주 문

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2024. 2. 5. 원고 *상*에게 한 2020년 귀속 증여세 *원(가산세 포함)의 부과처분, 원고 *정*에게 한 2020년 귀속 증여세 *원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 주식회사 하**(이하 ‘하**’이라 한다) 발행주식의 85%(원고 *상* *%, 원고 *정* *%)를 보유한 주주이다. 하**은 주식회사 서***(이하 ‘서***’이라 한다) 발행주식의 100%를 보유하고 있다.

나. 원고들의 부친인 *우*은 2020. 서***에게 **산업 주식회사(이하 ‘**산업’이라 한다) 발행주식 135,000주를 주당 10,832원에 증여하였다(이하 ‘이 사건 증여’라 한다).

다. 피고는, 서***이 구 상속세 및 증여세법(2023. 12. 31. 법률 제19932호로 개정되기 전의 것) 제45조의5 제1항(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 따른 특정법인에 해당하고 *우*이 서***에게 증여한 **산업 주식의 가액에 원고들이 간접으로 보유하는 주식보유비율을 곱한 금액을 원고들이 증여받았다는 이유로, 2024. 2. 5. 원고 *상*에게 증여세 *원(일반무신고가산세 *원, 납부지연가산세 *원 포함), 원고 *정*에게 증여세 *원(일반무신고가산세 *원, 납부지연가산세 *원 포함)을 각 부과하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 하고, 그중 가산세 부분을 ‘이 사건 가산세 부과처분’이라 한다).

2. 이 법원의 심판 범위

 원고들은 소장에서 피고가 이 사건 처분을 하면서 적용한 구 상증세법 제45조의5 제1항 본문의 ‘주식보유비율’에는 원고들과 같이 ‘간접 보유하고 있는 주식의 비율’이 포함된다고 보아서는 안된다는 이유로 이 사건 처분 전체의 취소를 구하였다가, 그 주장과 다른 취지의 대법원 2025. 3. 13. 선고 2024두63953 판결이 선고되자 2025. 9. 22.자 준비서면의 진술을 통하여 이 사건 처분 중 가산세 부분만 다투겠다는 의사를 명백히 하면서도 본세 부분에 대한 청구를 취하하는 의사는 표시하지 아니하였다. 이러한 상황에서 제1심은 판결을 선고하면서 원고들의 청구가 이 사건 처분 전체의 취소를 구하는 것으로 유지되고 있다고 보아 청구취지에 이 사건 처분 전체의 취소를 구하는 것으로 기재하고 주문에서도 원고의 위와 같은 청구 전체를 기각하는 판결을 하였다. 다만 판결이유에서는 원고들이 다투고 있던 이 사건 가산세 부과처분의 위법 여부에 대하여만 판단하였다. 이에 원고들은 항소하면서 제1심판결 전부의 취소와 기존 청구취지와 같은 판결을 구하고, 항소이유서에서도 이 사건 가산세 부과처분만이 아니라 본세인 증여세 부과처분에 대한 부분까지도 다투겠다는 의사를 표시하였고, 당심 제1회 변론기일에서 청구취지의 정리를 요구하는 재판부의 석명에 대하여 2026. 4. 27. 참고서면을 통하여 본세인 증여세 부과처분의 취소를 구하는 청구를 취하한 바 없다는 의사를 명백히 하고 있다.

 위와 같은 이 사건 재판진행 과정에 비추어 보면, 원고들이 제1심에서의 2025. 9. 22. 자 준비서면의 진술을 통하여 이 사건 처분 중 가산세 부분만 다투겠다는 의사를 밝힘으로써 본세 부분에 대하여는 더 이상 다투지 않겠다는 의사를 밝혔다고 볼 여지가 있고, 이는 본세 부분에 대한 소 취하 의사로 해석될 여지가 있다. 그러나 소 취하는 당사자의 소송을 종료시키는 중요한 소송행위이므로 그 의사가 명확하게 확인되어야 한다고 할 것인데, 제1심에서 원고들은 이 사건 처분 중 본세 부분에 대한 청구를 취하한다는 의사를 명시적으로 표시한 바 없고, 피고도 그러한 소 취하의 의사표시가 있음을 전제로 동의 의사를 표시한 바도 없으며, 제1심 역시 원고들의 소 취하 의사를 명확히 확인하지 아니한 채 제1심판결을 선고하면서 청구취지에 본세 부분의 취소를 구하는 청구가 유지되고 있다고 표시한 점에 비추어 보면, 원고들의 본세 부분에 대한 청구도 취하되지 않고 그대로 유지되고 있다고 볼 수 있다. 따라서 이하에서는 원고들의 본세 부분에 대한 청구가 유지되고 있음을 전제로 이 사건 처분 전체에 관하여 판단한다.

3. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고들의 주장

 1) 이 사건 조항은 특정법인의 지배주주 등이 취득한 것으로 간주하는 증여이익산정에 관하여 규정하면서 “그 특정법인의 이익에 특정법인의 지배주주등의 주식보유비율”이라고 규정하고 있는데, 여기에서의 ‘주식보유비율’에 직접 보유하는 주식의 비율 외에 간접적으로 보유하는 주식의 비율도 포함되는지는 명확하지 않다. 따라서 이 사건 조항은 명확성의 원칙에 위배되어 위헌이다(원고의 이 부분 주장은 헌법상 명확성의 원칙에 위반되지 않도록 위 ‘주식보유비율’에 간접적으로 보유하는 주식은 포함되지 않는 것으로 합헌적인 해석을 해야 한다는 취지로 여겨진다).

 2) 나아가 원고들이 이 사건 증여에 관하여 증여세를 신고ㆍ납부하지 않은 것은 이 사건 조항 중 증여이익 산정 부분에 규정된 ‘주식보유비율’에 ‘간접으로 보유하는 주식보유비율’이 포함되는지 여부에 대하여 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해 대립이 존재하고 있었기 때문이다. 따라서 원고들에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 존재한다고 보아야 하므로 이 사건 가산세 부과처분은 위법하다.

나. 판단

 1) 명확성 원칙 위반 여부

   가) 조세나 부담금의 부과요건과 징수절차를 법률로 규정하였다고 하더라도 그 규정 내용이 지나치게 추상적이고 불명확하면 부과관청의 자의적인 해석과 집행을 초래할 염려가 있으므로 법률 또는 그 위임에 따른 명령·규칙의 규정은 일의적이고 명확해야 할 것이나, 법률규정은 일반성, 추상성을 가지는 것이어서 법관의 법 보충작용으로서의 해석을 통하여 그 의미가 구체화, 명확화될 수 있으므로, 조세나 부담금에 관한 규정이 관련 법령의 입법취지와 전체적 체계 및 내용 등에 비추어 그 의미가 분명해질 수 있다면 이러한 경우에도 명확성을 결여하였다고 하여 위헌이라고 할 수는 없다(대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두2612 판결, 대법원 2007. 10. 26.자 2007아32, 2007두9884 결정 등 참조).

     한편, 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장·축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 다만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 허용된다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결, 대법원 2026. 2. 12. 선고 2021두51041 판결 등 참조).

   나) 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제에 관하여 규정하고 있는 구 상속세 및 증여세법 제45조의5 제1항(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것과 2019. 12. 31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2020년 이전 상증세법’이라 한다)은 모두, 특정법인을 ‘대통령령으로 정하는 결손금이 있는 법인(제1호)’, ‘증여일 현재 휴업 또는 폐업 상태인 법인(제2호)’, ‘증여일 현재 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 법인으로서 제45조의3 제1항에 따른 지배주주와 그 친족의 주식보유비율이 100분의 50 이상인 법인(제3호)’으로 규정하고, 그 증여이익을 ‘그 특정법인의 이익에 특정법인의 주주 등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액’으로 산정하도록 규정하면서, 위 제45조의5 제1항 제3호에서 인용된 같은 법 제45조의3 제1항은 해당 조에서의 ‘주식보유비율’이란 ‘수혜법인의 발행주식총수 또는 출자총액에 대하여 직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율’을 의미한다고 규정하고 있었다.

