이 유

1. 세무조사결과 통지 내용

가. 청구법인은 0000.0.0. 개업하여 부산 강서구 A을 본점 소재지로 하여 로프 외 제조업 등을 영위하는 법인사업자이다.

나. B지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.12.23.~2026.3.7. 기간 동안 청구법인의 2020~2024사업연도를 조사대상기간으로 하여 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과,

 ① 청구법인 대표이사의 조카인 C 본부장이 청구법인에서 업무수행 사실이 확인되지 않는 것으로 보아 2020~2024사업연도 법인세 관련하여 C의 급여, 4대보험, 퇴직급여 등 인건비 손금불산입,

 ② 청구법인 대표이사의 조카인 D 본부장이 동일 직위에 있는 E 본부장에 비해 급여를 과다하게 지급받은 것으로 보아 2021~2024사업연도 법인세 관련하여 D 급여 과다지급액 손금불산입,

 ③ 청구법인의 해외특수관계법인인 F(제조업 법인, 이하 “중국법인”이라 한다), G(제조업 법인, 이하 “베트남법인”이라 한다), H(판매업 법인, 이하 “미국법인”이라 한다) 및 I(판매업 법인, 이하 “일본법인”이라 한다)에 청구법인의 직원을 파견하여 용역 제공하였으나 청구법인이 부담한 파견직원 인건비 관련 용역수수료를 미수취한 것으로 보아 2020~2024 사업연도 법인세 관련하여 파견직원 급여, 4대보험, 퇴직급여 등 인건비에 5% 가산한 금액을 손금불산입,

 ④ 청구법인이 신고한 연구인력개발비 세액공제 관련하여 연구개발업무 전담 직원이 아닌 타부서 업무 겸임자 등의 인건비가 세액공제 대상에 포함된 것으로 보아 청구법인이 신고한 2020~2024사업연도 법인세 관련하여 연구인력개발비 세액공제액 중 일부 불공제,

 ⑤ 사내 소사장 사업자들에게 장학금을 지급하고 매입세금계산서 수취하여 접대성 경비를 매입세액 공제한 것으로 보아 2021.1기~2024.2기 과세기간 부가가치세 관련하여 매입세액 불공제,

  위 내역 및 이외 3가지 항목에 대하여 법인세, 부가가치세 등을 경정하겠다는 뜻의 세무조사결과 통지를 2026.3.16. 청구법인에게 하였고 2026.3.18. 세무조사결과 통지서가 청구법인에게 송달되었다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 세무조사결과 통지 내역 중 아래 표 내역에 대하여 2026.4.10. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

<표 생략>

2. 청구주장

가. 청구 취지

 “조사청이 2026.03.18. 청구법인에게 통지한 세무조사결과서(상세 내역은 첨부자료 참조) 상 2021년~2024년 귀속 법인세 1,598,509,210원 및 2021년 1기~2024년 2기 부가가치세 15,706,243원 중 아래 표1의 과세전적부심사청구 대상 내역에 해당하는 법인세 및 부가가치세 예상 추징세액은 부당하므로 그 시정을 구한다.

<표 생략>

나. 사실관계

1) C 인건비 가공급여로 보아 손금불산입 처분

  가) 조사청은 C(청구법인의 최대주주인 J의 차녀)이 청구법인에 실제 근무한 사실이 없다는 이유로 2020~2024년 급여 등 인건비 전액 1,306,236,631원을 손금불산입 처분하였다.

<표 생략>

  나) C은 2019년 3월경에 청구법인에 사원으로 입사하여 기획팀에서 디자인․기획 관련 업무를 수행하였고, 2021년 10월부터는 책임경영 확대에 따라 본부장(임원)으로 선임된 이후 현재까지 K사무소 운영을 포함한 경영 전반 관리 업무를 수행해오고 있다.

  C 본부장이 수행한 업무를 기술하면 다음과 같다.

    - 자금․비용 집행 관리: K사무소 지출 검토, 자금 집행 관련 의사 결정(또는 승인/검토) 및 후속 조치

    - 기획·조정 업무: 연간 사업계획 검토, 대내 협업 요청 및 진행관리

    - 임원회의 참여 및 의사결정: 팀장 회의(정례/수시)에 참여하여 현안 보고를 받고, 우선 순위·리스크·대외 대응 방향 등에 대해 지시 또는 결정, 월간 자금회의(대표이사, 자금담당임원, D, C 참석)에 정기적으로 참여

 2) D의 과다 급여 손금불산입 처분

  가) 조사청은 D(청구법인 최대주주인 J의 장남)이 2021~2024년 동일한 직위에 있는 E에 비해 급여를 과다하게 지급받은 것으로 보아 D의 급여 중 E의 급여를 초과하는 부분 504,514,800원을 과다 급여로 손금불산입 처분하였다.

<표 생략>

  나) D은 2021년 10월경에 최대주주인 J의 건강 상의 이유로 경영승계를 위해 본부장(임원)으로 입사한 이후 현재까지 청구법인의 경영전반 관리 업무를 수행해 왔다. D은 향후 회사의 실질적 경영승계를 담당할 임원(총괄 책임자)으로서 회사 운영 및 주요 의사결정을 총괄하는 역할을 수행하고 있다.

   구체적으로 D이 본부장으로서 수행하는 업무를 기술하면 다음과 같다.

    - 영업 전반 관리: 영업전반 관리 및 중요 해외영업 출장 참여

    - 사업장 회의: 매주 초 국내사업장 회의 주관 및 진행

    - 임원회의 참여 및 의사결정: 팀장 회의(정례/수시)에 참여하여 현안을 보고 받고 결정

    - 경영 총괄 : 전사 운영 전반(조직 운영, 핵심과제 추진, 투자 및 사업방향, 주요 대외 리스크 대응 등)에 대한 총괄 책임자로서 주요 사안의 최종 판단 및 의사결정 수행

   D과 본부장과 E 본부장의 역할 및 주요 업무를 비교․요약하면 다음과 같다.

 3) 해외현지법인 파견직원 용역료 미수취에 대한 익금산입 처분

  가)조사청은 청구법인이 2020~2024년 4개 해외현지법인, 즉 중국법인, 베트남법인, 미국법인 및 일본법인에 파견한 직원이 해외현지법인의 업무만을 수행하였음에도 파견 임직원의 인건비(급여, 4대보험 및 퇴직급여)는 청구법인이 대신 부담한 것으로 보아, 청구법인이 미수취한 적정 용역대가(인건비 + 5% Mark-up) 3,154,727,929원에 대해 익금산입 처분하였다.

<표 생략>

  나)중국법인 및 베트남법인에 파견된 직원은 현장생산관리 직원으로 이들에 대한 급여는 국내에서 지급하고 현지 체재에 필요한 비용은 현지법인에서 지급하고 있다.

   상기 현지법인은 청구법인의 해외 생산기지로 청구법인의 제품을 위탁생산 하면서 청구법인과 체결된 계약에 따라 약정된 가공료를 수취하는 거래 구조로 운영되고 있다.

   청구법인은 현지법인에서 생산되는 제품 거의 대부분을 구매하며, 청구법인이 제품의 생산납기, 품질 등을 직접 관리하고, 생산된 제품의 품질. 납기 등의 기준 미준수로 인한 거래처 클레임, 매출 손실, 브랜드 신뢰도 저하 등 모든 영업상 위험도 청구법인이 최종 부담한다.

   해외현지법인에 파견된 현장생산관리 직원의 주된 업무는 아래와 같다.

   (1) 생산 공정상 표준 준수 여부의 표준관리

   (2) 당사 제품의 기준에 따른 품질관리 및 사양(Spec) 관리

   (3) 현지에서 제품에 대한 검수

   (4) 제품 불량 발생 시 청구법인과 연락이 가능한 주재원에게 보고 및 조치 연계

 청구법인의 주문에 의해 현지법인이 생산한 제품은 물류비 절감, 시간 절약 등의 사유로 한국을 경유하지 않고 현지에서 직접 선적되는 구조여서 현지에서 제대로 품질 관리 및 납기가 준수되지 않을 경우 청구법인은 거래처 신뢰를 상실하여 매출 감소 등 심각한 사업상 타격을 입는다.

  다)미국법인 및 일본법인에 파견된 직원은 영업파견 직원으로 이들에 대한 급여는 국내에서 지급하고 현지 체재에 필요한 비용은 현지법인에서 지급하고 있다.

   상기 현지법인은 현지 거래처로부터 주문을 수주하여 이를 청구법인에 연결하는 업무 및 그로 인해 파생되는 업무(수입통관 업무 등)를 주로 수행하며, 제3자로부터 상품을 구매하여 재판매하는 활동은 수행하지 않는다.

   현지판매법인의 매출은 모두 청구법인 제품으로 구성되어 있고, 현지판매법인의 최종 판매가격의 결정 권한은 전적으로 청구법인에게 있다.

   청구법인은 현지판매법인에게 회사 운영에 필요한 최소한의 이익(약 1% 내외 이익)만을 제공하고 있다.

<표 생략>

 미국법인 및 일본법인에 파견된 영업파견 직원의 주된 업무는 아래와 같다.

   (1) 청구법인 거래처 관리 및 영업 대응

   (2) 본사 정책 및 가격 정책의 현지 실행

   (3) 물류․통관․납기 관리

   (4) 본사와 거래처 간 커뮤니케이션 조정

 4) 연구인력개발비 세액공제 과다 공제액 부인

  가)청구법인은 합성섬유로프를 생산․판매하는 합섬 사업부문과 스테인레스 와이어 등을 생산․판매하는 스텐 사업부문을 영위하고 있으며, 각 사업부문별로 R&D전담 기술연구소를 운영하고 있다.

  나)조사청은 청구법인의 2020 ~ 2024년 연구인력개발비 세액공제와 관련하여 연구개발 인력 일부가 타부서 업무를 겸직 또는 전임으로 수행하였다 하여 335,181,804원의 세액공제를 과다 공제액으로 부인하였다.

<표 생략>

 5) 사내 소사장에게 지급한 추가도급료(장학금) 매입세액 부인

  가)청구법인은 사내 소사장과 용역계약을 체결하여 청구법인 생산공정의 일부를 소사장들이 수행하도록 하고 있고, 용역대가는 기본도급료와 추가도급료로 구성되어 있다.

   청구법인은 소사장 인력의 숙련도 유지, 이탈 방지, 생산 안정성 및 품질 확보 등을 위해 용역계약서 제17조(업체평가 및 추가도급료 지급)에 의거 소사장들에게 추가도급료를 지급하고 있다.

<표 생략>

  나) 조사청은 청구법인이 2021~2024년 10개 사내 협력업체(소사장)에게 추가도급료를 지급하기 위해 작성한 내부 기안서에 “장학금”이라는 표현이 사용된 점을 근거로 장학금이라는 문구가 사용되어 지급된 추가도급료(이하 “쟁점추가도급료”라 함)를 기업업무추진비(접대비)로 보아 쟁점추가도급료 68,400,000원에 대한 세금계산서 상 매입세액을 불공제 처분하였다.

<표 생략>

다. 청구주장

 1)C 인건비를 가공급여로 보아 손금불산입한 처분과 관련하여

  가)C은 2019년 3월부터 2021년 9월까지는 사원으로, 2021년 10월 이후부터는 경영승계를 위해 본부장(임원)으로 직무를 수행한 사실이 객관적인 증빙에 의해 입증된다.

   C은 2019년 3월경 회사에 사원으로 입사하여 기획팀에서 디자인․기획 관련 업무를 수행하였다.

   그러던 중 2021년 부친인 J 사장(청구법인의 최대주주)의 건강상의 이유로 인하여 책임경영을 위한 경영승계의 필요성이 긴급히 대두되었고, 2021년 10월경 오빠인 D과 함께 본부장으로 선임된 이후 현재까지 K사무소에서 경영전반 관리업무를 수행해오고 있다.

   C은 실제 근무 사실이 없음에도 가공급여만을 수취한 파렴치한이 아니라 청구법인의 핵심 의사결정 과정에 깊이 관여하며 다음과 같은 전문적이고 구체적인 업무를 수행하였다.

 (1) 자금 및 비용 집행의 검토

    C은 K사무소에서 발생하는 모든 주요 지출에 대한 검토 권한을 행사하였다. 자금 집행 관련 의사결정뿐만 아니라, 집행 후의 성과를 분석하고 후속 조치를 지시하는 경영 관리의 핵심 축 역할을 담당하였다. 이는 단순한 비용 회계처리가 아니라 법인의 자금 유동성을 관리하는 임원 고유의 직무이다.

 (2) 전략적 기획 및 대내외 조정 업무

    C은 매년 수립되는 연간 사업계획을 사전에 검토하고, 각 부서 간의 협업이 필요한 사안에 대해 진행 상황을 관리하였다. 특히 대내외 리스크가 발생할 경우 대응 방향을 설정하고 우선순위를 결정하는 등 경영 전략의 수립과 실행에 주도적으로 참여하였다.

   (3) 정기 경영 회의 참여

    C은 매월 초 개최되는 팀장 회의(월 회의)와 대표이사 및 자금 담당 임원들이 참석하는 월간자금회의에 정기적으로 참여하였다. 이러한 회의 참여 사실은 회의록 등을 통해 객관적으로 입증된다(회의록은 조사기간 중 조사청에 기제출).

   (4) 전자결재 시스템을 통한 방대한 직무 집행

    C의 실제 근무사실은 전자결재 시스템을 통한 방대한 직무 집행 내역(0,000건의 결재 이력)에서도 확인된다(C이 결재한 문서 증빙은 조시기간 중 조사청에 기제출).

   C은 사내 전자결재 시스템상 참조 결재자로 지정되어 모든 주요 기안서를 실시간으로 공유받았다. 단순히 문서를 열람하는 것에 그치지 않고, 내용이 미비할 경우 보완 요청을 하거나 방향성을 제시하는 등 실질적인 관리 감독 업무를 수행하였다.

   조사기간 중 확인된 0,000건의 결재이력은 C의 직무 집행이 일시적이거나 형식적인 수준이 아니었음을 방증하는 압도적인 증거이다.

  나)상근 임원인 C의 급여 손금 인정은 비상근임원의 손금 인정 사례에 비춰볼 때 더욱 강력하게 보장되어야 한다.

  법인세법 시행령 제43조 및 다수의 심사․심판례(심사법인 99–0510, 2000.03.24., 조심-2013-서-4483, 2014.09.16. 등)는 비상근 임원이라 하더라도 이사회 참석이나 해외법인 감독 등 일부 경영 참여 사실만 확인되면 급여를 손금으로 인정한다.

   또한, 그룹 회장이 90세가 넘은 고령임에도 사회통념상 경영을 수행했다고 보아 급여를 인정한 사례(국심-서–2000-1324. 2000.10.20. 참조)도 존재한다.

   C은 위 비상근 사례들보다 훨씬 높은 수준의 기여를 하는 상근 임원이다. 비상근 임원이 이사회 등 정기 회의 참석만으로 급여의 정당성을 인정받는다면, 매일 출근하여 연간 1,000건 이상의 결재 업무를 처리하고 자금 회의를 주관한 상근 임원의 급여를 부인하는 것은 논리적 모순이다.

   상근 임원은 법인에 전속되어 상시 업무를 수행하므로, 그 보수는 직무 집행의 대가임이 더욱 강하게 인정되어야 한다.

다)C이 소규모 사업을 별도로 영위하였다는 사실이 C의 청구법인 근무 사실을 전적으로 부인할 수 있는 근거가 될 수는 없다.

   C은 2022.10.5. 본인 지분 20%, D 지분 20%, M 지분 20%(사촌), N 지분 20%(사촌), 청구법인 지분 10%, L 지분 10%로 하여 총 자본금 1억원으로 P(주)(이하 “P”라 한다)라는 여성의류 소매업 법인을 설립하여 운영한 사실은 있다.

   C의 모친 Q은 동 법인의 사내이사로 활동하였다.

   P는 2022년 무실적, 2023년 113백만원, 2024년 324백만원의 매출만을 기록하였고, 2022년 △3백만원, 2023년 △53백만원, 2024년 △183백만원의 적자를 보았다.

   한편 국세청은 선심사례에서 별도의 사업(일식집)을 운영하였더라도 보고서 및 전표에 결재한 이력이 있다면 영업활동 참여로 인정하였다(심사법인2000-0143, 2001.02.16. 참조).

   C은 상시 K사무소에 상주하며 업무를 수행하였고, P의 대표이사로 활동한 사실은 부인할 수 없으나, P의 저조한 매출실적과 C의 청구법인에서의 구체적인 직무 수행 활동 내역(연간 1,000건 이상의 결재 업무를 처리 등)을 비교해 볼 때

   C의 P의 대표이사로서의 활동내역이 C의 청구법인 근무 사실을 부인할만큼의 근거가 될 수는 없다.

라)부득이한 사유로 인한 C의 K사무소 출입기록 미제출이 C의 급여를 부인할 수 있는 근거가 될 수는 없다.

   K사무소는 2024.12.24. 출입기기 장비를 교체한 결과, 장비 교체일 이후 C의 출입기록은 확인(2024.12.24. 이후 출입기록은 조사기간 중 조사청에 기제출)되나, 교체 이전 기간의 출입 전산기록은 장비 교체로 부득이하게 조사기간에 조사청에 제출하지 못하였다.

   대신 C이 K사무소에 출근하였다는 근거로 K사무소가 현재 위치로 이전한 이후 2026년 2월까지 K사무소 1층에 위치한 커피숍에서 C이 커피 등을 결제한 내역 총 000건을 제출하였다(카페 결재 이력은 조사기간 중 조사청에 기제출).

   C의 커피 등 구매 내역은 C이 일상적으로 K사무소에 출근하였다는 합리적인 근거가 될 수 있다.

   따라서 장비 교체로 출입기록을 제출하지 못하였다는 사실이 C 급여의 손금성을 부인할 수는 없다.

  마)(소결론) C 본부장은 청구법인의 임원으로서 방대한 양의 실질적 직무를 수행하였음이 사내 시스템과 회의 기록 등을 통해 명백히 소명되고, 비상근 임원에게도 폭넓게 인정되는 급여의 손비성을 상근하며 헌신한 C에게 부인하는 것은 부당하므로 2021 ~ 2024년 C의 급여는 손금으로 인정되어야 한다.

 2)D의 과다 급여 손금불산입 처분과 관련하여

  가)D은 청구법인의 최대주주인 부친 J의 건강 상의 이유로 경영승계를 위해 본부장(임원)으로 선임된 이후 청구법인의 경영책임자로서 경영 전반을 총괄하였다.

   D은 2021년 부친인 J 사장(청구법인의 최대주주)의 건강상의 이유로 책임경영을 위한 경영승계의 필요성이 긴급히 대두되자, 2021년 10월경 본부장으로 선임된 이후 현재까지 회사의 경영전반 관리업무를 수행해오고 있다.

   D 향후 회사의 실질적 경영승계를 담당할 임원(총괄 책임자)으로서 전사 운영 및 주요 의사결정을 총괄하는 역할을 수행하고 있다.

   D이 본부장으로 수행한 업무는 다음과 같이 회사 전 부문을 망라한다.

   (1) 전 부서 총괄 관리

    D은 기획, 재무, 영업, 수출, 무역관리뿐만 아니라 제조 및 공장 파트까지 직접 담당하며 전 사업 영역을 관리한다.

   (2) 최종 의사결정권 행사

    D은 조직 운영, 핵심 과제 추진, 투자 및 사업 방향 결정, 주요 대외 리스크 대응 등 법인의 생존과 직결된 주요 사안의 최종 판단과 지휘권을 행사한다.

   (3) 실질적 현장 주도

    매주 초 국내 사업장 회의를 직접 주관하고 진행하며, 영업 전반의 계획 수립 및 중요 해외 영업 출장에 직접 참여하여 글로벌 시장 전략을 주도한다.

   (4) 전자결재 시스템을 통한 방대한 직무 집행

    D은 조사대상기간 중 약 0,000건의 내부 기안서 및 일반 문서, 약 00,000건의 전표에 대해 결재하며 방향성을 제시하고 후속 조치를 지시했다(D의 결재 이력은 조사기간 중 조사청에 기제출).

