청구법인이 시가보다 낮은 가액으로 용역을 제공한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분의 당부 등

예규·판례

청구법인이 시가보다 낮은 가액으로 용...

이 예규·판례가 내 상황에 어떻게 적용되는지 궁금하신가요?택스캔버스 AI에게 바로 물어보세요.

심판청구일부인용

조심-2014-서-0306

생산일자 2017.11.23.

AI 요약

요지

쟁점수수료는 「지방공기업법」등의 법률에 따른 것으로 가격의 결정방식이 법에 위배되었다고 볼 수 없고, ‘정부의 지시에 의하여 통상판매가격보다 낮은 가격으로 판매한 때’는 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되지 아니한 것으로 볼 수 있는 불가피성이 인정되는 점 등에 비추어 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못임

질의내용

주 문

OOO세무서장이 2013.10.21. 청구법인에게 한 부가가치세 2008년 제2기분 OOO2009년 제1기분 OOO2009년 제2기분 OOO2010년 제1기분 OOO2010년 제2기분 OOO2011년 제2기분 OOO법인세 2008사업연도분 OOO2009사업연도분 OOO2010사업연도분 OOO2011사업연도분 OOO2012사업연도분 OOO의 각 부과처분은 2008사업연도 OOO2009사업연도 OOO2010사업연도 OOO을 법인세 익금불산입 및 부가가치세 과세표준에서 각각 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 1989.1.18.「지방공기업법」제49조 및「서울특별시(이하 “서울시”라 한다) OOO설립 및 운영에 의한 조례」에 따라 토지 및 주택의 개발 및 공급, 임대 및 관리, 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받은 업무의 수행 등을 목적으로 서울시가 100% 출자하여 설립한 지방공사이다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인세 정기 통합조사를 실시하여 청구법인이 출자자인 서울시 소유의 임대주택에 대하여 위탁관리용역을 제공하면서 용역수행의 대가로「지방공기업법」등에 의한 실제 소요비용 및 위탁수수료를 지급받지 아니하고 임대료 수입의 30%를 지급받음으로써 발생된 2008∼2010사업연도 손실분 OOO(2008사업연도 OOO2009사업연도 OOO2010사업연도 OOO)에 대하여「법인세법」상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과하는 동시에, 위탁용역의 시가를 공급가액으로 보아 부가가치세를 부과하고, 청구법인이 서울시로부터 집단에너지 공급사업 대행용역을 포괄적으로 위탁받은 것으로 보아 위 사업과 관련해 서울시로부터 지급받은 2008∼2012사업연도의 사업비(이하 “쟁점사업비”라 한다)를 청구법인의 익금에, 해당 사업비 중 집단에너지 공급사업을 위해 지출한 비용을 손금에 각 산입하여 법인세 과세표준을 재계산하며, 2009.3.17. 청구법인이 OOO도시개발지역 중심사업지 10,11,12 블록 상업용지 50,425.2㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)와 쟁점토지를 매매가액 OOO에 매매계약을 체결하고 계약시 계약금 OOO을 지급받고 잔금 OOO은 토지사용가능시기까지 전액 납부하기로 약정한 후 청구외법인이 1,2,3회분에 대하여 토지대금 OOO외 연부이자 및 연체이자를 포함한 OOO억원을 정상 납부하다 2011년 12월 5회 이후 해당분 분납채권에 대하여 청구법인이 자산유동화채권을 양도하면서, 채권양도 제외된 4회분 분납금액에 대한 약정이자 OOO(이하 “쟁점이자”라 한다)을 채권계상을 누락한 것으로 보아 2011사업연도분 약정이자 OOO을 익금에 산입하고, 청구법인 소유의 임대아파트를 운영하면서 2008∼2011사업연도 중 승강기 교체 등 7개 시설에 대한 자산적 가치를 증대시키는 지출에 해당하는 자본적지출 해당액을 수선비로 당기 비용으로 처리한 사실을 확인하여 수선비OOO로 비용계상한 자본적지출 해당액을 즉시상각의제 하여 당해 수선비 OOO백만원 중 OOO백만원을 손금 추인 후 OOO백만원을 익금에 산입하고, 청구법인이 2009～2012사업연도 중 서울시 및 OOO으로부터 사업 보조금 OOO백만원을 지급받아 청구법인 보유 임대아파트에 대하여 태양광발전장치를 설치하고, 위 보조금 OOO백만원을 금원으로 취득한 태양광 발전장치의 자산 계상 누락분에 대하여 익금산입하며, 청구법인이 택지를 개발하기 위한 각종 공사비(택지조성, 도로, 상하수도 등 간선시설, 전기, 통신, 조경 등의 공사비, 이하 “쟁점택지조성비”라 한다)와 공동주택건설용지로 지정된 용지에 대한 공동주택건설용역비(단지 토목공사, 건축, 전기통신, 조경 등의 용역비, 이한 “단지조성비”라 한다)에 대하여 각 공사별로 토목공사업체와 건설업체와 별도로 각각 계약하고, 택지를 지정용도로 사용하기 위한 쟁점택지조성비를「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제4항에서 규정하고 있는 국민주택건설용역 및 이에 부수되는 건설용역에 해당하는 것으로 보아 전체 택지조성비에 대하여 예정공동주택연면적 대비 국민주택과 국민주택초과 예정연면적으로 안분계산한 후 국민주택예정연면적에 대한 택지조성비에 대하여 건설업체로부터 세금계산서가 아닌 계산서를 수수한 데 대하여 국민주택건설용역에 해당하지 아니한다 하여 2008～2012사업연도분 법인세(매입처별계산서합계표 불성실가산세) 각 OOO억원(총 OOO억원)을 부과하는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2013.10.21. 청구법인에게 부가가치세 2008년 제2기분 OOO2009년 제1기분 OOO2009년 제2기분 OOO2010년 제1기분 OOO2010년 제2기분 OOO2011년 제2기분 OOO법인세 2008사업연도분 OOO2009사업연도분 OOO2010사업연도분 OOO2011사업연도분 OOO2012사업연도분 OOO을 각 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 청구법인의 임대주택 위탁관리 용역이 1회적 또는 1개 사업연도에 제공되는 것이 아님에도 임대주택 위탁관리 용역 손실액이 발생한 사업연도(2008∼2010사업연도)에 대해서만 그 대가가 시가에 부합하지 않는다는 이유로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 건 법인세를 부과하였는바, 이는 아래와 같은 이유로 부당행위계산부인 규정의 법리를 오해한 것으로 위법·부당하다.

(가) 손실이 발생한 사업연도의 용역제공만을 부당행위계산으로 볼 수 없다.

1) 청구법인은 서울시와 1996.9.30. ‘재개발임대주택 위탁관리계약’(이하 “최초계약”이라 한다)을 체결한 이후 현재까지 서울시가 소유한 재개발 임대주택의 관리용역을 제공하여 왔고, 동 계약 체결 당시 작성된 ‘재개발임대주택 위탁관리계약서’에 따르면 청구법인은 임대주택 관리용역제공에 대한 위탁수수료 명목으로 관리대상 임대주택 총 임대료의 30%(이하 “쟁점수수료”라 한다) 상당액을 수령하도록 명시하고 있는데, 이후 2002.12.31. 및 2007.3.31. 각 변경계약을 체결하였으나, 위탁수수료에 대한 변동사항은 없었다.

2) 청구법인이 서울시에 임대주택 위탁관리 용역을 제공함에 따라 발생한 청구법인의 연도별 손익 현황은 아래 <표1>과 같은바, 2007사업연도 이전까지는 비용을 훨씬 초과하는 위탁수수료를 수취하여 수익이 계속 발생했음에도 불구하고, 2007∼2010사업연도에 손실이 발생하였다는 이유만으로 손실이 발생한 사업연도만을 따로 구분하여 부당행위계산에 해당한다고 볼 수 없다.

<표1> 청구법인의 임대주택 관리용역 관련 연도별 손익현황

(단위 : 억원)

3) 해당 거래가 정상적인 거래인가의 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래당시를 기준으로 판단하여야 하는 것(대법원 97누15821 판결, 국세청 법인세과-378, 2009.3.31.)으로 이 건 임대주택 관리용역이 청구법인과 서울시 사이에 체결된 다른 위탁관리 용역과 마찬가지로 장기계약조건으로 체결된 것이므로 쟁점수수료는 이미 최초계약 체결 당시 청구법인과 서울시 사이에 다년간의 사업수행을 전제로 및 상호간의 협의를 통하여 결정된 것이다.

따라서, 쟁점수수료가 부당하게 낮은 가액인지 여부는 그 거래가액에 대하여 구체적으로 합의가 이루어졌던 최초계약 당시(1996.9.30.)를 기준으로 판단하여야 하고, 이러한 최초계약이 유효하게 존속되는 기간까지는 부당행위계산부인 규정의 적용에 있어서 동일한 판단기준이 적용되어야 한다.

4) 2차 변경계약을 체결한 목적은 장기전세주택의 명칭을 기재하는 등 일부 용어를 바꾸거나 잘못된 용어를 수정하는 경미한 사항을 개정한 것에 불과한 것으로서, 쟁점수수료 결정 또는 조정은 다루어지지 아니하였고, 청구법인의 경우 서울시를 상대로 장기계약조건으로 결정된 쟁점수수료(총 임대료의 30%)의 인상을 주장할 법령상 또는 계약상의 권리가 있지 아니하였는바, 위 2차 변경계약을 기준으로 부당행위계산여부를 판단할 수 없다.

5) 따라서 청구법인이 임대주택 위탁관리 용역을 공급하면서 10여 년간의 이익을 얻은 사실을 고려하지 아니하고, 그 기간 이후 손실이 발생하였다거나 손실발생이 예상된다는 정황만으로 청구법인이 저가의 요율로 용역을 공급한 것으로 볼 수 없다.

(나) 조세의 부담을 ‘부당하게’ 감소시킨 것으로 볼 수 없다.

1) 공공사업에 해당하는 서울시 임대주택사업의 특성상 쟁점 수수료의 변경은 서울시의 예산집행과 맞물려 있는 관계로, 10여년 이상 손실 없이 운영되던 사업에 대하여 추가적인 예산을 투입하기 위해서는 그러한 추가예산의 정당성에 대하여 서울시 의회와 시민단체 그리고 일반 서울시민의 공감대가 형성이 이루어진 이후에서야 서울시 의회의 승인을 거쳐 결정될 수 있는 사안이다.

2) 쟁점수수료는「지방공기업법」등 관계 법률에 따른 것으로, 청구법인과 서울시 사이에 체결한 최초계약서 제13조에 따르면 서울시는「지방공기업법」제71조 및 같은 법 시행령 제63조 규정에 의한 필요경비 등을 청구법인에 지급하는 것이며(제1항), 그 필요경비는 건설교통부장관이 고시하는 표준임대료 등에 의하여 산출된 가구당 임대료의 30%를 총가구수에 곱하여 산정하며(제2항), 또한 필요경비에는 같은 법 시행령에 따라 임대주택관리에 따른 임대차계약, 임대료 징수, 불법전대행위 조사, 시설물관리 등 인건비 및 제경비 등을 포함하는 것임(제3항)을 명시하고 있다.

이와 같이 청구법인과 서울시는「지방공기업법」등 관련법령에 근거하여 쟁점수수료를 결정한 것이므로, 이러한 가격의 결정방식이「지방공기업법」에 위배된다고 볼 수는 없는바, 국세청도 지방공사가 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우에 있어서 “지방공기업법 등 관계 법률과 당해 사업과 관련하여 체결한 위탁계약에 의하여 적법하게 이루어진 것인 경우에는 부당행위계산부인 규정을 적용하지 아니하는 것”(법인세과-3294, 2008.11.06.)으로 해석하고 있으며, 법인세법 기본통칙(52-88…3) 또한 “정부의 지시에 의하여 통상판매가격보다 낮은 가격으로 판매한 때”를 조세를 부당하게 감소시킨 것으로 인정되지 아니하는 경우로 예시하고 있다.

