이 유

1. 처분개요

가. A(이하 “청구법인”이라 한다)은 2010.5.17. 인천 남동구에서 개업한「도시 및 주거환경정비법」상 재개발정비사업조합으로, 조합원으로부터 종전 부동산을 출자받아 종전 건축물을 멸실 후 주택 및 근린생활시설을 신축하여 관리처분계획에 따라 조합원에게 주택 등을 공급하고, 잔여 주택 등을 일반인에게 분양하는 사업을 영위하는 비영리법인이다.

나. 청구법인은 당초 2022, 2023 사업연도 법인세 신고 시 조합원 분양수입과 이에 대응되는 매출원가 등을 비수익사업으로 보아 신고하였으나, 2025.11.25. 기획재정부 법인세제과-279(2021.6.4.)(이하 “쟁점예규”라 한다)를 근거로 조합원이 자기지분을 초과하여 납부한 추가분담금을 수익사업으로 보아 익금 산입하고 대응되는 매출원가는 손금 산입하는 2022, 2023 사업연도 법인세 경정청구를 하였다.

다. B세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 조합원이 자기지분을 초과하여 납부한 추가분담금을 비수익 사업으로 보아 2026.3.19. 경정청구 거부처분을 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.4.27. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. 청구취지

 1) 처분청이 2025.11.25. 청구법인이 청구한 2022, 2023 사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분은,

    기획재정부가 명시적으로 제시한 “해석 적용 시점(회신일 이후 관리처분계획 인가분부터 적용)”이라는 행정기준을 위반하여 새로운 해석을 소급 적용한 것으로서, 행정의 자기구속 및 신뢰보호 원칙에 반하고 국세기본법상 소급과세 금지 원칙에도 명백히 위배되는 위법한 처분이다.

 2) 또한, 처분청은 특정 판례의 개별적 법리를 일반화하여 적용함으로써 법적 안정성과 조세평등 원칙을 훼손하였으며, 경정청구권의 본질적 취지인 “정당한 세액으로의 시정권”을 부당하게 제한하였다.

 3) 나아가 이는 동일한 법적 상황에 있는 납세자에 대해 일관된 과세기준을 적용하여야 할 과세행정의 기본원칙에도 배치되는 것으로 본 건 경정청구 거부처분은 위법·부당하므로 이를 취소하여 주기를 바란다.

나. 사실관계 요약

 1) 청구법인은「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발정비사업조합으로서, 아파트 및 상가를 조합원 및 일반인에게 공급하는 사업을 영위하기 위하여 설립되었으며, 2019.2.15. 관리처분계획 인가를 받았다.

 2) 본 사업은 기존 주거지역을 정비하여 주택 및 상가를 신축·공급하는 도시정비사업으로, 사업비는 조합원 분담금 및 일반분양 수입 등으로 충당되는 구조를 가지고 있으며, 청구법인은 위 관리처분계획에 따라 사업을 진행하는 과정에서 조합원으로부터 추가부담금을 수령하였다.

 3) 다만, 당시에는 해당 금액의 소득구분에 관하여 해석과 학설이 달라 세무실무상 불확실성이 존재하였고, 청구법인은 과세상 불확실성을 최소화하기 위하여 보수적인 입장에서 이를 수익사업소득으로 보지 아니하고 신고·납부를 하였으며, 이는 재개발정비사업의 구조적 특성 및 관련 법리의 불명확성을 고려하여 보다 신중하게 판단한 결과이다.

 4) 이후 쟁점예규 및 관련 법리의 정비를 통하여 조합원 추가부담금의 과세 여부 및 소득구분에 관한 기준이 정립되었으며, 특히 그 적용 시점과 관련하여 “회신일 이후 관리처분계획 인가분부터 적용한다”는 명확한 기준이 제시되었다.

 5) 이에 청구법인은 위와 같은 해석 기준 및 적용 구조를 반영하여, 기존 신고내용 중 과다 또는 부당하게 처리된 부분을 바로잡기 위하여 적법하게 경정청구를 제기하였으나,

    처분청은 위와 같은 해석의 적용 시점 및 그 법적 의미를 충분히 고려하지 아니한 채, 특정 판례의 법리를 일반화하여 적용함으로써 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 사업개요 및 당초 신고

 1) 재개발정비사업의 구조 및 분양 개요

  가) 청구법인은「도시 및 주거환경정비법」상 재개발정비사업조합으로 조합원으로부터 종전부동산을 출자받아 종전 건축물을 멸실 후, 주택 및 근린생활시설을 신축하여 관리처분계획에 따라 조합원에게 주택 등을 공급(입체환지)하고, 잔여 주택 등을 일반인에게 분양하는 사업을 영위하는 비영리법인이다.

  나) 아파트의 경우 조합원분양분 616세대(86,021㎡), 일반분양분 499세대(66,787㎡) 등 총 1,115세대를 분양하였고, 상가는 총 685㎡를 분양하였으며, 권리가액, 교부청산금, 추가분담금으로 계산된 조합원분양분의 권리가액상당액은 211,728,950천원이다(권리가액과 추가분담금의 각 비율 33.12%：66.88%).

 2) 청구법인의 2021〜2024 사업연도 법인세 당초 신고

  가) 조합원분양분은 비수익사업, 일반분양분은 수익사업으로 보아 장부(손익계산서)에 인식하였으며, 기본적으로 2021년부터 2024년까지 조합원분양수입과 조합원분양원가는 비수익사업 관련 손익으로 보아 장부에 전혀 인식하지 않았다.

  나) 다만,「도시 및 주거환경정비법」상 외부회계감사 시 회계사의 권고에 따라 준공된 연도(2023년)의 다음연도인 2024년에 총조합원분양수입과 총조합원분양원가를 장부에 전액 인식하여 조합원관련 자산(조합원완성건물)과 조합원관련 부채(조합원분양미수금) 계정을 일괄정리하였다.

라. 해석 변경 및 경정청구 제기 경위

 1) 해석 변경 및 적용 기준

  가) 기획재정부는 쟁점예규를 통하여 재개발정비사업조합이 자기지분을 초과하여 분양을 받은 조합원으로부터 수령하는 추가부담금은 수익사업소득에 해당하지 아니한다는 점을 명확히 밝혔다.

  나) 위 해석은 재개발사업의 구조상 조합원 추가부담금의 성격이 수익사업소득에 해당하지 않음을 전제로 하면서도, 그 적용 여부를 관리처분계획 인가 시점을 기준으로 구분하여 판단하도록 기준을 제시한 것이다.

  다) 또한, 위 해석에서는 그 적용 시점과 관련하여 “회신일 이후 관리처분계획이 인가되는 분부터 적용한다”는 기준을 명확히 설정하였고 이는 재개발사업의 경우 관리처분계획 인가를 기준으로 조합원별 권리가액, 분양가액 및 추가부담금 구조가 확정된다는 점을 고려하여, 해당 인가 시점을 기준으로 해석의 적용 여부를 구분한 것이다.

  라) 이에 청구법인은 위와 같은 해석 내용 및 적용 시점 기준을 종합적으로 고려하여 본 건 사업이 2019.2.15. 관리처분계획 인가를 받은 점에 비추어 해당 해석의 적용 대상에 해당하지 않는다고 판단하였으며, 이에 따라 경정청구를 제기하였다.

  마) 청구법인의 경정청구는 기존 신고를 번복하기 위한 것이 아니라 해석 적용 시점에 비추어 부당하게 이루어진 과세를 바로잡기 위한 것이며, 이는 「국세기본법」이 보장하는 납세자의 권리로서, 적법한 절차에 따라 이루어진 정당한 권리행사이다.

 2) 경정청구 제기 및 그 내용

  정기 법인세 신고 시에는 조합원분양수입과 이에 대응되는 매출원가 및 기타의 관련 손익은 모두 비수익사업과 관련된 것으로 보았으나, 경정청구 시 조합원분양수입 중 조합원분담금은 수익사업으로 보아 익금산입, 조합원분담금에 대응되는 조합원매출원가는 손금산입, 영업외수익과 영업외비용 중 조합원분담금 상당액은 익금 또는 손금 산입하였다.

마. 처분청의 기각처분 내용

 1) 청구법인은 2025.11.25. 법인세 경정청구를 제출하였고, 이후 처분청으로부터 해당 경정청구의 진행상황에 관한 통지를 받았다.

 2) 위 통지에는 청구법인이 제출한 경정청구에 대하여 사실관계 확인 및 자료 검토에 상당한 시간이 소요되어 처리가 지연되고 있다는 내용이 기재되어 있었으며,

  「국세기본법」제45조의2 제3항 단서에 따라 청구일부터 2개월 이내에 결과통지를 받지 못한 경우에는 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는「감사원법」에 따른 심사청구를 제기할 수 있다는 점이 함께 안내되어 있다.

 3) 이후 처분청은 2026.3.19.「경정청구 처리 결과 통지」를 통하여 청구법인의 경정청구에 대한 처리 결과를 통지하였으며, 위 통지서에는 청구사유가 “초과 분담금 익금산입 및 대응원가 손금산입”으로 기재되어 있고, 세목은 법인세, 대상 사업연도는 2022 사업연도 및 2023 사업연도로 기재되어 있다.

 4) 또한, 청구세액은 2022 사업연도 836,722,623원, 2023 사업연도 800,233,434원으로 기재되어 있으나, 처리결과는 각 사업연도 모두 0원으로 기재되어 있고 거부 사유란에는 “청구법인이 조합원으로부터 받는 추가분담금(자기 지분 초과분)은 수익사업소득에 해당하지 아니한다”는 사유로 경정청구를 거부한다는 취지가 기재되어 있다.

 5) 이에 따라 청구법인이 제기한 경정청구는 받아들여지지 아니하였으며, 위 통지서에는 위와 같은 기재 외에 구체적인 판단 근거 또는 사실관계에 대한 추가적인 설명은 별도로 제시되어 있지 않고, 관련 법리의 적용 경위나 판단 과정에 관하여도 별도의 기재는 확인되지 않는다.

바. 청구법인의 주장

 1) 기획재정부 해석에서 명시한 적용 시점 기준을 위반한 위법한 처분

  가) 기획재정부는 쟁점예규 회신을 통하여 재개발정비사업조합의 조합원 추가부담금에 관한 과세기준을 제시하면서, 그 적용 시점에 관하여 “회신일 이후 관리처분 계획 인가분부터 적용한다”는 기준을 명시적으로 설정하였다.

  나) 이는 단순한 해석의 제시에 그치는 것이 아니라, 해석 변경에 따라 발생할 수 있는 법적 혼란을 방지하고, 기존 사업과 새로운 해석의 적용대상을 명확히 구분함으로써 납세자의 법적 안정성과 예측가능성을 확보하기 위한 취지에서 마련된 기준이다.

