[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 「사립학교법」에 따라 설립된 학교법인으로 교육용 기본재산으로 보유하고 있던 OOO광역시 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 A 교비회계에 편입할 용도로 2021.3.1.∼2022.2.28. 기간의 사업연도(양도일 : 2022.2.23., 2월말 법인으로 해당 사업연도를 이하 “2022사업연도”라 한다)에 OOO원에 양도하여 OOO원 상당의 고정자산처분이익이 발생하였고, 이를 교비회계 계좌로 수령하고, 처분이익을 교비회계의 고정자산처분이익으로 계상하였다.

나. OOO지방국세청장은 법인세 신고 여부 등에 대한 검증을 실시한 결과, 청구법인이 쟁점부동산의 일부(16.27%)를 학생들의 교육 및 실습 공간으로 사용하고, 나머지(83.73%)를 외부에 무상임대한 사실을 확인하고, 쟁점부동산 처분이익 중 고유목적에 사용하지 않은 비율(83.73%)에 상당하는 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 2022사업연도 익금산입에 산입하여야 한다는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2025.6.18. 청구법인에게 2022사업연도 법인세 OOO원, 2023사업연도 법인세 OOO원 및 2024사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

<표1> 청구법인의 신고 및 처분청의 경정내역

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.5. 2022사업연도에 대한 심판청구(조심 2025소3861)를 제기하는 한편, 2025.7.17. 2023∼2024사업연도에 대한 경정청구를 제기하였고, 처분청이 2025.9.17. 이를 기각하자 2025.9.25. 심판청구(조심 2025전4049)를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) (2023∼2024사업연도 심판청구) 2023∼2024사업연도 심판청구는 고유목적사업 지출액을 손금에 추가로 산입해달라는 것으로 경정청구 대상에 해당하고, 처분청의 기각결정을 통해 심판청구를 제기하였으므로 적법한 청구이다.

  (가) 청구법인은 2023사업연도와 2024사업연도의 이월결손금 변동에 대해 다투고자 함이 아니다. 2022사업연도 처분청의 경정으로 인해 2023사업연도와 2024사업연도의 이월결손금은 감소하였고, 결과적으로 2023사업연도와 2024사업연도의 「법인세법」상 고유목적사업준비금(이하 “고목준비금”이라 한다) 한도가 증가하였으며, 증가한 한도액의 범위 내에서 기존에 손금산입하지 않은 당기 고유목적 지출액을 손금에 산입해 줄 것을 경정청구한 것이다.

  (나) 경정으로 인해 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 경정을 청구할 수 있고(「국세기본법」 제45조의2 제2항 제4호), 이에 따라 청구법인은 2025.7.17. 처분청에 2022사업연도의 법인세 경정과 연동된 2023사업연도와 2024사업연도의 법인세에 대해 경정청구를 하였고, 처분청은 이에 대해 2025.9.15. 기각 결정하였으며, 청구법인은 2025.9.25. 처분청의 기각 내용에 대해 심판청구를 하였으므로 이는 별도의 불복대상이 된다.

  (다) 2022사업연도에 대한 처분청의 경정으로 인한 이월결손금의 변동으로 2023사업연도와 2024사업연도의 고목준비금 한도액이 증가함에 따라 청구법인은 이전에 손금에 반영하지 못하였던 당기 고유목적 지출액을 손금에 반영해 줄 것을 청구하였으며, 이는 청구법인의 2022사업연도에 대한 심판청구(2025소3861)의 쟁점과 실질적으로 동일하다.

 (2) (주위적 청구) 경정으로 소득금액이 증가하여 고목준비금의 손금산입 한도가 증가한 경우, 당초 고목준비금 손금산입 한도로 인해 고목준비금과 상계할 수 없었던 당해 사업연도 고유목적 지출액은 증가한 고목준비금 한도 범위 내에서 손금에 산입(2022사업연도 OOO원, 2023사업연도 OOO원, 2024사업연도 OOO원)할 수 있다.

  (가) 과세관청의 경정으로 인해 증액된 소득에 고목준비금을 추가로 설정하는 것이 허용되지 않지만, 당해 사업연도에 고유목적지출액이 추가로 있는 경우, 해당 금액에 대해서는 고목준비금을 계상하여 지출한 것으로 보아 별도의 회계처리나 준비금 손금산입 특례를 적용하지 않더라도 손금산입할 수 있다.

