1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 2020. 4. 6. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 292,920,400원 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 취소한다.

1. 제1심판결 이유의 인용

이 법원이 기재할 이유는 원고가 이 법원에서 강조하거나 새롭게 한 주장에 대하여 제2항에서 추가로 판단하는 것 외에는 제1심판결 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이 판결 이유로 인용한다.

2. 추가 판단

가. 원고의 주장

원고는 거주주택과 장기임대주택을 소유하고 있다가 대체주택 취득 후 3년 내에 거주주택을 양도하였다. 이 경우 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제1항, 제20항에 의해 대체주택 및 장기임대주택은 주택 수에 포함되지 않아 거주주택 양도는 1세대 1주택 양도로 의제되므로, 대체주택 취득 관련 양도소득 비과세 규정인 구 소득세법(2019. 8. 27. 법률 제16568호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호 나목이 적용되어야 한다.

설령 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 괄호 부분의 적용으로 비과세대상에서 제외되더라도, 그 규정이 원고의 1세대 1주택자 지위까지 배제하는 것은 아니므로, 여전히 구 소득세법 시행령 제155조 제1항에서 정한 1세대 1주택 양도 의제 효과를 받는다. 따라서 원고에게 1세대 3주택임을 전제로 중과세율을 적용하여서는 안 되고, 1세대 1주택에 관한 장기보유 특별공제도 배제하여서는 안 된다. 이와 다른 전제에 있는 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

제1심판결이 인용한 관계 법령과 앞서 채택한 증거들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고는 양도소득세 과세대상에 해당하고, 양도소득금액 산정시 장기보유 특별공제를 적용받을 수 없으며, 1세대 3주택 양도에 관한 세율을 적용받는다고 봄이 타당하다. 원고 주장은 받아들이지 않는다.

① 원고가 보유하고 있던 거주주택은 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 괄호 부분 및 구 소득세법 시행령 제156조에서 정한 고가주택에 해당한다. 그 법문에 따라 구 소득세법 제89조 제1항 제3호의 적용이 배제되므로, 같은 호 나목 등의 비과세 대상에 해당하지 않는다.

② 원고는 조정대상지역에 속한 거주주택을 양도할 당시 장기임대주택, 대체주택까지 총 3채의 주택을 보유하고 있었으므로, 그 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항의 문언상 중과세율을 적용받는 1세대 3주택 양도에 해당하고, 달리 세율 산정을 위해 보유주택 수를 감할 근거가 없다.

③ 구 소득세법 제95조 제2항 본문 중 괄호 부분은 같은 법 제104조 제7항 각호에 따른 자산(중과세율 적용 주택)을 장기보유 특별공제 대상에서 배제하고 있는데, 앞서 본 바와 같이 원고의 거주주택 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에 따라 중과세율을 적용받는 1세대 3주택 양도에 해당한다. 따라서 장기보유 특별공제도 적용될 수 없다.

④ 원고는, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항, 제20항 등에서 일시적 2주택과 장기임대주택에 대해 1주택 간주 특례를 둔 취지가 세율 가산 여부와 특별공제 여부에도 반영되어야 한다고 주장하나, 이 시행령 규정은 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항에 근거한 것으로, 비과세 대상 여부를 판단하는 기준에 관한 것이지, 구 소득세법에 따라 양도소득세를 산정할 때 적용되는 주택 수 산정에 관한 일반 원칙을 규정한 것은 아니다. 따라서 비과세 대상이 아니라면, 앞서 본 바와 같이 구 소득세법 등에서 명시적으로 규정하고 있는 방식에 의해 과세대상 양도소득이나 세율이 산정되어야 하고, 이와 달리 구 소득세법 시행령 제155조 제1항, 제20항 등에 의해 1주택으로 의제됨을 전제로 기존주택에 관한 양도소득이나 세율을 산정할 수는 없다(한편 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등에 따르면, 대체주택 취득 후 종전 거주주택 양도시까지 소요된 기간이 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우, 명문의 규정 없이도 중과세가 배제되는 경우가 있지만, 이 사건에서 원고는 대체주택 취득 후 약 34개월이 지나 거주주택을 처분하였으므로, 특별한 사정을 인정하기 어렵다).

3. 결론

제1심판결은 정당하다. 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.