1. 사실관계 및 질의요지
가. 사실관계
○ 질의법인는 반도체 및 FDP제조에 필요한 전공정 핵심장비를 생산하는 법인으로
-질의법인은 지식경제부가 주관하는 “광역경제권 선도산업 육성사업”에 따른 지원 대상으로 선정되어
-충청광역경제선도산업지원단과 태양전지 제조용 장비 개발관련 협약을 맺고 2009.10.1.부터 현재까지 정부 출연금을 수령하고 있음
-질의법인은 2010년 동 정부출연금을 사용하여 조특법§10에 따른 연구･인력개발비에 대한 세액공제의 적용대상 비용 등에 지출하고 연구･인력개발비 세액공제를 신청함
나. 질의요지
○ 내국법인이 ｢국가균형발전특별법｣에 근거하여 받은 정부출연금으로 지출한 자체연구개발에 소요된 비용이 ｢조세특례제한법｣ 제10조에 따른 연구･인력개발비에 대한 세액공제 적용 대상 비용인지
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○ 조세특례제한법 제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】(2010.01.01-9924호)
① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.
1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액
100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④ 제1항제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(구분경리)하여야 한다.
○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】(2010.02.18.-22037호)
< 생 략 >
⑦ 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 법 제10조제1항에 따른 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구·인력개발비를 산정할 때 제외한다.
○ 조세특례제한법 제10조의2 【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】 (2010.01.01-9924호 개정)
① 내국인이 2012년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로 「기술개발촉진법」이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 "연구개발출연금등"이라 한다)을 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다.
○ 조세특례제한법 시행령 제9조의2 【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】 (2009.12.30.-21914호 개정)
① 법 제10조의2제1항에서 "그 밖에 대통령령이 정하는 법률"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률을 말한다.
1. 「산업기술혁신 촉진법」
2. 「정보통신산업 진흥법」
3. 「중소기업기술혁신 촉진법」
4. 그 밖에 연구개발 등을 목적으로 출연금 등을 지급하도록 규정하고 있는 법률로서 기획재정부령이 정하는 법률
○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조의3 【연구개발 관련 출연금 등】 (2009.08.28.-96호 개정)
영 제9조의2제1항제4호에서 "기획재정부령이 정하는 법률"이란 다음 각 호의 법률을 말한다.
1. 「부품소재전문기업 등의 육성에 관한 법률」
2. 「대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 법률」
3. 「기초과학연구진흥법」
○ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 【특정연구개발사업의 추진】
① 교육과학기술부장관은 기초연구의 성과 등을 바탕으로 하여 국가 미래 유망기술과 융합기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 대하여 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.
1. 제6조제1항 각 호에 해당하는 기관
2. 연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발전담부서
3. 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합
4. 「나노기술개발 촉진법」 제7조에 따른 나노기술연구협의회
5. 「민법」 또는 다른 법률에 따라 설립된 과학기술분야 비영리법인 중 연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 비영리법인
6. 「의료법」에 따라 설립된 의료법인 중 연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 의료법인
7. 그 밖에 연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 국내외 연구 기관 또는 단체 및 영리를 목적으로 하는 법인
② 제1항에 따른 연구에 필요한 비용은 정부 또는 정부 외의 자의 출연금, 그 밖에 기업의 연구개발비로 충당한다.
③ 제1항에 따른 협약의 체결방법, 제2항에 따른 출연금의 지급ㆍ사용 및 관리에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제15조 【연구수행기관 등에 대한 출연】
① 교육과학기술부장관은 제14조제1항 각 호의 기관 또는 단체의 자체연구와 운영 등에 소요되는 경비를 출연금으로 지급할 수 있다.
② 제1항에 따른 연구와 운영 등을 위한 협약의 체결, 출연금의 지급ㆍ사용 및 관리에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제21조 【출연금등의 사용 및 실적 보고 등】
① 주관연구기관의 장은 법 제14조제2항에 따라 출연금등을 받았을 때에는 다음 각 호의 용도에만 사용하여야 한다.