   1) 청구법인은 직전 사업연도말 고목준비금 금액이 없는 상태에서 당해연도에 고유목적사업비로 지출된 금액이 있다면, 이를 당기에 계상한 고목준비금으로 보고 경정으로 인하여 증가되는 고목준비금의 한도액 내에서 손금에 산입할 수 있는지 여부를 다투고자 한다.

   2) 「법인세법」 제29조 제3항에서 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도 고목준비금부터 상계하여야 하고, 이 경우 고유목적사업 등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고목준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고목준비금에서 지출한 것으로 규정하고 있다. 따라서 직접 사업연도의 고목준비금이 없는 경우 당해 사업연도 고유목적 지출액은 당해 사업연도에 계상할 고목준비금에서 지출하도록 하고 있다.

 「법인세법 시행규칙」 별지 제27호 서식의 고목준비금명세서(갑)을 보면 직전 사업연도 종료일 현재의 고목준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액을 당기 계상 고유목적사업 준비금으로 반영하도록 하고 있다.

   3) 고목준비금은 미확정채무임에 불구하고 비영리법인이 미래 고유목적사업 등에 지출하기 위해 일정한 범위 내의 금액을 미리 손금으로 인정하는 제도이다. 이와 관련하여 유권해석 및 판례는 과세관청의 결정 및 경정으로 인해 증액된 소득으로 인해 준비금 설정한도가 증가한다고 하여 미래의 고유목적지출을 위해 당해 사업연도에 고목준비금을 추가로 설정하는 것은 허용하지 않고 있다. 그러나 미래에 이루어질 고유목적지출이 아닌 당해 사업연도에 이미 고유목적에 지출한 금액이 있고, 직전 사업연도 말 고목준비금이 없다면 「법인세법」 제29조 제3항에 따라 그 사업연도에 계상할 고목준비금에서 지출한 것으로 보아야 한다(법인 46012-2758, 1998.9.25., 서이46012-11591, 2003.9.2.). 따라서 고목준비금의 회계처리(결산조정)를 별도로 할 필요가 없으며, 별도의 준비금 전입특례(이익잉여금처분에 의한 준비금 적립이 필요한 신고조정)를 적용할 필요도 없다.

   4) 기획재정부 예규(법인세제과-104, 2020.1.23.)는 경정으로 고목준비금의 손금산입 한도가 증가한 경우, 증가한 한도 범위 내에서 당초 손금산입하지 않은 당기의 고유목적지출액(사례에서는 「조세특례제한법」 제121조의23 제7항에 따른 OOO의 회원에 대한 배당)을 경정청구를 통해 추가로 세무조정계산서에 계상하면, 해당 금액은 손금으로 산입하 수 있는 것으로 해석하고 있으므로 당해 사업연도의 고유목적 지출이 있다면 비록 고목준비금을 계상하지 않더라도 경정으로 증가한 고목준비금 한도액의 범위 내에서 고유목적지출액을 손금으로 보고 있다.

   조세심판원 및 감사원에서도 고목준비금을 계상하지 아니하고 수익사업에서 생긴 소득을 해당 법인의 고유목적사업등에 지출한 경우에는 고목준비금 한도액의 범위 내에서 당해 사업연도의 고목준비금으로 즉시 계상하여 즉시 사용한 것으로 보아 이를 손금에 산입할 수 있다고 결정하고 있다(조심 2019부4287, 2021.6.14., 조심2014중5671, 2015.6.8, 조심2015서0572, 2015.03.23, 감심2002-0045, 2002.4.2.).

  (나) 청구법인의 교비회계에 바로 입금되는 수익사업소득은 고유목적에 사용한 것으로 보아야 한다.

   1) 「법인세법 시행규칙」 제76조 제4항에서 사립학교법에 따른 학교법이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출하는 경우에는 이를 비영리사업에 지출하는 것으로 하고 있고, 다수의 유권해석상 내용(서면 2024법인1661, 2024.8.30.)도 이와 같다.