  다) 특히, 재개발정비사업은 관리처분계획 인가를 기점으로 조합원별 권리가액, 분양가액, 추가분담금 등 권리·의무 관계가 확정되고, 이후의 사업 진행은 그 확정된 구조를 전제로 이루어지는 특성을 가진다.

  라) 이와 같은 사업 구조를 전제로 할 때, 관리처분계획 인가일은 단순한 절차상의 시점이 아니라, 과세 여부 및 소득구분 판단의 기초가 되는 핵심 기준 시점에 해당하며, 특정 시점을 기준으로 해석의 적용 여부를 구분하지 아니하고 새로운 해석을 기존 사업에 적용하는 것은 이미 확정된 권리관계 및 계산구조를 사후적으로 변경하는 결과를 초래하게 되며, 납세자의 예측가능성을 본질적으로 침해할 뿐만 아니라 동일한 사실관계에 대해 서로 다른 과세결과를 초래할 위험이 있다.

  마) 그럼에도 불구하고 처분청은 본 건과 같이 2019.2.15. 관리처분계획 인가를 받은 사업에 대하여 위 해석의 적용 시점 기준을 고려하지 아니한 채, 그 해석을 사실상 소급하여 적용하는 결과를 초래하였고, 이에 따라 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

  바) 그러나 위 해석에서 적용 시점을 명시적으로 한정한 이상, 이는 과세관청이 반드시 준수하여야 할 판단 기준으로 기능하며, 이를 배제한 채 이루어진 과세처분은 위법성을 면할 수 없다.

  사) 결국 본 건 처분은 기획재정부가 명시적으로 설정한 적용 시점 기준을 무시한 채 새로운 해석을 기존 사업에 적용한 것으로서, 해석의 전제 자체를 일탈한 위법한 처분에 해당한다.

 2) 행정의 자기구속 및 신뢰보호 원칙에 반하는 처분

  가) 과세관청은 법령 해석에 관하여 소관 중앙행정기관이 제시한 기준에 따라 과세를 하여야 하며, 특별한 사정이 없는 한 이를 임의로 배제하거나 달리 적용할 수 없다.

  나) 기획재정부는 2025.3.5.자 재산세제과-177 회신을 통하여, 해석이 변경된 경우에도 종전 예규에 따라 이미 신고가 이루어진 사안에 대해서는 그 신고를 존중하되, 납세자가 새로운 해석의 적용을 받고자 경정청구를 제기한 경우에는 과세관청이 새로운 해석을 기준으로 결정·경정하여야 한다는 점을 명확히 하였다.

  다) 이는 해석 변경 상황에서 과세관청이 어떠한 기준으로 사안을 처리하여야 하는지를 제시한 것이고 과세 행정 내부적으로 준수되어야 할 기준에 해당하며, 청구법인은 이러한 해석 및 적용 구조에 따라 경정청구를 제기하였으므로 합리적인 법적 기대에 기초한 행위이다.

  라) 그럼에도 처분청은 위와 같은 해석의 적용 구조를 고려하지 아니한 채 경정청구를 기각하였는바, 이는 행정의 자기구속 원칙에 반할 뿐만 아니라 납세자의 정당한 신뢰를 침해하는 것이다.

 3)「국세기본법」상 소급과세 금지 원칙 위반

  가)「국세기본법」제18조 제3항은 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 경우 이를 변경하여 납세자에게 불리하게 적용할 수 없다는 소급과세 금지 원칙을 규정하고 있다.

  나) 판결에서는 납세자가 종전의 해석 또는 관행을 신뢰하여 그에 따라 행위 또는 계산을 한 경우에는 그와 다른 해석을 소급하여 적용함으로써 납세자에게 불이익을 주는 것은 허용되지 않는다는 취지를 명확히 하고 있다(대법원94누3629, 1995.7.28.).

  다) 또한, 법제처 해석례(06-0032, 2006.3.22.)는 해석이 납세자에게 유리하게 변경된 경우에는 이를 해당 납세자의 사안에 적용하는 것이「국세기본법」제18조 제3항에 위배되지 않는다는 점을 분명히 하고 있다.

  라) 본 건에서 청구법인은 신고 당시 조합원 추가분담금의 과세 여부에 관하여 명확한 기준이 존재하지 아니한 상황에서, 관련 법리 및 사업 구조를 종합적으로 고려하여 이를 수익사업소득으로 보지 아니하는 방향으로 신고하였다.

  마) 이는 불확실한 법적 상황에서 과세상 위험을 최소화하기 위한 신중한 판단에 따른 것이며, 이후 기획재정부 해석 및 그 적용기준이 명확히 정립됨에 따라, 청구법인은 기존 신고내용 중 과다 또는 부당하게 처리된 부분을 바로잡기 위하여 경정청구를 제기하였으며, 이는「국세기본법」이 예정하고 있는 정당한 권리행사에 해당하는 것이다.

  바) 처분청은 위와 같은 사정을 고려하지 않고, 경정청구를 배척하였는바, 이는 해석 변경의 적용 한계를 일탈한 것으로서「국세기본법」상 소급과세 금지 원칙의 취지에 반하는 위법한 처분이다.

 4) 경정청구에 대한 심리·판단을 다하지 아니한 위법

  가) 경정청구에 대한 처분은 납세자가 제시한 사실관계와 법리를 충분히 검토한 후, 그 판단 근거를 제시하는 방식으로 이루어져야 한다.

  나) 그러나, 본 건 통지서에는 추가분담금이 수익사업소득에 해당하지 아니한다는 결론만이 기재되어 있을 뿐, 기획재정부 해석의 적용시점 기준에 대한 판단, 관리처분계획 인가일의 법적 의미, 경정청구의 취지 및 적용 가능성 등에 관한 구체적인 검토 내용은 전혀 제시되어 있지 않다.

  다) 또한, 재산세제과-177에서 제시된 해석 적용 구조 및 경정청구 처리 원칙에 대한 검토 여부 역시 확인되지 않으며, 결국 본 건 처분은 청구법인이 제기한 핵심 쟁점에 대한 실질적인 심리 없이 결론을 제시한 것으로서, 심리미진 및 판단누락의 위법이 있다.

사. 결론

 1) 기획재정부는 해당 해석의 적용 시점을 “회신일 이후 관리처분계획 인가분부터”로 명확히 한정하였고, 이는 재개발정비사업의 구조상 관리처분계획 인가를 기준으로 권리관계 및 분담금 구조가 확정된다는 점을 고려하여 설정된 핵심적인 판단 기준이다.

 2) 그럼에도 불구하고 처분청은 이러한 적용시점 기준을 고려하지 아니한 채, 본 건과 같이 그 이전에 관리처분계획 인가를 받은 사업에 대하여 새로운 해석을 사실상 소급하여 적용하였으며, 이는 해석의 전제 자체를 일탈한 것으로서 위법한 처분이다.

 3) 또한, 처분청은 기획재정부 해석이 전제하고 있는 적용 구조 및 납세자의 경정청구 취지를 충분히 검토하지 아니한 채 결론만을 근거로 경정청구를 거부하였는바, 이는 행정의 자기구속 및 신뢰보호 원칙에 반할 뿐만 아니라「국세기본법상」소급과세 금지 원칙에도 위배되는 것이다.

 4) 나아가 본 건 처분은 청구법인이 제기한 적용시점 기준, 관리처분계획 인가일의 의미 및 경정청구의 법적 성격 등에 대한 실질적인 심리 없이 이루어진 것으로서, 판단 과정의 적정성을 결여한 중대한 위법이 있는 처분에 해당한다.

 5) 한편, 청구법인이 당초 경정청구서에서 명시적으로 제시한 바와 같이, 조합원 추가분담금을 수익사업의 익금으로 보는 경우에는 이에 대응되는 원가 및 관련 손익을 합리적으로 대응시키기 위하여 일정한 기준에 따른 안분이 필수적으로 수반되어야 하며, 경정청구서에 그와 같은 안분방법을 구체적으로 제시한 바 있다.

 6) 그럼에도 불구하고 처분청은 위와 같은 손익 대응 구조 및 안분방법에 대한 검토를 전혀 수행하지 아니한 채 경정청구를 전면 배척하였는바, 이는 사안의 전체 구조에 대한 심리를 다하지 아니한 결과에 해당한다.

 7) 결국 본 건 처분은 해석의 적용 시점 기준을 위반하여 이루어진 위법한 처분일 뿐만 아니라, 납세자의 정당한 권리행사를 실질적으로 배척한 것으로서 취소되어야 한다.

3. 처분청 의견

가. 청구법인은 당초 정기 법인세 신고시 조합원 분양수입과 이에 대응되는 매출원가 등을 비수익사업으로 보아 신고하였고, 청구법인이 별도로 손익 계상을 하지 않은 조합원 분양수입 및 매출원가는 아래와 같다.

나. 조합원 분양사업은 본질적으로 수익사업이 아니며 조합원이 자기 지분을 초과하여 지급하는 추가분담금은 출자의 납입(자본거래)인 바, 익금에서 제외된다.

 1)「조세특례제한법 시행령」제104조의4에서 도시정비법상의 정비사업조합이 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있다.

 2) 쟁점예규 회신 이전에 이미 대법원(2018두54040, 2018.12.6.)에서는 관리처분계획 인가일과 무관하게 조합원들에 대한 분양사업에서 어떠한 소득이 생기더라도 이는 법인세 과세대상인 수익사업에서 생긴 소득이라고 할 수 없다고 판결하였으며,

    이후 광주지방법원(2020구합13905, 2021.6.11.)도 재건축조합과 조합원과의 관계가 어떠한 거래가 있는 매매관계가 아닌 출자관계라는 실질과세원칙을 통해 조합원이 내는 돈의 성격이 본질적으로 수익사업이 아님을 판결하였다.

 3) 그러나, 청구법인은 자신들의 이해관계에 맞추어 쟁점예규를 자의적으로 해석하여 관리처분계획인가일이 쟁점예규 회신 이전이면 조합원 추가분담금이 수익사업이라며 경정청구를 제시한바, 이는 법리적 근거가 없으므로 경정청구에 대한 거부처분은 정당하다.

다. 쟁점예규는 일반적･대외적 구속력을 갖는 법규범이 아니며 관리처분계획인가 시점이 법률적용의 기준점이 될 수 없다.

 1) 청구법인은 쟁점예규의 단서조항인 “회신일 이후 관리처분계획이 인가되는 분부터 적용한다”는 문구를 근거로 본인들은 해당 회신일 이전에 관리처분계획 인가를 받은바, 쟁점예규의 적용 대상에서 제외되어야한다고 주장하나,

    쟁점예규는 과세관청 내부에 있어서 세법의 집행기준과 해석지침을 시달하는 행정조직 내부의 명령(행정규칙)에 불과할 뿐이며 대법원은 일관되게 과세관청의 훈령, 기본통칙, 예규 등은 행정규칙에 불과하여 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 있는 법규범이 아님을 판시하고 있다(대법원2017두38874, 2019.7.11., 대법원2017다211559, 2020.5.28., 대법원2024두59787, 2025.2.13. 외 다수).

