조세지원을 통해 벤처기업에 대한 투자실효성을 높이고자 1999년부터 도입․시행되었고, 벤처기업 등 투자의 배당소득에 대한 법인세 비과세(「조세특례제한법」 제13조 제3항), 투자조합 등의 배당소득 등 원천징수 특례(「조세특례제한법」 제14조 제4항 및 제5항) 및 투자조합 등의 소득금액 계산 특례(「조세특례제한법」 제14조 제6항) 등이 이에 포함되며, 벤처캐피탈이 벤처기업 주식 보유로 인하여 받는 배당소득과 해당 주식의 양도시 발생하는 양도차익에 대하여 법인세를 부과하지 아니한다고 설명하고 있다.

  (다) 청구법인 스스로도 쟁점법인의 주식을 2006년 최초 양도한 이후 2016년 및 2018년 추가로 양도하고 그 양도차익을 2016․2018사업연도 법인세 신고시 각 사업연도 소득금액에 반영하여 신고․납부하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식을 양도함으로써 얻은 양도차익에 대하여 「조세특례제한법」 제13조 제1항에 따른 신기술사업금융업자의 주식양도차익에 대한 비과세규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)

  제13조[중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세] ① 「중소기업창업 지원법」에 의한 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다)·「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제4조의3 제1항 제3호의 규정에 의한 「상법」상 유한회사(이하 이 조에서 "벤처기업출자유한회사"라 한다) 또는 「여신전문금융업법」에 의한 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.

2. 신기술사업금융업자가 「기술신용보증기금법」에 의한 신기술사업자(이하 "신기술사업자"라 한다) 또는 벤처기업에 2009년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  제14조[중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우에 한한다)의 양도에 대하여는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.(각 호 생략)

 (2) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것)

  제13조[중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.

2. 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)가 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자(이하 "신기술사업자"라 한다) 또는 벤처기업에 2009년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

4. 기금을 관리·운용하는 법인 또는 공제사업을 영위하는 법인(이하 이 조에서 "기금운용법인등"이라 한다)으로서 대통령령으로 정하는 법인이 창투조합등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업에 2009년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

  제14조[중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우에 한한다)의 양도에 대하여는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.(각 호 생략)

 ※ 부칙(제9272호, 2008.12.26.)

  제3조[일반적 적용례] ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

제5조[중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세에 관한 적용례] 제13조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자하는 분부터 적용한다.

 (3) 조세특례제한법(2017.12.19. 법률 제15227호로 개정된 것)

  제13조[중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

2. 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)가 「기술보증기금법」에 따른 신기술사업자(이하 "신기술사업자"라 한다), 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2020년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

제14조[창업자 등에의 출자에 대한 과세특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3 및 제3호부터 제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제3호부터 제6호까지 및 제8호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

 (4) 조세특례제한법 시행령

제12조[주식양도차익 및 배당소득의 계산 등] ① 법 제13조 제1항에 따라 법인세가 부과되지 아니하는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다) 양도차익의 계산은 다음 각 호의 방법에 따른다.

1. 법 제13조 제1항 각 호의 방법으로 취득한 주식등과 다른 방법으로 취득한 주식등을 함께 보유하고 있는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자(이하 이 조에서 "중소기업창업투자회사등"이라 한다)가 보유주식 등의 일부를 양도하는 경우에는 먼저 취득한 주식등을 먼저 양도한 것으로 본다.

2. 중소기업창업투자회사등이 취득한 주식등의 취득가액은 「법인세법 시행령」 제74조 제1항 제1호 라목 또는 마목에 따른 방법 중 당해 기업이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법으로 계산한다.

3. 법인세가 부과되지 아니하는 주식등 양도차익의 계산은 양도시기마다 구분 가능한 종목별로 다음 산식에 따른다.

 (5) 법인세법 시행령

제87조[특수관계인의 범위] ① 법 제52조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도 「국세기본법」 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원·사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

6. 당해 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인(중 략)

② 제1항 제4호 및 제5호에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는지 여부는 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른다.