3) 2007년 이후 손실이 발생한 것은 수수료율이 시가보다 낮게 책정되었기 때문이 아니라 과세권자인 정부와 서울시가 서민주거정책의 일환으로 임대료를 물가수준에 맞추어 인상하지 아니하였기 때문인 점이 크게 작용하였기 때문인바, 이러한 점을 감안할 때 「지방공기업법」에 의하여 설립된 공공단체인 청구법인이 서울시와의 적법한 협의에 의해 쟁점수수료를 정한 것을 가지고 이를 부당하게 조세부담을 감소시킨 행위로 보아 부당행위부인 규정을 적용하는 것은 부당하다.

(2) 쟁점사업비는 청구법인의 용역공급의 대가로 지급받은 것이 아니므로 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다.

(가) 구「부가가치세법」(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제13조 제1항은 부가가치세의 과세표준을 ‘금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가’로 규정하고 있으므로, 부가가치세의 과세표준은 용역의 공급과 “대가관계”에 있어야 하는바, 공급 상대방으로부터 금전적 가치 있는 것을 수령한 경우 그것이 대가관계에 있는지 여부는 경제적인 관점에서 공급된 용역에 대한 반대급부적 성격이 있는지 여부에 따라 결정하여야 한다.

조세법률주의의 원칙상 과세대상 여부나 과세표준은 세법이 정한 바에 따라 결정되어야 하는 것이지 세법 안전성이나 다른 업체와의 형평 등을 이유로 세법 규정과 달리 결정될 수는 없다. 또한,「부가가치세법」은 부가가치세의 과세표준을 재화 또는 용역의 “공급에 대한 대가”로 명백히 규정하고 있으므로, 수탁사업의 사업비 중 부가가치세의 과세표준에 해당하는 부분은 제공된 용역과 반대급부의 관계에 있는 “대가”인지 여부에 따라 결정하여야 하고, “대가”여부는 개개의 업무위탁과 관련한 위탁협약서나 계약서 등의 구체적인 내용에 따라 살펴보아야 하는 것이므로, 각각의 위․수탁법률관계가 다르면 부가가치세의 과세대상이나 과세표준도 당연히 달라질 수밖에 없는 것인데도 처분청은 위탁업무의 경우 구체적인 법률관계에 있어서의 차이점을 무시하고 모든 위탁의 경우를 동일하게 취급하여야 하는 것처럼 주장하고 있는바, 이는 조세법률주의의 원칙에도 어긋난 것이다.

(나) 청구법인은 독자적 책임과 계산 하에 서울시로부터 집단에너지 공급사업을 수탁받아 영위한 것이 아니라 서울시의 책임과 계산 하에 집단에너지사업을 위한 관리 및 운영사무를 수탁받아 수행한 것일 뿐이다.

1)「집단에너지사업법」제9조에 의하면, 집단에너지 공급사업은 오직 산업통상자원부장관의 허가를 받은 자만이 영위할 수 있고, 이건 사업과 관련해 허가를 받은 당사자는 서울시이지 청구법인이 아니므로 청구법인은 집단에너지 공급사업자가 될 수 없으며, 집단에너지사업 조례 제2조도 서울시가 집단에너지사업의 시행자임을 명시하고 있다. 집단에너지사업 조례 제3조나 위·수탁협약 제3조도 위탁하는 업무를 집단에너지 공급사업 자체가 아니라, ‘사업의 운영 및 공급시설·운영시설의 관리’등과 같이 각 업무별로 구분하여 특정하고 있고, 위·수탁협약 제2조는 위탁기간 중 공급사업의 운영과 관련하여 취득하거나 생산한 일체의 재산도 서울시에 귀속되도록 정하고 있으며, 제7조에서는 위 사업의 매출액을 결정하는 요소인 열 요금 등의 결정권도 서울시에 속하도록 정하고 있고, 실제 아파트단지 등 열사용자와의 열 공급계약도 서울시 명의로 체결될 뿐 아니라 열 사용요금도 서울시 명의로 부과․징수되어 집단에너지 공급사업의 손익이 직접 서울시에 귀속되도록 되어 있는바, 이러한 점들에 비추어 볼 때, 청구법인이 집단에너지 공급사업 전체를 위탁받아 청구법인의 책임 하에 독자적으로 수행하는 것으로 볼 수 없다. 청구법인은 서울시로부터 집단에너지 공급사업의 운영에 관한 사무의 대행을 위탁받아 수행하였을 뿐이다.

2) 또한, 처분청은 청구법인이 청구법인의 계산 하에 사업비를 청구·지출하였다고 주장하나, 청구법인의 계산으로 보기 위해서는 거래에 따른 법률적 효과가 아닌 경제적 효과, 즉 손익이 청구법인에게 귀속되는 관계에 있어야 하는바, 위․수탁협약 및 업무처리지침에 의하면, 사업단은 매년 사업비를 예산으로 편성해 배정받고 있지만, 예산에 반영되었다고 해서 사업비를 확정적으로 지급받을 수 있는 것이 아니라 집단에너지 공급사업 운영과정에서 개개의 지출사유가 발생할 때마다 증빙자료를 첨부해 서울시에 청구해 받을 수 있을 뿐이고, 매 분기별 내지 매 사업연도마다 사업비를 정산해 남는 금액은 서울시에 반납하고 있으므로, 청구법인의 계산으로 사업비를 청구·지출하였다고 볼 수 없다. 따라서 쟁점사업비는 청구법인이 서울시에 공급한 용역의 대가에 해당하지 않으므로 청구법인의 익금으로 산입할 수 없다.

(3) 쟁점이자는 지연손해금으로서 그 수입인식 시기는 지급을 받은 날에 인식하는 것으로서, 미지급상태에서 매매계약이 해제되었기에 그 수입 시기는 도래하지 않았고, 도래할 수도 없다.

(가) 처분청은 쟁점이자를 장기연불계약에 따른 확정된 약정이자 채권으로 보아 이자수익으로 계상하였으나, 쟁점이자는 지연손해금으로 그 수익의 인식시기가 도래하지 않았다.

이 건 매매계약의 원칙적이고 주된 계약인 계약사항 제4조 제1항을 보면 청구외법인은 잔대금 OOO을 계약체결 후 60일까지 청구법인에게 지급하기로 하였으며, 단 토지사용 가능시기 전에 매매계약을 체결한 경우에는 잔금납부기한은 토지사용 가능시기에 청구법인이 통보한 기한 내에 납부한다는 단서규정을 두었다. 즉, 본래의 주된 계약내용은 계약시 계약금을 지급하고, 그 잔대금은 토지사용 가능일까지 납부한다는 것으로, 2009.9.30.까지 잔금 납부기한이었으나, 쟁점토지 위의 지장물 미처리로 인하여 토지사용이 사실상 불가하였음을 고려하여 그 하자가 치유되어 토지사용이 가능하게 된 2010.6.30.을 잔금 납부기한으로 변경계약을 하게 된 것이고, 분할납부약정을 하더라도 납부예정일전에 언제든지 할부잔금의 일부 또는 전부를 납부할 수 있도록 하여 원칙적인 계약상태를 유지하고 있다.

쟁점이자의 연부이자 기산일을 잔대금 납부기한의 다음날인 2010.7.1.로 하여 1회 분납금은 연부이자를 계상하지 않았던 것이고, 쟁점이자는 일반적인 장기연불계약에서의 연부이자와는 그 성질이 다른 것으로, 장기연불계약으로 본다면 매매계약 제4조 제1항의 원칙적인 계약은 할 필요 없이 애초부터 잔대금 지급기한을 분할하여 계약하고 그 연부이자 기산일을 계약일의 다음날로 하여 1회 차부터 산정하였을 것이기 때문으로 청구법인 또한 1,2,3회 분납 연부이자를 부동산 양도매출로 보지 아니하고, 연체료 수익으로 회계 계상하였던 것이다.

따라서 쟁점이자는 외형상 장기연불계약의 연부이자와 유사하지만 실질은 매수인의 요청에 따라 대금의 잔금지급을 연장하여 준데 대한 보상내지 반대급부 성격의 지연손해금이라 할 것이다.

(나) 지연손해금은「소득세법」상 기타소득에 해당하므로 그 수입 인식시기는 지급을 받은 날에 인식하는 것이다.

「법인세법」제70조(이자소득 등의 귀속사업연도)에 의하면 법인이 수입하는 이자의 익금 귀속사업연도는「소득세법 시행령」제45조에 따른 수입시기에 해당하는 날을 해당 사업연도의 수익으로 계상한 경우 그 계상한 사업연도의 익금으로 한다고 규정하고 있음. 일반적으로 부동산의 매도인이 그 매매계약의 이행단계에서 매수인에 대하여 대금지급기일을 연장하여 주고, 그 반대급부로서 매수인으로부터 지연손해금으로 추가로 지급받는 금액은「소득세법」제21조 제1항 제10호에서 규정하는 기타소득에 해당하는 것이고, 그 매매대금이 실질적인 소비대차의 목적물로 전환되어 이자가 발생한 경우에만 그 이자가「소득세법」제16조 제1항 제12호에서 규정하는 이자소득인 비영업대금의 이익에 해당할 것(대법원 2000.9.8.선고 98두16149 판결 등 참조)이나, 이 건은 청구외법인의 매매잔대금 지급채무가 완전히 소멸하고 순수한 소비대차채무만이 남았다고 볼 수 있는 소비대차계약이 없었는바 비영업대금의 이익으로는 볼 수 없다.

따라서 쟁점이자는 지연손해금으로「소득세법」상 기타소득에 해당하고, 그 수입인식 시기는 쟁점이자를 지급받는 날에 인식하는 것이므로, 이를 지급받지 않은 이 건에 있어 수입시기가 미도래하여 익금산입할 이자수익은 없다.

(다) 쟁점토지의 매매계약은 매수인의 잔대금 지급지연으로 인해 사실상 계약해제 되어 매매계약의 효력이 소급하여 상실되었으므로, 쟁점토지의 공급을 전제로 이자수익이 발생하였다고 보고 쟁점이자를 익금 산입하여 과세한 처분은 부당하다.

청구법인은 2013.7.1. 청구외법인의 자산담보화기업어음(ABCP) 만기가 도래하여 지급보증으로 인한 1,2,3회 분납금 합계 OOO억원을 OOO은행에 대신 상환하였으며, 자산유동화 채권 OOO억원은 이미 2013.1.31. 상환을 완료하였기에 청구법인은 매매계약서 제12조 제1항 및 제5항 규정에 따른 쟁점토지 매매계약 해제권이 발생하였고 사실상 매매계약은 곧바로 해제되었다. 부동산에 대한 매매계약을 체결하면서 양수인이 잔대금지급채무를 이행하지 아니하는 등으로 양도인이 매매계약을 해제하거나 해제조건이 성취되었다면, 위 매매계약은 그 효력이 소급하여 상실되어 양도가 이루어지지 않는 것이 되므로 이 건 과세요건의 전제인 자산의 양도가 있다고 볼 수 없는바, 이를 터 잡아 이에 대한 이자수익을 익금산입 과세한 처분은 위법하므로 취소되어야 한다(대법원 1989.7.11. 선고 88누8609판결, 1985.3.12. 선고 83누243 판결 등 참조).