   이는 실제 지출이 이루어져야 고유목적에 사용한 것으로 보는 일반적인 비영리법인의 경우와는 다르게 학교법인의 경우, 교비회계(비영리사업회계)로 전출이 이루어지고 나면 학교법인의 교비회계가 사립학교법에 따라 고유목적사업 외 용도로 사용되는 것을 제한할 수 있는 행정, 제도적 장치가 마련되어 있음을 고려하여 해당 전출이 이루어지는 시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 간주하는 것이다. 명목상 전입(교비회계로 전입한 후 다른 수익사업용 자산을 취득하거나 전입 후 5년 이내에 고유목적에 사용하지 않는 경우 등)이 아니라면 교비회계통장에 입금한 행위를 고유목적 지출로 보아야 할 것이며, 입금 자체를 지출로 볼 수 없다는 처분내용은 해당 조항을 무력화하는 것이다.

   2) 과세관청이 학교법인에 대한 세무조사 등을 통해 경정(조심 2021인2375, 2022.9.14., 조심 2024인2132, 2024.12.24., 대법원 2017.8.18. 선고 2017두48611 판결 등)한 내용을 보면, 교비회계로의 명목상 전입이 이루어졌더라도 전입 시점에는 모두 전입 자체를 고유목적지출로 보아 해당 전입이 이루어진 사업연도에 대한 과세는 이루어지지 않았다. 이후 명목상 전입이 확정된 때 즉, 전입한 금액으로 다른 수익사업용 자산을 취득한 때에는 취득한 사업연도에, 전입 이후 계속해서 정기예금에 예치하는 경우에는 실제 고유목적사업에 지출한 금액이 없는 것으로 보아 준비금 사용 기한인 전입 이후 5년이 되는 사업연도에 익금으로 과세하였는데, 이는 학교법인의 교비회계로의 전입 자체를 고유목적지출로 본 명확한 사례라 할 것이다. 즉, 전입자체를 부인하는 것이 아니라 명목상 전입에 대해서는 법인세 부담을 면제하는 취지가 아니라는 것으로 이는 청구법인의 사례와는 맞지 않는 내용이다.

   3) 청구법인은 처분대금을 5일 동안 실제 고유목적에 모두 사용했다고 주장하는 것이 아니라, 교비회계의 경비통장에 쟁점부동산 처분대금의 입금이 이루어졌고, 교비회계의 경비통장에서는 실제 학교 경비에 대한 출금만이 이루어졌을 뿐, 수익용 부동산 취득에 대한 지출이 없는 등 교비회계로의 입금이 명목상의 전입이 아니라는 점을 주장하고 있다.

  (다) 따라서 청구법인의 2022사업연도 소득금액의 경정으로 인해 고목준비금의 손금산입 한도액이 증가하게 되었고, 이를 재계산하면 추가 손금산입가능액은 OOO원이므로 해당 금액을 2022사업연도 손금에 산입하여야 한다. 또한 2022사업연도 소득금액의 경정으로 인해 이월결손금이 변동하였고, 이에 따라 2023사업연도 고목준비금 한도액이 증가하게 되었고, 이를 재계산하면 추가 손금산입가능액이 2023사업연도 OOO원, 2024사업연도 OOO원이므로 해당금액은 각 사업연도에 손금에 산입하여야 한다.

  (3) (예비적 청구) 쟁점부동산에 대한 감가상각비는 수익사업회계에 반영되지 않았으므로 처분이익에서 이를 차감하여 익금산입액을 산정하여야 한다.

  (가) 고정자산처분이익의 계산과 관련하여 「법인세법」은 양도금액을 익금에 산입하고(「법인세법 시행령」 제11조 제2호), 양도한 자산의 양도 당시 장부가액을 손금에 산입하도록 규정(「법인세법 시행령」 제19조 제2호)하고 있다. 감가상각자산의 경우 장부가액이라 함은 취득원가에서 감가상각누계액을 공제한 순장부가액을 의미하며, 기업회계와 세무회계의 장부가액이 다른 경우, 회계상의 장부가액이 아니라 세무회계에 따라 수정된 장부상 평가가액을 말한다.

  (나) 처분청은 쟁점부동산처분이익 중 교육용으로 사용하지 않은 비율에 해당하는 금액을 법인세 과세대상으로 보아 소득금액을 경정하였으나, 청구법인은 쟁점부동산에 대한 감가상각비를 교비회계의 재무제표에만 반영하였을 뿐, 별도로 수익사업회계의 재무제표를 작성할 때 쟁점부동산에 대한 감가상각비를 포함하지 않았다. 이에 따라 쟁점부동산에 대한 감가상각비는 「법인세법」상 손금에 산입되지 않았다.