나)‘동일 직위’ 여부는 실제 종사하는 사실상의 직무를 기준으로 판단해야 한다.

   국세청은 “법인세법시행령 제43조 제3항의 규정에 의하여 지배주주인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일 직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액을 손금불산입함에 있어 동일직위 여부는 법인등기부상 직위 등에 관계없이 실제 종사하는 사실상의 직무를 기준으로 판단한다.”고 유권해석(법인46012-1526, 1999.04.23.)하였다.

   따라서 이 건에서도 E 본부장의 급여를 초과하는 D 본부장의 급여 부분을 손금 부인하기 위해서는 E 본부장과 D 본부장의 직무가 사실상 동일하여야 한다.

  다)회사의 경영 승계자이자 총괄 책임자로서 D 본부장의 직무는 E 본부장의 직무에 비해 훨씬 넓고 책임도 더 무거우므로 이들을 동일 직위로 보는 것은 부당하다.

   D은 최대주주인 부친 J 사장의 건강 문제로 인해 경영 공백을 메우고 경영권을 승계하기 위해 입사하였다.

   그는 입사 직후부터 향후 회사의 명운을 책임질 실질적 경영 승계자(총괄 책임자)로서, 전사 운영 및 주요 의사결정을 총괄해 왔고, 이는 일반적인 전문 경영인 본부장이 감당할 수 있는 범위를 훨씬 상회하는 ‘대표이사 대체 역할’에 해당한다.

   조사청이 D의 비교 대상으로 삼은 E은 D과 동일한 ‘본부장’ 직위를 가지고 있으나, 그의 업무 범위와 책임이 D에 비해 훨씬 적다.

   (1) E 본부장의 업무 범위가 더 제한적임

    E 본부장은 청구법인과 L이 공동 운영하는 조직 내에서 회계 및 전산 파트 등 지원부서에 한정된 관리 업무만을 수행하는 본부장이다.

    이에 반해 D 본부장은 기획, 재무, 영업, 수출, 무역관리뿐만 아니라 제조 및 공장 파트까지 직접 담당하며 전 사업 영역을 관리한다.

   (2) E 본부장의 경영 위험과 책임 부담의 범위가 더 과소함

    E 본부장은 회계 및 전산 파트에 대한 위험만을 부담하는 특정 직무 수행 중심의 임원인 반면, D 본부장은 대주주이자 경영승계자로서 전사적인 경영책임을 지고 있어 D 본부장이 지고 있는 책임의 무게가 E 본부장과 같을 수 없다.

라)관련 선결정례를 통해 볼 때 ‘동일 직위’가 아닌 D 본부장과 E 본부장의 급여를 단순 비교하여 D 본부장의 급여 일부를 부인하는 것은 부당하므로 시정되어야 한다.

   본건 처분과 유사한 사례에서 조세심판원 및 국세청은 일관되게 실질적인 직무 차이를 인정하여 과세 처분을 취소한 바 있다.

    - 심사법인 2003-0042: 지배주주인 회장이 대표이사보다 많은 급여를 수령했더라도 회장이 경영 전반의 중요 정책을 최종 결재하는 최종 의사결정권자이고 대표이사는 이를 보좌하는 역할을 수행했다면 두 사람은 동일 직위로 볼 수 없다고 결정하였다.

    - 조심-2019-서-0812: 지배주주인 임원들은 그룹 경영의 위험을 부담하며 전반적인 의사결정에 참여하므로, 위험을 부담하지 않는 전문 경영인과 보수를 비교하는 것은 타당하지 않다고 판단하였다.

   본 사례에서도 D은 회사의 주요 의사결정권자로서 경영 전반을 총괄하고 있는 반면, E은 회계부서에 국한된 보좌 업무를 수행하고 있어 두 사람이 동일 직위에 해당한다고 보기 어려우므로 위 결정례들의 취지에 따라 두 사람을 동일 직위로 보아 급여를 단순 비교하는 것은 명백하게 부당하다.

  마)(소결론)D 본부장은 최대주주의 아들이라는 특수성을 넘어 회사 전 분야를 총괄하는 경영 승계자로서 역할 및 책임을 부담하고 있는 점을 고려할 때 특정 지원부서에 국한된 업무를 수행하는 E 본부장과 동일 직위로 보아 D의 급여 일부를 부인하는 것은 법인세법 시행령 제43조의 제3항의 법리를 오해한 극히 부당한 처분이므로 2021~2024년 급여는 손금으로 인정되어야 한다.

 3) 해외현지법인 파견직원에 대한 용역료 미수취에 대한 익금산입 처분과 관련하여

  가)다수의 선심판례는 내국법인이 해외현지법인에 파견된 임직원의 인건비를 부담하더라도 당해 임직원이 사실상 내국법인의 업무에 종사하는 경우에는 손금에 산입하도록 하고 있다.

  법인세법 제19조 및 동법 시행령 제19조 제3항에서는 내국법인이 직접 또는 간접 출자한 해외현지법인에 파견된 임직원의 인건비를 손금의 범위에 명시적으로 포함하고 있다.

   국세청도 “업무의 성격과 범위 등으로 보아 사실상 당해 법인의 업무에 종사하는 것으로 인정되는 경우 손금에 산입할 수 있다”고 명확히 밝히고 있다(질의회신 46012-3430, 1999.09.03.).

   다수의 조세심판례 또한 “ 내국법인이 그 해외현지법인에 임직원을 파견하여 해외현지법인의 생산과 경영 등을 지원하게 하면서 인건비를 부담하는 경우로서 당해 임직원이 사실상 내국법인의 업무에 종사하는 경우에는 당해 비용을 내국법인의 손금에 산입할 수 있는 것”이라고 반복하여 밝히고 있다(조심 2012-중-2416, 2014.05.28., 국심2006-서-1355, 2007.05.14. 등 다수).

나)조세심판원 선결정례에서는 해외현지법인이 기능적으로 모회사에 종속되고, 해외현지법인 인력 파견이 모회사의 수익 창출과 밀접하게 연계될 경우 해외파견 인력의 인건비를 모회사의 손금으로 인정하고 있다.

   (1) 해외현지법인의 기능적 종속성

    해외현지법인에 파견된 직원 인건비의 손금 산입을 인정한 조세심판례에서 해외현지법인은 형식적으로는 국내 모법인과 독립된 법인이지만, 실질은 국내 모법인의 제품을 생산하는 제2의 공장 또는 판매를 대행하는 해외지점의 성격을 가진다(조심 2014-중-5159, 조심 2015-전-4932, 조심 2017-부-3567 외 참조).

    - 생산법인 : 국내 모법인의 주문에 따라 제조임가공 용역만을 제공하며, 생산된 제품의 대부분 또는 전량을 모법인이 구매한다.

    - 판매법인 : 국내 모법인의 제품을 현지에서 직접 판매하는 행위에 종속된 구조를 가지며, 모법인의 매출 실현을 위한 영업 활동의 연장선에 있다.

    해외현지법인의 매출 또는 매입거래의 대부분은 국내 모법인과의 거래에서 발생하고, 해외현지법인은 매출 실적에 대한 부담 없이 계약서에 약정된 가공료나 고정된 판매 마진만을 수취할 뿐이어서, 이러한 해외현지법인은 기능적으로 국내 모법인에 종속되어 있다고 볼 수 있다.

   (2) 모회사의 수익 창출을 위한 해외 파견의 필요성

    내국법인이 제품을 해외에서 생산하거나 판매하기 위해 해외현지법인을 설립하는데 동 해외현지법인의 생산활동 또는 판매활동에 문제가 발생한다면 이는 내국법인의 손익에 직접적인 악영향을 준다(조심 2015-전-4932 참조).

    이러한 상황에서 내국법인은 안정적으로 저렴한 가격에 제품을 공급받고, 제품 판매를 원활하게 이행하기 위하여 내국법인 소속 임직원을 해외현지법인에 파견하여 경영지도, 품질관리, 거래처 관리, 현지 시장조사, 경쟁사 제품정보 수집 등의 업무를 담당하게 하고 이들을 관리 감독할 필요가 있다.

    만약 해외현지법인이 생산한 제품에 하자가 생기거나, 판매처에 대한 관리 부실 등으로 거래처 클레임, 매출 손실 등의 사업상 위험이 발생한다면 이는 결국 국내 모회사가 부담하게 되므로 국내 모회사 입장에서는 해외현지법인에 대한 관리 감독을 철저히 할 수밖에 없다.

    조세심판원도 해외현지법인의 영업활동이 내국법인의 수익 창출과 밀접하게 연관되어 있는 점을 이해하여

    해외현지법인이 내국법인의 관리 감독하에 사업활동을 수행하였고, 해외파견 임직원들도 내국법인의 지시를 받아 경영지도, 품질관리, 거래처 관리, 현지 시장조사, 경쟁사 제품정보 수집 등의 업무를 수행하였다면 이러한 업무 수행의 대가인 인건비는 수익관련성이 명백하여 손금에 해당된다고 판시하였다(조심 2012-중-2416, 조심 2014-중-5159, 조심 2015-중-1525, 조심 2017-부-3567, 조심 2021-전-3196 등 참조).

다)청구법인의 임직원이 제조업 해외현지법인 및 판매업 해외현지법인에 파견되어 수행한 업무는 청구법인의 생산할동과 판매활동의 연장선상에 있어 청구법인의 수익 증대를 위한 것이어서 청구법인의 업무 수행에 해당하므로 2021~2024년에 지급된 이들의 인건비는 청구법인의 손금으로 인정되어야 한다.

   (1) 청구법인이 생산기지인 현지법인에 생산관리직원을 파견하여 제품 품질관리, 생산납기 관리 등의 활동을 수행하게 한 것은 청구법인의 업무를 수행한 것에 해당하므로 이들의 인건비는 손금 산입함이 타당하다.

    중국법인과 베트남법인은 청구법인의 전형적인 위탁가공형(Contract Manufacturer) 형태로 운영되는 사실상의 생산기지로서, 현지법인에서 생산되는 제품은 거의 대부분 청구법인이 구매한다.

    청구법인은 중국과 베트남 현지법인의 모든 수익과 비용 요소(구매가격, 매출단가, 관리비용, 채용, 승진 등)에 대한 결정 권한을 직접 행사하며, 다른 현지법인에 대한 의사 결정 권한도 청구법인이 보유하고 있다.

    청구법인은 제품의 생산납기, 품질관리를 직접하고 그에 대한 최종책임도 모두 부담하고 있다.

    이에 반해 중국법인과 베트남법인은 단순 생산기능만 수행하면서 청구법인과 체결된 계약에 따라 약정된 가공료를 수취하는 구조로 사업을 수행하고 있어 기능(Functions), 자산(Assets), 위험(Risks) 분석(FAR 분석) 상 극히 제한적인 역할만 수행한다.

    이로 인해 이들 현지법인은 약 2% 수준의 최소 영업이익률에 해당하는 이익을 보장받고 있다.

    청구법인과 현지법인 간 체결한 약정서에 따라 생산된 제품의 품질.납기 등의 기준 미 준수로 인한 거래처 클레임, 매출 손실, 브랜드 신뢰도 저하 등 모든 영업상 위험은 전적으로 청구법인에게 귀속된다.

    이러한 사정을 고려할 때 청구법인이 현지법인에 주재원(사무직 생산관리 직원) 및 현장생산관리직원을 파견하여 제품의 공정관리, 품질관리, 납기관리, 제품 검수 등을 하게 한 것은 청구법인이 현지법인의 자금을 지원할 목적으로 이루어진 것이 아니라 청구법인의 영업상 위험을 감소시키고 수익을 증대시키기 위한 차원에서 이루어진 것이다.

    따라서 청구법인이 제조업 해외현지법인에 파견한 임직원의 인건비를 부담하는 것은 법인세법 제19조에 따라 손금으로 인정되어야 한다.

   (2) 청구법인이 판매를 대행하는 현지법인에 영업직원을 파견하여 통관업무, 수주활동, 거래처 관리 등의 활동을 수행하게 한 것은 청구법인의 매출 증대를 위한 필수적이고 직접적인 영업활동의 연장에 해당하므로 이들의 인건비는 손금 산입함이 타당하다.

    청구법인은 미국 및 일본의 내수시장 판매를 위하여 미국법인과 일본법인(이하 “현지판매법인”이라 함)을 운영하고 있다.

    현지판매법인은 청구법인의 해외 판매거점으로서, 청구법인 제품의 현지 내수 판매를 위한 통관·거래 창구 기능만을 수행하는 판매법인이다.

    현지판매법인의 역할은 거래처로부터 수주를 받아 이를 청구법인으로 연결하는 업무 및 그로 인해 파생되는 업무가 전부이다. 현지판매법인이 제3자로부터 상품을 구매하여 재판매하는 활동은 없다.

    현지판매법인의 모든 의사결정(구매단가, 판매단가, 인력, 급여, 수익비용 구조)이 청구법인에 귀속되어 있고, 현지판매법인은 사실상 청구법인의 현지 판매 연장선에 해당하는 역할을 수행하며 약 1% 수준의 최소 영업이익만을 확보하고 있다.

    해외파견직원들의 주요 업무는 거래처 관리 및 영업 대응, 본사 정책 및 가격 정책의 현지 실행, 클레임 관리 및 본사 보고, 물류·통관·납기 관리, 본사와 거래처 간 커뮤니케이션 조정 등으로 본사 영업 및 고객관리와 직결된 필수적인 업무에 해당한다.

    이는 현지판매법인의 독립적인 영업활동을 위한 업무가 아니라, 본사인 청구법인의 매출 실현을 위한 필수적인 직접 영업활동의 연장에 해당한다.

   (3) 이처럼 현지판매법인에 파견된 임직원들의 업무 성격과 범위는 "청구법인 제품의 일본 및 미주지역 판매활동"을 지원한 것에 해당하여 청구법인 자신의 사업활동을 현장에서 수행하는 것이지 현지판매법인에 별도 용역을 제공한 것에 해당하지 않으므로

    이들의 업무를 사실상 청구법인의 업무에 종사하는 것으로 인정하여 이들에 대한 인건비를 청구법인의 정당한 손금으로 처리하는 것이 타당하다.

 4)연구인력개발비(R&D) 세액공제 과다 공제액 부인 처분과 관련하여

  가)R은 조사대상기간에 합섬부문 기술연구소장으로 근무하였고 타부서 업무를 겸직한 사실이 없으므로 R의 인건비는 세액공제 대상으로 인정되어야 한다.

   조사청은 청구법인이 2020년 ISO 인증을 위해 만든 문서상 부산공장의 품질경영(QMS Base) 조직도에 “R&D and Quality Executive Manager”라는 직위 아래 “Quality Management Team(품질경영팀)과 R&D Team(기술연구소)”이 있는 것을 발견하고

<그림 생략>

   조사대상기간 당시 합섬부문 기술연구소장으로 근무한 R이 “R&D and Quality Executive Manager”라는 판단 하에 R의 인건비에 대해 세액공제 부인하였다.

<표 생략>

   그러나 R은 2025.2.5.에 조사청이 실시한 문답에서 본인은 2020년부터 2025년 1월까지는 기술연구소장으로만 근무하였고, 기술연구소, 생산팀, 품질경영팀을 총괄한 것은 2025년 2월 합섬부분 본부장으로 취임한 이후부터이며, 2020년부터 2025년 1월까지는 자신이 아닌 S이 합섬부분 본부장으로 근무하였다고 답변하였다.

   2025년 1월 이전에 S이 합섬부분 본부장으로 근무한 사실은 생산팀, 품질경영팀, 기술연구소 기안문에 S이 결재한 사실을 통해서도 확인된다.

<표 생략>

   즉 R은 2020년 ISO 인증을 위해 청구법인이 만든 조직도 상 “R&D and Quality Executive Manager”라는 직책에 해당하는 임원이 아님이 명백하다.

   또한 청구법인이 ISO 인증을 위해 만든 환경경영(EMS Base) 조직도에는 “R&D and Quality Executive Manager”라는 직책이 없고 기술연구소, 생산팀, 품질경영팀이 직접 “환경경영대리인”의 관리를 받도록 되어있는 바, 여기서 환경경영대리인은 공장장이다.

   ISO 인증을 위해 청구법인이 만든 안정경영(SMS Base) 조직도에서도 기술연구소, 품질경영팀 등이 직접 “안전보건관리책임자”의 관리를 받도록 되어있는 바, 여기서 안전보건관리책임자는 공장장이다.

<그림 생략>

   즉 R은 조사대상기간에 기술연구소 업무 외 품질경영팀, 생산팀 등의 업무를 수행한 사실이 없다.

   따라서 R의 2021년 ~ 2024년 인건비는 R&D세액공제 대상에 해당한다.

  나)T과 U은 2021년 ~ 2024년 기간동안 기술연구소 전담 업무를 수행하였음에도 단지 타부서 팀원의 평가자(최종 평가자는 아님)로 일부 참여하였다는 사실만으로 타부서 겸직으로 보아 세액공제를 부인하는 것은 부당하다.

   조사청은 기술연구소 소속 T 및 U 연구원이 타부서(O생산팀, O품질경영팀 등)의 평가자로 참여한 사실이 있으므로 타부서 업무를 겸직한 것으로 보아 이들에 대한 인건비에 대하여 R&D세액공제를 부인하였다.

<표 생략>

   청구법인의 기본 인사정책은 다면평가로 피평가자 평가 시 1․2차 평가자가 먼저 의견을 표시하면 최종 평가자가 사실상 평가점수를 결정하는 구조로 되어있다.

   청구법인은 O사업부문에서 오랜 기술경력을 쌓아온 T(연구소 임원)을 O사업부문 다면평가의 일원으로 1차 또는 2차 평가자로 참여시키고, U(연구소 팀장) 또한 품질경영팀과 생산팀의 다면평가에 1차 평가자로 참여시킨 사실이 있으나, 이들이 최종 평가자는 아니다.

   청구법인이 연구원인 T과 U을 타부서 다면평가에 참여시킨 이유는 먼저 기술연구소의 연구개발 업무 특성상 신제품 개발, 시제품 제작, 테스트 생산 및 품질 검증은 생산부서 및 품질부서의 협력을 필요로 하는 등 생산팀 및 품질경영팀 업무와 연계되어 있기 때문이고, 다면평가 시 평가자 숫자의 부족에도 그 원인이 일부 있다.

   T과 U은 2021년~2024년 기간동안 연간 1~2회 타부서 평가 업무를 수행한 사실은 있으나 이를 제외하고는 오직 연구개발 업무만을 전담하였지 타부서 업무를 수행한 사실이 없음을 입증하기 위해 조사청에 품질경영팀, 생산팀, 총무관리팀 등에서 생산한 문서를 파일로 제출한 사실이 있다.

   조세심판원은 2016년 청구법인에 대한 조사청의 세무조사에서 당시 기술연구소장이었던 V이 해외출장을 통해 신규 거래처 발굴, 시장동향 파악, 품질 사후관리 등의 업무를 수행한 것은 연구개발 외 다른 업무를 수행한 것이므로 연구개발 비용에 해당하지 않는다고 과세처분한 사건에 대하여

   V의 이러한 활동은 연구개발에 부수하여 수행한 것으로 볼 수 있으므로 V은 연구전담인력에 해당한다고 결정하였다(조심 0000-부-00, 0000.00.00.).

   T과 U이 타부서 평가 업무에 일부 참여한 이유는 회사의 다면 평가 정책에 따른 평가자 인력의 부족에 의해 불가피한 측면이 있었고 연구개발 업무와 이들이 참여한 타부서의 업무가 서로 연계되어 있어 이들의 타부서 평가가 연구개발 업무와 전혀 무관하다고 보기에는 무리한 점이 있는 점, 평가 업무가 연간 1~2회에 불가한 점, 이들의 평가가 최종 평가가 아닌 점, 이들이 실제 연구개발 업무에 전념한 점, 청구법인에 대한 조세심판 선결정례 등으로 볼 때

   2021~2024년 T과 U의 타부서 평가 업무를 수행한 것만으로 타부서 업무를 겸직한 것으로 보아 R&D세액공제를 부인하는 것은 너무 가혹하므로 연구전담인력으로 인정하여 주실 것을 요청드린다.