1. 연구원의 인건비
2. 해당 연구사업의 수행과 관련된 여비
3. 기술정보 활동비
4. 연구시설의 구입·설치·임차 및 운영에 필요한 경비
5. 해당 연구사업의 수행과 관련된 재료비, 전산처리비 및 관리비
6. 시제품 제작비
7. 그 연구사업의 수행과 관련된 수용비 및 수수료
8. 연구활동비
9. 위탁연구개발비
10. 해당 연구개발에 필요한 지원인력의 인건비, 기관 공통지원경비, 연구개발준비금, 사업단 또는 연구단 형태로 운영되는 경우에 필요한 운영 경비 및 비품(備品) 구입경비
11. 지식재산권의 출원·등록비
12. 그 밖에 연구개발에 수반되는 경비
○ 산업기술혁신 촉진법 제11조의2 【국가연구개발사업의 참여제한 등】
① 지식경제부장관은 제11조에 따라 산업기술개발사업에 참여한 기관, 단체, 기업, 연구책임자ㆍ연구원 또는 소속 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 5년 이내의 범위에서 지식경제부장관이 발주하는 「과학기술기본법」 제11조에 따른 국가연구개발사업의 참여를 제한할 수 있으며 지식경제부장관이 이미 출연한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있다.
<생 략>
5. 출연금을 연구개발비의 연구용도 외의 용도로 사용한 경우
○ 중소기업기술혁신 촉진법 시행령 제8조 【협약체결 및 출연금의 관리 등】
① 중소기업청장은 법 제10조제1항에 따른 기술혁신사업, 법 제11조제1항에 따른 산학협력 지원사업과 기술지도사업 또는 법 제12조제2항에 따른 사업타당성조사사업에 출연하려는 때에는 해당 사업을 수행하는 자와 다음 각 호의 사항이 포함된 협약을 체결하여야 한다.
1. 사업의 내용
2. 출연금의 용도 및 관리계획
3. 사업성과의 활용
4. 법 제28조제1항에 따라 기술료를 징수하는 경우에는 그 징수 및 납부에 관한 사항
5. 협약의 변경에 관한 사항
6. 그 밖에 사업시행에 필요하다고 중소기업청장이 인정하는 사항
② 중소기업청장은 제1항의 규정에 의한 출연금을 사업의 내용 또는 착수시기 등을 고려하여 일시에 지급하거나 분할하여 지급할 수 있다.
③ 출연금을 지급 받은 자는 그 출연금에 대하여 별도의 계정을 설정하여 이를 관리하여야 하며, 출연금을 협약에 정한 용도에만 사용하여야 한다.
④ 중소기업청장은 출연금을 지급 받은 자가 정당한 사유 없이 제3항의 규정에 의한 용도외의 용도로 출연금을 사용한 때에는 그 출연금의 전부 또는 일부를 회수할 수 있다.
○ 부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법 시행령 제18조 【출연금의 관리ㆍ사용 등】
① 제17조의 규정에 의하여 출연금을 받은 지정 교육ㆍ훈련기관은 그 출연금에 대하여 별도의 계정을 설정하여 관리하여야 한다.
② 제17조의 규정에 의한 출연금은 관계 중앙행정기관의 장이 정하는 바에 따라 전문기술인력양성사업에 수반되는 비용에만 이를 사용하여야 한다.
③ 관계중앙행정기관의 장은 지정교육ㆍ훈련기관이 정당한 사유없이 제2항의 규정에 의한 용도외의 목적으로 출연금을 사용한 경우에는 출연금의 전부 또는 일부를 회수할 수 있다.