 (6) 국세기본법 시행령

  제1조의2[특수관계인의 범위] ④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

 가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우

 나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

 (7) 벤처기업육성에 관한 특별조치법

제2조[정의] ① 이 법에서 "벤처기업"이라 함은 「중소기업기본법」 제2조의 규정에 의한 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

1. 당해기업의 자본금중 다음 각 목의 1에 해당하는 자의 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 대통령령이 정하는 기준 이상인 기업

 가.～나. (중 략)

 다. 「여신전문금융업법」 제2조 제14호의 규정에 의한 신기술사업금융업을 영위하는 자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)

 (8) 중소기업기본법

  제2조[중소기업의 범위] ① 중소기업의 육성을 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 업종의 특성과 상시근로자 수, 자산규모, 매출액 등을 참작하여 그 규모가 대통령령이 정하는 기준 이하이고, 그 소유 및 경영의 실질적인 독립성이 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

 (9) 중소기업기본법 시행령

제2조[중소기업의 범위] 법 제2조 제1항의 규정에 의한 중소기업은 업종별 규모가 제1호에 적합하고, 실질적인 독립성이 제2호에 적합한 기업으로 한다.

1. 별표 1의 업종을 주된 사업으로 하는 기업으로서 상시근로자 수가 동표에 규정된 수 이내이고 자산규모가 별표 2에 규정된 자산총액 이내일 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점주식 양도차익을 각 사업연도 소득금액에 포함하여 법인세를 신고․납부하였다가 2019.10.8. 양도시점에 신기술사업금융업자에 해당하지 아니한다 하더라도 취득당시 신기술사업금융업자의 지위에 있었으므로 쟁점주식 양도차익에 대하여 「조세특례제한법」 제13조에 따른 비과세규정을 적용할 수 있다고 보아 아래 <표1>과 같은 내용으로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 위 청구를 받은 날부터 2개월 내에 청구법인에게 그 결과를 통지하지 아니하였다.

<표1> 이 건 경정청구 내역

(단위 : 원)

(2) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구법인은 2000.2.14. 신기술사업자에 대한 투자 및 융자 등을 목적으로 하는 주식회사로 설립되었고 2012.6.1. 목적사업을 경영자문 및 컨설팅 등으로 변경한 후 2018.11.27. 유한회사로 조직변경을 한 것으로 나타난다.

  (나) 청구법인은 2000.3.10. 「여신전문금융업법」 제3조에 따라 금융감독위원회에 신기술사업금융회사로 등록하였고, 이후 금융감독위원회에 신기술사업금융업 등록 말소를 신청하여 2012.5.11. 결과를 통보받은 것으로 확인된다.

(다) 청구법인은 신기술사업금융회사로서 2000.8.12. 벤처기업 인증을 받은 쟁점법인과의 2000.6.6. 투자계약에 따라 유상증자 및 무상증자를 조건으로 OOO투자하였고 이후 2001.5.24. OOO추가로 투자하여 유상증자, 무상증자 및 액면분할 등을 거쳐 아래 <표2>와 같이 2018년 말 현재 모두 처분한 것으로 나타난다.

<표2> 쟁점법인 발행주식 보유내역

(단위 : 주, %)

(라) 청구법인이 신기술사업금융업 등록이 말소된 후 쟁점주식을 2016년 10만주 및 2018년 34만주 각 양도함에 따라 아래 <표3>과 같이 양도차익 합계 OOO발생하였다.

<표3> 쟁점주식 양도차익 산정내역

(단위 : 주, 원)

(마) 쟁점법인은 2000.8.12. 최초로 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따라 사단법인 OOO으로부터 벤처기업으로 확인받은 이래로 아래 <표4>와 같이 2년마다 벤처기업확인서를 발급받은 사실이 벤처확인․공시시스템OOO공시되어 있는 것으로 나타난다.

<표4> 쟁점법인의 벤처기업확인 내용

  (바) 국세청의 통합전산시스템에 의하면, 쟁점법인은 2000.6.20. 주업종을 ‘연구 및 개발업’으로 하여 개업하였다가 2000.8.10. 주업종을 ‘의약품 연구개발업’으로 변경한 것으로 나타나고, 한국표준산업분류표에 따르면 분류번호가 ‘연구개발업’은 “73”, ‘의약품 연구개발업’은 “73103”으로 각각 구분되어 있어서 서로 동일한 업종으로 볼 수 없으며, 「중소기업기본법 시행령」 제2조에서 별표1의 업종을 주된 사업으로 하는 기업을 중소기업으로 규정하고 있는데, 2000.6.20. ‘연구개발업’은 별표1에 포함되지 아니하다가 2001.1.1. 이후부터 포함된 것으로 확인된다.