5)사내 소사장에게 지급한 추가도급료(장학금) 매입세액 공제 부인 처분과 관련하여

  가)추가도급료는 계약서상 약정에 의거 지급되었으므로 그 성격이 용역 제공의 대가에 해당된다.

   청구법인이 사내 협력업체(소사장) 10곳과 용역게약을 체결하고 생산공정의 일부를 사내 소사장들에게 위탁하면서 기본도급료 외 추가도급료를 용역대가로 지급하고 있다.

<표 생략>

   청구법인이 소사장을 설립할 때 기존 청구법인 직원을 인수하는 조건으로 진행하면서 당사와 소사장 간에는 기본적으로 각 소속 직원의 대우를 동등한 조건 하에서 운영한다는 전제가 형성되어 있다.

   추가도급료는 청구법인 생산라인 일부를 담당하는 소사장 소속 인력의 이탈 방지 목적에다가 숙련도 유지, 생산 안정성 및 품질 확보를 위하여 평가·산정된 금액이다.

   따라서 쟁점 추가도급료 지급액은 ① 용역 수행의 안정성을 확보하여 청구법인의 수익을 향상 시키기 위한 비용이며, ② 생산공정 수행과 직접 관련된 관리비 성격을 지닌 인건비성 간접원가에 해당한다.

나)추가도급료는 친목도모 및 관계개선을 목적으로 한 접대비에 해당할 수 없고, 국세청은 유사한 사례에서 사내협력사에 지급한 학자금 지원액을 접대비가 아닌 것으로 선결정한 사례가 있다.

   대법원 판례(2006두1098, 2008.07.10. 등)는 접대비의 요건을 다음과 같이 정리하고 있다.

   • 지출 상대방 : 사업에 관련 있는 자

   • 지출의 성질 : 향응·선물 등 소비성 비용

   • 목적 : 친목 도모 또는 거래관계 원활화

   • 업무 관련성: 거래관계의 원활한 진행을 위한 것

   일반적인 거래 관행상 접대는 통상적으로 거래의 유지·확대를 위하여 “을”의 지위에 해당하는 당사자가 수행하는 것이 사회통념에 부합한다.

   이 건에서 청구법인은 생산공정 일부를 위탁하는 “갑”의 지위로서 도급단가 결정 및 재계약 여부 등을 포함한 거래의 주도권을 보유하고 있는 관계로 관계 유지를 위한 향응·접대성 지출을 할 필요성이 있는 구조라고 보기 어렵다.

   조사청은 청구법인의 내부 기안서에 “장학금”이라는 표현이 사용된 사실을 근거로 쟁점 추가도급료를 접대비로 간주하였다.

   그러나 장학금이라는 용어는 청구법인이 내부 관리의 이해를 돕기 위해 사용한 관리상 용어에 불과하다.

   그리고 과세관청은 이미 과세사실판단자문위원회의 판단을 통해 사내협력사들에게 지급한 학자금을 용역의 대가로 인정한 사실이 있다(조심 2018-서-0948 2018.06.07. 참조).

<표 생략>

   청구법인과 10곳의 사내 소사장들과의 관계, 국세청의 과세사실판단자문 결정 등을 종합하여 볼 때, 쟁점 추가도급료는 접대비가 아닌 용역대가로 인정하는 것이 타당하다고 사료된다.

라. 조사청 의견에 대한 청구법인 추가의견

 1) C이 청구법인에 실제 근무한 사실이 없어 C의 인건비가 가공급여에 해당한다는 조사청의 주장과 관련하여

  가)조사청의 채용공고문도 없고, 입사지원서 및 이력서도 없이 비정상적으로 00세에 임원으로 선임되었다는 주장에 대한 반박

   임원을 외부인재를 영입하기보다는 채용공고 없이 내부 인원을 선출하는 것은 회사의 통상적인 관례이며, C의 경우 2년간 사원으로 재직(C 기안문 참조)한 후에 승진한 것이기 때문에, 신규채용과는 달리 채용공고문, 입사지원서 등의 서류가 없는 것이다.

   또한 선임 당시 최대주주인 J 사장의 투병으로 인해 차기 경영승계의 긴급성이 대두되는 시기여서 경영 공백을 최소화하기 위하여 30세라는 적지 않은 나이에 임원으로 선임되었다.

  나) 조사팀 조사착수 당시 K사무소 0층에서 근무하여, 청구법인 업무를 수행하지 않았다는 주장에 대한 반박

 P(주)는 K사무소 0층을 전부 사용하는 것이 아니라 일부(3평)만 임차하여 사용하고 있으며, 나머지는 DSR과 DSR 제강이 공동으로 사용하고 있다.

   C은 사무소 0층의 임원실 3개 중 1개를 사용하여 업무를 보고 있다. 조사청이 제시한 사진상의 탁자들은 평상시 직원들의 휴계공간으로서 일시적으로 의류를 올려놓은 것뿐이다. 조사 착수 시점의 일시적 상황만으로 조사대상기간 전체를 판단하는 것은 성급한 일반화의 오류이다.

   또한, 애플컴퓨터는 P(주)의 자산으로서 청구법인과는 무관하며, 청구법인의 결재 등의 업무는 업무용 컴퓨터(일부 결재는 스마트폰)로 처리한다.

다) 조사팀에게 공장의 잘못된 위치와 해외법인을 해외지사로 답변하여 회사에 대한 이해가 부족하는 주장에 대한 반박

 C은 청구법인과 L의 겸직임원으로서 양사 업무를 공동으로 수행하였고 조사팀의 질문에 경황없이 급하게 답변하다 보니, 두 개의 회사를 혼선해서 답변하였다. 실제로 C이 답변한 W은 L의 생산공장이다.

   또한, 해외지사(미국지사, 일본지사)라는 명칭은 청구법인 내부에서 사용하는 공식명칭으로 실제 결재문서에서도 사용되는 명칭이다(‘지사’ 용어 사용 샘플자료 참고).

라) C이 본부장으로서 수행한 전산결재와 구체적인 업무지시에 대한 증빙이 없다는 내용에 대한 반박

 청구법인은 신속한 의사결정을 위해 이해관계자 전부를 결재라인에 넣지 않고 3인 이내로 제한하는 운영규칙(내부문서 있음)이 있다.

   또한, 청구법인은 용량 및 정보보안 정책상 6개월 경과된 사내메일, 사내메신저 등은 자동 삭제되도록 되어있다. 이는 C뿐만 아니라 전 임직원 동일하게 적용되는 사항이다.

   C은 경영승계자로서 참조결재하였다는 사실은 C이 청구법인의 업무를 수행한 명백한 증거가 됨에도 청구법인의 정보보안 정책으로 인하여 업무 관련 지시 내용을 담은 이메일이 현재 남아 있지 않는다는 사유로 C의 근무 사실 자체를 부인하는 것은 너무 가혹한 확대 해석에 해당한다.

  마) C이 참석한 팀장회의에 대한 회의록이 없어 참석을 인정할 수 없고, 자금회의기안문도 자금회의 참석을 인정할 만한 증빙이 아니라는 주장에 대한 반박

 팀장회의는 팀장급들이 모여 현안을 논의하는 내부회의로 매월 구두보고 형식으로 이루어지고, 이사회와 같은 중요한 경영의사결정이 아니기 때문에 공식적으로 회의록을 만들 필요성을 느끼지 못했고, 청구법인과 같은 중소기업 입장에서 내부회의에 대해 회의 때마다 인력과 노력을 투입하여 회의록을 작성하는 것이 현실적으로 어려움이 있다.

   그리고 팀장급들이 모이는데 상위 직급인 본부장인 C이 참석하지 않는 것이 오히려 이상함에도 회의록이 미작성되어 현재 존재하지 않는다는 사유를 C의 불참의 근거로 바로 사용하는 것은 너무 부당하다.

   자금회의 또한 회의록이 굳이 필요한 것이 아니라서 자금회의 결과만을 보고하는 기안을 올리고 있다.

   해당 자금회의 기안문에 따르면 회의 참석자로 C이 명확히 기재되어 있으며, 참석자로 기재된 이상 회의록이 존재하지 않고 회의에서 C의 발언 내용이 남아 있지 않다는 사유만으로 조사청이 임의적으로 C의 업무수행 사실을 부인하는 것은 억울하다(기안문 증빙 참고)

   마지막으로 조사청은 “2023～2024년도 개별기업보고서(조사청 의견서 “2023년 및 2024년 청구법인 사업보고서 일부 발췌” 표 참고)”에 T 본부장이 스테인레스사업부문 총괄로 기재된 사실을 과세 증거로 삼아 R&D 세액공제를 부인했는바, 동일 증거에 의거 D과 C도 주업무가 경영전반관리로 기재되어 있다는 사실도 인정해야 하며, 동일증거에서 정보를 취사 선택하여 과세하는 것은 합리적이지 않다.

2)D의 급여가 과다 급여에 해당한다는 조사청의 주장과 관련하여

  가)조사청의 D은 청구법인의 최대주주인 X의 조카로서 동일직위의 E 본부장보다 정당한 사유 없이 급여를 초과하여 지급하였다는 주장에 대한 반박

 경영승계라고 하는 것이 단기간에 이루어지는 성격이 아니고, 차기 경영승계자라고 하여 바로 기존 경영진을 대체하여 회사 전면에 나설 수 없는 현실적 한계가 있다. 그렇기에 본부장의 직함을 달고 차기 경영승계자로서 회사의 전반적인 경영(경영관리부서, 생산부서 등 포함)을 담당하고 있다.

   이러한 현실적 한계로, E과 D은 본부장이라는 동일명칭의 직위를 달고 있긴 합니다만, 이는 명칭만 같을 뿐 실질적 업무범위나 책임범위는 다르다.

   E의 업무범위는 회계 및 전산파트 등 지원부서로 한정되어 있으나, D은 기획, 재무, 영업, 수출, 무역 관리뿐만 아니라 제조 및 공장의 생산까지 업무범위를 책임지고 있습니다.

   조사팀이 열거한 업무들은 E이 담당하는 회계 및 세무업무를 나열한 것일 뿐 그 범위 자체는 회계 및 세무업무로 제한적이며, 세무조사 등으로 일시적으로 업무량이 많아 보일 수 있으나 어디까지나 회계 및 세무업무에 한정된다.

 나)조사청의 청구법인의 최대주주는 개인주주이므로 경영승계자로서의 목적을 인정하기 힘들다는 주장에 대한 반박

 회사의 최대주주는 소액주주(00.00%)이므로 경영승계자로 보기 힘들다고 하나, 소액주주를 경영자로 보기는 상식적으로 어렵다.

   오히려 청구법인은 사실상 L에 의해 지배되고 있고, L의 지배주주는 J(父)이므로 D과 C을 사실상의 경영승계자로 보는 것이 합리적이다.

<표 생략>

  다) D이 실질적으로 경영전반에 걸친 업무수행자 및 책임자로서 증명할 소명자료가 부족하다는 주장에 대한 반박

   청구법인은 앞서 설명드린 바와 같이 신속한 의사결정을 위해 이해관계자 전부를 결재라인에 넣지 않고 3인 이내로 제한하는 운영규칙에 따라 D은 참조결재 형식으로 문서에 결재하였다.

   D이 제조(구매, 생산), 영업(수출, 무역 포함), 관리(기획, 재무) 등의 업무에 관여하지 않았다면 D이 약 0,000건에 해당하는 문서에 결재하지 않았을 것이다.

   D이 경영 전반에 대한 업무를 처리한 사실은 문서에 결재하였다는 사실 외에도 매주 초 국내 사업장 회의 주재, 중요한 해외 출장 내역 등을 통해 현장에서 경영 전반에 대한 업무를 수행한 사실을 임직원 인터뷰 등을 통해 충분히 직접 확인 가능하다.

   D이 관리, 제조 전 파트에 대한 참조결재가 다수 존재한다는 사실, D이 현장에서 직접 경영 활동을 수행한 사실 등은 D이 회사 경영 전반에 관여하였다는 강력한 증거이고, 조사팀에서 이미 과세 증거로 삼은 2023~2024년 개별기업보고서에도 D이 경영관련 보고를 받는 자로 대표이사인 X 등과 함께 기재되어 있음에도 조사팀은 일방적인 추정에 의해 D이 회사 경영 전반에 대한 업무를 수행한 사실을 애써 부인하고 있다(D 참조 결재 증빙 참고).

 3)해외현지법인에 파견된 직원의 업무는 현지법인의 고유업무에 해당하므로 청구법인이 해외현지법인에 지원용역을 무상으로 제공한 것이라는 조사청의 주장과 관련하여

  가)청구법인은 해외현지법인에 파견된 임직원들 중 내국법인의 관리․감독하에 청구법인을 위해 품질관리, 거래처 관리, 현지 시장조사, 경쟁사 제품정보 수집 등의 활동을 수행하는 등 청구법인의 업무를 수행한 사실이 명확한 임직원에 대해서는 별도로 기술용역료를 수취하지 않고,

   현지법인 업무도 일부 수행한 것으로 볼 수 있는 여지가 조금이라도 있는 임직원(법인장, 관리직 등)의 인건비 부담액에 대해서는 기술용역료 명목으로 용역대금을 청구하여 회수하고 있다.

   조사청의 주장처럼 사무관리직 파견직원에 대해서만 기술용역료를 수취하고 현장직 파견직원에 대해서는 기술용역료를 수취하지 않은 것이 아니라, 청구법인의 업무를 수행하였는지 여부에 따라 기술용역료 수취 여부를 결정한 것이다.

  나)(추가 주장) 이번 추가 의견서에서는 조사청이 해외파견직원 인건비가 용역의 무상 지원에 해당한다고 주장하고 있으므로, 당초 조사 시 청구법인의 주장에도 불구하고 이전가격 여부를 검토하지 않은 국외특수관계자들과의 재화 거래에 대해 이전가격 여부를 추가 검토해 주실 것을 요청드린다.

   조사청의 주장대로 해외파견직원 인건비를 용역의 무상 제공으로 볼 경우 이로 인해 해외현지법인의 영업이익률은 당초 신고보다 더욱 떨어지게 되므로, 이 경우 조사청은 해외현지법인의 조정된 영업이익률이 정상가격범위 내에 있는지 여부를 검토하여 청구법인과 해외현지법인 간 재화거래의 정상가격 여부에 대해서도 충분히 검토했어야 한다.

   그러나 조사청은 당초 세무조사 시 이를 검토해 달라는 청구법인의 의견에도 불구하고 이를 무시한 채 해외파견직원 인건비만을 별도로 분리하여 이전가격 여부를 검토하였다. 이는 소위 말하는 “cherry-picking(유리한 것만 선별하여 선택하는 것)”에 해당한다.

   따라서 해외파견 인건비가 용역에 무상 제공에 해당한다면 이를 반영하여 기존의 재화거래에 대해서도 추가 이전가격 여부를 검토하여 주실 것을 요청드리는 바이다.

<표 생략>

 4) R, T 및 U은 기술연구소 외 타 부서 업무를 겸임하였으므로 연구인력개발비 세액공제에 해당하지 않는다는 조사청의 주장과 관련하여

  가) R은 2021~2024년 기술연구소 외 품질경영팀의 업무까지 수행한 사실이 없고, 조사팀은 R이 겸직하였다는 직접적이고 객관적인 증빙을 제시한 사실도 없다.

   조사청은 ISO 인증을 위해 작성한 『품질경영 조직도』상 “R&D and Quality Executive Manager”라는 직책이 R이라고 주장하고 있으나,

   ISO 인증을 위해 작성한 다른 조직도, 즉 『환경경영 조직도』와 『안정경영 조직도』에는 동 직책이 없고, 『품질경영 조직도』에는 각 직책에 해당하는 임직원의 이름이 표기되어 있지 않음에도, “R&D and Quality Executive Manager”가 R이라는 조사청의 주장은 과세 근거가 될 수 없는 단순 추정에 불과하다.

   조사청은 품질경영 조직도가 Y 본사 조직도와 일치하고 Y 본사 조직도에도 R이 기술연구소와 품질경영팀을 총괄하는 부문장으로 기재되어 있다고 주장하고 있으나,

 Y 본사 조직도에도 기술연구소와 품질경영팀을 총괄하는 부문장 직위가 없고, 오히려 품질경영팀은 Z 팀장이, 기술연구소는 R 이사가 팀장 역할을 담당하였음이 명확하게 표기되어 있어 조사청의 이 주장도 근거가 없다.

   오히려 R이 기술연구소와 품질경영팀을 총괄하지 않았다는 사실은 품질경영팀의 기안서에 결재자로 R이 없는 점에서도 명확하게 나타나고, R도 조사청이 실시한 문답에서 품질경영팀 업무까지 총괄한 사실이 없다는 점을 명확히 답변하였다.

   만약 조사청의 주장대로 R이 품질경영팀의 업무도 총괄하였다면 기안서 등 내부 문서에 그 근거가 남아 있어야 한다. 그러나 조사청은 품질경영팀 내부 문서 등에 대하여 R이 결재한 이력이 없음에도, 단순 추정과 임원 호칭 단일화 정책(2022년부터 이사, 상무, 전무 등 호칭을 본부장으로 통합), 2025년 R의 급여 등 직접적이지 않은 내용만을 근거로 R의 겸직을 주장하고 있다.

나)T은 2021~2023년 기술연구소 외 품질경영팀과 생산팀 업무를 수행한 사실이 없다.

   T은 2024년 1월 1일 이후 스텐부문 총괄책임자로 임명되었으나 그 이전인 2021~2023년에는 기술연구소 업무만 담당하였고, 품질경영팀과 생산팀 업무를 수행한 사실이 없고 다만 평가자로 참여하였을 뿐이다.

   만약 T이 품질경영팀과 생산팀 업무를 수행하였다면 품질경영팀과 생산팀 기안문 결재라인에 T이 결재자로 지정되었을 것이나, 제출 증빙과 같이 품질경영팀과 생산팀 기안문에 T이 결재자로 결재한 이력이 없다.

다)U은 2021~2023년 기술연구소 업무 외 품질경영팀 업무를 수행한 사실이 없다.

   U은 2024.1.1. O생산 1, 2팀장으로 인사발령 나기 이전인 2021~2023년에는 기술연구소 업무 외 품질경영팀 업무를 수행한 사실이 없으며, 이러한 사실은 제출 증빙과 같이 동 기간 품질경영팀의 기안문에 U이 결재자로 결재한 이력이 없다는 사실에서도 잘 나타난다.

 5)사내 소사장에게 장학금 명목으로 지급한 추가 도급료가 접대비성 경비에 해당하여 세금계산서 매입세액 불공제 대상에 해당한다는 조사청의 주장과 관련하여

  가)과세관청은 이미 과세사실판단자문위원회의 판단을 통해 사내 협력사들에게 지급한 학자금을 용역의 대가로 인정한 사실이 있으므로 이 건에 대해서도 인정하는 것이 타당하다.

   과세관청은 이미 과세사실판단자문위원회의 판단을 통해 사내 협력사들에게 지급한 학자금을 용역의 대가로 인정한 사실이 있다.

   그러나 이 건에 대해서만 신의성실의 원칙과 조세평등의 원칙을 위반하여 용역의 대가로 인정하지 않았고, 조사팀의 답변에서도 이에 대해서는 전혀 언급하지 않고 있다.

   이미 확립된 과세기준이 청구법인에게만 억울하게 적용되지 않도록 시정해 주실 것을 요청드린다.

3. 조사청 의견

가. C 인건비 가공급여로 보아 손금불산입 처분

 1) 청구법인은 업무 전문성이나 업무 경력도 없는 최대주주 가족 C을 비정상적인 방식으로 임원으로 선임 후 C이 법인에서 구체적인 업무수행이 없음에도 거액의 급여를 지급(2020년~2024년 1,164백만원, 청구법인의 관계사에서도 동일기간 1,059백만원 지급) 했으므로 C 인건비를 가공급여로 보아 손금불산입 처분해야 한다.