  (다) 따라서 수익사업에 반영되는 쟁점부동산의 처분이익을 계산할 때 장부금액은 취득가액에서 감가상각누계액을 차감하지 않은 금액이어야 할 것이며, 이렇게 재산정된 고정자산처분이익 중 교육용으로 사용하지 않은 비율에 해당하는 금액 OOO원을 익금에 산입해야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) (2023∼2024사업연도 심판청구) 처분청은 2022사업연도 소득금액을 경정하였고, 그 결과 이월결손금의 변동으로 2023·2024사업연도 세액이 자동고지되었을 뿐, 해당 사업연도에 대한 별도의 처분을 한 바 없으므로 2023·2024사업연도에 대한 심판청구는 부적법하다.

  2022사업연도에 쟁점부동산처분이익을 익금산입한 처분과 관련해서 청구법인은 조세심판원에 심판청구(조심 2025소3861)를 제기하였고, 해당 사건을 원인으로 하여 이후 사업연도에 감소된 이월결손금에 따른 2023∼2024사업연도 법인세 경정은 별도의 이월결손금을 결정하는 처분이 아니므로 경정청구나 불복의 대상이 되는 행정처분이 아니다(대법원 2002.11.26. 선고 2001두2652 판결, 참조).

 (2) (주위적 청구) 당초 계상하지 않은 고목준비금은 소득금액 증가를 사유로 추가로 설정할 수 없고, 고목준비금 설정없이 고유목적사업에 직접 지출한 것을 수익사업의 손금으로 인정할 수도 없다.

  (가) 신고조정이든 결산조정이든 당초 계상하지 않은 고목준비금은 과세관청의 경정에 따른 소득금액 증가를 사유로 추가로 설정할 수 없다.

   1) 청구법인은 2022사업연도(결손) 고목준비금을 결산조정 하였고, 2023사업연도(결손 아님) 결산조정, 2024사업연도(결손 아님)는 결산조정과 신고조정으로 고목준비금을 설정하였다.

   2) 고목준비금은 원칙적으로 결산조정항목으로 결산상 손금계상한 경우에 한하여 손금으로 인정되는 것으로 과소계상한 고목준비금을 소득금액 한도가 증가하였다고 하여 추가로 손금에 산입할 수는 없다. 「법인세법」 제29조 2항에서 외부회계감사를 받는 법인의 경우, 예외적으로 신고조정을 허용하고 있으나, 같은 법 제60조 제2항 제2호에 따라 ① 세무조정계산서에 계상하고 ② 그 금액 상당액을 해당사업연도 이익처분을 할 때 고목준비금으로 적립한 경우로서 그 금액을 결산 시 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다고 규정하고 있어, 결산 시 고목적준비금으로 세무조정계산서에 계상한 범위 내의 금액을 당해 사업연도의 손금으로 인정하고 있는 것으로, 이는 결산조정이나 신고조정 모두 동일하다.

   이와 같이 결산조정이든, 신고조정이든 결산을 하면서, 고유목적사업 비용 회계처리를 결산조정으로 하느냐, 신고조정으로 하느냐의 차이일 뿐, 두 경우 모두 결산 이후 경정으로 변동되는 소득금액에 대해 추가적으로 고목준비금을 설정하는 것은 불가능하며, 당초 결산 시 한도 초과로 손금 불산입된 금액 한도 내에서 추가적으로 인정이 될 뿐이다.

   3) 처분청은 청구법인의 고유목적사업 미사용 유형자산 처분이익의 익금산입 방법과 관련하여 과세기준자문자문 신청을 하였고, 기존 해석이 있음(기준-2021-법령해석-법인132, 2021.10.12.)으로 회신받았으며, 해당 해석에 따라 고유목적사업 미사용 면적에 해당하는 유형자산 처분이익에 대해 익금산입(OOO원)하였고, 소득금액 증가에 따라 고목준비금 손금 한도액이 증가하였으나, 당초 고목준비금 한도를 초과하여 손금불산입된 금액이 없어 추가 손금산입 없이 2022∼2024사업연도 법인세 총 OOO원을 과세하였다.

   4) 조세심판원의 선결정례(조심 2023부10085, 2024.11.18., 참조)에서도 당초 법인세 신고 시 세무조정계산서 등에 계상하지 아니한 고목준비금의 경우 그 이후 결정 등에 의하여 소득금액이 증가하였다 하더라도 손금에 산입할 수 없는 것이며, 신고조정에 따른 손금 산입 상당액을 이사회 결의를 통한 이익처분에 의하여 준비금으로 적립하거나 차후 적립하기로(결손인 경우) 의결한 사실이 없이 신고조정만으로 고목준비금을 추가로 적립할 수는 없다고 결정하였다.