○ 연구개발특구의 육성에 관한 특별법 제12조 【특구육성사업의 추진】
① 지식경제부장관과 관계 중앙행정기관의 장은 특구육성종합계획에 따라 연구개발 활동 및 지식재산권 관리의 지원, 연구개발 성과의 사업화 촉진 등의 사업(이하 "특구육성사업"이라 한다)을 추진하여야 하고, 매년 특구육성과제를 선정하여 이를 특구에 입주한 대학ㆍ연구소 및 기업과 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다.
② 특구육성사업을 실시하는 데에 필요한 비용은 정부 또는 정부가 아닌 자의 출연금, 특구육성사업의 실시과정에서 발생한 수익금 등으로 충당한다.
③ 제1항에 따른 협약의 체결방법, 제2항에 따른 출연금의 지급ㆍ사용 및 관리에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 특별법 시행령 제17조 【출연금의 지급ㆍ사용 및 관리】
법 제12조제3항의 규정에 따른 출연금의 지급ㆍ사용 및 관리에 관하여는 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 제12조 및 제19조를 준용한다.
○ 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제12조 【연구개발비의 지급 및 관리】
① 중앙행정기관의 장은 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연할 수 있다.
< 생 략 >
⑨ 연구개발비를 사용할 때에는 증명자료를 갖추어야 한다. 다만, 중앙행정기관의 장은 연구비카드를 사용한 경우에는 증명자료의 전부 또는 일부를 생략하게 할 수 있다.
< 생 략 >
⑪ 제1항에 따른 정부 출연금의 이자는 연구개발에 재투자하거나 제14조제1항제2호 각 목에 따른 연구성과 관리 분야의 역량 강화를 위하여 사용할 수 있으며, 그 밖의 용도로 사용하려는 경우에는 중앙행정기관의 장의 승인을 받아야 한다.
○ 국가균형발전 특별법 제11조 【지역산업 육성 등 지역경제 활성화 촉진】
② 국가 및 지방자치단체는 지역전략산업과 지역선도산업을 육성하기 위하여 다음 각 호의 사항에 관한 시책을 추진하여야 한다.
1. 지역전략산업과 지역선도산업의 구조 고도화 및 투자유치의 촉진에 관한 사항
2. 지역전략산업과 지역선도산업의 집적(집적) 및 활성화에 관한 사항
3. 지역전략산업과 지역선도산업의 발전을 위한 기반확충에 관한 사항
4. 지역전략산업과 지역선도산업의 육성에 필요한 산업입지기반시설 등의 확충에 관한 사항
5. 그 밖에 지역전략산업과 지역선도산업의 육성을 위하여 필요한 사항
③ 국가와 지방자치단체는 지역산업의 육성과 지역경제의 활성화를 위하여 다음 각 호의 사항에 관한 시책을 추진하여야 한다.
1. 지역특성에 맞는 중소기업의 창업 여건 개선에 관한 사항
2. 지역의 정보화 촉진 및 정보통신 진흥에 관한 사항
3. 지역의 고용창출과 국내외 기업투자 유치활동 지원에 관한 사항
4. 지역특성에 따른 산업의 지원과 관련 기관 간의 교류협력에 관한 사항
5. 그 밖에 지역의 기업 투자 활성화 등 지역산업의 육성을 위하여 필요한 사항
○ 국가균형발전 특별법 시행령 제15조 【지역경제 활성화 촉진】
① 지식경제부장관은 법 제11조제2항 및 제3항에 따른 지역전략산업, 지역선도산업 및 지역산업의 육성(이하 이 조에서 "지역전략산업등의 육성"이라 한다)과 지역경제의 활성화를 위한 시책을 효율적으로 추진하기 위하여 지원대상 사업을 선정하고, 예산의 범위에서 지원할 수 있다.
② 지원대상 사업의 선정, 지원의 방법 및 기간, 사업추진 실적의 점검 등 그 밖에 지역전략산업등의 육성과 지역경제 활성화를 위한 시책의 시행에 관하여 필요한 사항은 지식경제부장관이 정하여 고시한다.