 2) 또한 처분이 행정규칙을 위반하였다고 해서 그러한 사정만으로 곧바로 위법하게 되는 것은 아니고, 처분이 행정규칙을 따른 것이라고 해서 적법성이 보장되는 것도 아니며 처분이 적법한지는 행정규칙이 아니라 상위법령의 규정과 입법 목적 등에 적합한지 여부에 따라 판단해야 한다.

 3) 즉, 과세관청 내부의 지침 변경이나 적용례에 관한 논의가 있다 하더라도 이를 법률보다 격상하여 처분의 위법을 논할 수 없으며 법령 해석의 최종적인 권한은 사법부에 있다(대법원85누808, 1986.10.28., 대법원2020두47793, 2020.12.10.).

 4) 절차적 가이드라인에 불과한 관리처분계획인가일이라는 기준점을 가지고 법률이 정한 조합원 분양사업의 본질적 성격을 바꾸려하는 것은 조세법률주의 원칙에 정면으로 위배된다.

라. 청구법인은 과세관청을 신뢰한 사실이 없으므로 신뢰보호원칙과 소급과세금지의 대상이 아니다.

 1) 신뢰보호원칙은 과세관청이 공적인 견해표명을 하였고, 납세자가 이를 전적으로 신뢰하여 어떠한 유해한 행위나 선택을 했을 때 비로소 성립한다.

 2) 다만, 청구법인은 당초부터 국세청 예규(법인세과-669, 2009.2.18., 법인세과-708, 2010.7.27.)와 대법원 판례(2018두54040, 2018.12.6.)가 배치되는 상황에서 스스로 조합원 관련 수입을 비수익사업으로 판단하여 적법하게 신고를 진행하였다.

 3) 따라서 과세관청의 잘못된 관행을 신뢰하여 행동한 적이 없으므로 신뢰보호 및 소급과세금지 원칙을 위배했다는 주장은 성립할 수 없다(대법원94누3629, 1995.7.28.).

마. 청구법인 제기한 경정청구의 선결 문제는 해당 추가 분담금이「법인세법」상 ‘익금(수익사업 소득)’인지 아니면 ‘자본거래(비수익사업)’인지 여부이다.

 1) 대법원과 하급심 법원의 확립된 법리에 따라 해당 거래가 과세대상이 아닌 자본거래(출자의 납입)임이 확정된 이상, 수익사업임을 전제로 하는 ‘수입금액 안분’이나 ‘대응 비용 산정’은 검토의 대상이 아니다.

 2) 과세 대상 자체가 아닌 거래에 대해 세부 안분 방법을 심리하지 않았다고 하여 이를 심리미진이라 할 수 없으며, 처분의 정당성에는 아무런 영향이 없다.

바. 청구법인의 주장은 이유 없으므로 기각하여야 한다.

 1) 조세법규의 해석은 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며(대법원2002두6781, 2004.5.27.),

    해당 법문에서 별도의 단서조항이나 조건이 명시되어 있지 않는 바, 법문 그대로 해당 조합원에게 공급되는 부동산에 관련된 일체의 수익은 수익사업 소득에 해당하지 않는 것으로 보는 것이 타당하다(대법원2018두54040, 2018.12.6.).

 2)「법인세법」제15조 제1항에 따르면 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익은 익금에 해당하나 자본 또는 출자의 납입은 익금에서 제외된다.

 3) 재개발조합의 사업은 조합설립에 동의한 토지 및 건물의 소유자들을 조합원들로부터 토지 및 건물을 현물출자 받아 건물을 신축한 후 이를 조합원들에게 공급하는 사업으로,

    조합원이 현물출자한 가액에 미달하는 토지와 건물을 공급받고 그 차액에 해당하는 청산금을 조합으로부터 수령하는 경우 그 청산금이 출자의 환급에 해당하는 것은 분명하다.

 4) 그 반대의 경우 즉, 조합원이 현물출자한 가액을 초과하는 토지와 건물을 공급받고 그 차액에 해당하는 청산금을 조합에 지급하는 것은 추가적인 출자의 납입에 해당한다.

 5) 따라서 재개발조합이 자기지분을 초과하여 분양받은 조합원으로부터 수령하는 조합원 추가 분담금은 출자의 납입으로 수익사업소득에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당하다(대법원2018두54040, 2018.12.6.).

4. 처분청 의견에 대한 청구법인 항변

가. 이 사건의 핵심 쟁점 및 처분청 논리의 근본적 모순

 1) 청구법인은 쟁점예규에서 명시한 행정기준인 “회신일 이후 관리처분계획이 인가되는 분부터 새로운 해석(비수익사업)을 적용한다”는 단서조항에 의거하여,

    쟁점예규 회신일 이전인 2019.2.15. 이미 인가를 받은 청구법인의 사업에 대해서는 종전의 과세기준(수익사업 익금 및 대응원가 손금 산입)이 유효하게 적용되어야 함을 근거로 본 경정청구를 제기하였다.

 2) 그러나, 처분청은 쟁점예규의 본문내용 및 대법원 판례(2018두54040, 2018.12.6.)만을 자의적으로 추출하여 “조합원 추가분담금은 본질적으로 자본거래이므로 수익사업소득에 해당하지 않는다”는 단편적인 확언만으로 청구법인의 적법한 청구를 전면 거부하였다.

 3) 이러한 처분청의 주장은 행정처분의 논리적 완결성을 결여한 채, 세법 해석의 시적(時的) 적용 한계 무시(법적안정성 침해)라는 치명적인 모순과 법리적 공백을 내포하고 있다.

 4) 쟁점예규는 명시적으로 “회신일 이후 관리처분계획이 인가되는 분부터 적용한다”는 엄격한 시점 제한 조건을 두고 있다.

 5) 처분청은 추가분담금이 자본거래에 해당한다는 기각 논리를 정당화하기 위해 대법원 판례와 함께 해당 유권해석의 결론(수익사업소득에 해당하지 아니함)을 인용하면서도,

    정작 그 유권해석의 효력 범위를 규정하는 핵심 조건인 ‘회신일 이후 인가분부터 적용한다’는 시점 한정 문언에 대해서는 아무런 법리적 해명 없이 의도적으로 외면하고 있다.

 6) 이는 유권해석 중 자신들에게 유리한 판단만을 자의적으로 추출하여, 쟁점예규 회신일인 2021.6.4. 이전에 이미 관리처분계획 인가(2019.2.15.)가 완료된 청구법인의 사업에 소급 적용하려는 심각한 논리 모순이다.

나. 쟁점예규 회신일인 2021.6.4. 이전 관리처분계획 인가가 완료된 사업에 대한 법리적 공백(법적안정성 침해)

 1) (종전예규를 준수한 업체의 법적 안정성 침해) 처분청 주장대로 인가 시점과 관계없이 일괄적으로 자본거래(비수익사업) 법리만을 소급 적용한다면, 쟁점예규 회신일인 2021.6.4. 이전에 관리처분계획 인가를 받아 기존 유권해석에 따라 사업 구조와 세무 계획을 확정했던 정비사업조합들에 대해 어떠한 법률효과가 적용되는지 전혀 설명하지 못한다.

 2) (명확한 행정의 기준점 필요) 종전 예규에 따른 수익사업도 아니고 새로운 예규에 따른 시점 준수도 아니라면 법적 공백 상태가 되고, 이는 국세행정의 예측 가능성을 완전히 파괴하는 행위이며, 나아가 이는 과세행정의 근간을 이루는 조세평등주의 및 실질적 평등원칙에 정면으로 위배되는 중대한 결과를 초래한다.

 3) (헌법상 보장한 평등원칙 위배) 본질적으로 동일한 정비사업을 영위하고 동등한 경제적 실질과 담세력을 갖춘 사업주체들임에도 불구하고, 과세관청의 해석 변경 전환기에 경정청구권 등 적법한 구제 절차를 행사했는지 여부나 단지 당초의 신고 형태가 어떠했는지라는 형식적 사정만을 기준으로 삼아, 특정 조합은 수익사업(대응 손금 인정)으로, 타 조합은 비수익사업(손금 부인)으로 양분하여 차별적인 과세 지위를 부여하는 것은 헌법상 보장된 평등원칙에 반한다.

 4) (법적안정성 원칙도 위배) 즉, 행정지침의 변경이라는 사후적·외생적 요인만을 근거로 동일한 납세자 집단 내에서 합리적 이유 없이 조세부담의 불균형을 야기하는 처분은, “유사한 것은 유사하게 취급하여야 한다”는 수평적 평등의 원칙과「국세기본법」제18조가 수호하고자 하는 법적 안정성의 가치를 원천적으로 훼손하는 자의적 과세행정이다.

 5) 따라서 본 사건의 본질은 단순히 추가분담금의 추상적 성격 규명이 아니라, ① 신청인 주장의 핵심인 쟁점예규상 적용시점 제한의 법적 구속력, ② 쟁점예규 회신일인 2021.6.4. 이전 관리처분계획 인가가 완료된 사업에 적용되는 확고한 종전 과세관행의 효력, ③ 해석 변경 전환기에서 발생할 수 있는 합리적 이유 없는 차별을 방지하고 조세평등주의(실질적 평등원칙) 및 법적 안정성을 수호하여야 할 처분청의 의무 위반 여부에 있다.

다. 처분청 의견에 대한 세부 반박①

 1) 처분청의 주장 요지

  가) 처분청은 관련 판례(대법원2018두54040, 광주지방법원2020구합13905 등)를 근거로, 조합원분양사업은「조세특례제한법」상 본질적으로 비수익사업에 해당하므로 위 사업에서 어떠한 소득이 생기더라도 수익사업 소득이라 할 수 없다고 주장한다.

  나) 따라서, 조합원이 부담하는 초과분담금은 도시정비법상 청산금 징수와 같은 맥락의 추가적인 출자 납입(자본거래)일 뿐이므로 수익사업의 익금에 산입할 수 없다는 입장이다.

 2) 청구법인의 항변

  가) 공적 견해표명으로 수십 년간 확립되었던 국세행정의 과세관행이 존재하며, 이는 신의칙원칙에도 위배된다.

  나) 과세관청은 과세 전환기 이전 수십 년의 상당한 기간 동안 정비사업조합의 자기지분 초과분담금에 대하여 명백히 ‘수익사업 소득’으로 보아 법인세를 부과·징수해 온 엄연한 사실이 있다.