(라) 쟁점이자는「법인세법」상 권리의무확정주의 및 기업회계기준의 수익의 인식기준에 의하더라도 손익의 귀속시기가 도래하지 않았다.

1)「법인세법」상 권리의무확정주의에 의하면 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득의 원인이 되는 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 익금이 확정되었다고 할 수 없다 할 것이다. 쟁점이자에 대한 권리의 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되어 있어야 할 것이나, 1,2,3회 중도금 모두 청구법인의 지급보증으로 ABCP를 발행하여 상환하다가 결국에는 만기시까지 미변제로 청구법인이 그 지급을 완료하여 본 건 계약이 해제하는 단계에 이르렀는데, 4회분납금 납부예정일 당시 이미 청구외법인은 건축경기 악화와 사업수지 악화로 투자금을 유치하지 못해 독자적인 사업수행 능력이 전혀 없는 상태였고, 청구법인 또한 쟁점토지 매매대금을 지급받지 못할 것이라는 예측이 충분히 가능하였으므로 쟁점이자에 대한 권리의 실현가능성은 매우 낮았다고 보아야 한다.

2) 또한 기업회계기준의 수익 인식기준에 의하면, 이자의 수익은 수익금액을 신뢰성 있게 측정 할 수 있고 경제적 효익의 유입 가능성이 매우 높은 경우에 인식하는 것이나, 쟁점이자에 대한 경제적 효익의 유입 가능성 또한 매우 낮아 도저히 수익으로 인식할 수 없다 할 것이다.

따라서 쟁점이자는「법인세법」상 권리의무확정주의 및 기업회계기준의 수익인식기준에 의하더라도, 그 손익의 귀속시기가 도래하지 않아 수익으로는 인식할 수 없다 할 것이다.

(4) 처분청은 청구법인의 주택임대사업과 관련하여 지출된 수선유지비 및 노후시설환경개선비 등 비용으로 계상한 수선비 중 자본적 지출해당액을 익금 산입하였으나 아래와 같은 이유로 이는 수익적 지출에 해당한다.

(가) 청구법인이 2010.8.13. OOO임대아파트의 난방방식을 중앙난방에서 개별난방으로 전환 시 설계용역 관련 비용으로 지출된 금액OOO은 용역비이고 소액으로서 자본적 지출로 볼 것이 아니라 수익적 지출로 보아야 한다.

(나) 청구법인이 2009년 OOO외 25개 곳에 경비실을 설치하였고, 동 설치비 OOO은 내용연수의 연장과 관계없는 수익적 지출에 해당한다.

(다) 공예촌 조성비 OOO은 서울시의 “OOO지역 전통문화 보존 육성계획”의 일환으로 OOO(화장실 방수공사, 도장 공사 등)로 지출되어 수익적 지출에 해당된다(국세청 심사소득99-0722, 2000.3.10. 참고).

(라) 관리사무소 설치비 OOO은 2009～2010년 사이 3곳에 경비실 설치공사와 마찬가지로 큰 금액도 아닌 소액으로서 내용연수의 연장과 관계없는 수익적 지출에 해당된다.

(마) 사회복지관 증축비 OOO외 9곳(2010년 7곳, 2011년 2곳)에 노인정, 노후시설 환경개선 등에 지출된 비용으로 수익적 지출에 해당되며, 특히 OOO2010.12.24. 지출 OOO2010.6.4. 지출 OOO2010.12.24. 지출 OOO2010.12.28. 지출 OOO2011.6.30. 지출 OOO본사 2011.7.27 지출 OOO은 소액으로 수익적 지출로 봄이 타당하다.

(바) 승강기 교체비 OOO외 11곳(2008년 7곳, 2010년 4곳)에 노후 승강기의 부품 교체비 등에 지출된 경비로 승강기 능률유지를 위하여 감모된 부속품을 교체․보충하는 정도의 수준에 불과하므로 수익적 지출에 해당되며, 특히 OOO2008. 10.14. 지출 OOO과 OOO2010.1.5. 지출 OOO2011.12.30. 지출 OOO은 소액지출금액으로 수익적 지출로 보아야 한다.

(사) 조경시설물 설치비 OOO은 2009사업연도에 OOO외 33곳에 조경시설 등(파고라 교체, 산책로 설치, 나무식재 등 녹지경관 조성, 자전거 보관대 설치, 어린이 놀이터 시설 개선, 배수 시설 등)에 소요된 금액으로 수익적 지출 금액에 해당되며, 특히 아래 <표2> 중 지출금액 OOO은 소액으로서 수익적 지출로 보아야 한다.

<표2>

(단위 : 원)

(5) 청구법인은 서울시 등으로부터 보조금 수령시 예수금(부채 계정)으로 잡고, 지출시 예수금 감소(부채 감소․현금 지출)로 처리하여 손익에 영향이 없고, 처분청이 보조금을 수익으로 익금에 산입한다면 이에 대응되는 비용(태양광발전설치 비용)도 인정되어야 한다.

(가) 처분청은 청구법인이 위 보조금을 수령하여 자산자체를 계상누락 하였으므로 자산누락으로 익금 산입함이 타당하다는 의견이나, 자산(현금)과 부채(예수금․가수금 등)를 동시에 누락하였으므로 익금만 산입함은 부당하고(손금가산도 해주어야 함), 또 보조금은 지출되어(설치되어) 회사자산에서 각자의 소유(태양광 설치자)로 되었으므로, 지출시점에 손금 산입되어야 함이 타당하다.

(나)「법인세법」제36조 제1항의 규정과 국세청 서면심사2팀-1741(2007.9.21.) 예규에도 국고보조금 중 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금은 손금에 산입하라고 되어 있음에 비추어 볼 때 이 건도 손금가산 시켜 주어야 한다.

(다) (예비적 청구) 처분청이 국고보조금을 익금에 산입할시 차변에 태양광 발전설비로 유형자산을 계상하였으므로, 익금에 산입할시 4년의 내용연수를 적용하여 해당되는 감가상각비를 차감하였어야(일종의 일시상각으로 보아)함에도 익금에만 산입한 이건 처분은 부당하다.

(6) 국민주택건설과 관련된 부대시설 및 복리시설인지 여부의 판단은 해당 ‘국민주택건설에 있어 필수적으로 수반되는 시설인지 또는 사업지 내 입주자들이 공동으로 이용할 시설인지 등’을 기준으로 하여야 하고, 택지개발지구는 유상공급면적(주택 및 상가용지 등), 공공시설용지(공공청사, 종교시설, 교육시설 등), 무상공급면적(도로, 공원, 녹지, 하천, 사회복지시설 등)으로 이루어지는 것이므로, 개별적인 단지의 안이냐 밖이냐는 본질적인 기준이 될 수 있다.

단지 내에 국민주택규모와 국민주택초과규모가 혼재․사용된 경우 단지 내의 도로, 공원, 녹지, 하천 등의 무상공급면적 중에서 국민주택규모의 면적이 총 유상공급 면적에서 차지하는 비율에 해당하는 만큼은 부가가치세 면제대상으로 보아야 할 것이므로 OOO등 주택건설용역 전 택지조정비에 대하여 개방예정비율(국민주택건설예정비율)로 안분 계산하여 국민주택면적비율에 대하여는 계산서를 교부하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 시가보다 낮은 가액으로 임대주택관리용역을 제공한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분이 부당하다는 청구주장에 대하여

(가) 부당행위부인 규정의 적용 요건

서울시는 청구법인에 100% 출자하여 특수관계자에 해당하고, 청구법인은 서울시에 임대 주택 관리 용역을 제공하면서 2007년부터는 실제 발생 비용에 미달하는 대가를 서울시로부터 수령함으로써 손실 발생한 것으로, 임대 주택이 노후화되고 이에 대한 수선비 등이 급증하여 지속적으로 손실액이 크게 증가함에도 서울시가 부담하여야 할 비용을 공사가 부담하여 손실을 초래하고 조세의 부담이 부당하게 감소되었는바 이는 경제적 합리성이 무시된 행위이고, 조세부담을 부당히 감소시킨 것이라 함은 거래 형태를 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것이어서 조세법적 측면에서 부당한 것이라고 인정되는 경우를 말하는 것이므로 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 부당행위 계산에 해당하는 것은 아니다(조심 2010서0776, 2011.06.30. 외 다수, 같은 뜻임).

(나) 손실이 발생한 특정 사업연도만을 기준으로 부당성 여부를 판단할 수 있는지

1)「법인세법 시행령」제88조 제2항에서는 ‘그 행위 당시’를 부당행위 판단시점으로 하도록 규정하고 있고, 부당행위계산부인 대상이 되는 시점에서의 계약은 2007년에 체결된 3차 계약(2차 개정)분이므로 부당행위 계산의 판단시기는 2007년으로 보아야 한다. 청구법인은 2007년 2차 변경계약은 단순히 용어 등만을 수정한 계약으로 수수료 결정 및 조정과는 무관한 사항이므로 최초 계약 당시를 기준으로 부당행위를 판단하여야 한다고 하나, 청구법인의 내부 문건 내용을 살펴보면 청구법인은 2006.11.17. 서울시에 수수료 증액을 요청하였고, 2007.2.12. 운영 계획 제출시 건의사항으로 서울시에 재차 요청한 사실이 확인되는 것으로, 이는 청구법인이 이미 임대주택수탁관리 사업에서 손실이 발생할 것임을 인지하고 이를 개선하려 하였으나, 서울시는 명확한 답변을 하지 않았고, 이에 대해 청구법인은 더 이상의 특별한 조치를 취하지 않았으므로 이는 부작위에 의한 부당행위에 해당하고, 추후 지속적으로 손실이 증가할 것을 충분히 예측하고 있었으므로 2007년 2차 개정시 수수료 변경 계약 등 적극적인 조치가 이루어졌어야 경제적 합리성을 가질 것이다.

2) 청구법인은 1996년 서울시와 위·수탁계약서 체결 후 10여 년간 계속적으로 이익이 발생하다가 2007년부터 손실이 발생하였으며 이에 대해 2010년 계약변경을 통해 이를 개선하였다고 주장하나, 부당행위 계산의 부인은 손익발생여부로 판단하는 것이 아니고, 특수관계자와 거래를 함에 있어 경제적 합리성을 무시하여 조세의 부담을 부당히 감소시켰다면 부당행위계산부인 대상이 되는 것이다.

3) 특히 청구법인은 2009.11.27. 2009회계연도 감사기관인 OOO으로부터 청구법인이 2차 변경계약을 변경하지 아니한 채 서울시로부터 이 건 용역의 기본비용에도 미치지 아니하는 금원을 지급받고 서울시에게 이 건 용역을 계속하여 제공할 경우 위와 같은 용역의 제공이 부당행위계산 부인에 해당하여 법인세를 추가 부담할 수 있는 바, 2차 변경계약을 변경하여 이 건 용역에 대한 적절한 보수를 지급받을 것을 권고하기도 하였다.

(다) 쟁점수수료는 정상적인 방법으로 결정된 것이므로 부당행위계산 부인 대상이 아니라는 주장에 대하여

1) 청구법인은 쟁점수수료가「지방공기업법」에 근거하여 서울시와 협의하여 결정한 가격으로 부당한 근거가 될 수 없다고 하나, 청구법인의 내부문건 내용과 같이 청구법인은 2006년·2007년 두 차례에 걸쳐 수수료 증액을 서울시에 요청하였고 이에 대해 서울시에서는 명확한 답변을 하지 않았고, 추후 청구법인은 더 이상의 특별한 조치를 취하지 않은 사실로 볼 때 이는 쌍방이 통상적인 시가로 협의한 것이라 볼 수 없다.