○ 산업기술혁신촉진법 제2조 【정의】
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
< 생 략 >
2. "산업기술혁신" 이란 산업기술과 관련하여 기술혁신주체가 기술혁신 자원을 활용하여 기술혁신[제품 및 서비스를 기획ㆍ디자인ㆍ개발ㆍ개량하는 제품ㆍ서비스혁신과 제품ㆍ서비스생산의 과정ㆍ관리 및 관련 장비 등을 효율화하는 공정혁신(工程革新)을 포함한다]활동을 수행하고, 그 성과물을 사업화함으로써 새로운 부가가치를 창출하여 나가는 일련의 과정을 말한다.
< 생 략 >
7. "산업기술혁신사업" 이란 제11조에 따른 산업기술개발사업, 제15조제2항에 따른 개발기술사업화촉진사업, 제19조에 따른 산업기술기반조성사업, 제27조에 따른 국제산업기술협력사업, 그 밖에 산업기술혁신을 촉진하기 위하여 정부 및 기술혁신주체 등이 참여하여 추진하는 사업을 말한다.
○ 산업기술혁신촉진법 제11조 【산업기술개발사업】
① 지식경제부장관은 혁신계획 및 시행계획을 효율적으로 수행하기 위하여 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여 다음 각 호의 산업기술분야에서 기술개발사업(산업기술개발을 위하여 필요한 기획 및 조사를 포함한다. 이하 "산업기술개발사업"이라 한다)을 추진할 수 있다.
< 생 략 >
8. 지역특화산업의 육성 및 지역산업의 혁신에 필요한 기술
② 지식경제부장관은 연구기관, 대학, 그 밖에 대통령령으로 정하는 기관ㆍ단체 또는 기업 등으로 하여금 산업기술개발사업을 수행하게 할 수 있다. 이 경우 지식경제부장관은 산업기술개발사업을 주관하여 수행하는 자(이하 "주관연구기관"이라 한다)와 산업기술개발사업에 관한 협약을 체결하고, 주관연구기관에 대하여 해당 사업의 수행에 드는 비용의 전부 또는 일부를 출연할 수 있다.
③ 주관연구기관은 산업기술개발사업을 효과적으로 수행하기 위하여 필요한 경우 제2항에 따른 기관ㆍ단체 또는 기업 중 해당 사업에 참여하는 기관(이하 "참여기관"이라 한다) 및 사업의 일부를 위탁하여 수행하는 기관(이하 "위탁기관"이라 한다)과 산업기술개발사업에 관한 협약을 체결할 수 있다.
○ 지식경제 기술혁신사업 공통운영요령(지식경제부 고시 제2010-111호)
제1조(목적) 이 요령은 산업기술혁신촉진법(이하 “법”이라 한다) 및 동법시행령의 규정에 의한 산업기술혁신사업을 효율적으로 시행하기 위하여 필요한 세부사항을 정함을 목적으로 한다
제3조(적용범위) 이 요령을 적용하는 사업은 다음 각 호에 해당하는 사업을 말한다
3. 「국가균형발전특별법」, 「법」에 따른 광역경제권선도산업육성사업, 지역특화산업육성사업 등
○ 광역경제권 선도산업 육성사업 운영요령(지식경제부 고시 제2009-123호)
제1조(목적) 이 요령은 국가균형발전특별법(이하 “균특법”이라 한다) 제2조 및 10조, 산업기술혁신촉진법(이하 “촉진법”이라 한다), 같은 법 시행령 등 관계 법령에 따라 광역경제권 선도산업 육성사업의 효율적인 기획･평가･관리 등에 관한 공통된 기준 및 방법을 정함을 목적으로 한다.