  (사) OOO2001.4.20.～2005.11.8. 기간 청구법인의 대표이사로 재직하였을 뿐만 아니라 2000.6.1.～2003.6.1. 기간 쟁점법인의 이사로 재직한 것으로 나타난다.

  (아) 「조세특레제한법」 제13조는 2008.12.29. 법률 제9276호에 의하여 다음과 같이 개정되었는데, 국세청장이 발간한 ‘2008 간추린 개정세법’이라는 책자에 의하면 이는 벤처기업 등 육성과 관련하여 조문정리 차원에서 법인의 주식양도차익 비과세규정을 제13조에서 일률적으로 규정하기 위하여 개정되었고, 동 개정규정은 2009.1.1 이후 출자하는 분부터 적용한다고 기재되어 있다.

  (자) 그 밖에 청구법인이 제시한 쟁점판결의 주요 판단 내용을 정리하면 다음과 같다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점조항이 2008.12.26. 법률 제9272호로 개정됨에 따라 신기술사업금융업자 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세 규정 적용시 주식 또는 출자지분의 양도요건에 대한 제한이 없어지게 되어 주식 등 취득 당시에 신기술사업금융업자의 지위에 있기만 하면 동 규정을 적용할 수 있다고 주장하나,

「조세특례제한법」 제13조의 입법취지는 신기술사업금융회사 등의 활성화를 통한 벤처기업 지원에 있고, 이는 크게 벤처기업 투자자와 벤처기업에 대한 조세지원으로 구분할 수 있으며, 투자 및 보유단계, 양도단계에서 각각 광범위한 조세지원이 이루어지고 있는데, 쟁점조항은 벤처기업 투자자에 대한 양도단계에서의 세제지원으로 볼 수 있으므로 신기술사업금융회사의 지위에서 주식 등을 양도하는 경우 그 양도차익을 비과세함이 입법취지에 부합한 것으로 보이는 점,

쟁점조항의 본문이 2008.12.29. 법률 제9276호에 의하여 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다.”고 개정됨에 따라 주식 또는 출자지분의 양도요건이 명시되어 있지 아니하다 하더라도 쟁점조항의 제목은 ‘중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세’로 개정 전후가 여전히 동일한바, 이는 중소기업창업투자회사 등이 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익 등에 대하여 과세하지 아니한다고 해석하는 것이 문장구조상 자연스럽고, 당시 쟁점조항의 개정취지에서도 벤처기업 등 육성과 관련하여 조문정리 차원에서 법인의 주식양도차익 비과세 규정을 「조세특례제한법」 제13조에서 일률적으로 규정하기 위해서라고 밝히고 있으며, 설령 쟁점조항이 2008.12.29. 개정됨에 따라 주식 또는 출자지분의 양도요건에 대한 제한이 없어졌다 하더라도 같은 법 부칙 제5조에서 ‘제13조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 출자하는 분부터 적용한다.’고 규정하고 있어서 동 법 시행일 이전에 취득한 쟁점주식에 대하여는 개정 후 쟁점조항을 적용할 수 없는 점,

쟁점조항의 양도차익 계산 방법에 대하여 규정하고 있는 「조세특례제한법 시행령」 제12조 제1항 제1호는 ‘법 제13조 제1항 각 호의 방법으로 취득한 주식 등과 다른 방법으로 취득한 주식 등을 함께 보유하고 있는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자(이하 이 조에서 "중소기업창업투자회사 등"이라 한다)가 보유주식 등의 일부를 양도하는 경우에는 먼저 취득한 주식 등을 먼저 양도한 것으로 본다.’고 규정함으로써 개정 이후에도 신기술사업금융업자가 벤처기업 등의 주식을 양도하는 경우 비과세 대상임을 명확히 하고 있는 점,