2) 청구법인은 관련 법령에서는 지방자치단체 등이 부담하여야할 비용의 항목만을 규정하고 관련경비 및 대행수수료의 구체적인 책정방법을 별도로 규정하고 있지 않으므로 서울시와 청구법인이 협의에 의해 쟁점수수료를 책정한 것은「지방공기업법」에 위배된 것이 아니라고 주장하나, 서울특별시 OOO설립 및 운영에 관한 조례 제27조를 살펴보면 지자체에서 부담하여야 하는 경비로「지방공기업법 시행령」제63조에 따른 경비를 명시하고 있고, 그 경비 항목 중 하나인 대행수수료의 산정은 별표를 따르도록 하고 있고, 지자체가 대행사업의 경비를 지급하는 경우 청구법인은 자금집행계획을 수립하여 제출하여야 하고 지자체는 이 자금을 우선적으로 지급하도록 명시하고 있다.

3) 관련 법령에 의하면 지자체는 공사로부터 대행사업에 관한 자금집행계획을 공사로부터 제출받아 이 자금을 공사에 지급하여야 하는 것이며, 이 때 여러 관련 비용 항목 중 대행수수료 부분은 협의를 통하여 정하는 것으로, 서울시와 청구법인과의 계약에서 정한 필요경비는 실제 발생한 비용과 대행수수료를 합하여 산정하여야 하나, 구체적인 근거 없이 총 임대료의 30%로 정하고 있고, 내부 문건 내용과 같이 통상적인 시가에 대한 협의를 거쳐 이루어진 것도 아니므로 관련 법령에 위배된 계약이라 할 수 있다.

4) 관련 법령에 위배된 계약일 때 통상적인 시가는 지자체 등에서 일정 사업을 대행시킬 경우 그 수탁자가 누구인지 불문하고 「지방공기업법」등 법률에서 정한 지자체의 부담액을 통상적인 시가로 보아야할 것으로, 따라서 이 건에서는 청구법인의 수탁 사업 수행 과정에서 실제 발생한 비용 상당액을 시가로 보아야 한다.

(2) 쟁점사업비는 청구법인의 용역공급의 대가로 지급된 것이므로 아래와 같은 이유로 부가가치세의 과세표준에 포함되고 법인세 익금에 해당된다.

(가) 청구법인의 집단에너지 수탁관리용역은 집단에너지 공급시설의 위탁업무 전반을 포괄적으로 수탁 받았고 청구법인의 책임과 계산으로 직접 운영하면서 위탁사업비를 청구․지출하고 별도 대가인 위탁수수료를 받고 있으므로 단순지출대행으로 볼 수 없다. 당해 위탁관리계약은 재료비, 건설비, 인건비 등에 대하여 개별적으로 위탁계약을 체결한 것이 아닌 집단에너지공급사업 업무전반에 대한 포괄위탁 관리계약으로, 협약서 제3조(위탁의 범위)에 따르면, 서울시는 조례 제3조 제2항에 정한 공급사업의 업무를 청구법인에게 위탁하여 시행하게 하고, OOO는 위탁받은 업무의 시행전반에 관하여 책임을 진다.”고 규정되어 있으며, 조례 제3조 제2항에 보면 위탁업무의 범위를 ① 에너지공급시설의 기본설계, 실시설계, 시공 및 감리 ② 집단에너지 공급사업의 운영 및 그 시설의 관리 ③ 시설분담금, 열 요금 등의 징수업무로 규정하고 있어 공급사업 전반에 대한 위탁용역임을 알 수 있음. 재료비의 경우 에너지공급을 위하여 소요되는 비용이며, 건설비 또한 시설의 관리를 위한 복구비, 시설설치공사 비용으로 위탁업무범위에 해당됨을 알 수 있으며, 위탁수수료를 감안하지 않고 해당 비용이 서울시에서 실비로 정산된다는 이유만으로 단순 지출대행에 따른 용역의 대가에 해당되지 않는다는 것은 타당하지 않다.

(나) 청구법인은 위탁조례 제3조 제2항 및 협약서 제3조에 따라 집단에너지 공급시설의 설계, 시공 및 감리, 사업의 운영 및 시설관리, 시설분담금, 열요금 등의 징수 등 공급사업의 업무를 포괄적으로 수탁 받아 매년 위탁받은 업무와 관련하여 시설관리․운영계획서, 건설계획서등 사업계획서 및 예산서를 매 회계연도마다 수립 작성하여 서울시에 제출토록 하고 있으며(위탁조례 제4조 제2항 및 협약서 제8조 제1항), 공급사업의 경영개선을 위해 지속적으로 노력하고 매 회계연도 개시 후 경영개선계획을 포함한 사업시행계획서를 제출하도록 하고 있음(협약서 제8조 제2항). 2013년도 주요 사업계획서를 보면 청구법인의 사업단이 자체적으로 경영 성과를 평가하고 집단에너지 공급사업 확대 및 LNG 등의 연료 구입비 절감을 위한 사업을 추진하고 있는 등 단순 지출대행이 아닌 집단에너지 공급사업을 수탁 받아 사업을 직접 수행하고 있음을 알 수 있다.

(다) 청구법인이 수행하는 집단에너지 공급사업에 대한 위․수탁관리용역은 정부 출연금 지원없이 서울시로부터 자재비․인건비․경비를 받고 해당 사업비 외에 인건비와 경비 합계액의 3%에 해당하는 수수료를 지급 받고 있으므로 해당 사업과 관련하여 소액이지만 이익이 발생하고 있다.

(라) 청구법인이 공익법인에 해당되는지 여부에 대한 질의(부가46015-354, 2003.5.7.)에 대하여 기획재정부(재소비-288, 2004.3.15.)는 "OOO(청구법인)는「부가가치세법」제12조 제1항 제16호(현 제17호) 및 같은 법 시행령 제37조 제1호에서 규정하는 주무관청에 등록된 종교․자산․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체에 해당되지 않는 것"으로 회신한 바 있다. 이와 같이 청구법인이 수행하는 집단에너지 공급사업에 대한 수탁관리용역은 단순 지출대행사업으로 볼 수 없으며, 일부 이익이 발생되는 것으로 보아 실비 변상적 사업에도 해당되지 아니한다.

따라서 청구법인의 집단에너지 공급사업에 대한 수탁관리용역은 부가가치세가 면제되지 아니하는 과세사업으로 보아야 하는 것이며 위․수탁관리계약에 따른 위탁수수료를 포함한 사업비 전체가 과세표준으로 보아야 할 것이다.

(마) 국세청 예규에서 관련 집단에너지 공급시설 수탁관리용역에 대하여 위탁수수료를 포함한 위탁관리비 전체에 대하여 부가가치세 과세에 해당된다고 일관되게 회신하고 있으며, 청구법인 이전 수탁관리법인인 OOO또한 위탁관리비 전체에 대하여 부가가치세를 신고하였다.

청구법인이 집단에너지 공급사업에 대한 위․수탁 업무를 수행하기 전인 1999.2.28.까지 위․수탁업무를 수행한 OOO의 질의를 통해 재료비를 포함한 사업비 전부(확정위탁금액과 정산위탁금액)에 대하여 부가가치세를 신고함이 타당하다는 회신(부가 46430-161, 1999.1.20.)을 한 사실이 있으며, 위탁수수료를 포함한 위탁관리비 전체에 대하여 부가가치세 과세에 해당된다고 일관되게 회신하고 있으며, 최근 유사사례 대법원 판례에서도 부가가치세 과세에 해당된다고 판시하고 있다. 아울러, 청구법인 이전 수탁관리법인인 OOO또한 위탁관리비 전체에 대하여 부가가치세를 신고하였다.

(3) 지급받지 못한 OOO용지매매대금의 연부이자를 손익인식 시기가 도래한 이자수익으로 볼 수 있는지 여부에 대하여

(가) 쟁점이자는 지연손해금이 아닌 용지매매대금 채권의 지급일을 장기분할납부 형태로 연장하면서 발생된 이자로서, 동 이자는 민법상 주·종물 이론에 따른 용지매매대금 채권에 속하는 것으로 아래와 같은 이유로 채권 미계상에 대한 익금 산입함이 타당하다.

1)계약서상 용지공급대금 분할납부약정 내역은 매매대금을 매출인식 완료시점인 사용승인일까지 납부토록 규정하면서, 일시상환이 어려워 쌍방 합의하에 용지매매계약서 제4조(대금지급기일)의 제2항을 통해 매매대금 수취를 연부형태로 연장하면서 이자를 산정하여 납부토록 한 것이다.

2) 청구법인은 쟁점이자의 성격을 지연손해금으로 보아 이에 대한 손익귀속 시기를「소득세법」상 기타소득의 수입인식기준인 현금 지급받은 날이라고 주장하나, 지연손해금이라 함은 채무불이행으로 인한 손해배상액(서울행정법원 2009.9.9. 선고 2009구합12440 판결, 참조)을 말하는 것으로, 대금 약정일까지의 연부이자와는 관련없는 내용이며, 청구법인은 거주자를 대상으로 하는「소득세법」을 근거로 삼은 것으로 이 건의 경우 법인에 대한 것이므로 준거 법률이 타당하지 아니하고, 쟁점이자는 청구법인의 용지매매대금의 분할납부시 연부 기간에 대한 이자로, 외상매출금이나 미수금의 지급기일을 연장하여 주고 추가로 지급받는 금액으로서 그 외상매출금이나 미수금이 소비대차로 전환된 것이 아닐 경우 이를 이자소득으로 보지 않도록 규정되어 있는바「민법」상 주물·종물 이론에 의하면 종물은 원본에 의존하는 성질 즉, 부종성 혹은 종속성을 가지는 것이므로 외관은 이자이나, 이는 청구법인이 분할 수령할 용지매매대금 채권의 원본에 포함되는 별도의 채권으로 봄이 타당하다(조심 2011구3137, 2011.11.3. 같은 뜻임).

3) 법인세법상 손익의 귀속 시기는「법인세법」제40조의 규정에 따라 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정되어 있으므로 권리의 확정 시점이 언제인지가 중요한바, 쟁점이자에 대한 권리·의무가 확정시기에 대하여 살펴보면, 쟁점 연부이자는 용지매매대금계약서 별지 상 용지매매대금 분할 납부금액 중 4회 분납금에 대한 연부이자로써 별지 상 납부약정일로 명시된 2011.12.31. 연부이자 수취에 관한 권리가 확정되었다고 봄이 타당하다.

용지매매대금계약서 제10조(목적용지의 사용승낙) 제2항에서 “을(청구외법인)의 출자자들은 제1항에 의한 “을”의 토지사용승낙 요청시 “을”의 토지매매대금, 지연손해금 및 할부이자 납부 의무에 대하여 출자지분별로 보증하며, 이 경우 지분산정은 “을”의 지분 중 “갑”(청구법인)을 제외한 “컨소시엄” 지분의 합이 100이 되는 것으로 한다.”고 규정되어 있고, 청구외법인의 출자자들이 OOO(25%), OOO(12.98%), OOO 건설(9.89%), OOO건설(9.58%), OOO(7.55%), OOO은행(7.55%), OOO은행(7.55%)등의 대기업들로 이루어진 점으로 보았을 때, 연부이자에 해당하는 채권의 실현 가능성에 상당히 높은 정도로 성숙 확정된 것으로 봄이 타당하므로 쟁점이자 납부약정일 2011.12.31. 연부이자 해당 채권의 권리가 확정되었다고 보아야 할 것이다.