  다) 과세관청의 공식 유권해석인 법인세과-669(2009.2.18.), 법인세과-708(2010.7.27.), 심사법인 2017-0006(2017.7.24.) 등은 일관되게 “조합원이 자기지분을 초과하여 건축물을 공급받고 조합에 지급하는 추가분담금은 수익사업의 익금에 포함된다”고 명확히 선언하고 있다.

  라) 이는 단순한 내부적 참고의견이 아니었으며, 전국의 모든 정비사업조합의 세무 신고 기준을 강제적으로 규율하고, 국세청이 실제 세무조사를 수행하여 법인세를 추징해 왔던 가장 강력하고 확고한 ‘국세행정의 관행’ 그 자체였다.

  마) 이를 믿고 납세자들은 성실히 신고·납부를 하였으나, 과세관청은 이에 반하는 행정처분을 하였으므로 이는 명백한 신의칙 위반이다.

 3) 쟁점예규의 시점 제한 단서

  가) 최고 해석기관인 기획재정부가 쟁점예규를 공포하며 “회신일 이후 관리처분계획 인가분부터 적용한다”는 시점 제한 조건을 단서로 명시한 행위는 대단히 중차대한 법률적 의미를 가진다.

  나) 이는 종전 해석(수익사업설)과 새로운 해석(비수익사업설) 사이에 발생하는 법률효과의 판이한 차이와 그로 인한 정비사업 생태계의 대혼란을 행정청 스스로 인정하고 방어하기 위함이다.

  다) 만약, 처분청의 주장대로 대법원이나 하급심 판결(광주지방법원2020구합13905, 2021.6.11. 등)의 자본거래 논리에 따라 과거의 모든 정비사업에 대해 시점과 관계없이 소급하여 비과세(비수익)로 처리되어야 하는 사안이었다면,

     최고 해석기관이 법적 안정성을 무릅쓰고 예규에 ‘적용시기 분절 단서’를 직접 삽입할 이유가 전혀 없다.

  라) 상급기관이 정비사업의 구조적 불가역성을 배려하여 설정한 명시적 경계선을 하급 처분청이 임의로 허무는 것은,

     세법 해석의 최고 책임 기관이 공포한 공적 확약의 효력을 하청 행정청이 전면 부인하는 행정질서의 전도와 다름이 없다.

 4) 소결

  가) 처분청이 원용하는 대법원 판례(2018두54040) 및 광주지방법원 판결(2020구합13905) 등은 과세관청이 기존 과세 관행을 들이밀며 무리하게 법인세를 추징하려 하자 사법부가 그 침익적 처분의 위법성을 타개하기 위해 내린 개별 판결들이다.

  나) 따라서 최고 유권해석 기관이 전환기 속에서 대외적으로 공포한 시적 기준점인 2021.6.4. 이전에 이미 관리처분계획 인가를 득하여 기존 과세 관행을 전제로 사업의 경제적 분담 구조를 완전히 확정지은 청구법인의 사업에 대해서는,

     오랜 기간 유효하게 확립되었던 종전 예규와 관행에 의거하여 수익사업 소득(손익대응)으로 판단하여 경정하는 것이 법적 안정성과 형평성에 부합하는 유일한 길이며, 의무 없는 자의적 유추해석으로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 마땅히 취소되어야 한다.

라. 처분청 의견에 대한 세부 반박②

 1) 처분청의 주장 요지

  처분청은 기획재정부의 쟁점예규가 과세관청 내부에 있어서 세법의 집행기준과 해석지침을 시달하는 행정조직 내부의 명령(행정규칙)에 불과할 뿐이며,

  절차적 가이드라인에 불과한 관리처분계획 인가일을 기준으로 법률 적용의 기준을 삼아 조합원 분양사업의 본질적 성격을 바꾸려 하는 것은 조세법률주의 원칙에 정면으로 위배된다고 주장한다.

 2) 청구법인의 항변

  가)「도시 및 주거환경정비법」상 관리처분계획 인가는 처분청의 주장처럼 결코 단순한 행정절차나 단순한 ‘절차적 가이드라인’이 아니다.

  나) 관리처분계획 인가가 고시되면 조합원의 종전자산 권리가액과 신축 주택의 분양가액이 확정적으로 매칭되며, 개별 조합원이 최종적으로 납부해야 할 ‘추가분담금’의 산출 공식과 사업의 전체적인 경제적 구조가 대외적으로 확정되는 법률상 불가역적인 시점이다.

  다) 정비사업의 막대한 사업비 조달 구조와 향후 발생할 법인세 부담 예측치 또한 모두 이 관리처분계획 인가 시점의 세법 해석을 기준으로 수립된다.

  라) 세법의 최고 해석기관인 기획재정부가 인가일을 분절점으로 삼아 적용시점을 한정한 것은, 정비사업이 가진 이러한 거대한 법적·경제적 특수성과 소급과세 시 발생할 대혼란을 고려한 고도의 정책적·법리적 판단의 결과다.

  마) 관리처분계획인가일은「도시 및 주거환경정비법」및 이에 관련된 세법 체계에서 재개발·재건축 사업의 전체 과정 중 ‘가장 본질적이고 중차대한 법률적 이정표’로 다루어지는 핵심 개념이다.

  바) 정비사업의 성패를 가르는 권리의무의 종국적 확정 시점을 단지 ‘행정 편의적 절차’나 ‘행정 내부의 가이드라인’ 정도로 격하시켜 해석하는 처분청의 주장은,

     정비사업의 근간을 이루는 구조적 특질과 세법의 시적(時的) 적용 한계에 대한 지극히 단편적이고 왜곡된 이해에서 비롯된 법리적 오류라 하지 않을 수 없다.

  사) 최고 유권해석 기관인 기획재정부마저 그 불가역적 법률효과를 인정하여 과세 분절점으로 삼은 관리처분계획 인가일을,

     하급 처분청이 자의적인 논거를 앞세워 형해화하려는 시도는 조세법의 기본 이념인 법적 안정성을 뿌리째 흔드는 일이며, 행정청의 객관적 정당성을 스스로 상실하는 처사이다.

  아) 일선 하급 행정관청이 세법을 집행함에 있어 상급기관이 발한 예규와 지침에 철저히 귀속되어 업무를 처리하는 것은 행정조직의 가장 기본적인 작동 원리이자 당연한 의무이다.

  자) 사법부의 최종 심판 권한과 별개로, 과세관청은 스스로 대외적으로 공포한 세법 해석과 집행 지침을 엄격히 준수해야 할 ‘행정의 자기구속 원칙’ 및「국세기본법」제15조가 규정한 ‘신의성실 원칙’에 당연히 기속된다.

  차) 상급 행정기관이자 최고 유권해석 기관이 세법 집행의 안정성과 납세자의 예측가능성을 담보하기 위해 명시적으로 공포한 시점 기준을, 하급 처분청이 단지 ‘내부 지침일 뿐’이라며 격하시켜 전면 무시하는 것은 처분청 스스로 과세행정의 공신력과 신뢰도를 실추시키는 행위다.

  카) 기획재정부가 설정한 적용시점 규정을 자의적으로 배척하는 처분청의 독단적인 태도는 세법 해석 및 집행의 일관성을 허물고, 평등의 원칙에 위배되는 자의적이고 편의주의적인 처분에 해당하므로 마땅히 시정되어야 한다.

마. 처분청 의견에 대한 세부 반박③

 1) 처분청의 주장 요지

  가) 처분청은 대법원 판결(대법원2017두38874, 대법원2017다211559, 대법원2024두59787 등)을 원용하여, 상급기관의 업무처리지침이나 내부 감사훈령과 같은 ‘행정규칙’은 일반적으로 행정조직 내부만 규율할 뿐 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 없다고 주장한다.

  나) 따라서, 과세관청 내부 지침에 불과한 기획재정부 쟁점예규의 시점 제한 단서(“회신일 이후 관리처분계획 인가분부터 적용”)에 처분청이 구속될 이유가 없으며, 오직 상위 법령과 대법원 판례의 자본거래 논리만을 기준으로 삼아 내린 본 건 거부처분은 적법하다는 입장이다.

 2) 청구법인의 항변①

  가) 처분청은 이른바 ‘유승준 판결’(대법원2017두38874, 2019.7.11.) 중 “행정규칙은 대외적 구속력이 없다”는 단편적인 문구만을 취사선택하여 아전인수격으로 해석하고 있다.

  나) 그러나, 해당 판결이 선언한 본질적 결론은 오히려 처분청의 이번 거부처분이 명백히 위법·부당함을 증명하는 강력한 근거로 작용한다.

  다) 위 판결에 따르면 사법부는 처분이 상급행정기관의 지침이나 지시를 따르거나 이와 반대일 때 곧바로 적법성이 보장되거나 부인되는 것이 아니며,

     최종적인 적법 여부는 비례·평등원칙과 같은 법의 일반원칙에 적합한지 여부에 따라 판단해야 한다고 명시하여, 행정청이 내부 지침이나 특정 판례의 결론만을 기계적으로 대입하여 법의 일반원칙을 훼손하는 행위를 엄격히 경계하고 있다.

  라) 또한, 처분청이 자신에게 재량권이나 시정 권한이 없다고 오인하여, 처분으로 달성하려는 공익과 납세자가 입게 되는 불이익을 전혀 비교 형량하지 않은 채 처분하는 것은,

     ‘재량권 불행사’로서 그 자체로 재량권의 일탈·남용이자 명백한 취소 사유임을 확고히 선언하고 있다.

  마) 처분청은 행정규칙의 형식을 취한 쟁점예규의 단서조항을 임의로 배척해도 무방하다는 논리를 펴고 있으나, 이는 사법부가 정립한 행정작용의 ‘법령 위반’ 법리를 오해한 것이다.

  바) 이른바 ‘군부대 자살 관련 국가배상책임 판결’(대법원2017다211559, 2020.5.28.)은 행정작용의 법령 위반을 판단함에 있어,

     “엄격하게 형식적 의미의 법령에 명시적으로 작위의무가 규정되어 있는 경우만을 의미하는 것이 아니고, 신의성실과 같이 공무원으로서 마땅히 지켜야 할 준칙이나 규범을 지키지 않고 위반한 경우를 포함하여 널리 객관적인 정당성이 없는 행위를 한 경우를 포함한다”고 확고히 선언하고 있다.

  사) 최고 해석기관인 기획재정부의 쟁점예규는 단순한 행정조직 내부의 단속적 규정이 아니다.

  아) 정비사업의 특수성과 구조적 불가역성을 고려하여 세법 집행의 안정성과 납세자의 예측가능성을 담보하기 위해 대외적으로 공포한 ‘공적 준칙이자 신의성실의 확약’이다.

  자) 그럼에도 처분청이 단지 형식적 구속력 결여를 핑계 삼아 이를 전면 무시하고 새로운 해석을 소급 적용하려는 것은, 공무원으로서 마땅히 지켜야 할 신의성실의 준칙을 저버린 것이며 ‘널리 객관적인 정당성이 없는 행위’에 해당하여 위법함을 면할 수 없다.