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 조심2011구0484, 2011.08.09
조세특례제한법상 연구개발관련 출연금 등으로 과세특례대상이 되는 출연금의 근거법으로 ‘산업기술혁신 촉진법’만을 규정하고 ‘신에너지 및 재생에너지 개발.이용.보급 촉진법’을 규정하지 아니하므로, 쟁점출연금은 과세특례대상에 해당하지 아니함
｢조세특례제한법｣ 제10조의 규정을 적용함에 있어 법인이 정부로부터 교부받은 출연금과 자체 부담금을 재원으로 국책연구과제를 수행하고, 연구과제 완료시 기술료 등을 납부하는 조건으로 그 결과물을 법인이 소유하는 경우, 교부받은 사업연도에 익금산입된 동 출연금과 자체 부담금 중 같은법 시행령 별표6에 해당하는 비용은 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는 것입니다
○ 법인 46012-67 (1998.1.10)
질의내용이 불분명하여 정확한 회신을 할 수 없으나 정부출연금을 교부 받아 연구개발비로 지출한 금액이 조세감면규제법시행령 별표3 및 별표4에 해당되는 경우 같은법 제8조 제2항 제1호의 기술개발 비용에 해당됨
○ 재경부 조예 46019-31(2002. 3. 8)
정부로부터 지원금을 받아 조세특례제한법시행령 별표 6에 해당하는 연구ㆍ인력개발비로 사용한 경우 연구ㆍ인력개발비로 사용된 동 지원금은 조세특례제한법 제10조의 규정에 의한 연구ㆍ인력개발비세액공제대상이 되는 것임.
「조세특례제한법」 제10조의 규정을 적용함에 있어 법인이 정부기관과 협약에 의거 정부출연금과 자체 자금을 재원으로 국책연구과제(민관겸용 기술개발)를 수행하고 과제완료 시 기술료를 납부하는 조건으로 그 결과물을 일정기간 독점적‧배타적으로 사용할 수 있는 권리를 취득하는 경우 정부출연금과 법인의 자체부담금 중 같은 법 시행령 별표6에 해당하는 비용은 연구‧인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것으로, 귀 질의가 이에 해당하는지는 구체적인 관련 계약내용 및 지출비용의 성격 등에 따라 사실판단 할 사항입니다.
「해양수산발전기본법」에 의한 연구개발출연금에 대해 「조세특례제한법」 제10조의 2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】가 적용되는지 여부에 대해서는 다음을 참고하시기 바랍니다.
◈기획재정부 조세특례제도과-169, 2011.02.25.
조세특례제한법 제10조의2, 동법 시행령 제9조의2 및 동법 시행규칙 제7조의3에서는 내국인이 2012년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로 기술개발촉진법, 산업기술혁신 촉진법, 정보통신산업 진흥법, 중소기업기술혁신 촉진법, 부품소재전문기업 등의 육성에 관한 법률, 대덕연구개발특구 등의 육성에 관한 법률, 기초과학연구진흥법에 따라 출연금 등의 자산을 받은 경우, 해당 연구개발출연금 등을 법인세법 제113조를 준용하여 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금 등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하고 해당 연구개발출연금 등을 해당 연구개발비로 지출하거나 해당 연구개발에 사용되는 자산을 취득한 경우 해당년도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하도록 허용하고 있는 바,
한국에너지기술평가원으로부터 신에너지 및 재생에너지 개발·이용·보급 촉진법 규정에 따라 수령한 국고보조금은 조세특례제한법 제10조의2와 동법 시행령 제9조의2 및 동법 시행규칙 제7조의3에서 열거하고 있는 법률에 따라 수령한 것이 아니므로 조세특례제한법 제10조의2가 적용되지 않는 것임.
「조세특례제한법」 제10조의2【연구개발 관련 출연금 등의 과세특례】규정은 「기술개발촉진법」과 「조세특례제한법 시행령」 제9조의2 제1항 각호 및 같은법 시행규칙 제7조의3 각호에 열거된 법률에 따라 연구개발출연금등을 받는 경우에 적용하는 것으로, 「신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」에 따라 연구개발출연금등을 받는 경우에는 동 과세특례 규정을 적용할 수 없는 것입니다.