4) 따라서 쟁점이자는「민법」상 주·종물 이론에 따른 원본 채권에 가산할 별도의 채권으로서, 용지매매대금 계약서의 별지상 제4회 분납금 납부약정일(2011.12.31.)에 채권의 권리가 확정된 것이므로 2011사업연도에 동 채권액을 익금 산입하여 과세한 처분은 정당하다.

(나)「법인세법」은 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여 권리·의무 확정주의 및 수익·비용 대응의 원칙을 채택한 것으로 계약이 해제됨에 따른 소급효가 있다고 하더라도 해제일이 속하는 사업연도에 계약해제로 인한 손비와 수익을 손금 및 익금에 산입해야 하는 것이다(서울고등법원 2013.5.3.선고 2012누3165판결, 같은 뜻임).

1)청구법인은 쟁점토지의 매매계약이 매수인의 잔대금 지급지연으로 인해 사실상 계약해제되어 매매계약의 효력이 소급하여 상실되었으므로 쟁점토지의 공급을 전제로 이자수익이 발생하였다고 볼 수 없고, 쟁점이자는「법인세법」상 권리의무확정주의 및 기업회계기준의 수익의 인식기준에 의하더라고 손익의 귀속시기가 도래하지 않았다고 주장하나, 법인세는 각 사업연도의 소득에 대하여 부과하는 기간과세로서, 사업연도가 과세소득의 시간적 단위가 되어 과세단위를 구성하고 일정 기간에 있어서의 순자산증가를 소득이라고 보아，당기에 속하거나 속하게 될 수익에서 당기에 속하거나 속하게 될 비용을 공제하여 당기의 손익을 산정함과 아울러, 기초의 순자산과 기말의 순자산을 비교하여 재산증감에 따라 손익을 계산하는 것이며 각 사업연도의 소득계산에 있어서는 사업연도 독립의 원칙이 적용되어 전기의 손익은 당기의 손익에 반영할 수 없음이 원칙이다.

2) 계약이 해제되면 그 계약은 소급적으로 효력을 상실하고，당사자는 각기 상대방에 대하여 원상회복 의무를 부담함. 따라서 청구법인이 토지를 매출하였다가 그 매출 계약이 해제된 이 건의 경우 청구법인은 원상회복에 따라 상대방으로부터 지급받았던 매출채권을 그에게 반환하고，상대방에게 매출하였던 토지를 그로부터 반환받게 되는 것인바 위와 같은 원상회복에 있어서，과거에 계약이 체결되었다는 사실 자체에는 변함이 없고，그 계약체결 후 계약해제라는 사건이 새로이 발생한 것이므로，계약 해제에 소급효가 있다고 하더라도 원상회복에 따라 위와 같이 상대방으로부터 지급받았던 대금을 반환하는 것은 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생한 손비로서 손금에 해당하고，매출하였던 토지를 반환받는 것은 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익으로서 익금에 해당하고, 손금 및 익금은 모두 계약해제가 이루어진 때에 원상회복으로서의 권리·의무가 확정된 것이므로，법인세법이 채택한 권리·의무 확정주의와 수익·비용 대응원칙에 따라，그 손금 및 익금의 귀속사업연도는 계약해제가 이루어진 날이 속하는 사업연도로 보아야 할 것이다(서울고등법원 2013.5.3. 선고 2012누3165 판결 같은 뜻임).

(4) 청구법인이 수선비 계정으로 비용 계상한 내용에 대하여 아래와 같이 각 항목별로 검토한 바, 이는 자본적 지출에 해당한다.

(가) 개별난방 전환 지출비 OOO은 임대아파트 단지의 난방방식을 중앙난방에서 개별난방 방식으로 교체하는 공사와 관련한 설계용역 관련비용으로, 공사의 내용을 보면 배관·보일러·주변기기 등을 철거하고 전면 재설치하는 것으로「법인세법 시행령」제31조 같이 감가상각자산 취득 비용이고 동 시행령 동조 제3항에도 해당하지 않아 이는 자본적 지출에 해당한다.

(나) 경비실 설치비 OOO은 임대아파트 단지 내 통합경비실 설치와 관련한 지출(설치공사·전기공사· 설계 등)로서 아래 <표3>과 같이 결산 처리되었다.

<표3> 통합경비실 설치관련 비용 현황

(단위 : 천원)

위 처리 현황과 같이 2010·2011년에는 동일 사안에 대해 자본적지출로 처리하였으나 2009년에는 당기 비용으로 처리하였으며, 통합경비실 설치는 새로운 시설을 설치하는 것이므로 자본적 지출에 해당된다.

(다) 공예촌 조성비 OOO은 OOO을 조성하는 공사와 관련한 지출로, 본 공사는 지하 1층, 지상 5층 및 옥탑의 철근콘크리트조 건물을 새로이 짓는 공사로 이와 관련한 지출은 자본적 지출에 해당된다.

(라) 관리사무소 설치비 OOO은 청구법인의 회계프로그램 상에서 추출된 전표 상 적요사항과 같이 청구법인 소유 임대아파트 중 OOO아파트의 관리동 증축공사와 관련한 지출로 이는「법인세법 시행령」제31조 규정과 같이 임대아파트의 감가상각자산 증축과 관련한 지출이며, 동 시행령 동조 제3항에도 해당하지 않아 자본적 지출에 해당된다.

(마) 사회복지관증축비 OOO은 임대아파트 단지 내 사회복지관 증축 공사와 관련한 지출로서 아래 <표4>와 같이 결산 처리되었다.

<표4> 사회복지관 증축 관련 비용 현황

(단위 : 천원)

위 처리 현황과 같이 2011년에는 동일 사안에 대해 자본적지출로 처리하였으나, 2010년에는 당기 비용으로 처리하였으며 청구법인의 회계프로그램 상에서 추출된 전표 상 적요사항과 같이 공사 소유 임대아파트 중 OOO임대아파트의 사회복지관 증축 공사와 관련한 지출로, 이는「법인세법 시행령」제31조 규정과 같이 임대아파트의 감가상각자산 증축과 관련한 지출이며, 같은 법 시행령 같은 조 제3항에도 해당하지 않아 자본적 지출에 해당된다.

(바) 승강기 교체비 OOO은 청구법인의 회계프로그램 상에서 추출된 전표 상 적요사항과 같이 공사 소유 임대아파트 중 OOO외 5개 단지의 승강기 교체 및 성능개선 관련 지출로서 이는 내용연수의 증가 및 자산 가치를 증가시킨 것으로, 이는「법인세법 시행령」제31조 규정과 같이 임대아파트의 감가상각자산 증축과 관련한 지출이며, 동 시행령 동조 제3항에도 해당하지 않아 자본적 지출에 해당된다.

(사) 조경시설물 설치비 OOO은 청구법인 소유 임대아파트 내부의 조경시설물을 구매·설치하거나 조경시설 개선공사와 관련한 지출로서 세부내역은 조경수 식재, 어린이 놀이터 시설 설치, 조경석 등 설치 등의 내용인바, 이는「법인세법 시행령」제31조 규정과 같이 임대아파트의 감가상각자산 증축과 관련한 지출이며, 동 시행령 동조 제3항에도 해당하지 않아 자본적 지출에 해당된다.

(5) 청구법인은 시 보조금을 반대급부 없이 수취한 이후 동 금액을 청구법인 소유의 임대 아파트에 태양광 발전장치를 설치하였는바, 동 발전장치는 그 자체로 자산적 가치가 있는 유형자산에 해당되며, 또한 동 시설 설치로 인하여 해당 아파트의 에너지효율화를 꾀할 수 있게 되어 아파트의 자산적 가치를 증가시키게 됨. 따라서 이를 별도의 업종별 자산으로 회계처리 하거나, 해당 아파트의 자본적 지출로 보아 해당 아파트 자산가액을 증액시켜야 함이 타당함에도 예수금 계상 후 반제하는 형식의 회계처리를 함으로써 해당 기말 결산서상 발전장치 취득가액 해당액의 자산이 계상 누락된 사실이 확인되었다.

또한「법인세법」상 일시상각충당금 손금산입은 국고보조금의 익금산입에 따른 일시적 세부담을 완화하기 위한 규정으로서「법인세법」제36조(국고보조금등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입)의 규정에 의거 관련 법률에 따른 보조금을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도 또는 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 사업용 자산을 취득하는 경우를 손금산입 요건으로 정하고 있는데 반하여, (동 규정은 자산 취득 후 장부상 자산 계상함을 전제로 한 것임) 청구법인은 보조금을 금원으로 취득한 자산을 장부상 자산으로 계상하지도 않았으므로 일시상각충당금의 손금산입 대상에 해당되지 아니하며, 청구법인은 보조금을 예수금으로 부채 계상 후 태양광 발전장치 취득을 위한 출금 시 부채 차감한 상황이므로 태양광 발전장치라는 유형자산을 장부상 자산 계상 누락한 것인바,「법인세법」상 감가상각비는 결산조정사항으로서 법인이 해당 지출액을 자산으로 계상한 이후 해당 감가상각비를 비용으로 계상한 경우에 한하여 비용으로 인정하는 항목이므로 자산 계상 대상 해당액을 자산으로 계상하지도 않은 상황에서 자산 계상 누락분에 대한 감가상각비를 손금으로 직권 손금 산입 할 수 없는 것으로, 법인세법에서는 감면 법인에 대한 조세회피를 방지하기 위한 강제 감가상각 규정인 감가상각의제 규정은 있으나 일반 법인의 보유 자산에 대하여 계상하지 아니한 감가상각비 해당액을 강제 손금 산입하도록 규정하고 있지 아니하므로 상기 태양광 발전장치는 결산상 장부 계상 후 감가상각비 계상을 통하여 손비화하는 것이 타당하다.

(6)「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항에 의하여 부가가치세가 면제되는 국민주택건설용역은 국민주택건설에 반드시 수반되는 토지조성공사의 경우에 부가가치세가 면제되는 것으로, 국민주택건설용역에 해당하지 아니하는 택지조성용역은 구「부가가치세법」제7조에 의해 부가가치세가 과세되는 것임(국세청 서면인터넷방문상담3팀-3440). 또한, 국민주택단지 밖에 위치한 사회간접시설공사는 주택건설촉진법령에서 규정하는 국민주택부대시설이나 복리시설에 해당하지 아니하여 국민주택건설 용역에 부수하는 건설용역에 해당하지 아니한다.

청구법인이 수행한 택지조성공사는 공동주택건설에 부속되는 단지 내 전기, 상하수도, 조경공사가 아닌 공동주택 단지 밖 전기, 상하수도, 조경공사 등 사회간접시설설치를 위한 공사이다.

이 건 택지조성비는 국민주택건설용역에 해당하지 아니하므로 2008～2012사업연도 법인세(매입처별계산서합계표 불성실가산세) 각 OOO억원(총 OOO억원)을 경정․고지처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

ⓛ 청구법인이 시가보다 낮은 가액으로 임대주택관리용역을 제공한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

② 집단에너지공급사업 위탁관리 용역과 관련하여 서울시로부터 수령한 사업비 전부가 익금에 해당하는지 여부

③ 지급받지 못한 OOO용지매매대금의 연부이자를 손익인식 시기가 도래한 이자수익으로 볼 수 있는지 여부

④ 청구법인 소유 임대아파트에 지출된 수선비 중 일부를 자본적 지출로 보아 과세한 처분의 당부

⑤ 청구법인이 시 보조금을 수령․취득한 태양광발전설비의 자산계상을 누락하였는지 여부

⑥ 공동주택건설용지로 개발하기 위한 택지조성비가 국민주택건설용역에 부수되는 건설용역인지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2011.12.31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것)

제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

제15조(익금의 범위) ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제36조(국고보조금등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입) ① 내국법인이「보조금 관리에 관한 법률」,「지방재정법」, 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 보조금 등의 자산(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)을 지급받아 그 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 대통령령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)을 취득·개량하는 데에 사용한 경우 또는 사업용자산을 취득·개량하고 이에 대한 국고보조금등을 사후에 지급받은 경우에는 해당 사업용자산의 가액 중 그 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 국고보조금등에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.