 2) (C 임원 선임 관련) C의 임원 채용 관련 채용공고문 없으며, C이 제출한 입사지원서 및 이력서 없으며, 임원 선임 서류는 청구법인의 내부 기안문 및 사내 공지문이 전부이다.

  가) 조사과정에서 C 임원 선임 관련 자료 요구시 청구법인은 문서화된 서류는 없으나 “후보 선정을 위해 역량 등을 종합적으로 검토”, “현직 임원들 대상 개별적인 의견수렴” 과정을 거쳐 선임했다 주장했으나 역량평가 자료, 의견수렴 자료 등의 서류나 자료는 없다.

  나) C은 임원 선임 당시 00세로, 2021년 9월경(2021년 9월 AA대 대학원 입학)까지는 의류관련 학업 수행하여 기업체 근무경력이나 법인업무와 관련된 학력도 없는 상태로, 일반적인 법인의 경우라면 임원(상무이사)으로 바로 임용되어 고액의 급여^*를 지급받을 수 없다.

   * C은 청구법인의 특수관계법인 L㈜에서도 본부장 직위 업무수행 사유로 고액의 급여를 받고 있다.

<표 생략>

 3) (업무수행 여부) C은 2021년 10월 본부장으로 선임된 후 “경영전반 관리” 업무를 수행하고 있다 주장하나, 경영에 관여하며 청구 법인의 업무를 실제로 수행했다고 인정할 만한 객관적 사실이나 증빙이 없다.

  가) 2025.12.23. 청구법인 조사 착수시 청구법인의 K사무소도 동시 착수했으며, K사무소 0층∼0층은 청구법인과 특수관계법인 L㈜ 공동으로 사용중(영업팀,무역관리팀,기획팀,재무팀,수출팀 등)이고,

  나) 0층 사무실은 C이 대표로 있는 여성의류 소매법인 P㈜가 사업자등록되어 소재한 곳으로, 조사 착수시 C은 0층 P㈜ 소속 여직원 앞 책상에서 근무중이었고, 사무실에는 청구법인의 사업관련 서류 없었으며, C이 사용중인 애플컴퓨터(Mac)에도 청구법인 관련 기획서나 결재자료 등이 없었으며, 조사공무원이 청구법인 업무에 대한 결재 방법 문의하니 결재는 핸드폰 어플로 한다고 진술^*하였다.

     * 동 사실들에 대해 청구법인에서 사실관계 부인시 착수담당 국세청 직원과 C 대면 확인 필요

<그림 생략>

  다) 청구법인은 C이 자금 및 비용 집행을 검토, 전략적 기획 및 대내외 조정, 정기 경영회의 참여 등의 업무를 수행했다 주장하나,

   문답서에 확인되는 바와 같이 법인의 기초적인 현황^*(사업장 현황, 생산제품, 해외현지법인 현황 및 생산 판매구조 등)도 파악하지 못한 상태에서 동일 업종 및 직무에 종사한 이력도 없는 C이 자금, 경영 전략기획 등 전문적이고 구체적인 업무를 수행했다고 보기 어렵고 업무를 수행했다고 인정할 자료도 없다.

<그림 생략>

  라) 각 본부장은 지휘하는 부서(총무관리, 회계, 생산, 전산 등)가 있고 결재권자로서 결재도 하고 있으나, C은 업무 관련 수동 결재 서류 및 결재권자로서 전산결재(중요한 내부기안은 결재권자가 팀장-본부장-대표인 경우가 많고, 일반 기안도 결재권자가 본부장인 경우가 많음)가 없으며, 조사대상기간에 업무 관련 지시하거나 지시받은 이메일 자료가 없다.

  마) 매월 팀장회의 참석했다 하나 회의록 등 회의개최 및 참석여부 확인할 수 있는 회의개최 기안문이나 회의록 등 객관적 증빙 없으며,

   청구법인이 제출했다고 주장하는 자금회의록은 자금관련 부서에서 매월 수행했거나 검토한 월간 자금계획 및 실적 등과 경영진의 지시사항 등을 회의록 형태로 작성한 기안문(기안자 재무팀 BB 팀장, 결재권자 CC 본부장, 결재 “참조”는 재무팀 전체, 대표자, C, D, CC, BB 등) 형식의 문서로,

   회의에서 C 등 참석인원들이 어떤 발언을 하고 의견을 제시했는지 여부 등도 없어 일반적인 회의록과 다르며, 실제 회의개최 여부 및 C 참석여부가 불분명하여 기안문은 객관적 증빙으로 볼 수 없다.

  바) 청구법인은 C이 전자결재시스템을 통해 방대한 직무를 수행했으며 그 증빙으로 조사대상기간 0,000건의 “참조”결재를 주장하나, C은 본부장 직책이나 결재권자로서 결재내역이 없고(C이 주로 관여했다 주장하는 자금 관련은 CC 본부장이 전결권자로 결재권자),

  사) C은“참조”결재하며 미비한 점에 대해 보완요청 하거나 방향성 제시했다 하나 이에 대한 증빙(이메일, 지시서 등) 없으며, 전자결재시스템상“참조”결재자로 지정된 건에 대해 단순히 문서 열람한 수준이며, 이마저도 일부는 문서 기안 후 상당한 시일 지난 후에 결재하였다.

<그림 생략>

  아) 청구법인은 C이 K사무소에 근무했다는 증빙으로 2024.12.24. 이후 출입기록(이전 출입기록 없음), K사무소 건물 1층 커피숍 결제내역을 제시하나, C이 DD빌딩으로 출근한 사실이 있더라도 이것이 C이 청구법인에 출근하여 청구법인의 업무를 수행했다는 합리적 근거는 되지 못하며,

  자) 만약, C이 청구법인의 비정기적 회의(이사회 등)에 참석한 경우가 있다면 이는 회의참석비 명목의 금액을 지급해야 할 대상이지 거액의 급여를 지급해야 할 대상이 아니다.

  차) 조사대상기간 C은 DD빌딩 0층 소재 2022.11.1. 개업한 P㈜에 상주(청구법인의 직원들이 근무하는 0층~0층에는 출입기록 없음, 2024.12.24. 이전에는 0층도 출입기록 없어 실제 DD빌딩으로 출근했는지 불투명함)하며 2024.11월 직원 2명 채용 전까지 법인 대표자로 혼자 2023년 의류브랜드를 런칭하는 등 P㈜의 업무를 수행한 것으로 보인다.

나. D의 과다 급여 손금불산입 처분

 1) 청구법인은 대표 및 최대주주인 X의 조카 D 본부장에게 정당한 사유 없이 동일직위의 E 본부장보다 급여 초과 지급한 바, 초과지급한 급여는 손금불산입 처분 대상에 해당한다.

 2) D은 청구법인의 대표이자 최대주주인 X의 조카로 2021.10월 동생 C과 같이 청구법인에 임원으로 선임되었으며, 임원 선임과정은 동생 C과 동일하게 채용공고문, 입사지원서, 이력서가 없으며, 임원선임 서류는 청구법인의 내부 기안문 및 사내 공지문이 전부이다.

 3) 청구법인은 D이 법인의 실질적 경영승계를 담당할 총괄 책임자로 법인의 전 부서를 총괄하고 최종 의사결정권을 행사하며 현장을 주도하고 있다 주장하나,

  가) 청구법인은 상장기업으로 2024년말 기준 최대주주는 소액주주 00.00%이며, 대표 X은 지분 00.00%, D은 지분 0.00%로, D 父 J의 지분 0.00%를 감안하더라도 D이 경영승계자로 볼 수 없으며,

  나) 청구법인은 D이 전 부서를 총괄 관리하며 최종의사결정권을 행사한다고 주장하나, 청구법인의 경영총괄은 대표자 X이고, 경영 및 재무부분 총괄은 J이며, 각 업무별 본부장 직급의 총괄담당이 있다.

<그림 생략>

  다) D이 “대표이사 대체 역할”을 하며, 대주주이자 경영승계자로서 경영책임을 지고 있다 주장하나, 대주주 및 경영승계자도 아니며 대표자 역할을 했다는 근거(주요 기안문에 전결권자로서 최종 결재권자 ,주요 계약서 등에 날인, 이사회나 주주총회 등에서의 역할 등)도 확인되지 않으며, 법인에서 책임소재가 있는 문제 발생시 본인 귀책사유가 아니면 법인을 대표해 책임져야 할 직위에 있지도 않다.

 4) 청구법인은 회사의 경영 승계자이자 총괄 책임자로서 D 본부장의 직무는 E 본부장의 직무에 비해 훨씬 넓고 책임도 더 무거우므로 이들을 동일 직위로 보는 것은 부당하다 주장하나,

  가) 법인세법 시행령 제43조제3항 규정에서 “동일직위”는 수행하는 직무가 완전 동일할 필요는 없고, 법인에서 직책, 실제 종사하는 사실상의 직무, 업무 참여 정도 및 책임 범위 등을 종합적으로 판단해야 할 사항으로,

  나) 청구법인은 D은 회사의 경영 승계자이자 총괄 책임자로서 최종의사결정권자라 주장하나, 이는 상기 내용과 같이 사실과 다르며,

  다) D이 기획, 재무, 영업, 수출, 무역, 제조 분야까지 직접 담당하며 전 사업영역을 관리했다 주장하나, 조사과정에서 청구법인에서 제출한 D 관련 소명서에는 D 수행업무는 2024.5월 이후 5건의 해외출장보고서와 실제 개최 사실 불분명한 자금회의결과보고 기안문 밖에 없다.

  라) D의 직접 담당 및 관리에 대한 구체적 내역(사업 기획서, 중요 사업에 대한 결재, 이사회나 주주총회, 주요회의 등에서의 역할)이 확인 안되며, D이 본부장으로서 역할을 했다면 개별기업보고서에서 확인되는 “경영전반관리”정도의 업무이다.

  마) 청구법인의 본사에는 관리분야, 제조분야를 총괄하는 본부장 2명이 있으며, E 본부장은 Y 본사에서 관리분야를 총괄하는 본부장으로, 본사에서 청구법인의 홍순모 회장을 보좌하며 법인 전반에 대한 관리를 하는 것으로 조사과정에서 확인되었다.

  바) 청구법인은 E 본부장은 청구법인과 특수관계법인 L㈜의 공동운영 조직내에서 회계 및 전산파트 등 지원부서의 한정된 관리 업무만을 수행하는 본부장이라 주장하나,

  사) 실제는 청구법인이 주장하는 업무 외에도 주주 관리 업무, 채용 등 인사업무, 부동산 관련 업무(매매, 분석 등), 수출덤핑 관련 업무, 분야별 매출실적 및 원가 등 관련 업무, 사주일가 관련된 업무(주식지분·세무 등), 본사에서 발생하는 수시업무(세무조사 등) 등 본사의 여러 업무를 총괄(본사에 있는 총무관리팀, 회계팀, 전산팀, 영업팀 등의 총무업무)하여 수행하고 있으며, 업무 범위는 D 본부장이 수행하는 업무 범위보다 결코 적지 않으며, 업무책임 부담도 결재권자로 직접 결재가 많은 E 본부장이 D 본부장보다 적지 않다.

  아) E 본부장과 D 본부장은 청구법인에서 동일직위에 있으며, 법인의 “경영전반관리”라는 업무성격이나 업무범위, 업무에 대한 책임, 특수관계법인 L㈜의 업무 동시수행 등 업무 유사함에도, 청구법인에서는 2019.1월 본부장 승진한 E 본부장의 급여보다 2021년 10월 신규 본부장 선임된 D 본부장의 급여를 과다하게 초과지급하였다.

<표 생략>

다. 해외현지법인 파견직원 용역료 미수취에 대한 익금산입 처분

 1) 해외제조법인(중국 및 베트남 법인)에 파견된 직원의 업무는 청구법인의 업무가 아닌 해외현지법인 지원용역에 해당한다.

  해외제조법인은 각국의 법령에 따라 설립되어 각각 제조공장, 설비 등을 갖추고 연간 150명 내외의 현지 인원을 고용하고 각 현지법인 명의로 원재료 등을 매입한 후, 제품을 제조하여 각 현지법인 명의로 판매하는 독립된 법인으로서 제품 생산과정에서 발생하는 1차적인 책임은 현지법인에 귀속되며, 현지에서 발생하는 생산활동은 법률적․경제적으로도 현지법인의 사업활동이다.

  개별기업보고서에 따르면 청구법인은 중국, 베트남 현지법인의 은행차입에 따른 지급보증용역 및 현지파견인원의 급여 명목으로 기술용역료를 받고 있으며, 청구법인은 생산기지인 중국, 베트남 현지법인에 기술 및 행정 지원을 제공하기로 계약하고 기술용역료를 상호 협의된 방법으로 계산 및 정산하기로 하였다.

<그림 생략>

  상기의 계약서 제9조에 따라 ‘기술용역료 계산 및 정산서’를 작성하여 제조법인에 지급해야 할 물품대에서 기술용역료를 상계^*하고 물품대를 지급하고 있다.

<그림 생략>

  해외제조법인에 파견된 직원은 현지 생산관리․품질관리․공정관리 등 제조활동과 직접적으로 연계된 업무를 수행하는데, 해당 업무는 해외제조법인의 제조원가절감, 품질안정, 생산성 향상을 목적으로 하는 것인바, 이는 청구법인의 ‘직접비’가 아닌 국외 특수관계자에게 제공한 지원용역에 해당한다.

  청구법인은 해외제조법인에 파견된 직원의 업무가 청구법인의 직접업무에 해당하는 직접비용이라고 주장하면서도, 중국 및 베트남 법인에 파견된 사무관리직원에게 지급한 인건비(급여)는 ‘상품 및 기술용역 계약서’ 및 ‘기술용역료 계산 및 정산서’에 따라 기술용역료 명목으로 가공료와 정산하여 회수하고 있는 것으로 확인된다.

<표 생략>

  위 기술용역료 회수 내역은 2017년 조세심판원 결정문(조심0000부00)^*에서도 확인된다.

<그림 생략>

  반면, 청구법인은 베트남 법인의 현장직 파견직원에게 지급한 인건비(급여)를 전액 부담하였음에도 베트남 법인으로부터 기술용역료를 수취하지 않았다.

  청구법인은 사무관리직 파견지원에 대해서는 기술용역료를 수취하였음에도 현장직 파견직원에 대해서는 청구법인의 업무를 하고 있다는 이유로 기술용역료 수취대상이 아니라는 모순된 주장을 하고 있다.

  현장직 파견직원은 제품검수, 품질표준관리 및 교육, 불량 발생에 따른 업무보고 및 조치 등의 업무를 수행하는 바, 이는 해외제조법인의 제조활동을 지원하는 용역에 해당한다.

  ‘국제조세조정에 관한 법률 시행령 제12조 제2항’에 따라 파견인력의 업무는 현지 생산을 관리․지도하는 성격으로, 사무관리직 및 현장직 파견직원 모두 해외 제조법인의 제조활동을 지원하는 저부가가치용역에 해당한다.

  따라서 파견인력과 관련된 인건비는 그 직무성격이나 직군과 무관하게 해외제조법인을 위한 용역의 대가로 보아야 한다.

 2) 해외판매법인(미국 및 일본법인)에 파견된 직원의 업무는 청구법인이 국외특수관계자인 해외판매법인에게 제공한 지원용역에 해당한다.

  해외 판매법인에 파견된 직원은 영업활동 과정에서 현지 인력과 협업하며 영업을 지원하는 역할을 수행한 것으로 영업실적 관리, 거래처 품질 및 클레임 관리, 본사정책 및 가격 정책의 현지 실행, 신규시장 발굴 등 매출 인식의 주체는 해외 판매법인이므로 영업지원 성격의 용역에 해당한다.

  파견직원이 수행한 업무는 청구법인의 직접 영업활동을 대체하는 성격이 아니라 해외 판매법인이 현지 시장에서 매출을 실현하기 위해 필수적으로 수행해야 할 영업업무에 해당하며, 해당 직원이 파견 나가지 않았을 경우 해외 판매법인의 영업조직이 수행하여야 할 상시적 업무에 해당한다.

  해당업무의 성과는 해외 판매법인의 매출증가, 거래처 유지, 현지시장 관리로 청구법인은 직접 거래의 당사자가 아니며 청구법인이 해외 판매법인에 지원용역을 제공한 것일 뿐이며, 해외 판매법인의 매출이 곧 조사법인의 매출 증가로 결과가 귀결된다는 사실만으로 해당 업무를 청구 법인의 고유 영업활동으로 볼 수 없다.

  또한 일본판매법인^*은 청구법인이 지분을 보유하고 있지 않으며 창업자의 손자들이 지분을 보유하고 있는 등, 일본판매법인은 청구법인의 해외현지법인이 아님에도 청구법인의 직원을 파견하여 일본판매법인의 사업을 위해 용역을 제공한 것으로 보는 것이 타당하다.

    * I CORP(사주일가가 지분보유: D 00%, M 00%)

라. 연구인력개발비 세액공제 과다 공제액 부인

1) 청구법인 합섬섬유로프 사업부문(이하“합섬 부문”이라 함)의 품질경영팀 및 기술연구소 부문 책임을 맡고 있는 임원인 본부장 R의 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상이 아니다.

  가) 청구법인의 사업부문은 크게 5가지(합섬 부문, 내수영업 부문, 해외영업 부문, 관리부문, 스텐 부문)으로 나눠지며, 각 사업부문마다 총괄 임원(본부장)이 있고, 사업부문이 클 경우 그 사업부문 내 몇 개의 팀만을 관리하는 중간 관리 임원(본부장)이 있다.

    * 청구법인은 2022.1.1.부터 임원(이사/상무/전무)호칭을 본부장으로 단일화하고, 직제는 Executive(E1, E2, E3)로 변경함(이하 임원 호칭은 “본부장”이라 함)

  나) 조사대상기간 동안 합섬 부문 총괄 본부장은 S이며, 해당 사업 부문내 총무관리팀, 생산팀, 품질경영팀, 기술연구소, 해외(중국, 베트남)현지법인 생산팀 각 1곳 총 6개 팀을 총괄하여 책임지고 있고, 그 중 2개팀(기술연구소와 품질경영팀)은 R 본부장이 중간 책임자인 것으로 아래 조직도에서 확인된다.

<그림 생략>

  다) 위 <Y 본사 품질경영 조직도>는 2020년 청구법인이 ISO인증을 위해 만든 문서로 <청구법인 Y 본사 조직도 일부 발췌>의 Y 본사 조직도와 일치하는 것을 확인할 수 있으며, R 본부장은 Y 본사의 합섬부문 기술연구소(팀)외 품질경영팀을 총괄하는 부분 책임자인 것을 확인할 수 있다.

  라) 2026.2.5. 조사청 조사공무원과 청구법인 R 본부장과 문답시 R 본부장은 위 <Y 본사 품질경영 조직도>의 조직도는 사실과 다른 조직도라고 답변하였으나, 청구법인의 실제 조직 업무와 정확히 일치함을 확인할 수 있다.

<그림 생략>

  마) 또한 조사대상기간 합섬부문 총괄 본부장인 S이 2025.1.31. 자로 퇴사하고 2025.2.1.부터 R 본부장이 해당 업무를 이어받아 합섬부문 총괄책임자인 것으로 확인되나, R 본부장은 2025.2.1.부터 합섬부문 총괄책임자라고 진술하면서도 본인은 생산팀, 품질경영팀, 기술연구소 부문만 총괄하여 책임을 맡고 있다는 앞뒤가 맞지 않는 진술을 하였다.

<그림 생략>

  바) 청구법인의 사내 게시판에 게시된 연간 성과평가 안내문에서 팀원의 평가는 팀장이, 팀장의 평가는 소속 본부장이 하는 것으로 아래와 같이 확인된다.