  차) 처분청이 추가로 인용한 대법원2024두59787(2025.2.13.) 및 그 전심인 서울고등법원2023누69154(2024.10.16.) 등은 기술적·조직 내부적 지침인 ‘국세청 감사규정 제10조(감사 중복 방지)’의 위반 여부 및 특정 법인의 ‘EBITDA 주식 시가 산정 방식’의 적정성을 다툰 사안으로, 본 건 정비사업의 과세 전환기 평등원칙 위배 문제와는 사실관계 및 법리적 성격이 전혀 부합하지 않는다.

  카) 단순한 내부 단속용 훈령 위반 사안인 해당 판례를 원용하여, 전국의 모든 정비사업조합과 불특정 다수 납세자의 권리·의무 체계를 시적으로 분절하여 규율하는 최고기관의 ‘대외적 세법 해석 지침’의 효력을 무력화하려는 처분청의 시도는 법리적 본질을 완전히 오도한 유추적용에 불과하다.

  타) 처분청은 대법원85누808(1986.10.28.)의 “법원이 국세예규심사위원회의 유권해석에 구속되는 것은 아니다”라는 판시사항을 근거로 예규 단서조항의 효력을 부정하려 한다.

  파) 그러나, 해당 판례는 수입된 대형 식기세척기가 그 크기와 성능상 ‘통상 가정에서 사용하는 기기’로 볼 수 없음이 명백함에도 불구하고, 예규의 추상적인 문구를 아전인수격으로 원용하여 과세를 회피하려던 납세자의 주장을 배척한 사안으로 즉, ‘실질적 사실관계가 예규의 정의와 부합하지 않아’ 예규의 해석에 법원이 구속되지 않는다고 판단한 것이다.

  하) 반면 본 건은 신청인의 정비사업 성격이 다른 정비사업과 조금도 다르지 않으며, 실질적 사실관계가 완벽히 동일함에도 불구하고,

     처분청이 오직 ‘시점’만을 잣대로 소급 과세한 사안이므로, 위 판례를 본 건에 대입하여 기획재정부의 시적 제한 지침 자체를 무력화하려는 처분청의 논리는 판례의 취지를 완전히 오해한 오류이다.

 3) 청구법인의 항변②

  가) 처분청은 대법원2020두47793(2020.12.10.) 판결(전심 서울고등법원2020누30353, 2020.7.17.)을 원용하여, 집행기준 등 행정규칙은 법원이나 국민을 기속하는 대외적 효력이 없으므로 이에 반하는 처분을 하더라도 적법하다고 주장한다.

  나) 그러나 해당 판결은 비영리내국법인의 고유목적사업준비금 손금산입한도액 계산 시 공제되는 ‘기부금’의 의미를 다룬 사안이다.

  다) 해당 판결의 요지는 ‘관련 법령의 문언과 체계, 조세법률주의 원칙’을 종합해 볼 때 법령의 의미가 명확함에도 불구하고,

     납세자가 법령을 살피지 아니한 채 단지 자신에게 유리하게 기재된 국세청 내부의 ‘법인세법 집행기준’만을 맹신하여 신고 의무를 해태한 것에 정당한 사유가 없다는 것이다.

  라) 즉, ‘명확한 상위 법령’과 ‘오류가 있는 내부 집행기준’이 충돌할 때 상위 법령이 우선한다는 지극히 당연한 원칙을 확인한 판례일 뿐이다.

  마) 본 건의 쟁점예규는 이와 차원이 다르고 법령의 해석이 불분명하여 대법원 판례와 기존 국세청 예규가 충돌하는 대혼란 상황 속에서, 세법의 최고 책임 기관인 기획재정부가 세법 집행의 안정을 위해 “회신일 이후 인가분부터 새로운 해석을 적용한다”고 대외적으로 공포한 ‘명시적 시적(時的) 분절 기준’이다.

  바) 처분청의 논리대로라면 과세관청 스스로가 수십 년간 일관되게 해석하고 집행해 온 모든 기준들을 “내부 지침일 뿐이니 언제든 뒤집어 소급 적용해도 적법하다”는 식의 초법적인 폭거를 정당화하는 꼴이 되며, 이는 과세당국의 공적 견해표명에 대한 신뢰보호의 원칙을 전면 부정하는 것이다.

  사) 자의적인 시점 배척은 합리적 이유 없는 과세 차별을 야기하며, 처분청이 기획재정부의 시점 지침을 배척하고 기계적인 판례 논리만을 소급 적용한 결과, 과세행정의 최고 이념인 조세평등주의(실질적 평등원칙)가 정면으로 파괴되는 심각한 불균형이 초래되었다.

  아) 본질적으로 동일한 재개발 정비사업을 영위하고 동등한 경제적 실질과 담세력을 갖춘 사업주체들임에도 불구하고,

     과세관청의 해석 변경 전환기 속에서 단지 ‘당초의 신고 형태’나 ‘경정청구 등 구제 절차를 행사했는지 여부’라는 우연하고 형식적인 사정만을 기준으로 삼아, 특정 조합은 수익사업(대응 손금인정)으로, 타 조합은 비수익사업(손금 부인)으로 양분하여 조세부담을 달리하는 것은 헌법상 평등원칙에 정면으로 반하는 자의적 과세행정이다.

  자) 처분청이 원용한 ‘유승준 판결(대법원2017두38874)’, ‘군대자살 판결(대법원2017다211559)’, 그리고 ‘법인세 집행기준 판결(대법원2020두47793)’의 사법적 본질은,

     행정청이 형식적인 문구 뒤에 숨어 조세평등주의나 신의성실 원칙과 같은 법의 일반원칙을 배신해서는 안 되며, 사실관계의 실질에 부합하도록 행정권을 행사해야 한다는 엄중한 선언이다.

  차) 또한 기술적 내부 감사 훈령 사안 판결(대법원2024두59787)이나 규격 미달 사안인 식기세척기 판결(대법원85누808)을 억지로 결부하여 최고 유권해석 기관의 공식 지침을 무력화하려는 처분청의 시도는 중대한 법리 오인이자 유추적용의 한계를 완전히 일탈한 것이다.

  카) 처분청의 자의적인 단서 조항 배척은 동일한 담세력과 경제적 실질을 지닌 정비사업조합 간에 극심한 과세 불평등을 야기하며, “유사한 것은 유사하게 과세해야 한다”는 과세행정의 대원칙이자 헌법상 이념인 조세평등주의(실질적 평등원칙)를 정면으로 침해한다.

  타) 결국 상급기관이 정한 시적 분절 기준을 전면 부인함으로써 공무원으로서 마땅히 지켜야 할 신의성실의 준칙을 저버리고 과세행정의 객관적 정당성과 법적 안정성을 파괴한 처분청의 이 사건 경정청구 거부처분은, 재량권 불행사 및 자의적 법리오해에 기초한 명백히 위법·부당한 처분이므로 마땅히 취소되어야 한다.

바. 처분청 의견에 대한 세부 반박④

 1) 처분청의 주장 요지

  가) 처분청은 대법원94누3629(1995.7.28.) 판결을 인용하여,「국세기본법」상 소급과세금지 원칙은 납세자가 종전의 세법 해석이나 국세행정의 관행을 신뢰한 나머지 이에 기인하여 어떠한 행위나 계산을 하였을 때에 한하여 적용된다고 주장한다.

  나) 따라서 신청인은 당초 법인세 신고 시 스스로 ‘비수익사업’으로 판단하여 신고하였으므로 과세관청의 잘못된 관행을 신뢰하여 행위한 사실이 없고, 이에 따라 신뢰보호 및 소급과세금지 원칙의 적용 대상이 아니므로 본 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다는 입장이다.

 2) 청구법인의 항변

  가) 청구법인이 당초 법인세 신고 당시 조합원 추가분담금 수입과 원가를 일시적으로 장부에 인식하지 아니한 것은, 당시 국세청의 기존 유권해석(자기지분 초과분담금은 수익사업 익금에 해당한다는 예규)과 대법원의 판례가 첨예하게 대립하여 정비사업 세무 실무상 리스크가 극에 달했던 과세 전환기의 대혼란에 기인한 것이다.

  나) 오랜 기간 지속되어 온 과세 관행과 유권해석이 엄연히 존재했기에, 청구법인은 고액의 가산세 폭탄과 세무조사 위험을 방어하기 위해 우선 안전한 보수적 자진신고 형태를 취할 수밖에 없었던 세무 실무적 특수성이 있었다.

  다) 이렇듯 불명확한 행정 환경 속에서 취한 잠정적·임시적 자진신고 형태를 빌미 삼아, 청구법인이 이를 통해 해당 법적 주장을 영구히 포기했다거나 관행을 신뢰하지 않았다고 단정하는 처분청의 해석은 청구법인의 궁박한 처지를 악용하는 지극히 편의주의적인 발상이다.

  라) 세법 해석이 상충할 때 우선 보수적으로 신고한 후, 이후 법리가 명확히 정립되었을 때 법정 기한 내에 세법의 올바른 해석을 구해 정당한 세액으로 바로잡는 것은「국세기본법」제45조의2가 보장하는 납세자의 고유한 권리인 ‘경정청구권’의 본질적 취지이다.

  마) 처분청은 대법원94누3629 판결을 전면에 내세워 신청인의 신뢰보호 주장을 배척하려 하나, 이는 해당 판례가 가진 사실관계와 본 건의 특수성을 완전히 오해한 자의적인 유추적용 오류다.

  바) (대법원94누3629 판결의 실질) 해당 판례는 납세자가 과세관청의 공적 견해표명을 신뢰하여 행위한 것이 아니라, 단지 ‘출판물 인쇄 등 사업상의 필요’에 따라 비상장주식을 인수한 것이 명백하므로 소급과세금지 원칙의 원용을 배척한 사안이며, 행정청의 관행과 납세자의 경제적 행위 사이에 인과관계가 전혀 없음이 확정되었기에 내려진 결론이다.

  사) (본 사건과의 법리적 불일치) 그러나 본 건의 핵심은 납세자의 단순한 주관적 동기를 다투는 사안이 아니며, 세법의 최고 책임 기관인 기획재정부가 정비사업의 불가역성을 고려하여 “회신일 이후 관리처분계획 인가분부터 새로운 해석을 적용하겠다”고 대외적으로 공포한 ‘명시적 행정 준칙(시적 분절점)’의 효력을 다투는 사안이다.

  아) 세법의 최고 책임 기관인 기획재정부는 최근 유권해석 변경 국면에서 과세관청이 취해야 할 명확한 행정지침을 재산세제과-177(2025.3.5.) 회신을 통해 확립한 바 있다.