     위와 같은 2020년 이전 상증세법은 제45조의3 제1항이 해당 조문에서 사용된 ‘주식보유비율’이란 ‘지배주주와 그 지배주주의 친족이 직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율’을 의미한다는 정의규정을 두고 있고, 제45조의5 제1항에서는 증여이익의 산정 기준의 하나로 주식보유비율을 규정하면서도 그 주식보유비율에 직접 보유하는 주식의 비율 외에 간접으로 보유하는 주식의 비율까지 포함되는지에 관한 명시적인 문언이 없어, 특정법인의 요건을 규정하고 있는 제45조의5 제1항 제3호의 ‘제45조의3 제1항에 따른 지배주주와 그 친족의 주식보유비율’과 증여이익을 계산함에 있어서의 ‘특정법인의 주주 등의 주식보유비율’에 주주 등이 직접 보유하는 주식의 비율 외에 간접으로 보유하는 주식의 비율도 포함되는지에 관하여 논란이 있을 수 있었다.

     이에 대하여 서울행정법원은 2024. 1. 12. 2020년 이전 상증세법 제45조의5 제1항의 증여이익을 산정함에 있어서의 ‘주식보유비율’에는 간접으로 보유하고 있는 주식의 비율이 포함된다고 보기 어렵다는 취지로 판결한 바 있다(2023구합55665 판결). 그러나 그 항소심인 서울고등법원은 2024. 10. 30. 위 제45조의5 제1항 본문의 증여이익을 산정함에 있어서의 ‘주식보유비율’은 물론 같은 항 제3호의 특정법인의 요건을 정함에 있어서의 ‘주식보유비율’ 역시 제45조의3 제1항 본문에 규정된 바와 같이 주주 등이 직접 주식을 보유하는 비율 외에 간접으로 주식을 보유하는 비율도 포함된다고 해석함이 타당하다고 판단하였고(2024누33282 판결), 위 항소심판결은 대법원 2025. 3. 13. 선고 2024두63953 판결로 심리불속행 기각되어 확정되었다.

   다) 위와 같이 논란이 되던 2020년 이전 상증세법 제45조의5 제1항은 2019. 12. 31. 법률 제16846호로 개정되어 이 사건 조항으로 변경되었다. 이 사건 조항은 ‘지배주주 등이 직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율이 100분의 30 이상인 특정법인이 지배주주의 특수관계인과 다음 각 호에 따른 거래를 하는 경우에는 거래한 날을 증여일로 하여 그 특정법인의 이익에 특정법인의 지배주주 등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 그 특정법인의 지배주주 등이 증여받은 것으로 본다’고 규정함으로써, 종전과 달리 특정법인의 요건으로서의 ‘주식보유비율’과 증여이익의 산정방법으로서의 ‘주식보유비율’을 본문에서 같이 규정하고 있다. 이로 인하여 이 사건 조항 중에 사용된 각 ‘주식보유비율’이라는 용어의 의미를 해석함에 있어 구 상증세법 제45조의3 제1항에 규정된 해당 조에서의 ‘주식보유비율’에 관한 정의에 구애받지 않을 수 있게 되었다.