   또 다른 조세심판원 선결정례(조심2019부4287, 2021.6.14., 참조)에서는 과세관청의 경정에 따라 증액된 소득에 대해서 준비금을 추가인정하게 된다면 정상적으로 신고납부하는 납세자와의 형평성을 유지하기 어려워 준비금 제도가 유명무실하게 운영될 것이며, 그 입법 취지와도 부합하지 않는 것으로 보았다. 과세관청의 세무조사 등 경정으로 소득금액이 증가할 때마다 고목준비금을 설정할 수 있게 해준다면, 부과제척기간인 5년이 임박한 시점에 과세관청에 의해 과세된 소득금액을 고목준비금으로 손금산입한다 하여도 5년 안에 고유목적사업에 미사용으로 한 것으로 보아 즉시 과세를 해야 하는 것인지 불명확하게 되고, 당초 5년 전부터 고목준비금으로 관리하면서 사용해온 납세자와의 과세형평에 문제가 발생할 것이다.

  (나) 고목준비금 설정없이 고유목적사업에 직접 지출한 것을 수익사업의 손금으로 바로 인정할 수 없다.

   1) 이 건 처분의 쟁점은 고목준비금을 정상적으로 설정하여 5년 내에 고유목적사업에 썼는지 수익사업에 썼는지 여부를 가리는 것이 아니다. 청구법인의 주장은 당초 신고조정이든 결산조정이든 설정하지 않은 고목준비금에 대해, 고유목적사업 직접 지출금액은 고목준비금을 설정한 것으로 보아 손금으로 인정해달라는 것이다.

   2) 청구법인의 주장처럼 교비회계 입금을 고유목적 지출로 보려면 당초, 수익사업 결산 시 고목준비금이든, 법인 전출금이든, 결산 시 비용으로 확정이 된 후 교비회계로 입금한 전출금이라야 가능하다.

    가) 법인이 특정 사업연도에 결정ㆍ실행한 비용지출의 항목이나 재원 등의 사항은 해당 사업연도의 법인의 회계처리를 통한 결산 반영으로써 객관적으로 드러날 뿐만 아니라 확정된다고 보아야 한다(인천지방법원 2018.8.18. 선고 2017구합50533 판결, 참조). 수익사업의 수익이 고유목적사업에 지출되었을 경우, 아래와 같은 회계처리를 통해 법인의 비용으로 인정받을 수 있다.

<고목준비금 결산조정 등>

○○○

    나) 청구법인은 당초 수익사업회계에서 손금으로 결산하지도 않은 교비회계 지출을 수익사업의 손금으로 인정해달라고 주장하며, 「법인세법」 제29조 제3항을 근거로 들고 있으나, 이 조항은 고목준비금 설정 없이 수익사업 이익에서 고유목적사업 비용으로 지출될 경우에도 당해 계상할 고목준비금에서 지출한 것으로 본다는 것이지 수익사업 회계에서 결산확정된 비용이 아닌 “교비 회계 지출”을 수익사업 손금으로 추가 인정하는 것은 아니다.

    다) 「법인세법」 제29조 제3항은 법인이 결산 시 고목준비금 한도를 계산하기 전, 당기 중에 직접 고유목적사업에 사용하였을 때 고목준비금을 설정하여 사용한 것으로 본다는 것인데, 법원 판례(서울고등법원 2013.7.5. 선고 2013누10399 판결, 참조)에서도 해당 규정에 대해서 고유목적사업에 직접 지출한 자체를 손금인정하는 것이 아니라, 고목준비금 설정을 손금으로 본다고 밝히고 있다.

    라) 청구법인이 근거로 제시한 기획재정부 예규(법인세제과-104, 2020.1.23.)와 관련하여 당초 손금산입하지 않은 고유목적 지출액을 경정청구로 추가 세무조정한 경우 손금으로 인정받은 것은 「조세특례제한법」 제121조23 제7항에 한정된 것으로, 정책적 목적으로 농협에 한하여 인정하는 특례로 청구법인의 사례와는 관련이 없다.