② 국고보조금등을 지급받은 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업용자산을 취득하거나 개량하지 아니한 내국법인이 그 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 1년 이내에 사업용자산을 취득하거나 개량하려는 경우에는 취득 또는 개량에 사용하려는 국고보조금등의 금액을 제1항을 준용하여 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 허가 또는 인가의 지연 등 대통령령으로 정하는 사유로 국고보조금등을 기한 내에 사용하지 못한 경우에는 해당 사유가 끝나는 날이 속하는 사업연도의 종료일을 그 기한으로 본다.

③ 제2항에 따라 국고보조금등 상당액을 손금에 산입한 내국법인이 손금에 산입한 금액을 기한 내에 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용하지 아니하거나 사용하기 전에 폐업 또는 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 합병하거나 분할하는 경우로서 합병법인등이 그 금액을 승계한 경우는 제외하며, 이 경우 그 금액은 합병법인등이 제2항에 따라 손금에 산입한 것으로 본다.

④ 제1항을 적용할 때 내국법인이 국고보조금등을 금전 외의 자산으로 받아 사업에 사용한 경우에는 사업용자산의 취득 또는 개량에 사용된 것으로 본다.

⑤ 제1항과 제2항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 국고보조금등과 국고보조금등으로 취득한 사업용자산의 명세서(제2항의 경우에는 국고보조금등의 사용계획서)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 손금산입액 및 익금산입액의 계산과 그 산입방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조(자산의 취득가액) ①내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제76조(가산세) ⑨ 납세지 관할 세무서장은 법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하되, 제5항 또는「부가가치세법」제60조 제2항ㆍ제3항ㆍ제5항부터 제7항까지의 규정에 따라 가산세가 부과되는 부분은 제외한다.

1. 제121조 제1항 또는 제2항에 따라 발급한 계산서 등에 대통령령으로 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우[제2호가 적용되는 분(分)은 제외한다]: 공급가액의 100분의 1

2. 제121조 제5항에 따라 매출ㆍ매입처별 계산서합계표를 같은 조에 규정된 기한까지 제출하지 아니한 경우 또는 제출하였더라도 그 합계표에 대통령령으로 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우(제4호가 적용되는 분의 매출가액 또는 매입가액은 제외한다) : 공급가액의 100분의 1

제120조의3(매입처별 세금계산서합계표의 제출) ①「부가가치세법」및「조세특례제한법」에 따라 부가가치세가 면제되는 사업을 하는 법인은 재화나 용역을 공급받고 「부가가치세법」 제32조제1항·제7항 및 제35조제1항에 따라 세금계산서를 발급받은 경우에는 대통령령으로 정하는 기한까지 매입처별 세금계산서합계표(「부가가치세법」제54조에 따른 매입처별 세금계산서합계표를 말한다. 이하 같다)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 「부가가치세법」제54조 제5항에 따라 제출한 경우에는 그러하지 아니하다.

② 매입처별 세금계산서합계표의 제출 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법 시행령

제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제3항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 유형고정자산 ☜ 쟁점④관련

가. 건물(부속설비를 포함한다) 및 구축물(이하 "건축물"이라 한다)

나. 차량 및 운반구, 공구, 기구 및 비품

다. 선박 및 항공기

라. 기계 및 장치

마. 동물 및 식물

바. 기타 가목 내지 마목의 자산과 유사한 유형고정자산

제31조(즉시상각의의제) ① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물·기계·설비 등의 복구

5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

③ 법인이 각 사업연도에 지출한 수선비가 다음 각호의 1에 해당하는 경우로서 그 수선비를 당해 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 이를 자본적 지출에 포함되지 아니하는 것으로 한다.

1. 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 300만원 미만인 경우

2. 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 직전 사업연도종료일 현재 재무상태표상의 자산가액(취득가액에서 감가상각누계액상당액을 차감한 금액을 말한다)의 100분의 5에 미달하는 경우

3. 3년 미만의 기간마다 주기적인 수선을 위하여 지출하는 경우

④ 다음 각 호의 것을 제외하고 그 취득가액이 거래단위별로 100만원 이하인 감가상각자산에 대하여는 이를 그 사업에 사용한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 계상한 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.

1. 그 고유 업무의 성질상 대량으로 보유하는 자산

2. 그 사업의 개시 또는 확장을 위하여 취득한 자산

⑤ 제4항에서 "거래단위"라 함은 이를 취득한 법인이 그 취득한 자산을 독립적으로 사업에 직접 사용할 수 있는 것을 말한다.

제64조(국고보조금 등의 손금산입) ① 법 제36조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용자산"이란 사업용고정자산과 석유류를 말한다. ② 법 제36조 제1항에 따라 손금에 산입하는 금액은 개별사업용자산별로 해당 사업용자산의 가액 중 그 취득 또는 개량에 사용된 「보조금 관리에 관한 법률」, 「지방재정법」 또는 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률에 따른 보조금 등(이하 이 조에서 "국고보조금등"이라 한다)에 상당하는 금액으로 한다. 이 경우 사업용자산을 취득하거나 개량한 후 국고보조금등을 지급받았을 때에는 지급일이 속한 사업연도 이전 사업연도에 이미 손금에 산입한 감가상각비에 상당하는 금액은 손금에 산입하는 금액에서 제외한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용자산별로 다음 각호의 구분에 따라 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 계상하여야 한다.

1. 감가상각자산：일시상각충당금

2. 제1호외의 자산：압축기장충당금

④ 제3항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 일시상각충당금과 압축기장충당금은 다음 각호의 방법으로 익금에 산입한다.

1. 일시상각충당금은 당해 사업용자산의 감가상각비(취득가액중 당해 일시상각충당금에 상당하는 부분에 대한 것에 한한다)와 상계할 것. 다만, 당해 자산을 처분하는 경우에는 상계하고 남은 잔액을 그 처분한 날이 속하는 사업연도에 전액 익금에 산입한다.

2. 압축기장충당금은 당해 사업용자산을 처분하는 사업연도에 이를 전액 익금에 산입할 것

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 당해 사업용자산의 일부를 처분하는 경우의 익금산입액은 당해 사업용자산의 가액 중 일시상각충당금 또는 압축기장충당금이 차지하는 비율로 안분계산한 금액에 의한다.

제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일·인도일 또는 사용 수익일 중 빠른 날로 한다.

② 법인이 장기할부조건으로 자산을 판매하거나 양도한 경우로서 판매 또는 양도한 자산의 인도일(제1항 제3호에 해당하는 자산은 같은 호 단서에 규정된 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도의 결산을 확정함에 있어서 해당 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 수익과 비용으로 계상한 경우에는 제1항 제1호 및 제3호에도 불구하고 그 장기할부조건에 따라 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 금액과 이에 대응하는 비용을 각각 해당사업연도의 익금과 손금에 산입한다.

제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다.

③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.

제70조(이자소득 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 이자 등의 익금과 손금의 귀속사업 연도는 다음 각 호에 따른다.

1. 법인이 수입하는 이자 및 할인액：「소득세법 시행령」제45조에 따른 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도. 다만, 결산을 확정함에 있어서 이미 경과한 기간에 대응하는 이자 및 할인액(법 제73조에 따라 원천징수되는 이자 및 할인액은 제외한다)을 해당 사업연도의 수익으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 익금으로 한다.

제71조(임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

1. 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여진 경우에는 그 지급일

2. 계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여지지 아니한 경우에는 그 지급을 받은 날

⑦ 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 법(제43조를 제외한다)·「조세특례제한법」및 이 영에서 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 기획재정부령으로 정한다.

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

6. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

제88조(부당행위계산의 유형 등) 6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을「한국증권선물거래소법」에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 "원가"라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

(3) 법인세법 시행규칙 제36조(기타 손익의 귀속사업연도)

영 제71조 제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

(4) 소득세법

제16조(이자소득) ① 이자소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

11. 비영업대금(非營業貸金)의 이익

12. 제1호부터 제11호까지의 소득과 유사한 소득으로서 금전 사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것

(5) 소득세법 시행령

제45조(이자소득의 수입시기) 이자소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

1. 법 제16조 제1항 제12호에 따른 이자와 할인액

약정에 따른 상환일. 다만, 기일 전에 상환하는 때에는 그 상환일

9의2. 비영업대금의 이익

약정에 의한 이자지급일. 다만, 이자지급일의 약정이 없거나 약정에 의한 이자지급일전에 이자를 지급 받는 경우 또는 제51조 제7항의 규정에 의하여 총수입금액 계산에서 제외하였던 이자를 지급 받는 경우에는 그 이자지급일로 한다.

(6) 부가가치세법(2010.12.27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것)

제13조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

4. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 용역의 시가

(7) 부가가치세법 시행령(2010.12.29. 대통령령 제22564호로 개정되기 전의 것)

제50조(시가의 기준) ① 법 제13조제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(「소득세법 시행령」 제98조 제1항 각호 또는「법인세법 시행령」제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」제98조 제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격 ☜ 이상 쟁점②관련

(8) 지방공기업법 (1980.1.4. 법률 제3233호로 개정된 것)

제71조 (대행사업의 비용부담) ① 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행할 수 있으며, 이 경우에 필요한 비용은 국가 또는 지방자치단체가 부담한다.

② 제1항의 규정에 의한 비용의 부담에 관하여 필요한 사항은 대통령령이 정하는 것을 제외하고는 조례로 정한다.

(9) 지방공기업법 시행령

제63조(대행업무의 비용부담 등) ① 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하고자 하는 때에는 위탁계약에 의한다.

② 공사가 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체가 부담하여야 할 경비의 범위는 다음과 같다.

1. 사업실시에 따른 사업계획의 수립, 사전조사, 용역 등에 소요되는 경비

2. 사업의 집행에 소요되는 시설비ㆍ인건비 및 부대경비

3.사업의 종료 후 결산이전 또는 시설물 등의 인계이전까지의 사이에 시설물 등을 관리하는 데 소요되는 경비

4. 사업의 대행에 따른 대행수수료

5. 기타 사업집행상 필수적으로 소요되는 경비

③ 법 제71조 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체가 비용을 부담하는 경우, 공사는 미리 자금집행계획을 수립하여 국가 또는 지방자치단체에 제출하여야 하며, 국가 또는 지방자치단체는 다른 자금에 앞서 이에 대한 자금을 우선적으로 지급하되, 그 지급시기를 조정하고자 하는 때에는 공사와 협의하여야 한다.

④ 공사가 그 대행사업을 종료한 때에는 지체없이 국가 또는 지방자치단체가 부담한 비용을 정산하여야 한다.

⑤ 공사는 국가 또는 지방자치단체의 사업을 대행함에 있어 특히 필요한 경우에는 지방자치단체의장의 승인을 얻어 그 사업의 일부를 제3자로 하여금 시행하게 할 수 있다.

(10) 서울특별시 에스에이치(SH)공사 설립 및 운영에 관한 조례

제27조(대행사업의 비용부담) ① 법 제71조 제2항에 따라 공사가 국가나 지방자치단체의 사업을 대행하는 경우 국가 또는 지방자치단체에서 부담하여야 하는 경비는 다음 각 호와 같다.