「조세특례제한법」 제13조․제14조 및 같은 법 시행령 제12조에서 중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세는 기관투자자 등이 특수관계 없는 벤처기업의 육성․발전을 위하여 직접 행한 벤처기업의 자본금을 증가시키는 신규 출자에 대하여만 과세특례를 주고자 하는 것을 그 취지로 보고 있는데(조심 2016중1172, 2018.11.8. 등 다수 같은 뜻임), 청구법인은 쟁점법인이 2000.8.12. 벤처기업으로 인증받기 전인 2000.6.13.경 일반법인인 쟁점법인의 발행주식 5,380주를 취득함으로써 34.98%의 지분을 보유하게 되어 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제2호의 “주주 등과 그 친족”에 해당될 뿐만 아니라 당시 쟁점법인의 이사인 OOO(2000.6.1.～2003.6.1.)은 청구법인의 대표이사(2001.4.20.～2005.11.8.)로 재직하기도 하여 청구법인은 OOO을 통하여 “임원의 임면권 행사, 사업방침 등 쟁점법인의 경영에 사실상 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있었으므로 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제5호에 의한 특수관계자에 해당한다고 볼 수 있는 점,

「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조 제1항에서 의한 ‘벤처기업’이란 「중소기업기본법」 제2조의 규정에 의한 중소기업으로서 신기술사업금융업자로부터 해당기업 자본금의 100분의 10 이상을 투자받은 기업이라고 규정하고 있는데, 청구법인이 2000년 6월 쟁점법인에 투자할 당시 쟁점법인의 주업종은 ‘연구 및 개발업’으로 「중소기업기본법」 제2조에 의한 중소기업의 업종에 해당하지 아니하여 쟁점조항에 의한 취득요건이 성립하지 아니하는 점,

 그 밖에 청구법인이 제시한 쟁점판결은 구「조세특례제한법」 제55조 기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례에 대한 것으로, 기업구조조정전문회사는 1998.2.8. 「산업발전법」이 제정됨에 따라 도입된 제도인데, 「산업발전법」이 2009.4.1. 법률 제9854호로 개정됨에 따라 기업구조조정전문회사에 관한 「산업발전법」 관련 조항이 모두 삭제되어 그 제도 자체가 폐지되었고, 부칙 제2조에서는 「여신전문금융업법」 제3조 제2항에 따라 금융위원회에 등록한 신기술사업금융업자가 종전의 규정에 따라 지식경제부장관에게 등록한 기업구조조정전문회사에 대한 경과조치규정만을 두고 있을 뿐, 그 이외의 기업구조조정전문회사와 관련된 경과조치규정을 두고 있지 않아 종전의 규정에 따라 기업구조조정전문회사로 등록된 법인이라고 하더라도 경과조치규정에 해당되지 않는 법인은 기업구조조정전문회사로 볼 수 없게 되었는바, 만약 주식 양도 당시 기업구조조정전문회사의 지위에 있어야 구「조세특례제한법」 제55조 제1항에 따른 비과세 혜택을 누릴 수 있다고 해석한다면 「산업발전법」의 개정에 따라 기업구조조정전문회사의 지위를 상실한 법인은 개정 이후 발생하는 양도차익에 대하여 법인세를 부담하여야 한다는 결론에 이르게 되었고, 법원은 그러한 배경을 감안하여 기업구조조정전문회사의 지위에서 구조조정대상기업에 출자하여 주식 등을 취득한 이상 당해 주식 등을 양도할 당시 기업구조조정전문회사의 지위에 있지 아니하더라도 비과세 요건이 충족된다고 판단한 것으로 보이나, 신기술사업금융업자에 대하여 규정하고 있는 「여신전문금융업법」은 1997.8.28. 법률 제5374호로 제정된 이래 현재까지 시행되고 있는 등 쟁점판결과 이 건은 서로 사실관계가 달라서 이를 이 건에 그대로 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점조항에 따른 신기술사업금융업자 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세 규정 적용시 주식 등의 취득 당시뿐만 아니라 양도 당시에도 신기술사업금융업자의 지위에 있을 것을 요건으로 한다고 해석함이 타당하다 할 것이다.

따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.