   3) 쟁점금액이 당해연도에 고유목적사업에 직접 지출되었는지 여부가 불분명하다.

    가) 「법인세법」 제29조 제3항에서도 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고목준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우를 전제로 하고, 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고목준비금으로부터 순차로 상계하되 직전 사업연도 종료일 현재의 고목준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고목준비금에서 지출한 것으로 보고 있다.

    이 경우에도 수익사업에서 발생한 금액을 “당해연도”에 “고유목적사업에 직접 지출”한 경우로 한정되는데 청구법인의 경우, “당해연도” “지출내역”이 불분명하다.

    나)　청구법인은 당해연도 고유목적사업 지출 내역에 대해 아래와 같이 소명하였는데, 이는 고유목적사업의 수입금액으로 실제 지출액이 아니며, 고유목적사업 회계전출액(수입금액)이 곧 지출액이라고 주장하는 것으로 당해연도 실제 지출내역을 제시하지 못하고 있다.

<청구법인이 제출한 연도별 고유목적 지출액>

○○○

    다) 청구법인은 2022년 2월말 법인으로, 2022.2.23. 발생한 쟁점부동산처분이익을 당기 내 사용할 수 있는 기간은 5일에 불과하다. 청구법인은 해당 처분대금 OOO원을 고유목적사업 회계인 등록금회계 예금 통장(OOO)으로 이체하였는데, 5일 동안 해당 금액을 모두 목적사업에 지출했다는 증빙을 제출하지 않았고, 목적사업 자체적으로 발생하는 수입금(등록금)과 수익사업에서 전출되는 고유목적사업 준비금을 한 예금 통장에 관리하면서, 5일 동안 지출경비가 등록금에서 지출된 것인지 해당 유형자산 처분이익이 사용된 것인지 불명확한 상황에서 쟁점금액을 사용한 것이라고 주장하는 것은 설득력이 떨어진다.

    라) 청구법인이 제출한 계좌OOO를 보면, 2022.2.23.자 유형자산처분대금 OOO원이 입금된 후 잔액은 OOO원이나, 2022.2.28.자 통장의 잔액은 OOO원으로 5일 동안 오히려 OOO이 증가하였는데, 5일 동안 사용한 학교 운영경비를 해당 처분대금에서 사용하였다는 주장은 타당하지 않으며, 해당 지출경비는 당초 등록금 등 교비회계 수익에서 사용한 것으로 보는 것이 타당하다.

    마) 당해연도 직접 사용 여부도 확인되지 않은 처분이익을 교비통장에 입금하였다는 이유만으로 손금으로 인정해준다면, 향후 학교법인은 세무조사 등으로 익금산입될 때마다, 고목준비금 설정도 없이 증가한 소득금액만큼 구분 경리된 교비회계 상의 지출을 전액 손금으로 인정하는 상황이 발생하며, 이는 과세형평과 조세정의에도 맞지 않다.

   4) 수익사업 소득을 교비회계 예금에 입금하였다고 해서 입금 시점에 고유목적사업에 지출한 것으로 볼 수 없다.

    가) 청구법인은 교비회계 통장에 매각금액을 입금하였다는 사실만으로 고유목적사업에 사용한 것이라고 주장하나, 다수의 예규 및 조세심판원 선결정례를 통해 수익사업 이익을 비영리사업회계에 전출하였다는 사실만으로 고유목적사업에 지출된 것으로 볼 수 없다고 판단하고 있다(기재부 법인세제과-71, 2021.2.3., 법규법인 2010-0164, 2010.6.9., 조심2024인2132, 2024.8.7. 등, 참조).

    대법원은 「법인세법」제29조의 입법취지에 비추어「법인세법 시행규칙」 제76조에서 “수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다”고 규정하고 있더라도 해당 규정에 의하여 ‘법인세를 면제받은 고목준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 그에 관한 법인세 면제를 철회하고 다시 그에 관하여 법인세를 부과’하도록 규정한 「법인세법」 제29조의 적용을 배제하고 실제 고유목적사업에 사용하였는지 여부에 관계없이 전출시점에 해당자산을 고유목적사업에 사용한 것으로 의제하여 영구적으로 법인세를 면제하는 취지는 아니라고 판시하고 있다.(대법원 선고 2013.3.28. 선고 2012두690 판결 등, 참조)

    나) 청구법인이 근거로 제시한 「법인세법 시행규칙」 제76조 4항은 단순히 회계 구분경리를 위한 명시 규정으로, 교비회계 전출 시점에 고유목적사업에 이미 사용한 것으로 본다면, 「법인세법」 제29조 제5항에서 목적사업으로 전출 후 목적사업 미사용 시 수익사업에 환원하여 익금산입하는 등의 실제 사용과 관련된 사후관리 규정을 둘 이유가 없을 것이다.