<그림 생략>

  사) 위 <성과평가 안내문> 및 <인사관리 프로세스> 승진제한 규정에서 보는 바와 같이 청구법인의 성과평가는 소속 직원들의 성과금 산정의 기준이며, 승진과 밀접한 관련이 있는 사항으로 다른 어떤 문서보다 청구법인 조직 구성을 잘 파악하고 있다고 할 수 있다. 따라서 <성과평가 안내문>에 기재된 사항과 같이 본부장 직책의 R은 소속 팀을 평가하는 위치에 있는 자이지 팀원을 평가하는 팀장 직책이 아님을 알 수 있다.

<그림 생략>

  아) 위 <인사관리 프로세스 적용범위>에서 보는 바와 같이 청구법인과 특수관계법인 L(주)의 인사규정은 동일한 것으로 확인되며, <2022.1.1. 임원 인사발령부>에서 L(주)의 소속 임원 EE 본부장이 L(주) 품질경영팀과 기술연구소 책임 전결권자인 것으로 보아 청구법인의 본부장도 품질경영팀과 기술연구소 책임 전결권자일 것으로 합리적으로 추정된다.

  자) 이와 더불어 당 세무조사 이후 청구법인의 최초 법인세 신고(2025사업연도)시 연구개발비 세액공제 내역에 본부장 직책에 해당하는 임원은 없으며, 매니저(M) 직급의 팀장이 기술연구소장인 것으로 확인되며 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비도 이전 사업연도 대비 급격히 줄어든 것으로 확인된다.

<표 생략>

  차) 이것은 세무조사시 문제가 된 사항들을 이후 사업연도 법인세 신고시부터 사전 차단하여 정상적으로 신고한 것으로, 2020~2024사업연도 연구개발 세액공제 관련 인건비를 계속해서 증가하여 신고하다가 당 세무조사 이후 최초 법인세 신고분(2025사업연도)부터 관련 인건비를 급격히 줄인 것은 정상적인 상황으로는 설명할 수 없을 것으로 보인다.

  카) 청구법인의 주장대로 본부장 R이 2025.1월까지 기술연구소장으로만 근무하였고, 2025.2월~12월까지 합섬부문 총괄 책임자라면 2025년 급여 또한 큰 폭의 증가가 있어야 할 것이나 2025년 청구법인의 근로소득 지급명세서상 R의 급여는 2024년 대비 감소한 것으로 확인되는 등 조사대상기간 본부장 R이 기술연구소장으로만 근무하였다는 것은 앞뒤가 맞지 않는 주장으로 보인다.

<표 생략>

  타) 위 모든 사항들을 종합해 볼 때 조사대상기간 본부장 R은 기술연구소 외 품질경영팀을 총괄 책임지는 겸임자로 조세특례제한법 제10조 제1항, 동법 시행령 제9조 및 시행령 별표6 규정에 따라 2021~2024사업연도 관련 인건비 총 1,140,989,064원은 연구인력개발비 세액공제 대상이 아님이 명백하다.

 2) 청구법인 스테인리스스틸(O) 로프 사업부문(이하“스텐부문”이라 함)총괄 책임자 본부장 T, 품질경영팀 및 기술연구소 팀장을 겸임하여 맡고 있는 U의 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상이 아니다.

  가) 청구법인 스텐부문 본부장 T도 합섬사업부문 본부장 R과 같이 기술연구소만 책임지는 팀장이 아닌 본부장 직책에 있는 자로서 기술연구소 외 타 부서(팀)을 포함한 책임자 역할을 하고 있다.

  나) 조사대상기간 중 2020~2023년 기간 스텐부문 총괄 본부장은 V으로 동 기간 T 본부장은 기술연구소와 품질경영팀 외 생산팀까지 포함한 부문 책임자이었으며, V 본부장이 퇴사한 2023.12.31. 이후 2024.1.1.부터 T 본부장은 스텐부문 총괄책임자로 확인되는 바, 2021~2024사업연도 T 본부장의 인건비 총 1,212,581,728원은 연구 인력개발비 세액공제 대상이 아니다.

<그림 생략>

  다) 스텐부문 매니저 U은 2021~2023년 품질경영팀과 기술연구소 팀장을 겸임하였고, 2024년 생산팀장을 맡은 자로서 조사대상기간 두 개의 팀을 겸직 또는 타 부서(팀)에 근무한 것으로 아래 <2021년 스텐부문 팀원 인사평가명단>부터 <2024년 스텐부문 팀원 인사평가명단>까지 청구법인 팀원 성과평가명단을 통해 확인된다.

<그림 생략>

  라) 위 인사평가명단은 스텐부문 팀원들의 소속 팀을 확인할 수 있는 것으로 2021~2023년 매니저 U은 기술연구소와 품질경영팀의 팀장으로 두 개 팀의 겸임 팀장으로 확인되며, 2024년 U은 생산팀 팀장으로 인사 발령이 난 것으로 확인되는데,

  마) 2024.1.1. 자 청구법인의 인사 발령부에서 U이 스텐부문 생산팀장으로 발령된 공지문에서도 확인 가능하며, 청구법인 스텐부문은 계속해서 기술연구소와 품질경영팀 팀장은 겸임하고 있는 것을 확인할 수 있는 바, 2021~2024 사업연도 U 팀장의 인건비 총 569,273,336원은 연구인력개발비 세액공제 대상이 아니다.

<그림 생략>

  바) 위 <2024.1.1. 청구법인 인사 발령부>에서 U은 당초 기술연구소와 품질경영팀의 팀장에서 생산1,2팀장으로 발령나자 FF 매니저가 스텐부문 기술연구소와 품질경영팀 겸임 팀장으로 발령난 것으로 확인되는데, 이는 조사대상기간 청구법인의 성과평가명단이 당 법인의 실제 조직 상황을 대변하고 있는 것을 확인할 수 있다.

 3) 이와 같이 처분청에서 확인한 증빙자료에 의해 청구법인의 합섬부문 R 본부장, 스텐부문 T 본부장 및 U 팀장은 조사대상기간 청구법인의 기술연구소 및 타 팀을 겸임하였거나 타 팀을 전담하여 근무한 것으로 확인되어 조세특례제한법 제10조제1항 및 동법 시행령 제9조 및 시행령 별표6 규정에 따라 2021~2024사업연도 관련 인건비 총 2,922,844,128원은 연구인력개발비 세액공제 대상이 아님이 명백하다.

  가) 조세법률주의 원칙상 과세 또는 비과세 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바, 연구인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비는 자체연구개발을 위한 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원의 인건비를 의미한다.

  나) R 본부장, T 본부장은 청구법인의 기술연구소 이외에도 다른 팀을 총괄 책임지는 위치에 있는 임원임에도 불구하고 세액공제 대상 인건비로 신고하였고, U 팀장은 기술연구소 이외에도 품질경영팀 팀장을 겸임하거나 기술연구소가 아닌 생산팀 팀장임에도 불구하고 세액공제 대상 인건비로 신고하였음이 확인되므로 해당 임직원 3명의 인건비는 부인하는 것이 적정하다.

마. 사내 소사장에게 지급한 추가도급료(장학금) 매입세액 부인

 조사법인이 지급한 장학금 명목의 추가도급료는 부가가치세 매입세액 불공제 대상이다.

  가) 청구법인은 내부 기안상 '장학금'으로 표기된 해당 금액이 실질적으로는 '추가 도급료'라고 주장하나, 실제 도급료 내역서 및 장학금 지급 기준·내역을 검토한 결과 해당 지출은 소사장들이 제공한 역무와 무관하게 지급한 것으로 판단되는 바, 이를「부가가치세법」상 용역의 공급가액으로 보기는 어렵다.

  나) 청구법인이 제출한 사업장별 장학금 지급내역에 따르면 수혜 대상인 소사장 자녀의 인적사항 및 재학 중인 학교 등 구체적인 사실이 확인될 뿐만 아니라 지급기준 또한‘근속기간 만 2년 초과 숙련공 자녀의 국내외에 정식적으로 인가된 대학, 대학교에 납부하는 등록금’이므로, 이는 해당 지출이 청구법인에게 제공한 역무의 양이나 질과는 무관하게 특정 요건에 따라 시혜적으로 지급한 것임을 뒷받침한다.

  다) 즉, 본 건 지출은 용역 공급과의 실질적인 대가 관계가 결여된 '사업과 직접 관련 없는 지출'인 동시에 청구법인에게 그 지출의무가 확인되지 않는 경비인 반면, 사업자 간의 유대 관계 강화 및 거래의 원활화를 목적으로 지급된 ‘접대비성 경비'에 해당한다.

  라) 접대비 및 이와 유사한 성격의 비용은 부가가치세법 제39조제1항제6호(접대비 관련 매입세액) 및 동항 제4호(사업과 직접 관련 없는 지출)에 따라 매입세액 불공제 대상임이 명확하므로 청구법인의 매입세액 공제 주장을 부인하고 쟁점도급료에 대해 부가가치세를 과세함이 타당하다.

바. 청구법인 추가의견에 대한 조사청 추가의견

 1)C이 청구법인에 실제 근무하였으므로 C의 인건비가 가공급여에 해당하지 않는다는 청구법인의 주장과 관련하여

  가) 외부 인재를 임원으로 영입하기보다는 채용공고 없이 내부 인원을 선출하는 것은 회사의 통상적인 관례이며, 신규 채용과는 달리 채용공고문, 입사지원서 등의 서류가 없다는 청구법인의 주장에 대한 조사청 의견

   기존 본부장들은 장기간 근무하며 근무연수 및 업무수행 능력 등을 평가받아 임원으로 승진하나, C은 그러한 절차 없이 만 00세(0000년생)의 나이에 일반직원들과 다른 절차로 본부장으로 임용되어 청구법인으로부터 급여 명목으로 매년 고액을 수취해 오고 있으며,

   조사대상기간 청구법인에서 C이 수행했다고 주장하는 업무들은 담당 부서 및 담당 본부장이 별도로 있어 C이 본부장으로 근무하지 않는다고 해서 법인 경영에 공백이 발생하지 않는다.

  나)C은 조사착수 당시 K사무소 0층 임원실 3개 중 1개를 사용하였으며 애플컴퓨터는 P(주)의 자산으로서 청구법인과는 무관하며, 청구법인의 결재 등의 업무는 업무용 컴퓨터(일부 결재는 스마트폰)로 처리한다는 청구법인의 주장에 대한 조사청 의견

   2025.12.13. 조사착수 당시 C은 0층 P㈜ 여직원 자리 앞 (현재의 캐비넷 앞)에 책상을 두고 있었으나(별도 사무실에서 근무하고 있던 상황 아님),

   사실확인 문답서 작성을 위해 사전 일정 조율하고 재방문(’26.02.03.)시 C의 자리는 왼쪽 안 별도 사무실로 옮겨진 상태고, 의류나 포스터 등도 치워진 상태였다.

   착수 당시 0층에 청구법인 관련 서류는 없었으며, C이 청구법인 업무를 위해 별도로 사용하는 컴퓨터도 없었고, C이 사용하는 애플컴퓨터에는 청구법인 관련 문서나 서류는 없었으며, C은 청구법인에 대한 “참조”확인을 컴퓨터가 아닌 스마트폰으로 한다며 당시 조사공무원에게 진술하고 스마트폰에 있는 어플을 보여주며 “참조”확인하는 방법을 시연하였다(필요하다면, 착수 당시 국세청 직원 2인과 C 대면하여 사실관계 확인 가능).

다)C은 청구법인과 L의 겸직임원으로서 양사 업무를 공동으로 수행하였고 조사팀의 질문에 경황없이 급하게 답변하다 보니, 두 개의 회사를 혼선해서 답변하였다는 청구법인의 주장에 대한 조사청 의견

   문답서 작성한 2026.2.3.은 사전에 조율된 날짜로서, 일반적인 경우라면 기본적인 질문에 대한 답변도 준비했을 것이나, C은 청구법인의 임원이라면 알고 있을 기본적인 사항 즉 어떤 공장에서 어떤 제품이 생산되는지, 국외특수관계법인의 생산제품 및 판매 구조는 어떻게 되는지도 진술하지 못하는 등 임원으로서 업무수행 주장 근거 없다.

 라)청구법인은 신속한 의사결정을 위해 이해관계자 전부를 결재라인에 넣지 않고 3인 이내로 제한하는 운영규칙에 따라 C을 결재라인이 아닌 참조 결재하였다는 청구법인의 주장에 대한 조사청 의견

   “결재”는 해당 업무에 대해 승인하거나 의사결정을 내리는 권한을 가진 사람이 하는 행위로, C이 임원(본부장)으로서 직접 관여한 중요한 사안이라면 결재라인에 당연히 들어가야 하거나 들어갔을 것이나, 결재권자로 결재한 내용은 없으며, 참조 확인은 결재가 아니다.

   “참조”는 일종의 공람으로 직접적인 승인·반려 권한이 없어 결재에 해당되지 않으며(참조 확인이 없어도 결재의 효력이 있고 결재 내용에 따라 업무 진행됨), 문서 기안자가 “참조” 대상자를 지정하면 참조대상자로 등록되고 결재권자가 결재 완료하면 참조 대상자가 참조 내용 확인할 수 있는 바, 결재자는 문서에 대해 책임이 있지만 참조자는 법적·행적적 책임이 없다.

   C은 “참조”대상자로 지정된 건에 대해 단순히 문서 열람한 수준으로(이마저도 일부는 문서 기안 후 상당한 시일 지난 후에 확인) 일반적인 경우라면 참조 확인이 고액의 급여를 수령할 업무수행으로 볼 수 없다.

<표 생략>

   청구법인의 정보보안 정책으로 C의 메일 삭제되어 메일 등이 없다고 주장하나, 이는 청구법인의 근거가 없는 일방적 주장이다(조사대상기간 C의 업무수행에 대한 객관적 증빙이 없는 상황으로 당초 C의 업무메일이 있었는지 확인이 안된다).

  마) 자금회의기안문에 따르면 회의 참석자로 C이 명확히 기재되어 있으며, C의 발언 내용이 남아있지 않다는 사유만으로 조사청이 임의적으로 C의 업무수행 사실을 부인하였다는 청구법인의 주장에 대한 조사청 의견

   자금회의 기안문은 자금관련 부서에서 매월 수행했거나 검토한 월간 자금계획 및 실적 등과 경영진의 지시사항 등을 회의록 형태로 작성한 기안문(기안자 재무팀 BB 팀장, 결재권자 CC 본부장, “참조”직원은 재무팀 전체, 대표자, C, D, CC, BB 등) 형식의 문서로,

   기안문에서 확인되는 회의일자에 C이 해외로 출국한 내역이 확인되는 등 실제 회의개최 여부 및 C 참석여부 불분명하여 기안문은 C이 참석한 회의라는 객관적 증빙으로 볼 수 없다.

<표 생략>

   C은 청구법인의 업무 수행한 사실 확인 안되고, D은 청구법인에서 업무 일부 수행한 사실은 인정하나, 경영전반관리로 X 대표의 “총괄관리” 업무와는 구분되고, 청구법인의 E 본부장과 유사한 형태의 책임정도가 가벼운 경영관리이다.

2)D의 급여가 과다 급여에 해당하지 않는다는 청구법인의 주장과 관련하여

  가)E과 D은 본부장이라는 동일명칭의 직위를 달고 있긴 하지만, 이는 명칭만 같을 뿐 실질적 업무범위나 책임범위는 다르다는 청구법인의 주장에 대한 조사청 의견

   D은 청구법인의 경영승계자도 아니고, 기획, 재무, 영업, 수출, 무역, 제조 분야까지 직접 담당하며 전 사업영역을 관리했다 주장하나, 조사과정에서 청구법인에서 제출한 D 관련 소명서에는 D 수행업무는 2024년 5월 이후 5건의 해외출장보고서와 실제 개최사실 및 D 참여사실 불분명한 자금회의 결과보고 기안문 밖에 없다.

   E 본부장은 Y 본사에서 관리분야를 총괄하는 본부장으로, 본사에서 청구법인의 홍순모 회장을 보좌하며 법인 전반에 대한 관리를 하는 것으로 조사과정에서 확인되는 바,

   실제는 청구법인이 주장하는 업무 외에도 주주 관리 업무, 채용 등 인사업무, 부동산 관련 업무(매매, 분석 등), 수출덤핑 관련 업무, 분야별 매출실적 및 원가 등 관련 업무, 사주일가 관련된 업무(주식지분·세무 등), 본사에서 발생하는 수시업무(세무조사 등) 등 본사의 여러 업무를 총괄(본사에 있는 총무관리팀, 회계팀, 전산팀, 영업팀 등의 총무업무)하여 수행하고 있어,

   E 본부장의 업무는 청구법인에서 주장하는 회계 및 세무업무에 한정되지 않고, 업무 범위는 D 본부장이 수행하는 업무 범위보다 결코 적지 않으며, 업무책임 부담도 결재권자로 직접 결재가 많은 E 본부장이 D 본부장 보다 적지 않다.

<표 생략>

   청구법인에서 D 업무를 경영전반관리라고 주장한다면 E 본부장 업무도 업무성격이나 업무범위, 업무에 대한 책임, 특수관계법인 L㈜의 업무 동시수행 등 경영전반관리라 할 수 있으며, D의 급여는 E 본부장의 급여를 초과하여 지급할 수 없다.

  나)청구법인은 사실상 L㈜에 의해 지배되고 있고, L㈜의 지배 주주는 J(父)이므로 D과 C을 사실상의 경영 승계자로 보는 것이 합리적이라는 청구법인의 주장에 대한 조사청 의견

   청구법인은 D, C이 사실상 경영승계자라 주장하나, D, C은 2021년 10월 임원 선임부터 현재까지 경영 승계를 위한 지분취득(2024년말 주식지분 D 0.00%, C 0.00%) 미미하며, 청구법인에서 D 가족(D, C, J)의 지분은 2024년말 0.00%에 불가하여 D, C을 청구법인의 경영승계자로 볼 수 없다.

   청구법인의 2024년말 소액주주(00.00%)를 제외한 최대주주는 X(D, C의 숙부)으로, 지분이 2023년 0.00%에서 2024년 00.00%로 대폭 증가하여 X 가족(X, M, N)의 지배구조 강화되었으며, 청구법인이 L㈜의 지배를 받는다는 주장은 2024년 청구법인의 지분 중 L㈜이 가진 지분은 0.00%에 불과하여 사실과 다른 주장이다.

<표 생략>

  다)신속한 의사결정을 위해 이해관계자 전부를 결재라인에 넣지 않고 3인 이내로 제한하는 운영규칙에 따라 D은 참조 결재 형식으로 문서에 결재하였다는 청구법인의 주장에 대한 조사청 의견

 “참조” 확인은 결재가 아니며, 청구법인과 특수관계에 있는 본부장으로 경영전반에 걸쳐 업무수행자 및 책임자라 한다면 결재권자로 결재가 있는 것이 당연하나 결재 내역이 없다.

   0,000건 결재내역 확인 안되며, 0,000건이 참조 확인이라면 참조 확인은 결재가 아니다(기안자가 참조자로 지정 건에 대한 열람임).

   D이 참석한 회의 관련자료 없으며(자금회의는 개최 여부 및 참여 여부 불분명), 해외출장은 5건이 전부이다.

3)해외 파견직원이 청구법인의 업무를 수행하였는지 여부에 따라 기술용역료를 수취한 것이라는 청구법인의 주장에 대하여

  가)청구법인의 업무를 수행한 사실이 명확한 임직원에 대해서는 별도로 기술용역료를 수취하지 않고, 현지법인 업무도 일부 수행한 것으로 볼 수 있는 여지가 조금이라도 있는 임직원에 대한 인건비는 청구하여 회수하고 있다는 청구법인의 주장에 대한 조사청 의견

<그림 생략>

   (1) 중국 및 베트남 법인

    청구법인은 사무관리직에 대한 인건비 부담액은 기술용역료 명목으로 현지법인으로부터 수취하였으나, 현장직이 수행한 업무는 현지법인을 위한 업무가 아닌 청구법인의 업무라고 주장하며 인건비 부담액에 대해 어떠한 대가도 받지 않았고, 상기의 수행 업무는 현지법인의 제품검수, 품질관리, 교육 등으로 핵심사업활동(제품제조)과 직접적으로 관련되지 않는 지원적 업무로 독립기업 간 거래에서도 통상적으로 대가가 수반되는 지원적 성격의 용역에 해당하며,

    청구법인이 일부 파견직원에 대해서는 기술용역료를 수취하면서도 나머지 직원에 대해서는 대가를 수취하지 않은 것은 합리적인 기준에 따른 것으로 보기 어렵다.