  자) 위 지침에 따르면 “해석 변경 전에 종전 예규에 따라 신고를 마친 사안이라 하더라도, 해당 납세자가 새로운 유권해석을 적용받고자 경정청구를 제기하는 경우에는 과세관청은 새로운 해석을 기준으로 결정·경정하여야 한다”고 명시하고 있다.

  차) 즉, 당초의 신고 형태가 어떠했는가는 납세자의 경정청구권을 제약하는 법적 걸림돌이 될 수 없으며, 과세관청은 납세자가 제출한 청구내용을 바탕으로 정당한 세액의 유무를 실질 심리하여 결정해야 할 공적 의무가 있음을 상급기관이 명확히 확약해 준 것이고, 신청인은 이에 대하여 정당한 신뢰를 가지고 본 청구를 제기한 것이다.

  카) 처분청은 청구법인이 최초에 ‘비수익사업’으로 신고했다는 형식적 사실을 빌미 삼아, 마치 신청인이 처분청의 부당한 과세기준을 전적으로 신인(信認)한 것처럼 자의적으로 단정 짓고 있으나, 납세자의 자진신고 행위 자체에는 행정처분과 같은 공정력이나 확정력이 없으므로 경정청구를 통해 사후에 얼마든지 교정될 수 있다는 대법원의 가장 기초적인 법리를 무시한 처사로, 사법부는 납세자가 당초 신고한 형식이나 의도에 결코 구속되지 않으며, 독자적인 구제 절차인 경정청구를 통해 ‘실질에 부합하는 정당한 세액’을 결정받을 권리를 원천적으로 보장하고 있다.

  타) 따라서, 과세 전환기의 대혼란 속에서 가산세 방어를 위해 취한 잠정적·보수적 신고 형태를 약점 삼아, 최고 행정기관이 공식적으로 확약한 처리 원칙(재산세제과-177)과 쟁점예규의 시점 제한 규정을 전면 부인하고 납세자의 적법한 권리 행사를 차단하려는 처분청의 처분은 위법하다.

  파) 이는 판결의 결론만을 유추 적용하여 법리적 본질을 심각하게 오도하는 행위이자 국세기본법상 경정청구 제도의 존재 의의를 완전히 부정하는 처사이므로 마땅히 취소되어야 한다.

사. 처분청 의견에 대한 세부 반박⑤

 1) 처분청의 주장 요지

  처분청은 추가분담금이 비수익사업 소득(자본거래)임이 확정된 이상 수입금액 안분이나 대응 비용 산정 방법 등은 본질적으로 검토할 가치가 없으므로, 신청인이 주장하는 심리미진이나 실질조사의무 위반은 성립하지 않는다고 주장한다.

 2) 청구법인의 항변

  가) 법인세는 순소득(수익에서 비용을 차감한 순이익)에 대해 과세하는 세목이며, 이를 관통하는 대원칙은「법인세법」제42조가 규정한 ‘손익대응원칙’이다.

  나) 청구법인은 본 건 경정청구를 제기하며 단순히 “추가분담금을 익금으로 인정해달라”고 단편적으로 요구한 것이 결코 아니다.

  다) 총조합원분양수입 중 추가분담금이 차지하는 실질적 비율(66.88%)을 세무회계적으로 정교하게 산출하여 익금에 반영하는 한편,

     이 수익에 대응하는 공사매출원가와 공통판매관리비 또한 합리적인 면적 안분 기준에 따라 손금산입하는 종합적인 손익 대응 구조를 처분청에 명확히 제출하였다.

  라) 과세관청은 납세자가 경정청구를 제기하면 그 청구의 당부를 가리기 위해 익금과 손금 전체를 유기적으로 심리하고, 필요하다면 장부 조사와 안분 계산의 적정성을 검증하여 ‘정당한 세액’을 산출해야 할 법적 의무가 있다.

  마) 그러나, 처분청은 의견서 그 어디에서도 청구법인이 제시한 면적 기준 안분, 추가분담금 비율 안분, 공사원가 귀속의 적정성에 대해 단 한 줄의 세무적 검증이나 수치 조사, 혹은 현장 확인조차 수행하지 않았다.

  바) 단지 자신들이 설정한 ‘자본거래’라는 도그마에 갇혀, 납세자가 제출한 세무회계적 계산 근거 자체를 통째로 묵살하고 검토를 거부한 것은 과세관청에게 부과된 실질조사의무를 정면으로 위반한 중대하고 명백한 심리미진(직무해태)이다.

  사) 처분청의 주장대로라면 과세관청은 자신들의 입맛에 맞지 않는 세법 해석을 주장하는 경정청구에 대해서는 그 수치나 비용의 정당성을 아예 검토조차 하지 않아도 적법하다는 초법적 결론에 도달하게 된다.

  아) 설령 주된 쟁점에 견해 대립이 있다 하더라도, 신청인이 제출한 손익 안분 계산의 정당성을 실질적으로 심리하여 세액을 검증하는 것은 과세권 행사의 최소한의 전제 조건이다.

  자) 따라서 최소한의 안분 계산 검증조차 거부한 채 단편적인 논리만으로 청구법인의 정당한 손금 유기 구조를 전면 부인한 처분청의 이 사건 거부처분은 조세행정의 실질과세 원칙을 저버린 심리미진의 위법이 명백하므로 마땅히 취소되어야 한다.

아. 처분청 의견에 대한 세부 반박⑥

 1) 처분청의 주장 요지

  가) 처분청은 조세법률주의의 엄격해석 원칙을 명시한 대법원2002두6781(2004.5.27.) 판결을 원용하여, 법문에 예외 조건이 없는 한 조합원 공급 부동산 관련 일체 수익은 비수익사업에 해당한다고 주장한다.

  나) 또한 대법원2018두54040 판결 등의 청산금 조항 규정을 근거로, 조합원이 지급하는 추가분담금은 본질적으로 ‘출자의 납입’이므로 법인세 과세대상인 수익사업 소득이 될 수 없다고 강변한다.

 2) 청구법인의 항변

  가) 처분청이 인용한 대법원2002두6781 판결은 “조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다”는 조세법률주의의 대원칙을 천명하고 있다.

  나) 그러나, 이 엄격해석의 원칙은 과세관청이 법문을 확장하여 과세하는 것을 막는 방어벽인 동시에, 과세당국 스스로가 대외적으로 공포한 유효한 행정기준을 자의적으로 축소·왜곡 적용하여 납세자에게 불이익을 주는 행위를 방지하기 위해서도 반드시 필요하다.

  다) 최고 해석기관인 기획재정부가 쟁점예규를 통해 확정한 “회신일 이후 관리처분계획 인가분부터 적용한다”는 단서 조항의 문언 역시 예규의 효력 범위를 제한하는 명확하고 엄격한 행정적 분절 기준이다.

  라) 상위 법령문언의 엄격해석만을 강조하면서, 자신들을 기속하는 최고기관 지침의 명시적 단서 문구는 “내부 지침일 뿐”이라며 자의적으로 무시하는 처분청의 태도는 조세법률주의를 자신들에게만 유리하게 짜 맞추는 극단적인 이중잣대이다.

  마) 처분청은 대법원2018두54040 판결의 “조합원이 현물출자한 가액을 초과하는 토지와 건물을 공급받고 그 차액(청산금)을 조합에 지급하는 것은 추가적인 출자의 납입”이라는 판시사항을 본 건 추가분담금에 기계적으로 대입하고 있다.

  바) 그러나 이는 해당 판례의 사실관계와 법리적 맥락을 완전히 오독한 아전인수식 확대해석이다.

  사) 위 부산고등법원2018누20238 판결(전심) 및 대법원2018두54040 판결(상고기각)은 과세관청이 당초 조합원 청산금 전체를 익금에 강제 산입하여 법인세를 ‘사후 추징’한 침익적 부과처분 취소소송이었고, 사법부는 과세관청의 근거 없는 소급·확장 과세를 처단하기 위해「조세특례제한법」에 의거하여 이를 비수익사업으로 판시한 것 뿐이다.

  아) 반면, 본 건은 처분청이 신청인에게 세금을 추징한 부과처분 사건이 아니라, 세법 해석의 대전환기 속에서 최고 해석기관이 공포한 처리 원칙(재산세제과-177)에 따라 납세자가 적법하게 제기한 ‘수익적 경정청구’ 사건이다.

  자) 오랜 기간 정비사업조합의 수익·비수익 손익을 유기적으로 조율해 온 법인세법의 구체적 집행 기준과 종전 예규들을 전면 묵살한 채,

     과세당국의 부당한 처분을 취소하기 위해 내려진 판례의 특정 표현만을 기계적으로 추출하여 납세자의 정당한 경정청구권을 꺾는 무기로 유추적용하는 처분청의 논리는 법리적 인과관계를 완전히 뒤집은 오류이다.

  차) 처분청은 조세법률주의와 대법원 판례를 원용하고 있으나, 실질적으로는 사법부가 행정청의 자의적 과세를 경계하기 위해 확립한 엄격해석 원칙과 판결의 본질적 취지를 완전히 왜곡하고 있다.

 카) 최고 해석기관이 정비사업의 불가역성을 인정하여 과세 분절점으로 선언한 쟁점예규의 단서 문언 또한 조세법률주의 원칙상 엄격하게 준수되어야 한다.

 타) 따라서 관련 판례의 전제 조건을 오인하고, 상급기관이 공포한 시적 제한 한계를 위배하여 신청인의 정당한 손익 구조 반영을 원천 거부한 이 사건 경정청구 거부처분은 명백한 법리오해와 자의적 유추해석에 기초한 위법·부당한 처분이므로 마땅히 취소되어야 한다.

자. 처분청 의견의 근본적 모순

 1) 신청인 사업에 적용될 올바른 법리적 기준 및 대안 제시의 전무(全無)

  가) 처분청 논리가 내포한 가장 치명적인 결함은, 쟁점예규를 배척하면서 정작 신청인 사업에 적용되어야 할 올바른 세법 해석이나 행정적 대안 기준을 전혀 제시하지 못하고 있다는 점이다.

  나) 처분청은 청구법인의 관리처분계획 인가일이 2019.2.15.이므로 쟁점예규의 적용 대상(2021.6.4. 이후 인가분)이 아니라는 기계적 사실만을 반복하고 있다.

  다) 그렇다면 처분청은 2021.6.4. 이전에 인가를 득하여 국가가 공포한 종전 세법 해석 하에 사업 구조와 세무 계획을 최종 확정 지었던 신청인의 사업에 마땅히 적용되어야 할 세법상의 지위가 무엇인지 법리적으로 해명해야 할 책무가 있다.