 (3) (예비적 청구) 쟁점부동산은 당초 교비회계에 속한 자산으로 수익사업에 해당자산의 감가상각비를 반영하지 않았을 뿐만 아니라, 자산자체를 수익사업에 반영하지 않았다.

 해당 과세는 고유목적에 사용하지 않은 교비회계 자산처분이익에 대해 「법인세법」 제4조 제3항 제5호에 따라 익금산입하는 것으로, 교비회계에서 감가상각누계액 반영된 장부가액과의 차이를 기준으로 계산된 자산처분이익을 기준으로 계산하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 2023∼2024사업연도에 대한 심판청구가 적법한지 여부

 ② (주위적 청구) 처분청의 경정으로 소득금액이 증가하여 고유목적사업준비금의 손금산입 한도가 증가한 경우, 당해 사업연도에 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 지출한 금액은 고유목적사업준비금 한도 범위 내에서 손금에 산입할 수 있다는 청구주장의 당부

③ (예비적 청구) 쟁점부동산에 대한 감가상각비가 수익사업회계에 반영되지 않았으므로 처분이익에서 이를 차감하여 익금산입액을 재계산하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인의 법인세 신고내용 및 연도별 고목준비금 설정내용은 아래와 같다.

  (가) <표2> 청구법인의 법인세 신고내역

○○○

  (나) 2022사업연도와 2023사업연도에는 결손금으로 인해 신고조정으로 고목준비금을 적립하지 못하였고, 이자수익에 해당한 금액만을 고목준비금전입액으로 당기 비용에 계상(결산조정)하여 법인세를 신고하였다.

  2024사업연도에는 이자수익에 해당한 금액만을 고목준비금전입액으로 당기 비용에 계상(결산조정)하고, 수익사업에서 소득이 발생하여 고목준비금 손금산입 한도내에서 세무조정계산서에 고목준비금을 손금산입하고 이익잉여금처분계산서에 준비금 적립(신고조정)을 하였다.

<표3> 연도별 고목준비금 한도 계산 내역

○○○

  (다) 고목준비금 조정명세서상의 준비금 손금산입액 및 고유목적사업 지출액은<표4> 및 <표5>와 같다.

<표4> 고목준비금 손금산입액 및 고유목적사업 지출액

○○○

<표5> 고유목적사업 지출세부내역

○○○

 (2) 청구법인은 교육용 기본재산으로 보유하고 있던 쟁점부동산을 A 교비회계에 편입(A 온라인 교육환경 개선 및 OOO 시설 환경 개선에 사용)할 용도로, 2022.2.16. 교육부로부터 교육용 기본재산 처분허가를 받고, 2022.2.23. 쟁점부동산을 OOO원에 양도하였으며, 이를 교비회계 계좌로 수령하고, 처분이익을 교비회계의 고정자산 처분이익으로 계상하였다.

 청구법인이 제출한 금융거래내역에 따르면, 청구법인의 등록금회계 계좌OOO에 2021.12.6. 계약금 OOO원과 2022.2.23. 잔금 OOO원이 입금된 것으로 확인되며, 해당계좌의 2022.2.23.자 잔액은 OOO원으로 나타난다.

 (3) 그 외 청구법인이 제출한 자료는 아래와 같다.

  (가) 청구법인은 처분청의 2022사업연도 소득금액 경정으로 인해 고목준비금의 손금산입 한도가 아래 <표6>과 같이 증가하였다고 주장한다.

<표6> 연도별 고목준비금 한도 재계산 내역

○○○

  (나) 청구법인이 각 사업연도별 고유목적 지출액으로 사용하였다고 주장하는 금액은 아래 <표7>과 같다.