1. 영 제63조에 따른 경비

2. 국가 또는 지방자치단체가 공공의 목적에 따라 무상으로 공급하거나 평균공급가격 이하의 낮은 가격으로 공급하는 급부에 대한 평균공급가격과 실제공급가격의 차액

3. 그 밖의 성질상 공사에서 부담할 수 없는 경비

② 제1항 제2호 및 제3호의 비용부담에 관하여는 해당 중앙행정기관 및 지방자치단체와 협의하여야 한다.

③ 제1항 제1호의 경비 중 영 제63조 제2항 제4호의 대행수수료 산정은 별표에 의한다.

【별표】사업의 대행(수탁)에 따른 대행수수료 산정기준 (제27조 제3항 관련)

대행(수탁) 사업명	대행수수료 산정기준
보상 또는 이주대책사업	「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행령」 제43조제4항을 준용한다.
건설사업대행 (재개발 및 재건축 임대주택 제외)	공사비	수수료의 요율의 기준 (공사비에 대한 비율)	참 고
	100억원 이하	9.0% 이내	1."공사비"라 함은 재료비․노무비․경비․일반관리비․이윤․부가가치세액의 합계액을 말한다. 2.공사비는 설계서상의 금액을 기준으로 하되, 설계․시공 일괄 입찰의 경우에는 계약금액을 기준으로 한다. 3.설계변경으로 공사비가 변경 되는 경우에는 그에 따라 수수료를 가감할 수 있다. 4.2년 이상 장기사업일 경우에는 위탁자와 수탁자의 합의에 의하여 수수료를 연도별로 배분 하여 정할 수 있다. 5.위 수탁사업의 범위에 토지 매수,보상 및 이주대책 업무가 포함되는 경우에는 당해 수수료를 따로 가산한다. 6.조사설계 등 부대사업에 소요되는 사업비는 이 기준표 상의 공사비로 본다.
	100억원 초과 300억원 이하	8.0% 이내
	300억원 초과 500억원 이하	7.5% 이내
	500억원 초과	7.0% 이내
건설사업대행 (재개발 및 재건축 임대주택)	공사비의 4.5% 이내
택지매각사업	택지매각대금 중 대행계약체결기한 내에 수납된 매각원금의 0.5%
집단에너지 공급사업	인건비와 일반경비 합계액의 3%
기타 관리사업	국가 또는 지방자치단체와 협의하여 결정

(11) 국유재산 및 물품관리법

제80조(연체료의 징수) 지방자치단체의 장은 공유재산의 사용료, 대부료, 매각대금, 교환차금 및 변상금을 내야 할 자가 납부기한까지 내지 아니하는 경우에는 내야 할 금액(나누어 내는 경우 분납금의 이자는 제외한다)에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 연체료를 징수할 수 있다. 이 경우 연체료 부과대상이 되는 연체 기간은 납기일부터 60개월을 초과할 수 없다

(12) 공유재산 및 물품관리법 시행령

제39조(대금의 납부 및 연납) ① 일반재산의 매각대금을 한꺼번에 전액 납부하기가 곤란하다고 인정되는 경우에는 조례로 정하는 바에 따라 연 4퍼센트 이상 6퍼센트 이하의 이자를 붙여 10년 이내의 기간에 걸쳐 분할 납부하게 할 수 있다.

제80조【 연체료의 징수 】① 지방자치단체의 장은 법 제80조에 따라 연체료를 징수할 때에는 다음 각 호의 구분에 따른 연체료율로 계산한 연체료를 붙여 납부고지일부터 15일 이내의 납부기한을 정하여 납부고지를 하여야 한다. 이 경우 고지한 납부기한까지 납부하지 않으면 2회 이내의 범위에서 다시 납부고지를 하되, 그 중 마지막으로 고지한 납부기한은 전단에 따른 납부고지일부터 3개월 이내가 되도록 하여야 하며, 이후 1년에 1회 이상 독촉을 하여야 한다.

1. 연체기간이 1개월 미만인 경우 : 연 12퍼센트

2. 연체기간이 1개월 이상 3개월 미만인 경우 : 연 13퍼센트

3. 연체기간이 3개월 이상 6개월 미만인 경우 : 연 14퍼센트

4. 연체기간이 6개월 이상인 경우 : 연 15퍼센트

(13) 조세특례제한법

제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제9호, 제9호의3 및 제12호는 2015년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2, 제9호의2 및 제11호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)

(14) 조세특례제한법 시행령

제106조(부가가치세 면제 등) ④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 「건설산업기본법」·「전기공사업법」·「소방법」·「정보통신공사업법」·「주택법」·「하수도법」 및 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것

3. 제1호의 규정에 의한 주택의 설계용역으로서 「건축사법」, 「전력기술관리법」, 「소방시설공사업법」, 「기술사법」 및 「엔지니어링산업 진흥법」에 따라 등록 또는 신고를 한 자가 공급하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 심리자료를 보면, 청구법인은 서울시(청구법인에 100% 출자)와「재개발․재건축 임대주택 위․수탁관리계약」을 1996.9.30. 최초 체결하였고, 서울시 소유의 임대주택관리업무를 대행하면서 임대료의 30%만 필요경비로 지원받기로 한 계약을 유지하다 감사원 감사 결과를 통보 받은 후 2010.12.31. 아래 <표5>와 같이 3차 변경 계약을 한 것으로 나타난다.

<표5>재개발임대주택 위․수탁관리계약 개정 내용

(나)「지방공기업법」제71조(대행사업의 비용 부담)는 공사가 지자체의 사업을 대행하는 경우 필요한 비용은 지자체에서 부담하도록 규정하고, 같은 법 시행령 제63조(대행업무의 비용부담 등)․서울특별시 OOO설립 및 운영에 관한 조례 제27조(대행사업의 비용부담)에서도 대행업무에 소요되는 비용을 지자체가 부담하도록 규정하고 있으나, 2010.12.31. 계약 변경 전에는 실제 발생하는 임대주택 관리 비용에 관계없이 수입임대료의 30%만을 비용으로 보전받고 초과하는 비용은 청구법인에서 부담하기로 되어 있다.

(다) 청구법인이 서울시에 임대주택 위탁관리 용역을 제공함에 따라 발생한 청구법인의 연도별 손익 현황은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 청구법인의 임대주택 관리용역 관련 연도별 손익 현황

(단위 : 억원)

(라) 처분청이 제시한 청구법인의 내부 문건인 ‘서울시 재개발․재건축 임대주택 위․수탁관리사업 비용부담에 관한 사항(2010.3.10.)’을 보면, 청구법인 회계감사기관은 청구법인이 서울시 소유의 재개발․재건축임대아파트에 대한 수탁관리계약에 의거 임대수익(임대료)의 30%를 공사의 수익으로 하고 모든 관리비용(수선유지비 포함)을 지출하고 있는데, 이 경우「법인세법」제52조의 규정에 따른 부당행위계산 부인에 해당될 소지가 있어 법인세 등을 추가로 부담해야 될 뿐만 아니라 불필요하게 납부불성실에 따른 가산세 등을 추징당할 우려가 있다는 취지로 지적한 것으로 나타난다.

(마) 관련 법령과 사실관계를 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 해당거래가 정상적인 거래인지 여부는 그 대금을 확정짓는 거래당시를 기준으로 판단하여야 하는 것인바, 청구법인과 서울시와의 이 건 계약은 장기계약조건으로 체결되었고, 다년간의 사업수행을 전제로 및 상호간의 협의를 통하여 결정된 것으로 볼 수 있는 점에서 최초 계약당시(1996.9.30)를 기준으로 부당행위여부를 판단하여야 할 것으로 보이는 점, 쟁점수수료는「지방공기업법」등의 법률에 따른 것으로 가격의 결정방식이 관련 법에 위배되었다고 볼 수 없고, ‘정부의 지시에 의하여 통상판매가격보다 낮은 가격으로 판매한 때’는 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되지 아니한 것으로 볼 수 있는 불가피성이 인정되는 점(법인세법 기본통칙 52-88…3) 등에 비추어 처분청이 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 건 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 집단에너지 공급사업이란, 다수의 사용자를 대상으로 열 또는 열･전기를 생산하여 공급하는 사업으로서「집단에너지사업법」 제2조에 규정된 사업을 의미하고,「집단에너지사업법」제9조(구「에너지이용합리화법」제40조)에 의하여, 산업통상자원부장관의 허가를 받은 자만이 영위할 수 있는데, 서울시는 1983년경부터 위 사업의 허가를 받아 목동 및 노원, 신정지구 등에서 집단에너지공급사업을 계속해오고 있고, 서울시는「지방자치법」제104조 제3항 및「서울특별시 집단에너지공급사업의 시행 및 업무의 위탁에 관한 조례」(이하 “위탁조례”라고 함)에 의하여, 집단에너지공급사업의 운영을 민간에 위탁하여 시행해오고 있는바, 청구법인은 2002.1.1.경부터 서울시와「집단에너지공급사업 업무 위･수탁 협약」(이하 “협약서”라 한다)을 체결하고, 지점인 사업단을 설치한 후 사업단에서 집단에너지 공급사업에 대한 수탁관리 업무를 수행하고 있다.

(나) 협약서, 집단에너지공급사업 업무처리지침(이하 “업무처리지침”이라 한다), 위탁조례, 서울특별시집단에너지공급사업특별회계설치조례(이하 “특별회계설치조례”라 한다), OOO집단에너지사업단설치 및 관리규정(이하 “설치 및 관리규정”이라 한다)의 주요내용은 다음과 같다

1) 협약서의 주요내용

2) 업무처리지침의 주요내용

3) 위탁조례

4) 특별회계설치조례

5) 설치 및 관리규정

(다) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 쟁점②에 대하여 살피건대, 서울시와 청구법인이 체결한 위탁협약서 제3조를 보면, 서울시는 조례 제3조 제2항에서 정한 공급사업의 업무를 청구법인에게 위탁하여 시행하게 하고, 청구법인은 위탁받은 업무의 시행전반에 관하여 책임을 진다고 되어 있고, 조례 제3조 제2항에서 위탁업무의 범위를 ⓛ 에너지공급시설의 기본설계, 실시설계, 시공 및 감리, ② 집단에너지 공급 사업의 운영 및 그 시설의 관리, ③ 시설분담금, 열 요금 등의 징수업무로 규정된 점에서 인건비 및 경비의 3%에 해당하는 위탁수수료만을 과세표준으로 삼을 수 없고 청구법인이 서울시로부터 받는 사업비 전체가 법인세 수입금액으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점사업비를 익금으로 보고 해당 사업비 중 집단에너지 공급사업을 위해 지출한 비용을 손금에 각각 산입하여 이 건 법인세를 경정한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다.

(가) 심리자료를 보면, 청구법인은 2007.12.27. 서울시의 ｢OOO 지구중심 개발계획 수립방안｣ 지시에 따라 OOO일대의 OOO중심상업지 통합 개발사업에 공공․민간 합동형 프로젝트파이낸싱방식으로 참여하여 2009.3.17. 쟁점토지를 청구외법인과 매매가액 OOO만원에 매매계약을 체결하고 계약시 계약금 OOO만원을 지급받고 잔금 OOO만원은 토지사용가능시기까지 전액 납부하기로 약정하면서, 다만, 매수자의 사정에 따라 잔금을 계약체결일로부터 매 1년 단위로 4년까지 균등 납부할 수 있도록 하며 분할납부에 따른 연부이자율은「공유재산 및 물품관리법 시행령」제39조에 의한 연 6%로 하고, 약정기일까지 대금을 지급하지 아니할시 같은 법 제80조 및 같은 법 시행령 제80조의 규정을 준용하여 연체이자(지연손해금)를 지급키로 하는 용지공급대금 분할납부약정을 아래 <표7>과 같이 추가하여 체결한 것으로 나타난다.