 2) 기각만을 목적으로 한 초법적 소급적용과 국세행정 공신력 파괴

  가) 오랜 기간 동안 전국 조합을 규율하며 세금을 추징해 온 종전 예규(수익사업설)의 관행도 배척하고, 최고 해석기관이 세법 집행의 안정성을 위해 설정한 쟁점예규(비수익사업설)의 ‘시점 제한 단서’도 무시한 채,

     오직 새로운 해석의 본문 논리만을 소급하여 기습 과세하겠다는 처분청의 주장은 행정처분의 최소한의 논리적 완결성조차 갖추지 못한 모순이다.

  나) 이는 청구법인의 경정청구를 무조건 기각하겠다는 행정편의주의적 목적하에 판례와 예규를 자의적으로 뜯어 맞춘 ‘표적 처분’에 지나지 않으며, 이러한 독단적 집행은 국세행정의 예측가능성과 신뢰보호 원칙을 뿌리째 흔드는 결과를 초래한다.

차. 결론

 1) 종전 과세관행 및 손익대응원칙에 따른 경정청구의 당위성

  가) 청구법인은 2019.2.15. 관리처분계획 인가를 받은 사업장으로서 기획재정부 쟁점예규의 시적 적용 전환점(2021.6.4.) 이전에 모든 권리의무 관계가 확정되었다.

  나) 따라서, 청구법인에게는 수십 년간 적법하게 확립되어 온 국세행정의 관행과 종전 예규들이 당연히 유효하게 적용되어야 하므로, 조합원 초과분담금은 수익사업의 익금으로 인정되어야 한다.

  다) 나아가 순소득 과세 원칙과「법인세법」상 대원칙인 손익대응원칙에 의거하여, 위 익금에 대응하는 공사원가 및 관련 안분 비용 역시 수익사업의 손금으로 귀속되어 올바른 세액이 재산정되어야 함이 실질과세 원칙에 부합하는 유일한 법리다.

 2) 처분청의 다중적 법리 위배에 따른 처분 취소의 필연성

  가) 처분청은 최고 해석기관이 공포한 적용시점에 관한 행정기준을 전면 무시(행정의 자기구속 원칙 위배)하였고, 종전 과세관행을 자의적으로 훼손(신의성실 및 소급과세금지 원칙 위배)하였으며,

     판례의 본질을 왜곡하여 납세자의 정당한 권리를 원천 차별(조세평등주의 위배)하였다.

  나) 이에 더하여 청구법인이 제출한 정교한 손익대응 세무회계 구조에 대한 실질적인 조사나 세액 검증마저 전면 생략(실질조사의무 위반 및 심리미진)한 채 본 건 거부처분을 감행하였다.

  다) 서면 전반에서 상세히 살핀 바와 같이, 처분청의 이 사건 경정청구 거부처분은 다중적인 법리 오인과 자의적 권한 남용에 기초한 명백히 위법·부당한 처분이므로 마땅히 취소되어야 하며, 청구법인이 청구한 정당한 세액은 전액 환급 결정되어야 한다.

5. 청구법인 항변에 대한 처분청 추가 의견

가. 조합원 분양사업은 본질적으로 수익사업이 아니며 조합원이 자기 지분을 초과하여 지급하는 추가 분담금은 출자의 납입(자본거래)인 바, 익금에서 제외된다.

 1)「조세특례제한법 시행령」제104조의4에 따르면 정비사업조합이 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 규정하고 있는 바,

    조세법규의 해석은 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 것으로(대법원2002두6781, 2004.5.27. 등),

    해당 법문에서 별도의 단서조항이나 조건이 명시되어 있지 않으므로 법문 그대로 해당 조합원에게 공급되는 부동산에 관련된 일체의 수익은 수익사업 소득에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당하다.

 2)「법인세법 시행령」제15조 제1항에 따르면 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익은 익금에 해당하나 자본 또는 출자의 납입은 익금에서 제외된다.

 3) 재개발조합의 사업은 조합설립에 동의한 토지 및 건물의 소유자들을 조합원들로부터 토지 및 건물을 현물출자 받아 건물을 신축한 후 이를 조합원들에게 공급하는 사업이다.

 4) 조합원이 현물출자한 가액에 미달하는 토지와 건물을 공급받고 그 차액에 해당하는 청산금을 조합으로부터 수령하는 경우 그 청산금이 출자의 환급에 해당함은 분명하므로, 그 반대의 경우 즉, 조합원이 현물출자한 가액을 초과하는 토지와 건물을 공급받고 그 차액에 해당하는 청산금을 조합에 지급하는 것은 추가적인 출자의 납입에 해당한다.

 5) 따라서 재개발조합이 자기지분을 초과하여 아파트를 분양받은 조합원으로부터 수령하는 조합원 추가 분담금(청산금)은 출자의 납입으로 수익사업소득에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당하다(대법원2018두54040, 2018.12.6. 등).

나. 청구법인 항변에 대한 쟁점별 추가 의견

 1) 쟁점예규의 적용시점 및 행정의 자기구속 관련

  가) (예규의 적용방향)쟁점예규는 “추가 분담금은 수익사업소득에 해당하지 아니하며, 회신일 이후 관리처분계획이 인가되는 분부터 적용한다”고 회신하였으나, 여기서 회신일 이후 인가분에 대한 행정적 적용방향이 제시되었다고 하여, 회신일 이전 인가분의 추가분담금이 법률상 반드시 수익사업소득이라는 결론이 성립하는 것은 아니다.

  나) 예규의 적용범위 제한은 해당 예규에 따른 행정집행시 장래의 범위를 정한 것이지, 회신일 전후로 동일한 추가 분담금에 대해서 서로 다른 법적 성격을 부여하거나, 회신일 이전 인가분에 대하여는 법률상 존재하지 않는 수익사업으로 의제한 것으로 볼 수 없다.

  다) 따라서 회신일 이전 인가분이 쟁점예규의 직접 적용대상에서 제외된다고 하더라도, 그 사실만으로 추가 분담금이「법인세법」상 당연히 익금에 해당한다는 결론은 도출되지 않으며,

     해당 추가 분담금이「법인세법」상 익금에 해당하는지는「조세특례제한법」, 동법 시행령, 관련 판례, 실질에 따라 판단하여야 한다.

  라)「조세특례제한법 시행령」제104조의4가 조합원분양사업을 수익사업에서 제외하고 있는 점,「법인세법」제15조가 자본 또는 출자의 납입을 익금에서 제외하고 있는 점, 그리고 관련 판례가 조합원이 추가로 부담하는 금액의 출자적 성격을 인정한 점을 종합하여, 본 건 추가 분담금은 수익사업소득에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

  마) (예규의 구속력)예규는 행정조직 내부에서 법령해석과 집행의 통일을 위한 기준으로 기능하지만, 그 자체가 법률에 없는 과세요건이나 환급요건을 독자적으로 창설하는 법규명령이 아닐뿐더러,

     처분의 적법성은 예규 문구의 자의적 추론에 따르지 않으며 상위 법령의 문언·체계·목적과 확립된 판례에 따라 판단된다.

  바) 또한 대법원은 일관되게 과세관청의 훈령, 기본통칙, 예규 등은 행정규칙에 불과하여 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 있는 법규범이 아님을 판시(대법원2017두38874, 2019.7.11., 대법원2017다211559, 2020.5.28. 등)하고 있으며,

   처분이 행정규칙을 위반하였다고 해서 그러한 사정만으로 곧바로 위법하게 되는 것은 아니고, 처분이 행정규칙을 따른 것이라고 해서 적법성이 보장되는 것도 아니다.

  사) 처분이 적법한지는 행정규칙에 적합한지 여부가 아니라 상위법령의 규정과 입법 목적 등에 적합한지 여부에 따라 판단해야 한다.

  아) (행정의 자기구속 관련)행정의 자기구속의 원칙은 평등의 원칙에 근거를 두고 있으나 불법의 평등은 인정되지 않으며,

     또한 이 원칙은 재량이 인정되는 영역에서만 작용하는 것으로, 법률에 따라 하나의 세액만 산출되는 조세부과·경정(기속행위)에서는 관행에 구속될 여지가 없으며, 기존 관행이 위법한 경우에는 신뢰보호의 원칙 적용 여부가 문제될 수 있을 뿐이지만 청구법인은 신뢰보호 요건도 충족되지 않는다.

  자) (신뢰보호 불충족) 대법원94누12159(1995.7.28.) 판결은 조세법률관계에서 신의성실원칙이 적용되려면 ① 과세관청의 공적 견해표명, ② 그 견해를 신뢰한 데 대한 납세자의 무귀책, ③ 그 신뢰에 따른 행위, ④ 견해에 반하는 처분으로 인한 이익침해가 필요하다고 판시하고 있으나, 청구법인에게는 위 요건 중 “신뢰에 따른 행위”가 없다.

  차) 청구법인은 종전 수익사업 해석에 따라 추가 분담금과 원가를 신고한 것이 아니라, 대법원 판결 및 쟁점예규의 결론과 동일하게 비수익사업으로 신고하였다.

  카) “리스크 때문에 보수적으로 신고하였다”는 설명은 종전 해석을 확정적으로 신뢰하지 않았음을 스스로 인정하는 것과 동시에, ‘국세 행정의 관행’ 그 자체였고 납세자들은 성실히 신고 납부(수익사업)를 하였다고 주장하면서도 청구법인은 과도기 비수익사업 신고의 본질(비수익사업)이라는 모순된 주장을 하고 있다.

  타) 따라서 종전 해석을 확정적으로 신뢰하여 구체적인 행위나 계산을 하였다는 사실은 충족될 수 없는 바, 이 사건에서 신뢰보호의 요건은 성립 할 수 없다.

 2) 청구법인이 주장하는 기획재정부 재산세제과-177에 대한 판단과 신뢰보호원칙에 대한 추가 의견

  가) (예규의 올바른 해석)청구법인은 “해석 변경 전에 종전 예규에 따라 신고를 마친 사안이라 하더라도, 해당 납세자가 새로운 유권해석을 적용받고자 경정청구를 제기하는 경우에는 과세관청은 새로운 해석을 기준으로 결정･경정하여야 한다”고 주장하며 재산세제과-177 예규를 인용하고 있다.

  나) 기획재정부 재산세제과-177은 현물출자 토지의 취득시기와 관련한 새로운 해석을 그 회신일 이전에 관리처분계획이 인가된 경우에도 적용한다고 회신하였으며,

     회신일 이전 인가 조합이 종전 예규에 따라 이미 법인세 과세표준을 신고한 경우에는 종전 예규를 적용하고, 그 조합이 새로운 해석을 적용받고자 경정청구를 하는 경우에는 새로운 해석을 기준으로 결정·경정하도록 하였다.

  다) 이를 청구법인은 최초 이의신청서와 항변서에는 “해석이 변경된 경우에도 종전 예규에 따라 이미 신고가 이루어진 사안에 대해서는 그 신고를 존중하되, 납세자가 새로운 해석의 적용을 받고자 경정청구를 제기한 경우에는 과세관청이 새로운 해석을 기준으로 결정·경정하여야 한다는 점을 명확히 하였습니다”라고 주장하고 있다.