<표7> 청구법인이 주장하는 고유목적사업 지출액

○○○

  (다) 예비적 청구와 관련하여 처분청이 산정한 고정자산처분이익과 청구법인이 주장하는 고정자산처분이익은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 고정자산처분이익 및 익금산입액

○○○

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

  (가) 먼저, 처분청은 2022사업연도 소득금액을 경정하였고, 그 결과 이월결손금의 변동으로 2023·2024사업연도 세액이 자동고지되었을 뿐, 해당 사업연도에 대한 별도의 처분을 한 바 없으므로 2023·2024사업연도에 대한 심판청구는 부적법하다라는 의견이나, 청구법인은 이월결손금의 적정 여부 자체가 아니라, 이월결손금 변동에 따라 고목준비금 한도가 증가하게 되었고, 이에 따라 당초 설정된 준비금을 초과하여 지출한 각 사업연도의 고유목적사업 지출액을 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있는 점, 청구법인은 처분청의 경정으로 인한 2023·2024사업연도 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한다며 처분청의 경정·고지를 받은 날로부터 3개월 이내에 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 하였으며, 이에 대한 거부처분을 받고 이 건 심판청구를 제기한 점, 처분청이 인용하는 대법원 판결(대법원 2002.11.26. 선고 2001두2652 판결, 참조)은 2010.1.1. 이전 「법인세법」 제13조 체계하에서 결손금 감액경정이 항고소송의 대상이 되지 않는다고 본 사안으로, 개정 후의 법령 체계나 이 건 경정청구의 성격과는 차이가 있어 그대로 원용하기도 어려운 점 등에 비추어 이 건 심판청구는 적법한 심판청구에 해당한다고 판단된다.

  (나) 다음으로 주위적 청구와 관련하여, 청구법인은 경정으로 소득금액이 증가하여 고목준비금의 손금산입 한도가 증가한 경우, 당초 한도로 인해 고목준비금과 상계할 수 없었던 당해 사업연도 고유목적 지출액을 증가한 한도 범위 내에서 손금에 산입하여야 한다고 주장하나, 준비금 규정이 비과세나 면세가 아닌 고목준비금을 손금에 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지의 고유목적사업 등에 지출이 어루어져야 한다는 과세이연인 점에 비추어 처분청의 경정으로 인해 증액된 소득에 대해 손금으로 추가 인정하게 된다면 정상적으로 신고납부하는 납세자와의 형평성을 유지하기 어려워 보이는 점(조심 2019부4287, 2021.6.14. 조심 2023부10085, 2024.11.18.), 청구법인이 당초 법인세 신고시 고유목적사업의 지출액으로 신고한 금액은 위 <표5>와 같고, 해당 자료에 따르면 당기 계상한 고목준비금 상당액으로 추가 손금산입이 가능한 지출액이 있다고 보기 어려운 점, 청구법인이 주장하는 <표7>의 당기 지출액은 수익사업회계의 예금을 비수익사업회계로 전출한 것에 불과한바, 청구법인은 전출 당시나 그 후에도 고목준비금을 설정한 사실이 없으므로 전출일부터 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 지출할 것임을 전제하여 과세를 이연해야 한다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 당해 사업연도 고유목적 지출액을 추가로 손금에 산입하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 마지막으로 예비적 청구와 관련하여, 청구법인은 쟁점부동산에 대한 감가상각비가 수익사업회계에 반영되지 않았으므로 처분이익산정시 이를 차감하여 익금산입액을 재계산하여야 한다고 주장하나, 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우 자산·부채 및 손익을 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분경리하여야 하고, 청구법인은 쟁점부동산을 2012.9.5. 취득한 이후 구분경리를 통해 청구법인 스스로 매년 감가상각비를 교비회계 결산에 반영해 왔으므로, 수익사업회계 재무제표에서 감가상각비가 반영되지 않았다고 하여 감가상각이 이루어지지 않았다고 볼 수 없는 점, 당초 쟁점부동산을 공통자산으로 보아 수익사업회계에 감가상각비를 반영하였다 하더라도 그 감가상각비가 2022사업연도 귀속이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점부동산처분이익에서 감가상각비를 차감하여야 한다는 청구주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 법인세법

 제4조(과세소득의 범위) ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

 제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

 가. 「소득세법」제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

 나. 「소득세법」제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다.

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.

1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」제13조제3항에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다.

 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 (2) 법인세법 시행령

 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ⑤ 법 제29조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조 제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.

⑥ 법 제29조 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

 (3) 법인세법 시행규칙

 제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

 (4) 조세특례제한법

 제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

가. 「사립학교법」에 따른 학교법인

 (5) 국세기본법

  제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때