    동일․유사한 기능을 수행하는 직원에 대해 선택적으로 용역대가를 수취한 점은 해당 업무가 현지법인에 대한 지원적 성격의 용역 제공에 해당함을 스스로 인정한 것으로 볼 수 있는 바, 현지법인으로부터 대가를 수취하지 않은 부분은 정상가격에 따른 과세 조정 대상에 해당한다.

    따라서 청구법인의 현장직 파견직원이 수행한 업무는 국조법 시행령 제12조제2항의 저부가가치용역에 해당한다.

   (2) 미국 및 일본법인

    청구법인은 미국 및 일본 판매법인에 파견한 직원의 인건비를 전액 부담하고 해외판매법인으로부터 어떠한 대가도 수취하지 않았고, 미국 및 일본 판매법인에 파견한 직원은 미국과 일본의 ‘내수관리와 영업’을 담당하고 있고, 이는 해외 판매법인의 현지 시장 매출 실현을 위한 영업활동에 해당하므로 대가를 수취 하지 않은 부분은 정상 가격에 따른 과세 조정 대상에 해당한다.

    특히 일본판매법인의 경우 청구법인의 지분이 없음에도 불구하고 해당판매법인의 내수판매를 위해 청구법인의 직원을 파견하고 무상으로 용역을 제공한 것은 독립된 제3자에게 제공되는 용역과 동일하게 평가되어야 하며 정상가격에 따른 과세 조정이 필요하다.

   해외 파견직원은 해외법인에 경제적 편익을 제공하는 용역 수행자로서 정상가격에 따른 대가 수취가 이루어졌어야 하며, 일부 인력에 대해서만 선택적으로 대가를 수취한 것은 독립된 기업 간 거래에서 일어나기 어려운 비정상적인 구조에 해당한다.

나)당초 조사 시 청구법인의 주장에도 불구하고 이전가격 여부를 검토하지 않은 국외특수관계자들과의 재화 거래에 대해 이전가격 여부 추가검토 요청에 대하여

   청구법인의 주장과는 달리 조사청은 당초 조사시 국외 특수관계자들과의 거래에 대한 이전가격에 대해 검토하였고 정상가격 범위로 확인된다.

   이전가격은 원칙적으로 개별 거래별로 서로 다른 성격의 거래는 분리 분석이 타당하나, 청구법인의 요청에 따라 파견직원 인건비를 반영하여 재계산한 이후의 조정영업이익률은 아래와 같다.

<그림 생략>

   일본 및 미국 판매법인과의 물품구매약정서에서 일본은 00%, 미국은 0%의 마진을 보장하고 있으나 두 판매법인의 영업이익율은 1% 이내로 청구법인은 적정수준의 수익성이 달성되도록 이전가격을 운영할 필요가 있다는 것을 개별기업보고서에서도 이미 인지하고 있다.

<그림 생략>

   파견직원의 인건비를 청구법인이 대신 부담함으로써 현지법인의 비용을 인위적으로 낮추었음에도 불구하고 낮은 이익률을 유지하고 있는 점과, ’16사업연도부터 ’24사업연도 개별기업보고서의 비교대상회사 검색기준, 검색결과, 수익성 지표가 모두 동일한 점은 이전가격 정책이 적절히 운영되지 않음을 방증하고 있다.

   청구법인은 파견직원 인건비를 포함할 경우 해외법인의 영업이익률이 더 낮아진다고 주장하나, 이전가격은 전체 이익률이 아닌 개별 거래를 기준으로 판단하여야 한다. 설령 현지법인의 이익률이 정상가격 범위 내에 존재한다 하더라도 특정거래(파견직원 용역제공)에 대해 독립기업 간 거래에서 통상적으로 대가가 수반되는 경우라면 해당거래에 대한 별도의 대가 수취 여부를 검토하여야 하며, 정상 가격에 부합 하지 않은 경우에는 해당 거래를 기준으로 이전가격 조정이 가능하다.

   특히 청구법인은 동일․유사 기능을 수행하는 일부 인력에 대해 선택적으로 용역의 대가를 수취한 것은 전체 이익률을 일정 수준으로 유지하기 위해 거래별 대가를 선택적으로 조정한 것으로 볼 수 있으며 정상적인 독립 기업 간 거래에서는 발생할 수 없는 비정상적인 구조이며 이는 이익률을 임의로 조절하려는 의도로 정상가격 원칙을 벗어난 행위에 해당한다.

 4)임원 R, T 본부장 및 직원 U 팀장은 조사대상기간 기술연구소 업무만 수행하여 연구개발비 세액공제 대상에 해당한다는 청구법인 주장과 관련하여

  가)R은 조사대상기간 기술연구소 외 품질경영팀 업무까지 총괄 책임지는 본부장 직책에 있는 임원으로, 처분청에서 제시한 자료들이 모두 그 사실을 입증하고 있어 적정한 과세 근거가 된다.

   청구법인이 ISO 9001^*(품질경영시스템) 인증을 위해 작성한 『품질경영 조직도』상 “R&D and Quality Executive Manager”라는 직책이 R이 아니라고 주장하나

 * ISO 9001이란 기업들이 지속적인 품질 향상을 통해 다양한 고객들의 요구 사항을 충족시키기 위해 기획, 생산, 출하, 사후관리까지 전 과정을 문서화하고 표준화하여 관리하는 시스템으로, 이를 유효하게 운영하는지제3자가 객관적으로 인증해 주는 제도를 말함

   청구법인이 작성한『품질경영 조직도』와 Y 본사 조직도는 정확히 일치하여 청구법인 사업 부문 본부장들의 책임과 역할을 설명하고 있다.

   조사대상기간 합섬부분 총괄 본부장은 S 전무, 기술연구소와 품질경영팀 부문 책임 본부장은 R 이사, 그 외 총무팀, 전산팀, 회계팀 부문 책임 본부장은 E 이사로 청구법인의 조직 상황을 정확히 대변하고 있어『품질경영 조직도』상 “R&D and Quality Executive Manager”는 R 본부장임을 알 수 있다.

   청구법인이 작성한『환경경영 조직도』와『안정경영 조직도』는 아래 환경경영 조직도와 안전보건 조직도에서 보는 바와 같이 일반적인 회사 조직도가 아니며 Y 본사 내 환경, 안전에 대한 사항을 관리하고자 만든 것으로 합섬 부문 본부장들의 관리 책임을 확인할 수 없다.

   따라서 청구법인이 ISO인증을 위해 직접 작성·보관 중인『품질경영 조직도』가 Y 본사 본부장들의 관리 책임을 가장 잘 설명해 주는 객관적인 자료이다.

<그림 생략>

   또한 청구법인은 아래 Y 본사 조직도^*와 같이 모두 팀 단위 조직으로 구성되어 있으며, 각 팀별 팀장이 존재하며 팀장은 매니저급 사원으로 임원이 아닌 고연차 직원이다.

 * 기술연구소(R&D Team), 품질경영팀(Quality Management Team)으로 표기됨

   청구법인은 일반사원(A), 매니저(M), 임원(E) 3단계 직급으로 운영되고 있는데, 그 중 매니저급 사원은 M1∼M5 단계로 구성되며 M5 단계 매니저가 팀장 직책을 부여받고 있는 것으로 확인된다.

   따라서 임원 직급의 R 본부장은 청구법인 내 하나의 팀을 책임지는 팀장이 아닌 것이 명확하다.

<그림 생략>

   청구법인의 Y 본사 조직도상 품질경영팀 팀장이 Z 매니저, 기술연구소 팀장이 R 본부장이라고 기재된 것을 이유로 R 본부장이 기술연구소장 팀장 역할만 했다고 주장하나,

   R 본부장이 합섬부문 기술연구소 팀장 역할만 했다면 해당 조직도상 부문 총괄로 R 이사를 별도로 명시하지 않았을 것이며 “청구법인 인원현황”에서 보는 바와 같이 합섬부문 기술연구소 팀별 인원에 R 본부장은 기재되어 있지 않은 반면 다른 팀 팀장들은 모두 해당 팀 인원에 기재되어 있는 등 R 본부장은 팀장 역할이 아닌 타 부서(품질경영팀)까지 동시에 책임지는 역할을 하는 부분 총괄 책임자이다.

   청구법인은 합섬부문 품질경영팀 기안문에 R 본부장의 결재가 없는 몇 가지 서류를 근거로 R 본부장은 품질경영팀 업무를 총괄하지 않았다고 주장하나,

   수많은 기안문 등 결재 서류를 가지고 있는 청구법인이 본인에게 유리한 서류만 제출하며 동 서류를 근거로 R 본부장이 품질 경영팀을 총괄하지 않았다고 하는 것은 합리적이지 않은 주장이며,

   조사청에서 제시한 조직도, 인사관리 프로세스, 성과평가 관련 자료, 인사발령부, 2025사업연도 청구법인 연구인력개발비 세액공제 내역 등 자료들이 R 본부장의 회사 내 실질적 역할과 책임을 말해주고 있다.

  나)T은 조사대상기간 기술연구소 외 품질경영팀과 생산팀 업무까지 총괄 책임지는 본부장 직책에 있는 임원으로, 처분청이 제시한 자료들이 모두 그 사실을 입증하고 있어 적정한 과세 근거가 된다.

   청구법인은 스텐부문 품질경영팀, 생산팀 기안문에 T 본부장의 결재가 없는 몇 가지 서류를 근거로 T 본부장은 품질경영팀, 생산팀 업무를 총괄하지 않았다고 주장하나,

   수많은 기안문 등 결재 서류를 가지고 있는 청구법인이 본인에게 유리한 서류만 제출하며 동 서류를 근거로 T 본부장이 품질 경영팀, 생산팀을 총괄하지 않았다고 하는 것은 합리적이지 않은 주장이며,

   조사청에서 제시한 인사관리 프로세스, 성과평가 관련 자료, 인사 발령부 등 자료들이 T 본부장의 회사 내 실질적 역할과 책임을 말해주고 있어 T 본부장은 기술연구소 외 타 부서까지 책임지는 부분 총괄책임자임을 확인할 수 있다.

   특히 처분청이 제시한 인사 관련 중요한 서류인 “연도별 팀원 성과 평가명단”을 확인하면서도 T 본부장이 단지 평가자 수가 부족하여 형식적으로 다른 팀 평가자에만 참여한 것일 뿐이라고 주장하고 있어 오랜 업력을 가지고 유가증권시장에 상장된 법인으로서 상식적이지 않은 주장이다.

   또한 청구법인은 당초 과세전적부심사 청구 당시에는 조사대상기간 전체 사업연도 동안 T 본부장은 기술연구소 업무만 하였으며 해당 인건비 전액이 연구인력개발비 세액공제 적용 대상이라고 주장하였으나, 이번 추가 이유서에서는 2024년을 제외한 2021∼2023년만 당 세액공제 적용 대상이라고 주장하고 있어 해당 주장에 일관성도 결여되는 청구이다.

 다)U은 조사대상기간 스텐부문 기술연구소와 품질경영팀 팀장을 겸임 또는 생산팀 팀장 직책을 맡은 자로 처분청에서 제시한 자료들이 모두 그 사실을 입증하고 있어 적정한 과세 근거가 된다.

   청구법인은 스텐부문 품질경영팀 기안문에 U 팀장의 결재가 없는 몇 가지 서류를 근거로 U 팀장은 품질경영팀 팀장 업무를 하지 않았다고 주장하나,

   수많은 기안문 등 결재 서류를 가지고 있는 청구법인이 본인에게 유리한 서류만 제출하며 동 서류를 근거로 U 팀장이 품질경영팀 팀장을 겸임하지 않았다고 하는 것은 합리적이지 않은 주장이며,

   조사청에서 제시한 성과평가 관련 자료, 인사발령부 등 자료들이 U 팀장의 회사 내 실질적 역할과 책임을 말해주고 있어 2021∼2023년 기간 U 팀장은 스텐부문 기술연구소와 품질경영팀 팀장을 겸임하였으며, 2024년에는 생산팀 팀장을 역임한 것을 확인할 수 있다.

   특히 조사청이 제시한 “연도별 팀원 성과평가명단” 및 “인사발령부”를 통해 청구법인은 U 팀장이 조사대상기간 스텐부문 기술연구소와 품질경영팀 겸임 팀장 및 생산팀 팀장인 것을 명확히 확인하면서도 이를 부인하고 있는데,

   청구법인이 위 사항을 인정하면 기술연구소는 타부서와 마찬가지로 팀장 체제이며 스텐부문 T 본부장 및 합섬부문 R 본부장은 하나의 팀(부서)을 책임지는 팀장이 아닌 여러 팀(부서)을 책임지는 부분장 역할을 하는 것을 인정하는 것이라 이를 애써 부인하는 것일 뿐임을 알 수 있다.

   또한 청구법인은 당초 과세전적부심사 신청 당시에는 조사대상기간 전체 사업연도 동안 U 팀장은 기술연구소 업무만 하였으며 해당 인건비 전액이 연구인력개발비 세액공제 적용 대상이라고 주장하였으나, 이번 추가 이유서에서는 2024년을 제외한 2021∼2023년만 당 세액공제 적용 대상이라고 주장하고 있어 해당 주장에 일관성도 결여되는 청구이다.

5)사내 소사장에게 장학금 명목으로 지급한 추가 도급료가 접대비성 경비에 해당하지 않으며 세금계산서 매입세액 공제 대상에 해당한다는 청구법인의 주장과 관련하여

  가)과세사실판단자문위원회 판단을 통해 사내 협력사들에게 지급한 학자금을 용역의 대가로 인정한 사실이 있으므로 부가가치세 매입세액 인정해야 한다는 청구법인의 주장에 대한 조사청 의견

   과세사실판단자문의 예시는 일반 법원의 판례가 가지는 법적 구속력이 있다고 판단되지 않는다.

   청구법인은 조세심판례(조심 2018-서-0948, 2018.06.07.)에서의 과세사실판단자문회의 의견을 근거로 하여 신의성실 및 조세평등 원칙을 위반하였다고 주장하였다.

   하지만, 청구법인이 언급한 판례(조심 2018-서-0948, 2018.06.07.)에서도 사내 협력사가 부담해야할 지원금을 청구법인이 대신 지급한 점, 성과와 무관하게 지급한 지원금에 대해서 협력사들이 청구법인에게 제공한 역무와 무관하게 지급한 것으로 보고 부가가치세 상 용역의 공급가액으로 보지 않았다.

   청구법인은 쟁점 도급료를 소사장 소속 인력의 이탈 방지, 숙련도 유지, 생산 안정성 및 품질 확보를 위한 인건비성 간접 원가에 해당한다고 주장하나, 아래 판례(조심 2010-서-3175)는 직접적인 고용관계가 없는 거래처에 지급한 장학금을 접대비 성격의 비용으로 판단하였다.

<표 생략>

   즉, 청구법인이 제시한 자문의 예시와 본 사건의 사실관계가 일치하지 않으므로 단순히 결론이 다르다는 이유만으로 평등 원칙 위반이라 단정할 수 없고, 자문 예시는 국세청 내부의 판단 사례를 모아둔 공개 자료일 뿐, 특정 납세자에게 결정한 개별적인 약속이 아니므로 단순히 예시와 다르게 처분했다고 해서 국가가 신의를 저버렸다고 보기는 어렵다.

   쟁점 금액은 소사장들로부터 제공받은 구체적인 용역의 공급가액에 해당한다고 보기 어려우며, 오히려 거래처와의 원활한 관계 유지 및 장려를 위해 지급된 경비에 해당하므로 역무 제공과 무관하게 지급된 금액에 대해 매입세액 공제를 부인하고 부가가치세를 과세한 당초 처분은 적법하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 1) C이 청구법인에서 실제 근무하며 법인업무를 수행하였는지 여부

 2) D의 급여 중 본부장 E 급여 초과액을 과다급여로서 손금불산입 대상으로 본 통지의 당부

 3-주위적) 해외특수관계법인에 파견된 직원의 업무가 현지법인 업무가 아닌 청구법인 업무에 해당하므로 파견직원 인건비는 청구법인의 인건비로서 별도 용역수수료 수취 대상이 아니라는 청구주장의 당부

 3-예비적) 청구법인과 해외특수관계법인 간 재화거래의 정상가격여부를 고려하지 않고 파견직원 인건비만을 별도로 정상가격 조정하여 손금불산입 과세예고한 통지는 부당하다는 청구주장의 당부

 4) R, T, U은 연구개발업무만을 전담하였으므로 해당 임직원의 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상이라는 청구주장의 당부

 5) 사내 소사장에게 ‘장학금’ 명칭으로 지급한 추가도급료를 매입세액 불공제 대상으로 본 통지의 당부

나. 관련법령

1) 국세기본법 제14조【실질과세】

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

2) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】

  법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

  3. 인건비[내국법인이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 해외현지법인에 파견된 임원 또는 직원의 인건비로서「소득세법」제127조제1항에 따라 근로소득세가 원천징수된 인건비(해당 내국법인이 지급한 인건비가 해당 내국법인 및 해외출자법인이 지급한 인건비 합계의 100분의 50 미만인 경우로 한정한다)를 포함한다]

3) 법인세법 제26조【과다경비 등의 손금불산입】

  다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

  1. 인건비

3-1) 법인세법 시행령 제43조【상여금 등의 손금불산입】

  ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4) 국제조세조정에 관한 법률 제7조【정상가격에 의한 결정 및 경정】

  ① 과세당국은 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다.

  ② 과세당국은 제1항을 적용할 때 제8조에 따른 정상가격 산출방법 중 같은 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대해서도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다.

5) 국제조세조정에 관한 법률 제8조【정상가격의 산출방법】

  ① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 산출방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

   4. 거래순이익률방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래와 유사한 거래 중 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

5-1) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제8조【거래순이익률방법】

   1. 매출액에 대한 거래순이익(매출 총이익에서 영업비용을 뺀 금액을 말하며, 영업비용은 판매비와 일반관리비를 말한다. 이하 이 관에서 같다)의 비율

 3. 매출원가 및 영업비용에 대한 거래순이익의 비율

5-1-1) 국제조세조정에 관한 법률 시행규칙 제6조【비교가능성 및 적합성 평가 등】

  ③ 제2항제4호에 따른 거래순이익률의 각 지표(영 제8조제1항제5호의 경우는 제외한다)는 다른 특별한 사정이 없으면 다음 각 호의 구분에 따른 사항을 고려하여 선택해야 한다. 이 경우 선택된 거래순이익률 지표는 분석대상 당사자와 독립된 제3자 사이에서 같은 기준으로 측정하고, 특수관계 거래와의 직접적ㆍ간접적 관련성 및 영업활동과의 관련성 등을 고려하여 합리적인 수준까지 전체 기업의 재무정보를 세분화하여 측정해야 한다.

   1. 매출액에 대한 거래순이익의 비율의 경우: 특수관계인으로부터 구매한 제품을 독립된 제3자에게 재판매하는 경우에 사용할 것. 이 경우 판매장려금, 매출할인, 외환손익에 대해서는 분석대상 당사자와 비교가능 대상에 대하여 동일한 회계기준을 적용해야 한다.

   3. 매출원가 및 영업비용에 대한 거래순이익의 비율의 경우: 거래순이익과 매출원가 및 영업비용의 관련성이 높은 경우에 사용할 것. 이 경우 매출원가 및 영업비용은 분석대상 당사자가 사용한 자산, 부담한 위험, 수행한 기능 및 영업활동과의 관련성을 고려하여 측정한다.

6) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제12조【용역거래의 정상가격 산출방법】

  ② 거주자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 용역거래(이하 이 조에서 "저부가가치용역거래"라 한다)에 대하여 해당 용역의 원가에 5퍼센트를 가산한 금액을 용역거래의 가격으로 적용한 경우에는 그 금액을 정상가격으로 본다. 이 경우 해당 용역의 원가는 제1항 각 호의 기준에 따라 산정한다.

   1. 거래대상 용역은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 않는 용역으로서 거주자와 국외특수관계인의 핵심사업활동과 직접 관련되지 않는 지원적 성격의 용역일 것

    가. 연구개발

    나. 천연자원의 탐사ㆍ채취 및 가공

    다. 원재료 구입, 제조, 판매, 마케팅 및 홍보

    라. 금융, 보험 및 재보험

   2. 용역이 제공되는 과정에서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사실이 없을 것

    가. 독특하고 가치 있는 무형자산의 사용 또는 창출

    나. 용역 제공자가 중대한 위험을 부담 또는 관리ㆍ통제

   3. 용역 제공자 및 용역을 제공받는 자는 특수관계가 없는 제3자와 유사한 용역거래를 하지 않을 것

7) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제15조【정상가격 산출방법의 적용】

  ② 법 제8조제1항에 따라 정상가격 산출방법을 적용할 때 개별 거래들이 서로 밀접하게 연관되거나 연속되어 있어 거래별로 구분하여 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익을 산출하는 것이 합리적이지 않을 경우에는 개별 거래들을 통합하여 평가할 수 있다.

8) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

  ① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

 8-1) 조세특례제한법 시행령 [별표6]

  연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조제1항 관련)

   1. 연구개발

    가. 자체연구개발

     1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당 하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비

9) 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

10) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

   6. 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

다. 사실관계

국세통합전산망, 청구법인 및 조사청이 제시한 심리자료 등에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

 1) 청구법인의 사업자등록 기본사항은 아래와 같다.

<표 생략>

2) 청구법인의 2021~2024사업연도 법인세 신고 주요내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

3) 청구법인은 상장법인인 것으로 나타나고, 2021~2024사업연도 청구법인의 주주구성 및 지분율 내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

 4) 청구법인의 특수관계법인인 L(주), P(주)의 2021~2024 사업연도 주주구성 및 지분율 내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

 5) (쟁점1) 관련 사실관계는 아래와 같이 나타난다.

  가) 조사청은 조사대상 기간인 2020~2024사업연도의 본부장 C의 인건비 전액을 손금불산입한 것으로 나타나며, 청구 대상기간인 2021사업연도~2024사업연도 C 급여, 4대보험 및 퇴직급여에 대한 조사청의 법인세 과세예고 내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  나) 근로소득 지급명세서 제출내역에 따르면 C은 2019년 3월부터 청구법인에서 근무를 한 것으로 기재된 것으로 나타나고, 2021년~2024년 과세연도 C의 근로소득 지급명세서 주요내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  다) 청구법인은 C이 연봉제 계약을 통해 급여 등이 지급된다는 설명과 함께 2021~2024 C의 근로계약서 및 청구법인 보상관리 프로세스 자료를 제시하였으며, 청구법인 보상관리 프로세스 자료에는 급여, 성과급 등에 대한 규정이 기재된 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  라) C은 P(주) 설립시부터 대표이사였던 것으로 나타나고 P(주) 사업자등록 주요내역 및 2022~2024 사업연도 법인세 신고 주요내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  마) 국세통합전산망에 따르면 2022~2023 사업연도 P(주)의 근로소득 지급명세서 제출내역은 없는 것으로 나타나고, 2024 사업연도 P(주)의 근로소득 지급명세서 명세 주요내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  바) 조사청이 제시한 심리자료에 따르면 P(주)는 2023년 의류브랜드를 런칭한 것으로 나타난다.

  사) 청구법인 및 조사청이 제시한 심리자료에 따르면 2024.12.24. 이전 C의 K사무소 출입기록은 없는 것으로 나타나고 2024.12.24. 이후 기간은 0층 출입기록은 있고 0~0층 출입기록은 있는 것으로 나타난다.

   2024.12.24. 이전 출입기록이 없는 사실에 대하여 청구법인은 출입기기 장비 교체로 인한 부득이한 사정임을 주장하는 것으로 나타나고, 또한 청구법인은 C이 K사무소 건물 1층 커피숍에서 2026.2월까지 커피 등을 결제한 내역 총 000건을 조사청에 제출하였던 것으로 나타난다.

  아) 조사청이 2026.2.3. 작성한 C에 대한 문답서 주요내용은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

자) 청구법인 및 조사청이 각각 제시한 청구법인의 내부기안문 샘플 자료는 아래와 같이 나타난다.

   이와 관련하여 조사청은 내부기안문 자료에 C이 직접 결재자인 자료가 없고 전부 참조로 되어 있으며, C의 문서열람일시가 상당기간 지난 이후인 점 등에서 C이 업무를 수행하지 않았다는 주장이고,

   청구법인은 C이 참조 결재한 이유가 신속한 의사결정을 위해 결재라인을 3인 이내로 제한하는 청구법인 운영규칙 때문이며, 기안문에서 C이 참조로 결재한 사실이 나타나는 점 등에서 C이 업무를 수행하였다는 주장인 것으로 나타난다.

   (1) 청구법인이 제시한 내부기안문 샘플 자료

<그림 생략>

   (2) 조사청이 제시한 기안문 샘플 자료

<그림 생략>

  차) 청구법인이 과세관청에 제출하였던 2020~2024 사업연도 개별기업보고서 내용에 따르면 각 사업연도별로 보고서에 기재된 ‘경영 관련 보고를 받는 담당자’ 내역은 아래와 같이 나타나고, 해당 내역에 따르면 C은 2022사업연도부터 ‘경영전반관리’를 주업무로 하여 경영 관련 보고를 받는 담당자로 기재된 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  카) 조사청이 제시한 청구법인의 사내전화부 자료는 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

  타) 임원 기안문 자료에 따르면 C은 D과 함께 2021.10.1. 상무이사로 선임된 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  파) 조사청이 조사 착수 시점(2025.12.13.) 및 문답서 작성을 위해 사전 일정 조율 후 재방문 시점의 DD빌딩 0층 사무실 모습 차이를 주장하며 제시한 사진자료들은 아래와 같다.

   조사청은 조사 착수 당시(2025.12.13.) C이 캐비넷 앞 책상에서 근무 중이었고 사무실에 청구법인 사업 관련 서류 없이 의류, 옷 관련 포스터 등이 붙어 있었다가 재방문 시(2026.2.3.) 의류, 옷 등이 치워지고 책상이 안쪽 사무실로 옮겨진 정황을 C이 청구법인에서 근무하지 않은 근거 중 하나로 제시하는 것으로 나타나고,

   이에 대하여 청구법인은 DD빌딩 0층 중 일부인 3평만을 P(주)가 임차하여 사용중이며^*, 사진상의 탁자들은 평상시 직원들 휴게공간으로서 일시적으로 의류를 올려놓은 것이라고 주장하는 것으로 나타난다.

 * 국세통합전산망에 따르면 P(주)는 사업자등록 신고시 청구법인과 작성한 임대차계약서를 제출한 것으로 나타나고 해당 임대차 계약서 내용에는 3평을 임차하는 내용이 기재된 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  하) 청구법인은 C 문답서에서 해외법인을 ‘미국지사’ 등으로 답한 부분과 관련하여 ‘미국지사 등의 명칭은 청구법인 내부에서 사용하는 공식명칭으로 실제 결재문서에서 사용되는 명칭’이라고 주장하며 아래와 같이 샘플자료를 제시하였다.

<그림 생략>

  거) 조사청은 청구법인의 자금회의 결과보고 기안문 상 자금회의 일자에 C이 해외 출국상태였던 경우가 확인되어 실제 회의개최 여부 및 C 참석여부가 불분명하다는 주장에 대한 근거로 정리표 및 청구법인 기안문 자료를 증빙으로 제시하였다.

<표 생략>

 6) (쟁점2) 관련 사실관계는 아래와 같이 나타난다.

  가) 근로소득 지급명세서 제출내역에 따르면 D은 2017.1.2.~2017.3.31. 및 2019.4.1.~2019.8.30. L(주)에서 근무한 것으로 기재된 것으로 나타나고 이후 2021.10.1.부터 청구법인 및 L(주)에서 계속하여 근무한 것으로 기재된 것으로 나타난다.

  나) 청구법인 및 조사청이 제시한 심리자료와 국세통합전산망을 종합하면 2021~2024 사업연도 본부장 D과 본부장 E이 청구법인과 L(주)로부터 수령한 급여내역 및 본부장 D에 대한 조사청 과다 급여 계산 내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  다) 청구법인이 과세관청에 제출하였던 2020~2024 사업연도 개별기업보고서 내용에 따르면 각 사업연도별로 보고서에 기재된 ‘경영 관련 보고를 받는 담당자’ 내역은 아래와 같이 나타나고, 해당 내역에 따르면 D은 2022사업연도부터 ‘경영전반관리’를 주업무로 하여 경영 관련 보고를 받는 담당자로 기재된 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  라) 청구법인은 D이 연봉제 계약을 통해 급여 등이 지급된다는 설명과 함께 2021~2024 D의 근로계약서 및 청구법인 보상관리 프로세스 자료를 제시하였으며, 청구법인 보상관리 프로세스 자료에는 급여, 성과급 등에 대한 규정이 기재된 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  마) 조사청이 조사당시 확보한 청구법인 조직도에 따르면 E은 합섬부문의 부문관리를 담당하는 이사인 것으로 기재되어 있다.

<그림 생략>

  바) 청구법인의 2021년~2024년 성과평가명단에 따르면 E은 회계팀, 전산팀, O 회계팀의 최종 평가자로 기재된 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  사) 청구법인은 D이 경영 전반에 걸친 업무수행자라는 주장에 대한 근거로 D이 참조 결재한 부문별 기안문 샘플을 증빙으로 제출하였다.

<그림 생략>

 7) (쟁점3) 관련 사실관계는 아래와 같이 나타난다.

  가) 청구 대상기간인 2021사업연도~2024사업연도 쟁점 해외특수관계법인 파견직원 용역비(급여·4대보험 등) 미수취에 대한 조사청의 법인세 과세예고 내역은 아래와 같이 나타나는데, 조사청은 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제12조제2항에 근거하여 인건비(급여, 4대보험, 퇴직급여) 금액에 5% Mark-up(가산)하여 경정대상금액을 산정한 것으로 나타난다.

<표 생략>

  나) 청구법인 및 조사청이 제시한 심리자료에 따르면 경정대상금액 산정 기준이 된 2021~2024사업연도 쟁점 해외특수관계법인 파견직원에 대한 급여 내역, 4대보험 및 퇴직급여 내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  다) 조사청이 조사 당시 청구법인으로부터 받은 파견직원 업무내역자료는 아래와 같이 나타나는데, 이에 대한 조사청 설명에 따르면 업무내역자료에서 ‘(본사업무 수행)’으로 기재된 파견직원 인건비의 경우 급여, 4대보험 및 퇴직급여에 대하여 별도 용역수수료를 수취하지 않은 것으로 나타나고, ‘(본사업무 수행)’ 외의 업무가 기재된 파견직원 인건비의 경우 급여에 대하여는 용역수수료를 수취하고, 4대보험 및 퇴직급여에 대하여는 용역수수료를 수취하지 않은 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  라) 청구법인이 처분청에 제출하였던 개별기업보고서 내용에 따르면 쟁점 해외특수관계법인들에 대한 설명 및 거래 발생 배경은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  마) 청구법인의 개별기업보고서 내용에 따르면 2021~2024사업연도 쟁점 해외특수관계법인들의 법적 소유구조(지분율)에 대한 내용은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  바) 청구법인의 개별기업보고서 내용 중 ‘특수관계거래와 관련한 납세의무자와 국외특수관계인의 비교가능성 및 기능 분석’ 항목의 내용에 따르면 쟁점 관련 해외현지법인과의 계약조건에 대하여 아래와 같이 기재된 것으로 나타난다.

<표 생략>

  사) 청구법인의 2021~2024 개별기업보고서 내용에 따르면 쟁점 해외특수관계법인 재화거래에 대하여 정상가격 산출방법으로 ‘거래순이익률법’을 적용한 것으로 나타나고, 거래순이익률법에 대한 순이익률지표는 제조법인인 중국법인과 베트남법인에 대하여는 ‘총원가가산율’을 사용하고 판매법인인 미국법인과 일본법인에 대하여는 ‘영업이익률’을 사용한 것으로 나타난다. 각 방법의 적용이유에 대하여는 아래와 같은 내용으로 기재된 것으로 나타난다.

<표 생략>

  아) 청구법인 2021~2024 개별기업보고서 내용에 따르면 정상가격 분석대상으로 선정된 국외특수관계인 및 선정 이유에 대한 설명 내용 중 쟁점 해외특수관계법인들에 대한 내용은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  자) 청구법인의 2021~2024 개별기업보고서 내용 중 정상가격 산출을 위한 비교가능회사 선정 및 해당 회사들의 순이익률 함수값 도출에 대한 부분은 아래와 같이 나타나며, 해당 부분에 대한 내용은 2021~2024 사업연도 모두 동일한 것으로 나타난다. 한편 개별기업보고서에서 선정한 비교가능회사의 검색대상연도는 2013년~2015년이고, 비교가능회사의 손익계산서 세부내역은 나타나지 않으며 순이익률 지표값(총원가율/영업이익률)만 기재된 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  차) 청구법인 개별기업보고서 내용에 따르면 정상가격 검토 결과는 아래와 같이 기재된 것으로 나타난다.

<표 생략>

  카) 청구법인 개별기업보고서 등에 따른 2021~2024 사업연도 쟁점 해외 특수관계법인들의 손익계산서 주요내역, 이를 근거로 한 총원가가산율(중국·베트남법인), 영업이익률(미국·일본법인), 청구법인 및 조사청이 제시한 심리자료에 따른 해외특수관계법인별 영업손익에서 각 법인별 용역수수료 미수취액을 차감한 조정 영업손익을 기준으로 한 조정이익률(중국·베트남법인-총원가가산율, 미국·일본법인-영업이익률)은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  타) 청구법인 및 조사청이 제시한 심리자료에 따르면 청구법인과 쟁점 해외특수관계법인들 간 계약서 자료는 아래와 같이 나타난다.

   (1) 중국법인 계약서

<그림 생략>

   (2) 베트남법인 계약서

<그림 생략>

  (3) 미국법인 계약서

<그림 생략>

   (4) 일본법인 계약서

<그림 생략>

  파) 조사청이 제시한 중국법인, 베트남법인의 기술용역료 정산서 자료는 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

 8) (쟁점4) 관련 사실관계는 아래와 같이 나타난다.

  가) 청구법인의 2021~2024사업연도에 대하여 조사청이 산정한 연구인력개발비 세액공제 과다 공제액 내역 및 경정사유는 아래와 같이 나타나며, 청구법인은 조사청의 연구인력개발비 세액공제 부인액 중 R, T, U의 인건비에 대하여 연구인력개발 세액공제를 인정하여야 함을 주장하는 것으로 나타난다.

<표 생략>

  나) 조사청이 ‘Y 본사 조직도 자료가 사실에 부합하는 자료’이며 R 본부장이 품질경영 조직도 상 ‘R&D and Quality Executive Manager’에 해당한다는 주장에 대한 근거로 제시한 2020년 청구법인이 ISO 인증을 위해 만든 것으로 나타나는 문서상의 부산 공장 품질경영 조직도 발췌자료, Y 본사 조직도 발췌자료 및 Y 본사 조직도 전체자료는 아래와 같이 나타나며, Y 본사 조직도에 따르면 R 본부장은 ‘기술연구소 팀장’ 칸 및 합섬부문 ‘부문관리’ 칸에 이름이 기재된 것으로 나타난다. 한편 조사청은 청구법인의 Y 본사 조직도 문서 취득 경위에 대하여 청구법인 조사 당시 청구법인으로부터 확보한 문서라고 답하였다.

<그림 생략>

  다) 청구법인이 R 본부장이 품질경영 조직도 상 ‘R&D and Quality Executive Manager’에 해당하지 않는다는 주장에 대한 근거로 제시한 2020년 당시 작성한 청구법인의 품질경영 조직도 및 환경경영·안전경영 조직도 자료는 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

  라) 조사청이 2025.2.5. 작성한 R 본부장에 대한 문답서 주요내용은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  마) R 본부장의 2021년~2025년 근로소득 지급명세서 주요내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  바) 조사청이 제시한 청구법인의 내부문서 발췌자료에 따르면 2022.1.1. 이후 임원직제 및 호칭변경에 대한 내용은 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

  사) 조사청이 제시한 2022년 청구법인 성과평가 안내문 문서 발췌 자료는 아래와 같이 나타나며 해당 안내문 내용에 따르면 팀장은 소속팀원을 평가하고 본부장은 팀평가를 하는 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  아) 2021년~2024년 청구법인의 합섬부문 팀원 성과평단명단 발췌자료는 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

  자) R 본부장이 기술연구소와 품질경영팀을 총괄하는 부문장이라는 조사청 주장에 대한 반박으로 청구법인은 품질경영팀 기안자료에 R이 결재한 이력이 없다고 주장하면서 2021년~2024년 각 연도별로 합섬부문 기안문 샘플자료 1부씩을 제시하였다. 한편 청구법인 및 조사청이 제시한 심리자료에서 R이 품질경영팀 기안자료에 결재한 문서는 확인되지 않는다.

<그림 생략>

  차) 조사청은 청구법인과 L(주)의 인사규정이 동일하며 L 임원인사 자료에서 EE 상무가 제강 품질경영팀 및 제강 기술연구소 책임 전결하는 것이 확인되므로 R 본부장 역시 청구법인의 품질경영팀 및 기술연구소 책임 전결권자로 보는 것이 합리적이라는 주장에 대한 근거로 아래와 같이 청구법인 인사관리 프로세스 적용범위 문서 발췌 자료 및 L(주) 임원인사 문서 발췌 자료를 제시하였다.

<그림 생략>

  카) 청구법인의 2021~2024사업연도 개별기업보고서 내용에 따르면 2021~2022 사업연도에는 ‘경영 관련 보고를 받는 담당자’에 스테인레스 사업부문 총괄로서 V 본부장이 기재되었던 것으로 나타나고, 2023~2024사업연도에는 스테인레스 사업부문 총괄로서 T 본부장이 기재되었던 것으로 나타난다.

  타) 2021년~2024년 청구법인의 스텐부문 팀원 성과평단명단 발췌자료는 아래와 같이 나타난다.

 <그림 생략>

  파) 청구법인은 T 및 U이 타부서 평가 업무를 수행한 것만으로 타부서 업무를 겸직한 것으로 보아 연구인력개발비 세액공제를 부인하는 것은 부당하다는 주장에 대한 근거로 청구법인이 청구하였던 “조심 0000부00, 0000.0.00. 심판 결정례를 제시하였는데, 해당 결정례 내용 중 연구·인력개발비 세액공제 쟁점 내용 및 이에 대한 판단 부분 내용은 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

  하) 조사청이 제시한 2024.1.1. 청구법인 인사 발령부 발췌 자료는 아래와 같이 나타나며, 조사청은 해당 자료를 근거로 2024.1.1. 이전 U 역시 스텐부문 기술연구소 팀장과 스텐부문 품질경영팀장을 겸직한 것으로 보아야 한다고 주장하는 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  거) 청구법인은 2021~2023년에 T이 품질경영팀과 생산팀 기안문에 결재자로 결재한 이력 및 같은 기간 U이 품질경영팀 기안문에 결재한 이력이 없다는 주장에 대한 근거로 아래와 같이 기안문 샘플 자료를 제시하였다.

<그림 생략>

 9) (쟁점5) 관련 사실관계는 아래와 같이 나타난다.