  라) 그러나 청구법인이 주장하는 재산세제과-177 예규를 쟁점예규에 적용을 하면 “해석이 변경된 경우에도 종전 예규(수익사업)에 따라 이미 신고가 이루어진 사안에 대해서는 그 신고를 존중하되, 납세자가 새로운 해석(비수익사업)의 적용을 받고자 경정청구를 제기한 경우에는 과세관청이 새로운 해석(비수익사업)을 기준으로 결정, 경정해야 한다는 점을 명확히 하였습니다”라는 처리구조를 보여준다.

  마) 즉, 기획재정부 재산세제과-177의 처리구조는 본 처분청의 경정청구 거부 논리와 일치하며, 적용시점 문구는 종전 해석에 따라 이미 이루어진 신고를 보호하기 위한 것이지, 종전 해석을 실제로 적용하지 않은 납세자에게 향후 유리한 해석을 선택할 권리를 부여하기 위한 것이 아니다.

 3) 법적 공백 및 조세평등 주장 관련

  가) (법적 공백 관련) 청구법인은 회신일 이전 인가분에 종전 예규를 적용하지 않으면 법적 공백이 발생한다고 주장하지만 회신일 이전 인가분의 법률관계도「조세특례제한법 시행령」제104조의4,「법인세법」제15조 및 관련 판례에 따라 판단할 수 있으며, 쟁점예규의 직접 적용대상이 아니라는 이유만으로 해당 추가분담금에 적용할 법적 기준이 사라지는 것이 아니다.

  나)「조세특례제한법 시행령」제104조의4,「법인세법」제15조 및 대법원2018두54040(2018.12.6.) 등 판결이 청구법인의 관리처분계획 최초로 인가받은 날(2019.2.15.)과 법인세 신고일 전부터 이미 존재하고 있었으며, 조합원 추가분담금은 출자의 납입으로 수익사업소득에 해당하지 않는다는 결론도 이미 존재하고 있었다.

  다) 종전 수익사업에 대한 해석만이 유일하고 확정적인 기준에 해당되지도 않았으며, 청구법인은 스스로 비수익사업으로 신고한 바, 그 해석만을 정당하게 신뢰할 수밖에 없었다고 할 수도 없다.

  라) 처분청은 청구법인의 경정청구권 자체를 박탈한 것도 아니며 청구법인이 경정청구를 통해 주장한 내용이 세법의 올바른 해석(비수익사업)에 반하여 거부하였을 뿐이다.

  마) (평등원칙 적용 오류) 과거 일부 조합이 종전 예규에 따라 수익사업으로 신고하거나 과세된 사실이 있더라도, 그 사실만으로 법률과 확정판례에 반하는 처리를 모든 조합에 확대할 수는 없다.

  바) 평등원칙은 합법의 평등을 요구하는 것이지, 잘못된 과세 또는 잘못된 환급을 반복할 의무를 창설하지 않으며, 이는 기획재정부 재산세제과-177의 취지와도 같다.

  사) 납세자가 당초 수익사업으로 신고한 부분에 대해서는 과세관청의 기존해석(수익사업)을 신뢰한 것에 따른 신의칙을 적용할 수 있으나, 납세자가 당초 과세관청의 기존해석을 신뢰하지 않고 이와 반대되는 해석으로 신고한 상태에서 올바르지 않은 기존 해석으로 경정을 요구하는 경우에 과세관청은 이미 신고된 사항(비수익사업=올바른해석)을 유지하는 것이 타당하다.

 4) 처분청이 인용 판례의 취지를 왜곡하였다는 주장 관련

  가) (법리 확인) 청구법인은 처분청이 인용한 판례들이 이 사건과 세목이나 사실관계가 다르므로 인용될 수 없다고 주장하지만, 위 판례들을 인용한 취지는 각 사건의 구체적인 사실관계를 이 사건에 그대로 적용하려는 것이 아니라, 상급행정기관이 정한 예규·집행기준 등 행정규칙의 법적 효력에 관한 일반 법리를 확인하기 위한 것이다.

  나) 대법원2017두38874(2019.7.11.) 판결 및 대법원2017다211559(2020.5.28.) 판결은 행정규칙이 일반적으로 행정조직 내부에서만 효력을 가질 뿐 국민이나 법원을 직접 구속하지 않으며, 처분이 행정규칙을 위반하였다는 사정만으로 곧바로 위법해지거나 행정규칙을 따랐다는 이유만으로 적법성이 보장되는 것은 아니라고 판시하였고,

     처분의 적법성은 행정규칙과의 형식적 일치 여부가 아니라 상위 법령의 규정과 입법 목적 등에 따라 판단하여야 한다는 취지다.

  다) 특히 대법원2020두47793(2020.12.10.) 판결은 법인세법 집행기준의 법적 효력이 문제 된 조세사건으로서, 법인세법 집행기준은 과세관청 내부의 행정규칙에 불과하여 법원이나 국민을 구속하지 않고, 관련 법령 해석의 최종 권한은 사법부에 있다는 원심 판단을 확정하였으며, 이 판결은 종전 예규나 집행기준의 문구만으로 법률과 다른 과세표준 또는 환급요건이 확정되는 것은 아니라는 점을 뒷받침한다.

  라) 따라서 위 판례들이 이 사건과 구체적인 사실관계를 달리한다는 사정만으로, 행정규칙의 법적 효력에 관한 일반 법리의 인용 자체가 배제되는 것은 아니다.

  마) 추가로 청구법인은 추가분담금 관련 대법원2018두54040(2018.12.6.) 판결이 과세관청의 추징을 취소한 사건이므로, 납세자의 환급 경정청구에는 적용할 수 없다고 주장한다.

  바) 그러나 법원은 과세처분을 이유로 취소한 것이 아니라, 조합원분양사업과 추가분담금의 성격을 판단하였고, 과세요건사실의 객관적 성격은 누가 이를 주장하는지에 따라 달라질 수 없으며, 추가분담금이 출자의 납입이라면 과세에서도 익금이 아니고, 경정청구에서도 익금이 아니다.

  사) 절차에 따라 동일 거래를 서로 다르게 적용하자는 청구법인의 주장이 오히려 조세평등과 법적 안정성에 반한다.

 5) 소급과세금지

  가)「국세기본법」제18조 제3항은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있다.

  나) 이 소급과세금지 원칙이 적용되기 위해서는 종전의 세법해석 또는 과세관행이 일반적으로 받아들여져 있었을 뿐만 아니라, 납세자가 이를 신뢰하여 구체적인 행위 또는 계산을 하였고, 과세관청이 그 후 새로운 해석을 적용함으로써 그 신뢰에 반하는 불이익을 주었음이 인정되어야 한다.

  다) 청구법인은 당초 추가 분담금을 비수익사업으로 신고하였고, 종전 수익사업 해석을 신뢰하여 구체적인 행위 또는 계산을 하였다는 사실도 확인되지 않았다.

  라) 따라서 이 사건 경정청구 거부는 종전의 세법해석 또는 과세관행을 신뢰하여 이루어진 행위나 계산에 새로운 해석을 소급하여 적용한 경우에 해당하지 않는다.

 6) 손익대응 및 심리미진 주장 관련

  가) 대법원과 하급심 법원의 확립된 법리에 따라 해당 거래가 과세대상이 아닌 자본거래(출자의 납입)임이 확정되었으며, 수익사업임을 전제로 하는 ‘수입금액 안분’이나 ‘대응 비용 산정’은 검토의 대상이 아니다.

  나) 과세 대상 자체가 아닌 거래에 대해 세부 안분 방법을 심리하지 않았다고 하여 이를 심리미진이라 할 수 없으며, 처분의 정당성에는 아무런 영향이 없다.

다. 결론

이 사건 경정청구 및 청구법인의 항변은 이유 없으므로 처분은 유지되어야 한다.

6. 심리 및 판단

가. 쟁점

 재개발조합이 자기지분을 초과하여 분양을 받은 조합원으로부터 수령한 추가분담금은 수익사업에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

  ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

   1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

   2.「소득세법」제16조 제1항에 따른 이자소득

   3.「소득세법」제17조 제1항에 따른 배당소득

   4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

   5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

   6.「소득세법」제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

   7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

 2) 법인세법 제15조【익금의 범위】

  ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

 3) 법인세법 제19조【손금의 범위】

  ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

  ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 4) 조세특례제한법 제104조의7 【정비사업조합에 대한 과세특례】

  ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서 “정비사업조합”이라 한다)에 대해서는「법인세법」제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

   1.「도시 및 주거환경정비법」제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함한다)

   2「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제23조에 따라 설립된 조합

  ③ 정비사업조합이「도시 및 주거환경정비법」또는「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 해당 정비사업에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(해당 정비사업의 시행으로 건설된 것만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)은「부가가치세법」제9조 및 제10조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다.

  ⑤ 제2항을 적용할 때 정비사업조합에 대한「법인세법」제4조에 따른 과세소득의 범위에서 제외되는 사업의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 5) 조세특례제한법 시행령 제104조의4 【정비사업조합의 수익사업의 범위】

  법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이「도시 및 주거환경정비법」또는「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

다. 사실관계

 1) 국세청 대내포털시스템에서 확인되는 내용은 다음과 같다.

  가) 청구법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

(표 생략)

  나) 청구법인이 신청한 2022, 2023 사업연도 법인세 경정청구 내역은 다음과 같다.

(표 생략)

 2) 청구법인이 제출한 관리처분계획인가서는 다음과 같다.

(그림 생략)

 3) 청구법인이 제출한 관리처분계획인가서는 다음과 같다.

(그림 생략)

라. 판단

 청구법인은 재개발조합이 자기지분을 초과하여 분양을 받은 조합원으로부터 수령한 추가분담금은 수익사업에 해당한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

「조세특례제한법 시행령」제104조의4에서는 정비사업조합이「도시 및 주거환경정비법」또는「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있고,

 대법원은「조세특례제한법」에서 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 위 사업에서 어떠한 소득이 생기더라도 이는 법인세 과세대상인 수익사업에서 생긴 소득이라고 할 수 없다고 판결하였다(대법원2018두54040, 2018.12.6.).

 이상의 사실 관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ①「조세특례제한법 시행령」제104조의4에서는 재개발조합이 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있는 점, ② 대법원은 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 위 사업에서 어떠한 소득이 생기더라도 이는 법인세 과세대상인 수익사업에서 생긴 소득이라고 할 수 없다고 판결한 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 보인다.

 따라서 재개발조합이 자기지분을 초과하여 분양을 받은 조합원으로부터 수령한 추가분담금은 수익사업에 해당하지 않으므로 처분청의 경정청구 거부처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

7. 결론

이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.