<표7> 용지공급대금 분할납부약정

(단위 : 백만원)

(나) 이후 동 계약서 제4조 제1항 단서규정에 의하면 잔금 납부기한은 토지사용가능시기 이후로 정하여 계약자에게 통보하여야 하는데, 당초 청구법인은 토지사용 가능시기를 2009.9.30.로 보아 잔금 납부기한으로 약정하였으나, 지장물 미처리 등으로 인하여 잔금 납부기한을 2010.6.30.로 조정하여 매 6개월 단위로 5년까지 9회에 걸쳐 잔금 및 연부이자 등을 납부하는 것으로 아래 <표8>과 같이 변경계약을 체결하였다.

<표8> 용지매매대금 분할납부약정

(단위 : 백만원)

(다) 쟁점토지 매매계약에 따른 토지대금 분할납부지급내역은 아래 <표9>와 같다.

<표9> 토지대금 납부현황

(라) 청구법인은 ABCP(청구법인의 지급보증) 및 ABS(자산유동화) 현금흐름이 아래와 같고 2013.7.1. 매매계약이 해제되었다고 주장하였다.

1) ABCP OOO억원은 청구외법인이 중도금을 납부하기 위하여 OOO은행으로부터 대출을 받을 때 청구법인 지급을 보증한 금액으로 토지매매 계약해제 당일에 OOO은행에 즉시 지급하고, 사업시행자인 청구외법인이 ABCP발행을 통하여 대출받은 OOO억원의 상환 만기일은 2013.7.1.(월)이며, 청구외법인이 만기일까지 상환이 불가능할 경우 지급의무이행을 위하여 청구법인이 대출금을 대주에게 직접 지급할 계획이며, 이 경우 토지매매계약 해제 및 사업협약 해지의 효과가 발생한다.

2) ABS OOO억원은 청구법인이 장래에 받을 중도금의 권리를 OOO은행에 매각한바, 2011.12.13. 쟁점토지 매각대금 5차～ 9차 중도금 및 잔금 매출채권OOO양도하고, 2012.6.30.부터 청구외법인 5차 중도금 연체에 따라 2012.8.10.자로 5차 중도금 및 이자 OOO억원을 매출채권 양도자에게 상환하고, 2012.12.31.자로 청구외법인 중도금 연체로 계약서상 계약해제 사유(잔금납부 지정시기에 미납부시 계약해제 사유 발생)가 발생하여 청구법인은 6차～9차 중도금 전액 OOO억원을 2013.1.31.자로 매출채권 양도자에게 상환한다.

(마) 청구법인은 ABCP OOO억원에 대하여 만기가 도래하여 청구법인이 2013.7.1. 청구외법인을 대신하여 OOO은행에 지급함으로써 쟁점토지 매매계약이 해제되었다고 주장하였다.

(바) 심리자료를 보면, 처분청은 청구외법인이 1,2,3회분에 대하여 토지대 OOO외 연부이자 및 연체이자를 포함한 OOO억을 정상 납부하다 2011.12월 5회 이후분 분납채권에 대하여 청구법인이 자산유동화 채권으로 양도하면서, 채권양도 제외된 4회분 분납금액 OOO에 대한 2011사업연도 약정이자 OOO(쟁점이자)에 대하여 채권계상을 누락한 사실을 확인(2013.5. 청구법인 확인서 제출)하여 이를 익금산입하여 2011사업연도 법인세 OOO을 경정한 것으로 나타난다.

(사) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 쟁점③에 대하여 살피건대,「법인세법」제40조의 규정에 따른 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정된 점에서 청구법인의 쟁점이자에 대하여는「소득세법」상의 지연손해금으로 보아 기타소득에 대한 수입인식기준을 적용할 수 없고, 용지매매대금계약서 별지상 용지매매대금 분할 납부금액 중 4회 분납금에 대한 연부이자로서 위 <표8>의 납부약정일로 명시된 2011.12.31. 연부이자 수취에 관한 권리가 확정되었다고 보이는 점 등에서 청구주장을 받아들일 수 없다고 판단된다.

(4) 쟁점④에 대하여 본다.

(가) 처분청은 청구법인이 청구법인 소유의 임대아파트를 운영하고 있으며, 아래 <표10>과 같이 임대아파트의 자산적 가치를 증대시키는 지출에 해당하는 자본적 지출 해당액을 수선비로 당기 비용 처리한 사실이 확인됨에 따라 수선비로 비용계상한 자본적 지출 해당액을 즉시상각의제 하여 OOO백만원 중 OOO백만원을 손금 추인 후 OOO백만원을 익금산입하였다.

<표10> 임대아파트 수선비 중 자본적 지출 세부내용

(단위:원)

(나) 청구법인은 개별난반전환비는 용역비이고 소액인 점, 경비실설치비와 관리사무소 설치비는 내용연수와 관계없는 수익적 지출이고, 공예촌 조성비는 화장실 방수공사 및 도장공사이고, 사회복지관 중축비는 노인정 및 노후시설환경개선 등에 지출된 비용이고, 승강기 교체비는 노후 승강기의 부품 교체비이며, 조경시설물 설치비는 조경시설에 소요된 비용이므로 자본적 지출이 아닌 수익적 지출이라며 당기 비용으로 처리하여야 한다고 주장하였다.

(다) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 쟁점④에 대하여 살피건대, 개별난방전환 지출비는 배관․보일러․주변기기 등을 전면 철거하고 재설치하는 것이므로 감가상각자산 취득비용으로 보이는 점, 경비실 설치비는 임대아파트 단지 내 통합경비실의 새로운 설치와 관련된 설치공사․전기공사․설계비 등의 지출로서 청구법인도 2010․2011사업연도에 이미 자본적 지출로 처리한 점, 공예촌 조성비는 OOO공예촌 조성공사비 지출로 지하 1층, 지상 5층의 건물 신축공사로 자본적 지출로 보이는 점, 관리사무소 설치비와 사회복지관 증축비는 임대아파트 관리동 증축공사와 사회복지관 증축과 관련된 지출로서 감가상각자산의 증축과 관련된 지출로 보이고, 사회복지관 증축비의 경우 청구법인도 이를 2011사업연도에 자본적 지출로 처리한 점, 승강기 교체비는 승강기 교체 및 성능개선 지출로 이는 내용연수의 증가 및 자산가치를 증가시킨 것으로 자본적 지출로 보이는 점, 조경물설치비는 임대아파트 내부의 조경시설물을 구매․설치하거나 개선공사 관련 지출로서 임대아파트의 감가상각자산 증축과 관련된 지출로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(5) 쟁점⑤에 대하여 본다.

(가)「법인세법」제36조 제1항 및 같은 법 시행령 제64조의 규정을 보면, 내국법인이「지방재정법」등의 법률에 의하여 보조금 등의 자산을 지급받아 사업용고정자산 등의 취득 또는 개량에 사용한 경우, 사용된 국고보조금 등에 상당하는 금액은 법령에 정한 범위내의 금액은 손금산입하고, 손금에 산입하는 금액은 당해 사업용자산별로 일시상각충당금(감가상각자산) 또는 압축기장충당금(감가상각외의 자산)으로 계상하고, 일시상각충당금은 당해 사업용 자산의 감가상각비와 상계하고, 압축기장충당금은 당해 사업용 자산을 처분하는 사업연도에 익금에 산입하도록 되어 있다.

(나) 청구법인은 2009년부터 서울시 및 OOO으로부터 사업 보조금을 지급받아 청구법인 보유의 임대아파트에 대하여 에너지절약사업의 일환으로 태양광발전장치를 설치하였고, 수취한 보조금 중 발전설비 해당액 차감 잔액은 반납하였으며 이에 대한 금액은 아래 <표11>과 같다.

<표11> 청구법인의 보조금 수령 및 반납현황

(단위 : 원)

(다) 청구법인의 이 건 보조금 사업의 회계처리는 아래와 같다.

<보조금 수취시>

차) 보통예금 (여입통장-본사) ××× 대) 기타일반예수금 ×××

<발전장치 가액 지급시>

차) 기타일반예수금 ××× 대) 보통예금(지출) ×××

<보조금 사용 후 잔액 반납시>

차) 기타일반예수금 ××× 대) 보통예금(지출) ×××

(라) 청구법인은 보조금 수령시 예수금(부채)으로, 지출시 예수금 감소로 처리하여 손익에 영향이 없고, 보조금을 익금에 가산한다면 설치비용도 손금으로 인정하여야 한다고 주장하며, 처분청은 청구법인이 보조금을 받아 태양광발전설비라는 자산계상을 누락하였고, 일시상각충당금 및 감가상각비는 결산조정사항이므로 손금으로 인정을 할 수 없다는 의견이다.

(마) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 쟁점⑤에 대하여 살피건대, 청구법인은 서울시 등으로부터 보조금 수령하여 청구법인 소유의 임대아파트에 태양광발전장치를 설치하였음에도 보조금 수령시 예수금(부채)으로, 지출시 예수금 감소(부채 감소)로 처리하여 자산(태양광발전설비)을 장부상에 누락하였으므로 일시상각충당금의 손금산입대상에 해당되지 않고,「법인세법」상 감가상각비는 결산조정사항으로서 법인이 해당 지출액을 자산으로 계상한 후 동 자산에 대한 감가상각비를 비용으로 계상한 경우에 한하여 손금으로 인정하는 것인 점에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(6) 마지막으로 쟁점⑥에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 서울시의 주택난 해소 등을 위하여「택지개발촉진법」등 관련 법령에 의거 개발계획 및 실시계획을 서울시로부터 승인받고, 서울시가 승인한 토지이용계획에 따라 공동주택, 학교, 청사, 상가, 도로, 공원, 녹지 등의 용도로 택지를 개발하고 위 택지 중 공동주택 등의 택지에 대하여는 공동주택을 건설 후 분양하고 있는 바, 위 택지를 지정용도로 개발하기 위한 각종 공사(택지조성, 도로, 상하수도 등 간선시설, 전기, 통신, 조경 등, 이하 “쟁점 택지조성비”라 한다)와 공동주택건설용지로 지정된 용지에 대한 공동주택건설용역(단지 토목공사, 건축, 전기통신, 조경 등, 이한 “단지조성비”라 한다)에 대하여 각 공사별로 토목공사업체와 건설업체와 별도로 각각 계약하고, 택지를 지정용도로 사용하기 위한 쟁점택지조성비를「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제4항에서 규정하고 있는 국민주택건설용역 및 이에 부수되는 건설용역에 해당하는 것으로 보아 전체 택지조성비에 대하여 예정공동주택연면적 대비 국민주택과 국민주택초과 예정연면적으로 안분계산한 후 국민주택예정연면적에 대한 택지조성비는 건설업체로부터 세금계산서가 아닌 계산서를 수수하였다.

(나) 처분청은 쟁점택지조성비는「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호에 의한 국민주택건설용역에 해당하지 아니하므로 2008～2012사업연도 법인세(매입처별계산서합계표 불성실가산세) 각각 OOO억원(총 OOO억원)을 경정․고지하였다.

(다) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 쟁점⑥에 대하여 살피건대, 청구법인이 수행한 택지조성공사는 공동주택건설에 부속되는 단지 내 전기․상하수도․조경공사 등이 아닌 공동주택 단지 밖 전기․상하수도․조경공사 등 사회간접자본설치를 위한 공사이므로「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항에 따른 부가가치세가 면제되는 국민주택건설용역에 수반되는 공사로 볼 수 없는 점에서 세금계산서를 수취하여야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

일부인용
조심-2014-서-0306