  가) 쟁점5 부가가치세 관련 조사청의 2021.1기~2024.2기 과세기간 과세예고 주요 내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  나) 조사청은 청구법인이 소사장 사업자들로부터 수취한 매입세금계산서 금액 중 장학금 해당 부분 금액을 매입세액 불공제 대상으로 산정한 것으로 나타난다. 조사청이 제시한 ‘장학금이 포함된 매입세금계산서’ 수취내역 정리표는 아래와 같이 나타난다. 해당 정리표에서 ‘장려금 공급가액’ 부분이 매입세액 불공제 대상으로 산정한 부분인 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  다) 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면 청구법인과 사내 소사장 간 용역계약서 제17조 내용은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  라) 조사청이 제시한 소사장 장학금 지급에 대한 청구법인 지급기준 자료는 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

  마) 조사청이 제시한 청구법인의 도급료 품의 기안서 자료에 따르면 장학금은 아래 발췌자료와 같은 형식으로 도급료에 포함되어 품의되는 것으로 나타난다.

<그림 생략>

  바) 청구법인은 장학금을 과세사실판단자문위원회 판단을 거쳐 용역대가로 인정한 사례가 있다는 주장에 대한 근거로 아래와 같이 조심 2018서0948(2018.6.7.) 심판례 청구주장 부분 내용 중 일부분을 제시하였다.

<표 생략>

   이에 대한 반박으로 조사청은 장학금을 접대비 성격으로 판단한 심판례가 있음을 주장하며 아래와 같이 조심 2010서3175(2011.12.27.)심판례의 판단부분을 제시하였다.

<표 생략>

10) 사전열람이후 청구법인 및 조사청이 제출한 의견은 아래와 같이 나타난다.

  가) 청구법인이 제출한 의견은 아래와 같으며 의견과 함께 제출한 증빙은 별지와 같다.

<그림 생략>

  나) 조사청이 제출한 의견은 아래와 같다.

<그림 생략>

라. 판단

먼저 쟁점1 ‘C이 청구법인에서 실제 근무하며 법인업무를 수행하였는지 여부’에 대하여 살펴보기로 한다.

 1) 과세요건 사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있으나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실을 추정할 수 있는 사실이 밝혀지면 상대방이 경험칙 적용의 대상이 되지 아니하는 사정을 입증하지 않는 한 그 과세처분을 위법하다고 할 수는 없다. 따라서 과세관청은 과세요건 사실의 존재를 입증하거나 적어도 과세요건 사실을 추정할 수 있는 사실을 입증하여야 한다(대법원 2009.9.24. 선고 2009두7103판결 등 참조).

 2) 위 법리 및 사실관계 등에 비추어 살펴보건대 처분청은 C이 청구법인에 실제 근무하지 아니한 것으로 보아 C의 인건비 전체를 손금불산입할 것을 예고한 통지는 정당하다고 주장하고 있으나,

 3) 청구법인의 기안문 자료에 의하면 C이 참조 결재자로 지정된 서류가 다수 존재하고 자금 회의 등에 참여한 것으로 기록된 문서가 존재하는 점,

  청구법인의 개별기업보고서 상 경영전반관리 업무를 수행하는 임원으로 기재되어 있고 청구법인의 조직도에 등재되어 있으며 전산코드가 부여되어 있었던 것으로 나타나는 점,

  P(주)는 청구법인의 K사무소와 동일건물에 소재한 것으로 확인되고 C의 직급, 업무범위 등을 고려할 때 청구법인의 업무 및 P(주)의 업무를 함께 수행하는 것이 불가능하다고 단정하기 어려운 점,

  청구법인은 C의 K사무소 출입기록이 대부분 존재하지 않는 사실에 대하여 K사무소의 출입기기를 교체한 사정, C이 K사무소 건물 1층 카페에서 결제한 내역들이 다수 존재하는 사정 및 P(주)가 0층 전체가 아닌 일부 공간인 3평만을 임대한 사정 등을 제시하고 있는 점,

  조사청이 제시하는 사정인 조사착수 당시 C이 있던 0층 사무실의 모습, C이 직접 결재자인 결재서류가 없는 점, 문답 당시 C이 청구법인에 대한 설명에 오류가 있었던 점 등만으로 C이 청구법인에서 전혀 근무를 하지 않았다고 단정하기는 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, C의 인건비 전체를 부인한 조사청의 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

  다만 C에 대한 보수가 적정한 수준인지에 대해서는 D의 경우와 같이 동일직급 보수수준과의 비교 등 추가적인 검토가 필요할 것으로 보여지나 주어진 사실관계만으로 이를 판단하기 어려우므로 C의 업무범위, 업무의 책임 정도 등에 대한 확인을 통하여 C의 보수가 적정보수에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

다음으로 쟁점2 ‘D의 급여 중 본부장 E 급여 초과액을 과다급여로서 손금불산입 대상으로 본 통지의 당부’에 대하여 살펴보기로 한다.

 1) 법인세법 제26조 본문 및 제1호에서는 “인건비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다”라고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제43조제3항에서는 “법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다”라고 규정하고 있다.

 2) 청구법인은 D의 직무가 E 본부장의 직무에 비해 범위가 넓고 책임이 더 무거운 등의 사유가 있으므로 D의 보수 중 E 본부장의 보수를 초과하는 부분을 손금불산입 대상으로 본 조사청의 통지는 부당하다고 주장하고 있으나,

 3) 이 건 사실관계에 의하면 청구법인의 기안서 중 D이 직접 결재자로서 결재한 내용은 확인이 되지 않으며 D이 참여한 것으로 확인되는 기안서는 모두 참조결재자로서 지정된 기안문인 것으로 나타나는바, 경험칙상 별도의 직접 결재자가 있는 상황에서 여러명의 참조자 중 한 사람으로서 참조 결재를 하는 자의 직무가 그 책임이 무겁다고 보기 어려운 점, 그렇다면 D이 E보다 더 많은 부문의 기안서에 관여하였다고 하더라도 이는 참조결재자로서 관여한 것이어서 해당 사정만으로 D이 E보다 더 많은 보수를 받을 정당한 사유가 있는 것으로 단정하기 어려운 점,

  청구법인의 개별기업보고서 내용에 따르면 2021사업연도까지는 경영 관련 보고를 받는 담당자는 5명으로 각각의 주 업무가 ‘경영총괄’, ‘경영 및 재무부문 총괄’, ‘내수영업부문 총괄’, ‘합섬사업부문 총괄’, ‘스테인레스 사업부문 총괄’로 구성되었다가 2022사업연도부터 기존에 있던 5명의 담당자에 더하여 D과 C이 ‘경영전반관리’라는 주업무로 추가 등재된 것으로 나타나는바 D은 각 부문별 총괄이 이미 있는 상황에서 ‘경영전반관리’라는 경험칙상 다소 추상적인 업무를 담당하는 것으로 나타나 그 직무가 E 본부장의 보수를 초과할 정도로 책임이 무겁고 중대하다고 보기 어려운 점,

  이 건 사실관계에 의하면 2024.12.31. 기준 청구법인의 지분관계에서 J에 비하여 X의 지분이 월등히 높아진 것으로 나타나는바 해당 정황 등을 고려할 때 D이 청구법인의 경영을 승계할 것으로 단정하기 어려우며 설령 청구법인의 주장과 같이 D이 장래에 청구법인 경영 승계가 예정되어 있다고 하더라도 쟁점이 되는 사업연도에 대표이사 및 각 부문별 총괄자가 별도로 있어 D이 경영의 위험을 직접적으로 부담하였다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때 E 본부장의 보수를 초과하여 D에게 보수를 지급한 것에 대하여 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다.

 4) 청구법인은 개별기업보고서에서 경영 관련 보고를 받는 담당자에 D이 ‘경영전반관리’ 업무 수행자로서 등재되어 있으나 조사청이 이는 부인하는 반면 T에 대하여는 해당 경영 관련 보고를 받는 담당자에 ‘스테인레스사업부문총괄’ 업무 수행자로서 등재되어 있는 것을 과세근거로 삼은 것에 대하여 동일증거에서 정보를 취사 선택하여 과세한 것에 해당한다고 주장하기도 하나, 이 건 사실관계에 의하면 조사청은 개별기업보고서 내용만을 유일한 과세근거로 하고 있지는 않은 것으로 나타나므로 조사청의 세무조사결과통지가 정보를 취사 선택하여 과세한 것으로서 부당하다고 보기는 어렵다고 판단된다.

 5) 따라서 청구주장을 받아들이기 어려우며 D이 E 본부장의 보수를 초과하여 보수를 수령한 것에 대하여 정당한 사유가 있지 아니한 것으로 보아 D의 초과 보수 수령액에 대하여 손금불산입 하겠다는 뜻의 세무조사결과통지를 한 조사청의 통지에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

 다음으로 쟁점3의 주위적 쟁점인 ‘해외특수관계법인에 파견된 직원의 업무가 현지법인 업무가 아닌 청구법인 업무에 해당하므로 파견직원 인건비는 청구법인의 인건비로서 별도 용역수수료 수취 대상이 아니라는 청구주장의 당부’에 대하여 살펴보기로 한다.

 1) 법인세법 제19조제2항에서는 “손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제19조제3호에서는 “인건비”를 손비에 포함되는 것으로 규정하고 있다. 그리고 국제조세조정에 관한 법률 제7조제1항에서는 “과세당국은 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다”라고 규정하고 있다.

 2) 한편 과세요건 사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실을 추정할 수 있는 사실이 밝혀지면 상대방이 경험칙 적용의 대상이 되지 아니하는 사정을 입증하지 않는 한 그 과세처분을 위법하다고 할 수는 없다. 따라서 과세관청은 과세요건 사실의 존재를 입증하거나 적어도 과세요건 사실을 추정할 수 있는 사실을 입증하여야 한다(대법원 2009.9.24. 선고 2009두7103 판결 등 참조).

 3) 위 법리 및 사실관계 등에 비추어 살펴보건대 청구법인은 해외특수관계법인에 파견된 직원의 업무가 청구법인의 업무에 해당하므로 별도 용역수수료 수취 대상이 아니라고 주장하고 있으나,

 4) 이 건 사실관계에서 나타나는 파견직원 업무내역을 살펴보면 생산계획 수립, 제품검수, 시장발굴, 거래처 클레임 관리 등으로서 청구법인이 직원을 파견하지 않았다고 가정할 경우 해외특수관계법인이 직접 수행하여야 할 성격의 업무로 보이는 바, 이를 통하여 볼 때 청구법인은 파견직원을 통하여 해외특수관계법인들에게 용역을 제공한 것으로 여겨지는 점,

  청구법인은 일부 파견직원에 대해서는 기술용역료를 수취하고 있는 바, 파견직원들의 업무내역을 살펴볼 때 일부에 대해서만 선택적으로 대가를 수취한 데에 대해 합리적인 이유가 있다고 보기 어려운 점,

  대가를 수취하지 않은 파견직원들은 법인장 등이 아닌 현지법인의 생산공정에서 필요한 품질검수 등의 업무를 수행한 기술직원들인 것으로 나타나는바, 이들은 본사에 직접 보고를 하거나 지시를 받는 위치에 있지 아니하여 대가를 수취한 관리직 파견직원들보다 오히려 더 밀접하게 해외특수관계법인 고유의 업무를 수행한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

  따라서 청구법인이 해외특수관계법인에 파견한 직원들 인건비에 대하여 용역수수료를 수취하여야 할 대상으로 본 조사청의 통지에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

 다음으로 쟁점3의 예비적 쟁점인 ‘청구법인과 해외특수관계법인 간 거래의 정상가격여부를 고려하지 않고 파견직원 인건비만을 별도로 정상가격 조정하여 손금불산입할 것을 예고한 통지는 부당하다는 청구주장의 당부’에 대하여 살펴보기로 한다.

 1) 국제조세조정에 관한 법률 제7조제1항에서는 “과세당국은 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다”라고 규정하고 있고, 같은법 제8조제1항에서는 “정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 산출방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다”라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제15조제2항에서는 “ 법 제8조제1항에 따라 정상가격 산출방법을 적용할 때 개별 거래들이 서로 밀접하게 연관되거나 연속되어 있어 거래별로 구분하여 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익을 산출하는 것이 합리적이지 않을 경우에는 개별 거래들을 통합하여 평가할 수 있다”라고 규정하고 있다.

 2) 위 법리 및 사실관계 등에 비추어 살펴보건대 청구법인은 파견직원 인건비에 대하여 용역수수료 미수취분을 정상가격 조정 대상으로 보는 경우 재화거래에 대하여도 정상가격 조정 여부를 검토하여야 한다고 주장하고 있으나,

 3) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제15조제2항에서 ‘거래별로 구분하여 가격·이윤 또는 거래순이익을 산출하는 것이 합리적이지 않을 경우 개별 거래들을 통합하여 평가할 수 있다’ 고 규정하고 있어 거래별로 개별평가하여 정상가격을 산출하는 것이 원칙인 것으로 보이는 점,

  재화거래와 파견직원의 용역제공은 별개의 거래이고 이 건 사실관계에 의하면 청구법인도 일부 파견직원에 대해서는 별도 계약을 통해 용역수수료 수취한 것으로 나타나는바, 조사청이 재화거래와 별도로 파견직원 용역수수료 미수취분에 대하여 정상가격을 적용하여 과세대상금액을 산출하는 것이 법령 규정을 벗어났다거나 불합리하다고 단정하기 어려운 점,

  재화거래에 대한 정상가격 여부가 달라지게 되는 경우 이에 대해 별도로 경정청구를 제기할 수 있는 점 등을 종합하여 볼 때 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

 4) 따라서 조사청이 재화거래와 별도로 파견직원 인건비에 대한 용역수수료 미수취액에 정상가격을 적용하여 과세대상금액을 산정한 조사청의 통지에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

 다음으로 쟁점4 ‘R, T, U은 연구개발업무만을 전담하였으므로 해당 임직원의 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상이라는 청구주장의 당부’에 대하여 살펴보기로 한다.

 1) 과세요건 사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있으나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실을 추정할 수 있는 사실이 밝혀지면 상대방이 경험칙 적용의 대상이 되지 아니하는 사정을 입증하지 않는 한 그 과세처분을 위법하다고 할 수는 없다. 따라서 과세관청은 과세요건 사실의 존재를 입증하거나 적어도 과세요건 사실을 추정할 수 있는 사실을 입증하여야 한다(대법원 2009.9.24. 선고 2009두7103판결 등 참조).

  한편 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2008.10.23. 선고, 2008두7830 판결 등 참조).

 2) 위 법리 및 사실관계 등에 비추어 살펴보건대 조사청은 청구법인의 2021~2024사업연도 법인세에 대하여 R, T, U의 인건비를 모두 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 주장하고 있으나,

 3) R의 경우 이 건 사실관계에 의하면 2021~2024사업연도에 기술연구소 이외 부서에 대하여 결재한 서류가 확인되지 않는 점,

  2021~2024년 성과평가명단 자료에 의하면 R은 기술연구소에 대하여만 평가자로 등재되어 있을 뿐 타 부서에 대한 평가자로 등재되어 있지 않은 것으로 나타나는 점,

  조사청이 제시한 본사 조직도에도 ‘부문관리 E이사/R이사’로만 기재되어 있을 뿐 R이 기술연구소 외 타부서의 책임자로서 명시적으로 표시되어 있지 않은 점,

  R은 2021~2024사업연도에도 이미 본부장으로서 임원의 직위에 있었던 것으로 나타나는바 이전연도에 비해 2025년 급여가 증가하지 않았던 사정, 청구법인의 2025사업연도 연구인력개발비 세액공제 신고내역에 본부장 직책의 인건비가 포함되지 않고 세액공제 신고액이 급격하게 줄었다는 사정 등만으로는 R이 기술연구소 이외 다른 부문도 관리하여 왔다고 단정하기는 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 2021~2024사업연도에 기술연구소 이외 부서의 업무도 수행하였음이 입증되었다고 보기는 어렵다고 판단된다.

 4) 한편 T, U의 경우 2021~2024년 성과평가명단 자료에 의하면 기술연구소 이외에 타 부문에 대한 평가자로도 등재된 것으로 나타나는 점, 결재 기안문 등의 서류는 청구법인의 지배영역 안에 있는 것이어서 T 및 U이 기술연구소 이외 부서 기안문에 대하여 결재한 서류가 확인되지 않는 사정만으로 이들이 기술연구소에서 연구업무만을 전담하였다고 단정하기 어려운 점, 청구법인의 규모 등을 고려하였을 때 다면평가시 평가자 수가 부족하였다는 청구주장은 경험칙상 수긍하기 어렵고 T·U이 타부서의 평가업무를 수행한 것을 연구개발에 부수하여 수행한 업무의 성격으로 보기는 어려운 점, 2024년의 경우 T은 개별기업보고서상 스테인레스 사업부문 총괄로 기재되어 있고 U은 ‘2024.1.1. 청구법인의 인사발령부’ 서류상 O 생산 1,2팀장으로 발령난 것으로 나타나는 점, ‘2024.1.1. 청구법인의 인사발령부’ 서류상 O 기술연구소 팀장으로 발령된 직원이 스테인레스 품질경영팀장을 겸직하는 것으로 나타나는 점 등을 종합하여 볼 때, 2021~2024사업연도에 기술연구소에서 연구개발업만을 전담하였다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

 5) 따라서 조사청이 산정한 연구인력개발비 세액공제 부인액 중 R 인건비에 해당하는 연구인력개발비 세액공제 부인액 부분에는 잘못이 있다고 판단된다.

 마지막으로 쟁점5 ‘사내 소사장에게 “장학금” 명칭으로 지급한 추가도급료를 매입세액 불공제 대상으로 본 통지의 당부’에 대하여 살펴보기로 한다.

 1) 부가가치세법 제11조제1항 본문에서는 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다”라고 규정하고 있고 제1호에서는 “역무를 제공하는 것”을, 제2호에서는 “시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것”을 규정하고 있다. 같은 법 제38조제1항 본문 및 제1호에서는 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액”을 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 규정하고 있고, 같은 법 제39조 제1항 본문 및 제6호에서는 “기업업무추진비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액”을 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제79조에서는 “법 제39조제1항제6호에서 ‘대통령령으로 정하는 비용의 지출’이란 소득세법 제35조 및 법인세법 제25조에 따른 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용의 지출을 말한다”라고 규정하고 있고 법인세법 제25조제1항에서는 “ ‘기업업무추진비’란 접대, 교제, 사례 또는 그 밖에 어떠한 명목이든 상관없이 이와 유사한 목적으로 지출한 비용으로서 내국법인이 직접 또는 간접적으로 업무와 관련이 있는 자와 업무를 원활하게 진행하기 위하여 지출한 금액을 말한다”라고 규정하고 있다.

 2) 위 법리 및 사실관계 등에 비추어 살펴보건대 청구법인은 타 심판례의 사실관계에서 과세사실판단자문을 거쳐 학자금을 용역 대가로 인정한 사실이 있다는 점 등을 근거로 사내 소사장에게 ‘장학금’ 명칭으로 지급한 추가도급료를 매입세액 공제대상으로 인정하여야 한다고 주장하고 있으나,

 3) 청구법인이 제시하는 심판사례에서의 과세사실판단자문 결과가 쟁점 ‘장학금’에 대한 과세에 구속력을 가지는 것으로 보기 어려운 점, 소사장 장학금 지급 대상에 대한 지급기준 자료에 따르면 근속기간 만 2년이 초과하는 숙련공의 자녀에게 대학 등 등록금을 지급하는 것으로 규정된 것으로 나타나는바 청구법인이 지급한 ‘장학금’은 소사장의 역무 제공에 따른 직접적 대가라기 보다는 업무관련자와 업무를 원활히 진행하기 위하여 지출한 금액에 가깝다고 보이는 점, 그렇다면 이는 부가가치세법 제39조제1항제6호에 해당하는 지출에 해당하는 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

 4) 따라서 쟁점 ‘장학금’을 매입세액 불공제 대상으로 보아 세무조사결과통지를 한 조사청의 통지에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되고 C에게 지급한 보수가 적정보수에 해당하는지 여부 확인을 위한 재조사가 필요하므로, 국세기본법 제81조의15 제5항 제1호(불채택), 제2호(일부채택·재조사)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.