     나아가 ➀ 이 사건 조항은 지배주주의 특수관계인이 지배주주 등이 지배하는 특정법인과 특수거래를 함으로 인해 특정법인의 지배주주 등에게 발생한 이익에 대하여도 증여세를 부과함으로써 편법 증여를 방지하고 적정한 소득의 재분배와 조세 정의를 실현하기 위하여 도입된 것이므로, 위와 같은 특수거래를 통해 지배주주 등에게 직접적으로 귀속되는 이익만이 아니라 간접적으로 귀속되는 이익도 이를 증여이익으로 보아 과세대상으로 삼는 것이 입법목적에 부합한다고 여겨지는 점, ➁ 앞서 본 바와 같이 2020년 이전 상증세법 제45조의5 제1항에서도 증여이익을 산정함에 있어 기준이 되는 ‘주식보유비율’에는 간접적으로 보유하는 주식의 비율도 포함되는 것으로 해석되었는데, 그 조항이 이 사건 조항으로 개정되는 과정에서 종전과 달리 ‘위 주식보유비율’에서 지배주주 등이 간접적으로 보유하는 주식의 보유비율을 제외하기로 하는 논의가 있었다고 보이지 않는 점, ➂ 오히려 이 사건 조항의 해석에 있어 간접적으로 보유하는 주식의 보유비율도 포함된다는 취지를 명확하게 하기 위해 이 사건 조항 자체에 간접적으로 보유하는 주식보유비율이 포함된다는 문언을 직접 삽입한 것으로 보이는 점, ➃ 이 사건 조항은 특정법인의 요건 부분과 증여이익 산정방법 부분에서 ‘주식보유비율’이라는 용어를 똑같이 사용하고 있는데, 동일한 법령에서 동일한 용어는 법령에 다른 규정이 있는 등 특별한 사정이 없는 한 동일하게 해석·적용되어야 하므로(대법원 2013. 10. 24. 선고 2011두21157 판결 참조), 이 사건 조항에서의 각 ‘주식보유비율’도 같은 의미로 해석되어야 하는 점, ➄ 만약 증여이익 산정방법 부분에서의 ‘주식보유비율’에 간접으로 보유하는 주식의 보유비율이 포함되지 않는다고 해석할 경우, 특정법인을 이용한 부의 무상이전에 대해 증여세를 과세하는 과정에서 주식의 간접보유를 포함하여 과세대상을 선정하면서도 그와 같이 선정된 과세대상에게 발생한 전체 증여이익 중 주식의 간접보유비율 상당 부분에 대하여는 과세하지 못하게 되는 불합리가 발생하는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 조항 중 증여이익 산정 부분에 규정된 ‘주식보유비율’에는 지배주주 등이 직접 보유한 주식비율만이 아니라 간접으로 보유하는 주식비율도 포함됨이 명백하다고 보아야 한다.

   라) 위와 같은 이 사건 조항의 입법취지, 입법연혁과 전체적 체계 및 내용 등에 비추어 이 사건 조항 중 증여이익 산정 부분에 규정된 ‘주식보유비율’의 의미를 분명하게 알 수 있으므로, 이 사건 조항이 명확성을 결여하여 위헌이라고 할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제 하의 원고들의 주장은 이유 없다.

 2) 가산세 감면의 정당한 사유가 존재하는지 여부

   가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).

   나) 위 법리와 관련 규정의 개정경위에 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고들이 주장하는 사정만으로 이 사건 증여에 관하여 증여세를 신고ㆍ납부하지 아니한 데에 가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고들의 주장은 이유 없다.

     (1) 앞서 본 바와 같이, 이 사건 조항 중 증여이익 산정 부분에 규정된 ‘주식보유비율’에는 지배주주 등이 직접 보유한 주식비율만이 아니라 간접으로 보유하는 주식비율도 포함됨이 분명하다.

     (2) 원고들이 제시한 기획재정부 유권해석 사례(기획재정부 재산세제과-968, 2018. 11. 7.)는 구 상속세 및 증여세법(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것) 제45조의5 제1항 제1호의 결손법인에 관한 것으로서, 해당 조항에서 주식을 간접적으로 보유하는 경우까지 포함시킬 것인지에 관하여 명확히 규정하지 않았던 때의 것이지만, 이 사건 조항은 앞서 본 바와 같이 해당 조항의 전단 부분에서 ‘주식보유비율’이란 “직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율”을 의미하는 것으로 규정 문언이 변경된 것으로서 위 유권해석 사례가 적용된 과거 규정과 다르므로, 이 사건 증여 당시에 이 사건 조항 본문의 ‘주식보유비율’의 의미에 관하여 명확한 유권해석이 있었다고 볼 수 없다.

     (3) 앞서 본 서울행정법원(2023구합55665)과 그 항소심 및 상고심(서울고등법원 2024누33282, 대법원 2024두63953)이 2020년 이전의 상증세법 제45조의5 제1항 본문의 ‘주식보유비율’에 ‘간접으로 보유하는 주식보유비율’이 포함되는지에 관하여 서로 다른 판단을 한 바 있지만, 이는 상속세 및 증여세법 제45조의5가 이 사건 조항으로 개정되면서 논란이 되었던 이 사건 조항 본문의 ‘주식보유비율’ 부분이 ‘직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율’ 등으로 변경되기 전의 규정에 관한 판단일 뿐만 아니라 위 각 판결의 선고시점도 이 사건 증여에 관한 증여세 신고기한(2021. 6. 30.) 이후이므로, 위와 같은 사정만으로 당시 이 사건 조항의 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있었다고 보기 어렵다.

5. 결론

 그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다